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R In Action|创建数据集

函数c()用来创建向量: 示例如下: a <- c(1:10) b <- c("A","B") d <- c(TRUE,FALSE) 注:单个向量的数据必须拥有相同的类型或模式(数值型、字符型或逻辑型...data.frame()创建: mydata <- data.frame(col1, col2, col3,…) 其中的向量col1, col2, col3,… 可为任何类型(如字符型、数值型或逻辑型...5)因子(factor):类别(名义型)变量和有序类别(有序型)变量在R称为因子(factor),绘图时候重要。 6)列表(list)是R的数据类型中最为复杂的一种。...一般来说,列表就是一些对象(或成分,component)的有序集合。列表允许你整合若干(可能无关的)对象到单个对象名下。...1)向量:a[2];d[1] 2)矩阵:使用下标和方括号来选择矩阵的行、 或元素。X[i,]指矩阵X的第i 行,X[,j]指第j , X[i, j]指第i 行第j 个元素。

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R语言批量读取300个Excel表格

当然,合并包括,行堆积,对接,根据ID合并等操作。在R语言都是可以实现的。 还有一个Excel表格,有100个Sheet,想把这100个sheet表读取然后合并。...还有一种情况,是有100个Excel表格,想把其合并到一个Excel不同的sheet。 虽然,我知道大家的电脑内存很大,但是你这样折腾Excel真的好吗???...多年的工作经验告诉我,永远不要质疑,不要质疑对你提出需求的人,比如我说:“你为什么要把100个Excel表格合并到一个Excel的不同sheet?电脑能打开吗?...为什么不合并到一个sheet,然后用数据透视表查看筛选?”然后我就要两件事都要做,还要介绍Excel表如何用筛选功能。 不管怎么说,有需求就有答案。有句歌词写得特别好:“擦干泪,不要问,为什么”。...批量写入 3.1 批量写入到不同的Excel 「步骤:」 内容为list,每个元素为一个data.frame 这里,我们用re的结果: > str(re) List of 8 $ a1.xlsx:'

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生信马拉松 Day3

要写能换个环境和场景依然可运行的代码,而不是一次性的玩意儿 总览 “向量”一维 matrix 矩阵——二维,只允许一种数据类型 data.frame 数据框——二维,每只允许一种数据类型 list 列表...——可装万物 首先是最重要的数据框 数据框来源 (1)用代码新建 (2)由已有数据转换或处理得到 (3)读取表格文件 (4)R语言内置数据 1.新建和读取数据框 df1 <- data.frame(gene...","r2","r3","r4") #只修改某一行/的名 colnames(df1)[2] <- "CHANGE" 5.两个数据框的连接 merge真的不要太常用,但是实操两个数据集对应的列名不一样的时候...= c(5,3,-2,-4)) df1[df1$score>0,] #筛选score > 0的基因名 df1[df1$score > 0,1] df1$gene[df1$score > 0] 矩阵和列表...以及除了最后一以外的其他 这个在实际写代码的时候真的很容易忘记,当时急着用写上数字后面copy到其他数据里就要反复改 df1[,ncol(df1)] df1[,-ncol(df1)] 3.删除 其实偶尔也会有删除单个变量的需求

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R语言入门

二、R的数据结构 数据集通常是由数据构成的一个矩形数组,行表示观测,列表示变量。类似于数据库的记录(record)和字段(field)。...1、向量 向量是用于存储数值型、字符型或逻辑型数据的一维数组,单个向量的数据必须拥有相同的数据类型。...我们可以使用下标和方括号来选择矩阵的行、 或元素。X[i,]指矩阵X的第i行, X[,j]指第j, X[i, j]指第i行第j 个元素。选择多行或多时,下标i和j可为数值型向量。...数据框可通过函数data.frame()创建:mydata <- data.frame(col1, col2, col3,...)其中的向量col1、 col2、 col3等可为任何类型(如字符型、数值型或逻辑型...列表允许整合若干(可能无关的)对象到单个对象名下。类似于编程语言中的类或是结构体。某个列表可能是若干向量、矩阵、数据框,甚至其他列表的组合。

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R3数据结构和文件读取

[]前面是数据框或矩阵,[[]]前面是#3单个向量4种操作:#(1)赋值加输出(2)数学计算,(3)条件判断生成的是逻辑值,生成长度相等的逻辑值(x==y,向量不一样长时,谁长取谁,(4)初级统计,(...2.数据框要求每数据的类型相同3.数据框单独拿出一是向量,降维,#1.数据框data.frame来源# (1)用代码新建,,变量 0,]#某>0的行筛选出来,还是二维## gene CHANGE score## r1 gene1 up 5## r2 gene2...up 3#筛选score >0的基因,某>0的行元素筛选出来,一维df1[df1$score > 0,1]## [1] "gene1" "gene2"df1$gene[df1$score...它可以接受任何单个字符或字符串作为参数,用于将文本数据内容分割成。常见的分隔符包括逗号(,),制表符(\t),分号(;)等。例如,当读取以逗号分隔的CSV文件时,应该将sep参数设置为逗号(,)。

