R data.table fwrite()出错？ - 腾讯云开发者社区

data.table包提供了一个加强版的data.frame。它运行效率极高，而且能够处理适合内存的大数据集。它通过[ ]实现了一种自然的数据操作语法。...语法格式： DT[i, j, by] 释义为对data.table对象DT，使用i选择行，然后按照by计算j。...如果你还没有安装该包，运行： install.packages("data.table") 导入包 library(data.table) 创建一个data.table set.seed(45L)...DT data.table(V1 = c(1L, 2L), V2 = LETTERS[1:3], V3 = round(rnorm...对j列进行操作 # 返回第二列为一个向量 DT[, V2] ## [1] "A" "B" "C" "A" "B" "C" "A" "B" "C" "A" "B" "C" # 返回第二列与第三列为一个data.table

1.9K1 0

「R」数据操作（三）：高效的data.table

接「R」数据操作（一）和「R」数据操作（二）使用data.table包操作数据 data.table包提供了一个加强版的data.frame，它运行效率极高，而且能够处理适合内存的大数据集，它使用[].../R/dataset/product-info.csv") product_stats = fread("../...../R/dataset/product-stats.csv") product_tests = fread("../...../R/dataset/product-tests.csv") toy_tests = fread("../...../R/dataset/product-toy-tests.csv") 如果查看表格信息，你会发现它和data.frame没什么两样： product_info #> id name

6.4K2 0

您找到你想要的搜索结果了吗？

是的

没有找到

R海拾遗--data.table初级学习

data.table初级学习概述 data.table对于大数据的数据整理较为便捷，很多的时候比data.frame效率更高，一般情况下结合管道符号进行计算管道符 %in% 表示包含 %>% 表示向右传递...%$% 表示向右传递并直接按列操作安装 install.packages("data.table") install.packages("magrittr") library(magrittr) library...(data.table) 使用方法简单操作 iris% as.data.table() class(iris) # 行数 nrow(iris) # 列数 ncol(iris)...(Species)] #返回一个data.table iris[, c("Species"), with=FALSE] #返回一组数据框 # 保留多列 iris[, ....，总体来说，data.table比data.frame更加简洁，运行更加迅速。

7663 0

R语言：data.table语句批量生成变量

:= 右边关于 ':= lapply' 的用法，在这里小编不再赘述，如果大家对此不是很熟悉可以看这一期公众号：用data.table语句批量处理变量。...代码如下： lapply(.SD[, 2:23], str_match, "继发性醛固酮|醛固酮") := 左边我们可以再回顾一下，上文链接中用data.table语句批量处理变量的推送中所提到的 ‘...str_c(colnames(clinic)[2:23], "_xtrct") 最后我们把 ':=' 左右两边的代码组合在一起，放入data.table语句的j中就是我们在一开始所讲述的代码。...大猫的R语言课堂我是大猫，一个高中读文科但却在代码、数学的路上狂奔不止的Finance Ph. D Candidate。我是村长，一个玩了9年指弹吉他，却被代码深深吸引的博士候选人。...大猫的微信号是： iRoss2007 村长的B站主页是：http://space.bilibili.com/40771572 大猫的R语言课堂关注R语言、数据挖掘以及经济金融学。

1.2K2 0

R语言高级数据结构data.table

包的安装我们就不再赘述了（install.packages(“data.table”)）。...首先看下此格式数据的生成： fread 自带的读入数据的函数，可以直接将txt,csv读入并生成相应的data.table格式数据。...as.data.table 将R对象转化为data.table格式的数据，其对象可以为列表，向量，data.frame。...setDT(x) 其直接将R对象转化为data.table数据类型，从而不改变数据地址。...接下来我们看下data.table数据类型的运算，其基础的运算既包含data.frame所有的运算方式，同时又有升级的运算： 1.

2.1K3 0

导出Seurat对象中的单细胞表达矩阵

我们先来安装相关的R包 #安装Seurat包，删掉下面一行#，然后运行 #install.packages("Seurat") #加载Seurat包 library(Seurat) #安装devtools...方法一、使用data.table包里的fwrite函数这里用到了我们前面提到过的☞【R语言】data.table让你的读取速度提升百倍 #方法一、使用data.table包里的fwrite函数 #install.packages...("data.table") library(data.table) #利用system.time记录运行时间 system.time({fwrite(x = as.data.frame(pbmc[["...counts2.csv",as.data.frame(pbmc[["RNA"]]@counts),quote = F)}) 导出所用的时间如下通过比较我们可以发现，两种方法导出的矩阵文件是一样的，但是fwrite...参考资料：【R语言】data.table让你的读取速度提升百倍

14.5K2 0

使用TASSEL学习GWAS笔记：从入门到出家

这里用TASSEL的分析结果，使用R语言进行绘制qq图和曼哈顿图。 3....R语言包安装及载入需要用到： qqman tidyverse data.table 下面代码，会判断是否有这三个包，如果没有，就自动安装。然后载入软件包。 if(!...require(data.table)) install.packages("data.table") if(!...(d1,"y1_result.csv") fwrite(d2,"y2_result.csv") fwrite(d3,"y3_result.csv") 5....require(data.table)) install.packages("data.table") if(!

