R包安装的方式 之前在学习数据挖掘课程的时候，就按照小洁老师教的方法整理过相应的笔记啦，R包安装与使用 那我们先回顾一下，基本的R包安装方法——配置好镜像，然后按照对应的来源安装需要的R包。...来自CRAN的包 可到CRAN的镜像中查找CRAN.r_project（https://cran.r-project.org/） CRAN_R包 install.packages("ggplot2"...') devtools::install_github('kevinblighe/PCAtools') devtools安装 但是GitHub直接安装的话有时候会报错，往往都是打不开网址。...repo genecell/COSGR@HEAD Error in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet, :...在使用remotes将R包导入Rstudio中 # 括号里填入R包所在的位置 remotes::install_local(".
github装 library(devtools) install_github("qinwf/jiebaR") 但是我总是出现以下问题： Error: Command failed (1) In addition...: Warning message: In utils::download.file("https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/Rtools33.exe"...'https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/Rtools33.exe' Error in utils::download.file("https://cran.rstudio.com.../Local/Temp/RtmpmUlaMY/devtools597c19394370/qinwf-jiebaR-12cb03b" --library="F:/R/R-3.2.2/R-3.2.2/library...ShowDictPath() 2、词包转化方式——cidian包安装 cidian包在github中，所以需要调用devtools，同时需要下载Rtools才能顺利安装，还是挺麻烦的。
相较V1的功能和理论的改进详见文献正文，在代码实现上CytoTRACE v2中拆分为了R版本和Python版本，安装R版本的话无需配置python的环境，使用门槛大幅降低。...tab=readme-ov-file中的方式进行安装 （1）使用devtools::install_github直接安装 devtools::install_github("digitalcytometry.../cytotrace2", subdir = "cytotrace2_r") library(CytoTRACE2) # 出现报错 Using github PAT from envvar GITHUB_TOKEN...Downloading GitHub repo digitalcytometry/cytotrace2@HEAD Error in utils::download.file(url, path, method...注：其他的github包出现类型报错也可以使用上述方式进行解决，一般不需要设置subdir 。
假如将新的单细胞数据集整合到现有数据中，使用这些FCS方法需要重新计算每个细胞的基因集富集分数。这个步骤可能是繁琐且资源密集的。...简单地为多种基因集富集分析方法的结果取共同交集，不仅容易得到少而保守的结果，而且忽略了富集分析方法中很多的其他信息，例如不同基因集的相对富集程度信息。...requireNamespace("irGSEA", quietly = TRUE)) { devtools::install_github("chuiqin/irGSEA", force =.../msigdb_v2023.2.Hs.db.zip" download.file(zip_url, local_zip_path) unzip(local_zip_path, exdir = "./").../msigdb.v2023.2.Hs.symbols.gmt" download.file(gmt_url , local_gmt) msigdb <- clusterProfiler::read.gmt
分类效果 Garnett是一种有监督的分类方法，其准确性和人工定义的marker基因信息密切相关。...作者构建了几个分类器并测试了分类准确性，其中PBMC的结果最好：使用扩展分类方法，可以正确识别94%的细胞，剩下的2%分类错误，还有4%的细胞garnett无法识别。...', 'org.Mm.eg.db')) ## 最后安装garnett devtools::install_github("cole-trapnell-lab/garnett", ref="monocle3...", destfile = "pbmc.h5") download.file(url="https://cole-trapnell-lab.github.io/garnett.../classifiers/hsPBMC_20191017.RDS", destfile = "hsPBMC.rds") download.file(url="https://
require("R.utils", quietly = TRUE)) install.packages("R.utils") # # devtools::install_github("jrs95...::install_github("mrcieu/gwasglue") #needed for getting coloc data from opengwas # devtools::install_github...("jrs95/gassocplot") # devtools::install_github('bar-woolf/MRSamePopTest') # devtools::install_github...("bar-woolf/TwoStepCisMR") # devtools::install_github("slowkow/ggrepel") rm(list = ls()) # 加载包 -----...) 这里包括了将近4000个trait，所以我用了循环 options(ieugwasr_api = 'gwas-api.mrcieu.ac.uk/') # 如果出现以下报错： # (Error in
