除了成功构建和安装之外，上传软件包的要求很少，因此文档和支持文件通常都很少，并且弄清楚如何使用这些软件包本身就是一个挑战。...CRAN是R将搜索以查找要安装的软件包的默认存储库： install.packages("devtools") require("devtools") ?...可以使用上面安装的“devtools”软件包直接从github下载和安装R软件包。...5.1.3 Bioconductor Bioconductor是专门用于生物分析的R包装库。它对上传有最严格的要求，包括在每个平台上安装，以及完整的文档和一个教程（称为插图），解释如何使用包。...从“RUN Rscript -e”install.packages（'devtools'）“”开始，在命令行上运行每个命令（减去“RUN”）或启动R会话并运行引号内的每个命令。
requireNamespace("devtools")) install.packages('devtools') devtools::install_github('rstudio/rmarkdown...R配套软件包tinytex可以帮助你在将LaTeX或R Markdown文档编译为PDF时自动安装缺少的LaTeX软件包，并确保将LaTeX文档编译正确的次数以解决所有交叉引用。...编译后得到的结果，这是他模板原始的样子，如果想调整页面行间距，字体颜色等，请见下次推文（公众号：庄闪闪的R语言手册），我将会把这些小细节进行汇总。 ?...欢迎关注我的\textcolor{red}{公众号}：\textcolor{blue}{庄闪闪的R语言手册}。 ?...如果输出文档具有固定的页面宽度(例如，PDF文档)，则文本输出可能会超过页面的页边距。 R全局选项宽度可用于控制R函数输出的文本宽度，如果默认值太大，则可以尝试使用较小的值。
man/： R函数手册目录，包含了包中定义函数的手册。 vignettes/： R项目目录，包含了本项目的使用指导。 tests/： R函数测试目录，包含了包中定义函数的测试及包功能的测试。...在R/中编写对应功能的R文件 编写好R文件后，生成R文档。 在tests/中编写R文件的测试文件。 在vignettes/中编写项目的说明文档。 生成R包与发布。...R文档 对于每个R函数，需要编写R文档，包含R函数的功能、调用、使用方法等。...编写完成后，执行devtools::document()即可生成文档，生成的文档在\man目录下，此例中生成了hello_country.Rd文件。 重新建立包，执行?...生成文档的方法如下： devtools::use_vignette("hello-tutorial") 生成文档后，使用rmarkdown的语法进行编写如下： --- title: "Hello_Tutorial
这篇笔记就作为平时查看的手册。 以下操作基于 Ubuntu 。 帮助指令 1. man 用法：man + 参数 查看相关命令、相关文件等的使用手册。...Ctrl+f 上一页，Ctrl+b 下一页，Ctrl+Home 第一页，Ctrl+End 最后一页，q 退出回到终端 输入 man man 查找 man 命令本身的使用手册： image.png 可以看到数字代表相关类型的帮助所在的章节...如果不知道指的是什么，就用 man -a xxx，这样就默认在所有章节的手册中查找相关帮助。.../boot：存放 Linux 核心与启动和关闭系统有关的文档。 /mnt：其他文件系统的挂载点。 /var：系统预先设置的工作目录，如各种服务的日志文件和收发的邮件等。...内核的源代码，编译内核时必须用到 /usr/share：Linux 的说明文档 /usr/include：Linux 下编程需要的头文件 2.
退出R，并使用以下q()函数返回腾讯CVM ： q(save = "no") 第3步 - 从CRAN安装R软件包 现在你的CVM上安装了R，CVM上的任何用户都可以使用R。...R并运行install.packages()命令，该shiny软件包可供CVM上的所有用户使用。...现在退出R. q(save = "no") 第4步 - 安装devtools包 虽然许多R软件包托管在CRAN上并且可以使用内置install.packages()函数进行安装，但是有更多软件包托管在GitHub...第5步 - 从GitHub安装R包 现在我们已经安装devtools了，我们可以使用该install_github()函数安装GitHub上的任何R包。...我们还了解了从GitHub和CRAN安装R软件包之间的区别，以及如何确保这些软件包可供CVM上的所有用户使用。 更多Ubuntu教程请前往腾讯云+社区学习更多知识。
接下来，Rstudio中安装rmarkdown软件包，可以通过下面任意一种方式： # Install from CRAN install.packages('rmarkdown') # Or if you...requireNamespace("devtools")) install.packages('devtools') devtools::install_github('rstudio/rmarkdown...R配套软件包tinytex可以帮助你在将LaTeX或R Markdown文档编译为PDF时自动安装缺少的LaTeX软件包，并确保将LaTeX文档编译正确的次数以解决所有交叉引用。...这对撰写数据分析报告带来了极大的便利。Rmd文件中除了R代码段以外， 还可以插入Rcpp、Python、Julia、SQL等许多编程语言的代码段， 常用编程语言还可以与R代码段进行信息交换。...演示的Rstudio版本为4.0.3 参考资料 [1] R: https://www.r-project.org [2] RStudio IDE: https://www.rstudio.com [