2101 0

5个例子比较Python Pandas 和R data.table

Python和R是数据科学生态系统中的两种主要语言。它们都提供了丰富的功能选择并且能够加速和改进数据科学工作流程。...在这篇文章中，我们将比较Pandas 和data.table，这两个库是Python和R最长用的数据分析包。我们不会说那个一个更好，我们这里的重点是演示这两个库如何为数据处理提供高效和灵活的方法。...N”可作为data.table中的count函数。默认情况下，这两个库都按升序对结果排序。排序规则在pandas中的ascending参数控制。data.table中使用减号获得降序结果。...对于data.table，我们使用setnames函数。它使用三个参数，分别是表名，要更改的列名和新列名。总结我们比较了pandas和data.table在数据分析操作过程中常见的5个示例。...作者：Soner Yıldırım 原文地址：https://towardsdatascience.com/5-examples-to-compare-python-pandas-and-r-data-table

3.1K3 0

R语言与python对数据框的操作(对比笔记)

这篇主要比较R语言的data.talbe和python的pandas操作数据框的形式，学习两者的异同点，加深理解两者的使用方法。...1. data.table VS pandas 这里使用R语言的data.tablet包和python的pandas进行对比....主要分为三部分: 新建数据库行列选择行列筛选 2. data.table操作数据框 data.table介绍: ?...使用R语言, 通过data.table创建数据框. library(data.table) set.seed(123) DT data.table(V1=c(1,2),V2=c("A","B","...2.3 使用fwrite保存数据 fwrite(DT,"DT.csv") 3. pandas操作数据框读取数据 import pandas as pd df = pd.read_csv("DT.csv

2.9K2 0

使用TASSEL学习GWAS笔记（1-6）完整版

2.2K1 2

使用TASSEL学习GWAS笔记（66）：TASSEL结果可视化：QQ plot，曼哈顿图

1.8K1 0

R语言学习笔记之——数据处理神器data.table

R语言作为专业的统计计算语言，数据处理是其一大特色功能，事实上每一个处理任务在R语言中都有着不止一套解决方案（这通常也是初学者在入门R语言时，感觉内容太多无从下手的原因），当然这些不同方案确实存在着性能和效率的绝大差异...说了这么多，绕了这么大的弯子想干啥呢，没错今天又要给自己升级新技能啦，这次的主角儿是 data.table 一个R语言高性能数据处理包，一个包可以涵盖以上所说的数据处理的大部分内容，而且操作高度抽象化话...不过随着视野的开阔，发现确实有必要深入了解这个高性能包，尽管有点儿颠覆R的传统风格，但是性能和效率的提升可以弥补这一点。...data.table 1、I/O性能： data.table的被推崇的重要原因就是他的IO吞吐性能在R语言诸多包中首屈一指，这里以一个1.6G多的2015年纽约自行车出行数据集为例来检验其性能到底如何，...本篇仅对data.table的基础常用函数做一个整理，如果想要学习期更为灵活高阶的用法，还请异步官方文档。左手用R右手Python系列——数据塑型与长宽转换

3.6K8 0

R shiny出错Check your logs or contact the app

R-Shiny遇到中文问题：Check your logs or contact the app author for clarification....在编写shiny程序时候，往往会出现，本地运行正常，但是Deploy时候会出错。...今天主要介绍deploy出错的问题：fail uploading my shiny app #123 image.png dependencies in this file will not be discovered

5402 0

【R语言】data.table让你的读取速度提升百倍

今天小编给大家安利一个实用的R包data.table, 这个包可以明显的提升大文件的读取速度。下面我们就来做一个实验。...接下来我们分别用传统的read.csv和data.table包里面的fread函数来读取这个超大的文件，然后比较两种方法的读取速度。...# 加载data.table包 library(data.table) # 数据读取性能对比分析 # Create a large .csv file set.seed(100) m <- data.frame...taken by fread to import system.time({m_dt <- fread('m2.csv')}) 我们可以看到传统的read.csv读取该文件所需要的时间为48.84秒，而利用data.table

1.6K3 0

如何获得FPKMRPKM计算需要的基因长度（考虑exon之间的overlap）

使用R语言,输入为基因的GTF文件包的安装依赖data.table, IRanges,rtracklayer install.packages("data.table") if (!...install.packages("BiocManager") BiocManager::install("rtracklayer") BiocManager::install("IRanges") 代码 library(data.table...(Length = sum(ExonLen)),by=Gene] # write out fwrite(Exon_region,file="All_hg19gene_exon.bed", sep =..."\t", col.names = T) fwrite(gene_len, file = "All_hg19gene_len.txt", sep = "\t", col.names = T) ~ 结果文件