---- 1、安装到全局环境中 这里的全局环境是指R的默认包路径（在R中通过.Library查看），与之相反的是后文中使用renv所创建的隔离环境。...require("devtools", quietly = TRUE)) { install.packages("devtools") } devtools::install_github("zhanghao-njmu.../SCP") 手动安装: 用各种方式下载好R包，比如在R中可以运行命令： download.file("https://github.com/zhanghao-njmu/SCP/archive/refs...简单来说，就是”当前的R session中已经载入了一个旧的包，需要将其升级”。 一般情况下按照提示install.packages('xxx')就可以了，但是很多人可能发现问题依然会出现。...也会有很多人发现一些蹊跷的地方，比如： 自己根本没有加载过这个当事”包” 当事”包”版本明明已经符合，但是仍然报错 实际上，这个问题常出现在Rstudio中。
“mydir”)，则输入install.packages("stepNorm", contriburl="R包网页路径", lib="R包安装目录") 这种方法可能会出现安装错误，那么可以用 方法2 2...中也会经常遇到R包安装错误的提示。...以Rstudio中的安装错误为例，给大家做一个本地安装示例。 最近安装tidyverse包遇到过类似的问题： 包找不到啦！ 校验包的大小与下载的包大小不一样！...CRAN，如Github存放一些R包，所以偶尔也会遇到安装github上的R包 install.packages("devtools")library(devtools)install_github("...Github上的R包路径") 2.更新R包列表（Rstudio） 这里仅说明Rstudio中的一键更新功能。
spatstat升级了，这是一个分析空间数据的R包，在Seurat中是分析空间转录组数据的支持包，对应的主要函数是Seurat::RunMarkVario()。...不推荐，这种方法是不在命名空间文件中出现spatstat，因为目前我还没有空间数据，我不用它为什么要加载它呢？当然，这要求懂一些R包构建的基本知识，不然，不知道修改哪里呀。...()和devtools::install_github()都是从source, bundled, binary这些states转成 installed states，而library()则是使installed...install.packages()是从CRAN标准库安装，devtools::install_github()是从菜市场安装。买来之后，library()就是拿出来读了，想读哪本书，就拿哪一本。...所以，在安装R包之前要知道这个包在那个仓库放着的，百度R包名字即可。 R包的基本形态有以下几种： ? 这些都对应一个文件，可以在.libPath()输出的路径下查看。
： install.packages('devtools') devtools::install_github("lchiffon/wordcloud2") 这里我是下载不了，出现以下的报错： Downloading...R-3.3.0中一个叫jsonlite的包，删除并重新安装之后。...直接devtools::install_github("lchiffon/wordcloud2")就可以顺利安装成功了。 问题的关键可能是：jsonlite这个包以及curl中的一些设置。...install.packages('devtools') devtools::install_github("lchiffon/wordcloud2") 1、自定义图片代码 batman = system.file...("examples/batman.png",package = "wordcloud2") ###读取形状图片，注意图片默认放在wordclou2的sample包中，浩彬老撕的路径如下："d:/Program
目标url -l,--url-list=FILE 目标url文件路径 --stdin 从标准输入中指定...url --cidr 目标网段 --raw=File 从文件中读取request报文,通过-schema指定策略(如--schema.../okta.com/*') --minimal 最小响应报文长度 --maximal 最大响应报文长度 请求相关设置 -m,--http-method HTTP请求方法...出现错误时退出 --debug Debug模式 通用设置 --version 显示dirsearch的版本 -h --help 帮助提示 -r,--recursive...html,js -u https://target 采用指定路径的wordlist且拓展名为php,html,js的字典扫描目标url python3 dirsearch.py -e php,html
RStudio中） devtools::install_github('chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder') 依赖包 Seurat (>= 2.0) Matrix (1.2.14...require(devtools)){ install.packages("devtools") # If not already installed } devtools::install_github...('EDePasquale/DoubletDecon') 依赖包 DeconRNASeq gplots dplyr MCL clusterProfiler mygene tidyr R.utils foreach...", "hopach", "mygene", "tidyr", "R.utils", "foreach", "doParallel", "stringr")) install.packages("MCL...4.DoubletDetection DoubletDetection是一个Python3包，用于检测单细胞RNA-seq计数矩阵中的doublets（技术错误）。
-q选项用来表示zip命令安静地工作。-r选项表示zip命令对目录递归地工作，即它包括子目录以及子目录中的文件。...你可以在DOS中运行它，检验是否正确。 zip命令有一些选项和参数。-q选项用来表示zip命令安静地工作。-r选项表示zip命令对目录递归地工作，即它包括子目录以及子目录中的文件。...最后，我们使用os.system函数 运行 命令，利用这个函数就好像在 系统 中运行命令一样。即在shell中运行命令——如果命令成功运行，它返回0，否则它返回错误号。...-q选项用来表示zip命令安静地工作。-r选项表示zip命令对目录递归地工作，即它包括子目录以及子目录中的文件。...-q选项用来表示zip命令安静地工作。-r选项表示zip命令对目录递归地工作，即它包括子目录以及子目录中的文件。