GAPIT是一款非常老的而且非常流行的软件包，傻瓜式操作，一键出图出结果，一篮子的解决方案，是我最经常使用的GWAS分析软件包。...最近，GAPIT现在的版本是GAPIT3，速度比第二版有较大的提升： 更大的变化，终于有GAPIT这个软件包了，可以用library载入进去，而且安装方式可以用github安装，更符合R-style。...::install_github("jiabowang/GAPIT3",force=TRUE) library(GAPIT) 安装完成： 发现了一个官方文档的bug： 这里应该是librfary(GAPIT...安装后的软件包： 3....Linux安装 安装代码不变： devtools::install_github("jiabowang/GAPIT3",force=TRUE) library(GAPIT) 安装成功后的截图： 安装后的系统查看
这里汇总的信息和视频解读推荐每个想要进阶和学习 R 包开发的读者看一看，是我两年开发经验的一个总结。...R 包的开发目前是前所未有的简单，但大部分 R 用户不了解，无从下手，希望这篇文章可以为大家减少一些拦路虎（下方有二维码可以直达视频）。...内容： 开发工具 RStudio usethis (devtools may be helpful) - usethis 是目前的开发核心包，里面有特别多的工具函数，自己开发时多看一看、试一试效果。...roxygen2 - 使用 RMarkdown 语法 testthat https://github.com/mikldk/roxytest 包使用说明/手册/网站 usethis::use_badge...总结一下要点： 掌握 R 包结构 掌握 usethis 、devtools包 编写简约有效的函数代码 处理好 devtools::check() 显示的 NOTE/WARNING/ERROR 逐步学习写示例
一、如何选择合适的 R 包 1.1通过 R TaskView 查找需要的软件包，根据大类查找。...1.3bioconductor 项目 Bioconductor 是建立在 R 语言环境上的，用于生物信息数据的注释、处理、分析及可视化工具包的总集，由一系列 R 扩展包组成。...2.4 安装 github 网站的 R 包 # 安装 devtools install.packages("devtools") library(devtools) #github 在线安装 install_github...R 包的帮助文档，查看帮助文档可以快速了解一些函数的用法。...6.2 获取名字重新安装 获取要迁移的 R 包名字列表，在一台设备上使用循环逐个安装。但是该方法无法处理Bioconductor 或者 github 上安装的包。
目录： 判断式安装 向量保存包名再安装 安装包技巧 还是使用我的R 包 R studio 修改镜像 如果你是通过R studio 使用R，是可以直接通过偏好中的设置去修改镜像： R 默认提供了非常多的镜像来源...使用R 包 比如我的R 包，你可以在主界面了解详细信息：https://github.com/mugpeng/pengToolkit (也可以点击原文链接) # install devtools install.packages...上的软件包 if (!...", #处理salmon表达量的扩展包 "FactoMineR","factoextra", #PCA分析软件 "limma","edgeR","DESeq2", #差异分析的三个软件包 "...，或者这个包需要通过源文件安装，或是在github 上，需要使用devtools 安装。
作为工程经验的总结，这个文档也包含了时序收敛的方法。在这个文档的基础上，Xilinx最近又发布了一篇新文档ug1292（可直接在Xilinx官网搜索下载）。...这个文档把ug949中时序收敛的相关内容单独提取出来，更系统、更直观地介绍了时序收敛的方法。ug1292可以视为时序收敛的一个快速参考手册，而ug949可以当作“字典“，用于查找更为具体的信息。...ug1292 时序收敛快速参考手册 这个手册只有十页内容，每一页都有流程图或表格，因此具有很强的可操作性。这十页内容如下表格所示。可以看到，该手册几乎涵盖了所有解决时序违例的基本方法。 ?...就时序收敛而言，在定义设计规格时就要有所考虑；写代码时要从代码风格角度考虑对时序的影响；综合之后就要查看时序报告，检查设计潜在问题。这也是ug1292为什么把初始设计检查放在第一页的主要原因。...更为关键的是充分理解第二页内容：时序收敛基线流程。 在设计综合之后，就开始按照手册第一页流程对设计进行初始检查。当检查都过关之后，才可以进行下一页的操作。
R版本要求： R >= 4.1.0 Python版本要求： Python 3.7-3.9 注意，实际上Python版本并不重要，因为无需手动配置python环境，使用SCP中的PrepareEnv函数会自动下载安装所需版本的...conda、python以及软件包。...require("devtools", quietly = TRUE)) { install.packages("devtools") } devtools::install_github("zhanghao-njmu...环境和软件包 conda = NULL会重新下载安装miniconda，此时也会删除已存在的python环境并重装 PrepareEnv函数的过程大致是： 寻找环境中可用的conda, 用户也可以手动设置...modified. renv::restore(project = "~/SCP_env") 关于隔离环境的详细使用说明，请参考renv的文档：https://rstudio.github.io/renv