3.3K2 0

R语言数据分析利器data.table包 —— 数据框结构处理精讲

版权声明：本文为博主原创文章，转载请注明出处 R语言data.table包是自带包data.frame的升级版，用于数据框格式数据的处理，最大的特点快。...将一个R对象转化为data.table，R可以时矢量，列表，data.frame等，keep.rownames决定是否保留行名或者列表名，默认FALSE,如果TRUE,将行名存在"rn"行中，keep.rownames...比：=还快，通常和循环配合使用至于这个操作究竟有多快，可以看一下(参照官方manual的命令），另外个人觉得最牛的三个函数是set(）,fread,和fwrite fread fread(input...C代码 data.table,TRUE返回data.table，FALSE返回data.frame 实例如下，1.8GB的数据读入94秒，可见读入文件速度非常快， fwrite fwrite(x,...参考文献 data.table包manual：https://cran.r-project.org/web/packages/data.table/data.table.pdf

5.9K2 0

R语言︱数据集分组、筛选(plit – apply – combine模式、dplyr、data.table)

R语言︱数据集分组大型数据集通常是高度结构化的，结构使得我们可以按不同的方式分组，有时候我们需要关注单个组的数据片断，有时需要聚合不同组内的信息，并相互比较。...介绍一种按照日期范围——例如按照周、月、季度或者年——对其进行分组的超简便处理方式：R语言的cut()函数。...data.table包的语法简洁，并且只需一行代码就可以完成很多事情。进一步地，data.table在某些情况下执行效率更高。...（参考来源：R高效数据处理包dplyr和data.table，你选哪个？） ?...在使用data.table时候，需要预先布置一下环境： datadata.table(data) 如果不布置环境，很多内容用不了。

20.9K3 2

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理GSE25097（018）

GEOquery包下载数据remotes::install_github('ScienceAdvances/using')using::using(tidyverse, GEOquery, magrittr, data.table...，在R内下载失败，可通过图片中的方法下载文件，GEOquery::getGEO直接读取本地的文件。...fread(ann_file, skip = skip, nThread = 8) vars data.table...base::intersect(colnames(fdata),pdata$Sample)fdata %% select(all_of(c("Feature",common_samples)))fwrite...:str_glue("{geo_accession}_{gpl}_fdata.csv.gz"))pdata %% dplyr::filter(Sample %in% common_samples)fwrite

1181 0

R语言基因组数据分析可能会用到的data.table函数整理

版权声明：本文为博主原创文章，转载请注明出处 R语言data.table包是自带包data.frame的升级版，用于数据框格式数据的处理，最大的特点快。...C代码 data.table TRUE返回data.table，FALSE返回data.frame 可见1.8GB的数据读入94秒，读入文件速度非常快 fwrite 对数据框数据进行处理后...，需要保存到文件，我们就可以使用fwrite多线程写出，速度特别快 fwrite(x, file = "", append = FALSE, quote = "auto", sep =...",", sep2 = c("","|",""), eol = if (.Platform$OS.type=="windows") "\r\n" else "\n", na = "",...manual: https://cran.r-project.org/web/packages/data.table/data.table.pdf

3.4K1 0

将基因组数据分类并写出文件，python，awk，R data.table速度PK

由于基因组数据过大，想进一步用R语言处理担心系统内存不够，因此想着将文件按染色体拆分，发现python，awk，R 语言都能够非常简单快捷的实现，那么速度是否有差距呢，因此在跑几个50G的大文件之前...最后用R语言data.table包进行处理，data.table是data.frame的高级版，在速度上作了很大的改进，但是和awk和python相比，具有优势吗? 1 #!...chr",x,sep="")) 10 for (chrI in chrLst){ 11 outputfile <- paste(filename,"_",chrI,sep="") 12 fwrite...sep inputfile eg: SplitChr.R '\\t' test.csv","\n") 24 } ? ...总结虽然都是逐行处理，但由上述结果猜测awk内部运行并没有python快，但awk书写一行代码搞定，书写速度快，至于python比data.table慢，猜测原因是R data.table用C语言写

1.1K4 0

点击加载更多

扫码

添加站长进交流群

领取专属 10元无门槛券

手把手带您无忧上云

「R」data.table 包功能特性学习

「R」数据操作（三）：高效的data.table

R海拾遗--data.table初级学习

R语言：data.table语句批量生成变量

R语言高级数据结构data.table

导出Seurat对象中的单细胞表达矩阵

使用TASSEL学习GWAS笔记：从入门到出家

5个例子比较Python Pandas 和R data.table

R语言与python对数据框的操作(对比笔记)

使用TASSEL学习GWAS笔记（1-6）完整版

使用TASSEL学习GWAS笔记（66）：TASSEL结果可视化：QQ plot，曼哈顿图

R语言学习笔记之——数据处理神器data.table

R shiny出错Check your logs or contact the app

【R语言】data.table让你的读取速度提升百倍

如何获得FPKMRPKM计算需要的基因长度（考虑exon之间的overlap）

R语言数据分析利器data.table包 —— 数据框结构处理精讲

R语言︱数据集分组、筛选(plit – apply – combine模式、dplyr、data.table)

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理GSE25097（018）

R语言基因组数据分析可能会用到的data.table函数整理

将基因组数据分类并写出文件，python，awk，R data.table速度PK

扫码

相关资讯

热门标签

活动推荐

运营活动

社区

活动

资源

关于

腾讯云开发者

热门产品

热门推荐

更多推荐