由于是为了下载R包，因此重点关注R包主页中的Downloads那里，里面共有四个选项： Package sorce: 是R包的源码文件，需要编译安装； Windows binaries: 二进制R包，已经是经过编译的...R包，也是最好安装的R包，不像R包的源码安装往往会出现编译错误； macOS binaries: 同上，mac平台的二进制R包； Old sources: 旧版本R包的源码。...R中安装R包的函数是install.packages函数，一般使用都是install.packages('包名')，比如安装ROCR包就是install.packages('ROCR')。...，可以添加参数type='source'，也就是说从url或者本地安装一个R源码包的最稳健形式是： install.packages("R包url/R包文件路径/解压后的R包文件夹路径", repos...但是更方便的方式是调用devtools包的函数devtools::install_github安装即可。
该工具采用了直观的图形表示，使用户能够直观地了解样本中各种细胞类型的比例分布情况。...", "glue", "readr", "RColorBrewer", "R.utils", "Seurat")newPkg = reqPkg[!...(reqPkg %in% installed.packages()[,"Package"])]if(length(newPkg)){install.packages(newPkg)}devtools...::install_github("SGDDNB/ShinyCell") 2 读入制备好的rds数据并导出为shinycell对象 #2读入数据并导出为shinycell对象--------library...shinyApp文件夹 3 进入shinyApp文件夹，点击ui.R文件，就可以运行 4.运行结果如下 在这个界面，你就可以进行可视化分析了，这里r包提供了7中可视化的方法 还等什么，快行动吧~
enrichplot一直在开发中，会不断有新的功能出现。这次小编便以开发者的身份对它的新功能以及部分隐藏功能做个介绍。...准备工作 enrichplot是发布在Bioconductor上的，师妹在上篇文章中已经介绍了它的安装方法enrichplot—简而美的富集结果可视化！： if (!...requireNamespace("devtools", quietly = TRUE)) install.packages("devtools") devtools::install_github...("YuLab-SMU/enrichplot") devtools::install_github("YuLab-SMU/clusterProfiler") devtools::install_github...如果大家跑这段代码发现参数错误，那可能是我们更新了参数，或者大家的R包版本太老了的缘故。只要在R中输入"?cnetplot"查看一下你们电脑里相应版本的文档即可。
首先是安装 devtools::install_github("sqjin/CellChat") 可能会出现安装失败的情况，需满足：NMF包 (>= 0.23.0)、circlize包 (>= 0.4.12...install.packages('NMF') devtools::install_github("jokergoo/circlize") devtools::install_github("jokergoo...1：数据输入及预处理 load(url("https://ndownloader.figshare.com/files/25950872")) # 官方提供了一个单细胞数据集，包括对照组和疾病组 data.input...CellChatDB <- CellChatDB.human # 包括人和老鼠的，这里我们用human showDatabaseCategory(CellChatDB)###作者提供了可视化的代码，可以看到该数据库中“...3.它将社会网络分析、模式识别和多种学习方法相结合，采用一种综合的方法对推断的细胞-细胞通信网络进行定量表征和比较。 未完待续.....
zip 压缩方法： 压缩当前的文件夹 zip -r ...../* -r表示递归 zip [参数] [打包后的文件名] [打包的目录路径] 解压 unzip xahot.zip 不解释 linux zip命令的基本用法是： linux zip命令参数列表：....以下给出压缩相对路径目录 比如目前在Bliux这个目录下,执行以下操作可以达到以上同样的效果. zip –q –r xahot.zip xahot 比如现在我的xahot目录下,我操作的zip压缩命令是...zip –q –r xahot.zip * 以上是在安静模式下进行的，而且包含系统文件和隐含文件 //////////////////////////////////////////////////...-C 压缩文件中的文件名称区分大小写。 -j 不处理压缩文件中原有的目录路径。 -L 将压缩文件中的全部文件名改为小写。 -M 将输出结果送到more程序处理。
语料爬取 寻找链接 之前在《无问西东》豆瓣短评分析一文中已对豆瓣短评的url做了研究，此处不再赘述。...标签中。 ? 代码实现 R语言中，有两种进行数据获取的方式。一种是RCurl包+XML包，过程与python中的urllib与bs4相似，先读取网页代码再对html代码进行解析。...用wordcloud2绘制词云的方法在十九大讲话文本分析（R语言）中也有介绍，本次我们用自定义图片的方式设置词云形状，即设置figPath参数，注意，图片需要存放在wordcloud2中默认的文件夹下，...否则应写完整的图片路径。...下载wordcloud2包时，可以从github下载，方法如下：devtools::install_github("lchiffon/wordcloud2")，直接从cran下载的，自定义图片运行后无法出来词云效果
官方网站CRAN网站-安装方式install.packages("包名")生物R包网站Bioconductor-安装方式BiocManager::install("包名")Github-安装方式devtools...::install_github("作者用户名/包名")不知道R包在哪里怎么办？...-day4的R脚本中清华镜像CRAN清华镜像bioconductor清华镜像中科大镜像CRAN中科大镜像bioconductor中科大镜像R包安装和使用逻辑安装-加载-使用包里的函数已经安装的包可以用:...require(qlcMatrix))devtools::install_github("cysouw/qlcMatrix")安装过时包方法：ad = "https://cran.r-project.org...require(qlcMatrix))install.packages(ad,repos = NULL)疑问package not available包名写错命令行错误可能R语言版本不适配（极少）包过时被剔除
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