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Pandas 2.2 中文官方教程和指南(三)

R ,您可能希望获取data.frame的行,其中一的值小于另一的值: df <- data.frame(a=rnorm(10), b=rnorm(10)) subset(df, a...R Python 数组 列表 列表 字典或对象列表 data.frame 数据框 ddply 在 R 中使用名为 df 的 data.frame 来按 month 汇总 x 的表达式: require...中使用名为 a 的列表来将其融合成一个 data.frame 的表达式: a <- as.list(c(1:4, NA)) data.frame(melt(a)) 在 Python ,这个列表将是一个元组的列表...在 R ,您可能希望获取data.frame的行,其中一的值小于另一的值: df <- data.frame(a=rnorm(10), b=rnorm(10)) subset(df, a...在 R ,您可能希望获取 data.frame 的行,其中一个的值小于另一个的值: df <- data.frame(a=rnorm(10), b=rnorm(10)) subset(df,

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R语言学习

2.一般不更新R包,容易报错。3.cannot open the connection是网络问题。...10.每次打开Rstudio用R包 都要先加载。11.ctrl+f是网页对应的搜索键。12.转录组测序测的是mRNA。包括前体和成熟的rna。第一行样本名 第一是基因。...0维是点 是元素1维是线 是向量2维是面 是数据框13、向量vectors 矩阵,数组,数据框,列表14.数据类型 数值型 字符型 逻辑型 因子型15.使用c()来创建向量,向量具有有序性,单个向量数据类型相同...数值型转字符型16.涉及字符要加引号17.library一般不加引号18.c可以创建向量或列表数据框按照的方式排列19.a1=c[3,c(1,2)]提取第三行一二 a1[3,] a 美元符号第二名称...21.构造数据框的函数a=data.frame()。22.图片第四行说明其是芯片数据。at是探针 引物不特异导致了一个ID对应多个基因。phenodata data临床数据和expr表达矩阵很重要。

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Day4:R语言课程(向量和因子取子集)

查看R的数据结构 从数据结构对数据进行子集化。...1.将数据读入R 无论要执行的R的具体分析是什么,通常都需要导入数据用于分析。...每行包含单个样本的信息,分别是有关样本genotype(WT或KO), celltype(typeA或typeB)和replicate number(1,2或3)的分类信息。...数据检查函数列表 已经看到函数head()和str()可以查看data.frame的内容和结构。以下是一个非详尽的函数列表,用于了解数据的内容/结构。...R逻辑运算符的完整列表如下所示: 操作符号 描述 > 大于 > = 大于或等于 < 少于 <= 小于或等于 == 等于 != 不等于 & 和 | 或 使用逻辑表达式来确定特定条件是真还是假。

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R语言入门系列之一

R对象(object)是指可以赋值给变量(variable)的任何事物,在R语言中使用对象来存储数据也即储存变量,对象类型有标量、向量、矩阵、数组、数据框、列表。...、id或者行列name对元素进行索引,也可以使用向量,id前加负号“-”则表示删除改行、的元素,索引值也可以引入逻辑判断,如下所示: 注意,R的判断符号有“”、“>=”、“=...1.4列表 列表(list)是R中最复杂的一种数据类型。列表是一些对象的有序集合,这些对象可以是向量、矩阵、数据框,甚至其他列表。...函数),因此列表R中非常重要。...=FALSE则不会把字符型自动转化为因子;colClasses可以设置每一的模式(logical、numeric、character);check.names是否检查变量名(不合语法要求);quote

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【数据分析 R语言实战】学习笔记 第三章 数据预处理 (下)

3.3缺失值处理 R缺失值以NA表示,判断数据是否存在缺失值的函数有两个,最基本的函数是is.na()它可以应用于向量、数据框等多种对象,返回逻辑值。...程序包VIM提供了在R探索数据缺失情况的新工具,实现缺失模式的可视化 > library(VIM) > aggr(data) ?...merge通过相同的或行名来识别,合并两个数据框或列表,其调用格式如下: merge(x, y, by = intersect(names(x),names(y)),by.x = by, by.y =...,选取数据子集用括号[] > data[data$salary>6] 3.4.3数据排序 R的排序函数sort()只能对向量进行简单的排序,对含有多变量的数据集,需要用order指令来完成,其调用格式如下...>t (data) 3.5.1揉数据函数 R中有两个揉数据函数stack()和unstack|(),用于数据长格式和宽格式之间的转换. stack()把一个数据框转换成两:一为数据,另一为数据对应的列名称