第2步 - 安装devtools包 通过devtools，我们将能够直接从GitHub，BitBucket，本地文件安装和构建软件包，并从CRAN安装特定版本。...为了使devtools在系统范围内可用，我们将以root身份输入R的shell： sudo -i R 从监视器内部，我们将使用该install.packages() 功能devtools从官方的Comprehensive...我们还将设置launch.browser为FALSE不会尝试在远程服务器上启动浏览器。...注意：我们还可以从描述文件的系统命令行中找到有关软件包版本的更多信息。...cat /usr/local/lib/R/site-library/shiny/DESCRIPTION 结论 在本教程中，我们直接从GitHub安装了最新的Shiny软件包，并学习了如何从CRAN重新安装其稳定版本
欢迎关注”生信修炼手册”! kallisto等alignment-free转录本定量软件，会给出TPM值的定量结果。基于这种类型的结果进行差异分析时，有两种策略可以选择。...这个包的源代码存放在github上，链接如下 https://github.com/pachterlab/sleuth github上的R包其安装方式比较特殊, 具体过程如下 source("http:...//bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("rhdf5") library(devtools) install_github("pachterlab/sleuth...") 首先从Bioconductor上安装依赖的rhdf5包，因为kallisto的定量结果为HDF5格式，这个R包用来读取数据，然后采用devtools这个R包，自动从github的源代码进行安装。...，更多的用法请参考官方文档。
image-20200923215146498 RMarkdown 效果 R 包文档（knitr 和 rmarkdown）： ?...**这里主要为初学者提供比较有参考价值的资料： RMarkdown 参考手册[7]，这里单纯的 Markdown 语法关注第一页，后续则被 RMarkdown 和其引擎 knitr 所拓展，镜像：https...关于 RMarkdown knitr 相关设置，yihui 的文档网站有比较好的解释：https://yihui.org/knitr/。...另外有时候文章代码需要格式化，推荐下面两个 R 包 formatR[13] styler[14] 注意，在使用 RMarkdown 时，使用 RStudio 提供的 knit 按钮是非必须的，我们可以直接通过...blogdown: https://bookdown.org/yihui/blogdown/ [6] bookdown: https://bookdown.org/ [7] RMarkdown 参考手册
方案 如果你正在使用支持 R 的图形界面软件，应该存在通过菜单栏方式安装 R 包的选项（例如，常用的 Rstudio 中，可以点击菜单栏 Tools 中的 Install Packages… 进行 R...如果想要将所有已安装的软件包更新为可用的最新版本，使用以下命令： update.packages() 如果你在 Linux 系统上使用 R ，管理员可能已经在系统上安装了一些 R 包，由于普通用户没有更改权限...命令 描述 installed.packages 返回一个矩阵，包含所有已安装的包信息 available.packages 返回一个矩阵，包含资源库上所有可用的R包 old.packages 返回一个矩阵...R 包 R CMD INSTALL aplpack_1.1.1.tgz # 安装aplpack包 从其他资源库安装 R 包 devtools 包提供了从其他流行的 Git 资源库或其他 URL 上安装...例如，我们想安装开发版本的 ggplot2 包，可以使用下面命令： # 如果没有安装devtools，需要先安装 install.packages("devtools") library(devtools
R包安装的方式 之前在学习数据挖掘课程的时候，就按照小洁老师教的方法整理过相应的笔记啦，R包安装与使用 那我们先回顾一下，基本的R包安装方法——配置好镜像，然后按照对应的来源安装需要的R包。...来自github的包 有些软件包会放在Github上，版本可能更新的比较及时，因为上传到Bioconductor需要审核 我们下载的时候用Bing搜索相应的R包的名字，然后跳转到Github上面找到下载的方法...Github上R包 如果是github上的包，可以采用输入作者名以及R包名字之后使用命令进行安装 安装Github上的包 #使用devtools安装 install.packages('devtools...') devtools::install_github('kevinblighe/PCAtools') devtools安装 但是GitHub直接安装的话有时候会报错，往往都是打不开网址。...() #查看已安装的R包 search() #查看已载入的R包 查看已经安装的R包 查看已经载入的R包 R包安装成功的唯一标准：library()没有error——小洁老师
CRAN 的免费 R 语言入门手册（https://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.pdf）。...plot” 命令会提供绘图功能的文档。 R 语言强调文档的重要性。...前面提到的 Rdocumentation（http://www.rdocumentation.org/） 就是一个不错的网站，可以查看不同软件包和功能的不同文档。...如果大量数据明确任务，检查极速 data.table 软件包（请参阅此语法手册帮助）更有意义。 安装 lubridate 包时，运用时间和日期会更加容易些。...其在学术和商业上受青睐的程度正在急速攀升，由此 R 的新功能和新工具软件包也在随之增加。
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