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R 数据分析

目录: windows命令行执行R dataframe 常用函数、变量 1、windows命令行执行R 前提:已经把R的命令目录加入了系统路径。  ...在windows,命令行执行R可以用以下两种方式: (1)RCMD BATCH xxx.r 这种方式也可以写成”r cmd BATCH“、”rcmd BATCH“、”R CMD BATCH“,这几个命令都是一样的...,随便你用哪个 这种方式的输出结果不是直接显示在命令行,而是会在r文件相同路径下,自动创建一个xxx.r.Rout文本文件,输出的内容在这个文件里 但是这种方式用commandArgs()函数得不到传递的参数...(2)Rscript xxx.r 这种方式的输出结果直接显示在命令行,不会生成其他输出文件 这种方式可以用commandArgs()函数得到传递的参数 但是得到参数的索引由函数的trailingOnly...# 创建和df有同样多的,0行的数据框 > df_r = df[, FALSE] data frame with 0 columns and 4 rows # 创建一个行数为0,数、列名和df相同的数据框

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R语言数据结构(三)数据框

数据结构是指在计算机存储和组织数据的方式,不同的数据结构有不同的特点和适用场景。R语言中的常用数据结构,包括向量、矩阵、数组、列表和数据框。...数据框的每个向量可以是不同的类型,但同一的元素必须是相同的类型。 创建数据框 创建数据框的一种常用方法是使用data.frame()函数,它可以将多个向量组合成一个数据框。...row.names: 可以是NULL、单个整数或字符字符串,用于指定用作行名的,或者是字符或整数向量,提供数据框的行名。 check.rows: 若为TRUE,则会检查行的长度和名称是否一致。...在R 4.0.0之前,默认设置是TRUE,但现在已更改为FALSE。...city # 1 Alice TRUE 20 New York # 2 Bob FALSE 21 London 删除数据框 下面示例代码展示了如何使用负数索引和subset()函数在R语言中删除数据框的行或

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跟小洁老师学习R语言的第三天

,each=3);k2 plot(k1) boxplot(k1~k2) each和times的区别是times输出的是abcdabcdabcd,each输出的是aaabbbcccddd 数据框、矩阵和列表...向量是一维的 matrix矩阵是二维的,只允许一种数据类型 data.frame数据框是二维的,每只允许一种数据类型 list列表可装万物 不清楚时可以用class或is族函数确认 数据框来源 (1...# 按坐标 df1[2,2] df1[2,] df1[,2] df1[c(1,3),1:2]#括号里的逗号,表示维度的分割 # 按名字 df1[,"gene"] df1[,c('gene','change...df1[,3] df1[,ncol(df1)] #取数据框除了最后一以外的其他?...) #改行名和列名 rownames(df1) <- c("r1","r2","r3","r4") #只修改某一行/的名 colnames(df1)[2] <- "CHANGE" 两个数据框的连接

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Day07 生信马拉松-数据整理R

.玩转字符串--stringr包 1.1 字符串长度-引号内的单个字母/数字/符号数量 x <- "The birch canoe slid on the smooth planks." x str_length..., new = Sepal.Length * Sepal.Width) #R的修改必须要赋值,不赋值=没发生 test 2.4 连续步骤的不同方法 2.4.1 多次赋值,产生多个中间的变量 x1...5]) } par(mfrow = c(2,2)) apply(iris[,1:4], 2, jimmy) 4.2 lapply(list, FUN, …)函数--参数与自定义函数相似 4.2.1 对列表...的第一 ggplot2对行名并不友好,通常要使样本名转化为data.frame的第一,防止在后续代码运行过程中行名丢失 图片 图片 step2 把原来的行名转变为第一 图片 step3 宽变长...rownames_to_column() %>% #将行名转化为1 mutate(group = rep(c("control","treat"),each = 3)) #对data.frame

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从零开始的异世界生信学习 R语言部分 02 数据结构之数据框、矩阵、列表

数据框 data.frame 数据框 约等于表格:1.数据框不是一个具体文件,只是R语言内部的一个数据;2.数据框每一只能有一种数据类型 图片 新建和读取数据框 #新建和读取数据框 df1 <- data.frame...增加一 在$后面写一个不存在的列名表示增加一 df1$p.value <- c(0.01,0.02,0.07,0.05) df1 #改行名和列名 rownames(df1) <- c("r1",..."r2","r3","r4") #只修改某一行/的名 colnames(df1)[2] <- "CHANGE" # | 或符号前后不可以连接字符,只能用于数字,逻辑值 两个数据框的连接 test1 <...pheatmap::pheatmap(m,cluster_rows = F,cluster_cols = F) #调节函数的参数,画出的热图不聚类 图片 图片 列表新建和取子集 l <- list(m1...= matrix(1:9, nrow = 3), m2 = matrix(2:9, nrow = 2)) l l[[2]] #列表取子集 l$m1 #列表的元素有名字,可以用

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