R ggplot热图手动装箱和选择中间箱颜色 - 腾讯云开发者社区

之前有人在公众号留言问文章开头这幅图如何实现，下面的B图是折线图加柱形图，相对比较容易实现，上面的A图稍微有点复杂，我想到的办法是拼图，图A可以看成三个热图，然后加一个堆积柱形图，最后将四个图组合到一起...最初的想法是左侧的颜色条用堆积柱形图来实现，又看了一遍Y叔公众号关于aplot这个包的推文，发现他是用geom_tile()函数实现的，仔细想想还是geom_tile()函数实现起来比较方便。...如何画这个热图昨天的推文已经介绍过了，点击下方蓝色字可以直达昨天的推文 R语言ggplot2画带有空白格的热图简单小例子接下来是准备分组颜色条的数据下面是画这个颜色条 df2<-read.csv...legend.title = element_blank())+ scale_fill_manual(values = c("green","blue","red")) 将分组颜色条和热图拼接到一起...用代码如何实现我暂时还不知道，出图以后手动编辑吧！

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R语言ggplot2漂亮的热图和配色简单小例子

偶然间在github 上发现的这个链接，示例数据和代码都有，很好的R语言学习素材链接是 https://github.com/blmoore/blogR ，主要内容有 image.png 光看这个可能有些枯燥...大家感兴趣的话可以自己研究研究我们直接运行画图代码加载ggplot2 library(ggplot2) 最基本的热图 ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c...)) + geom_tile() image.png 调整热图方块的一些内容 ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c)) + geom_tile(colour...="white", #linewidth=2, width=.9, height=.9) image.png 这里原来热图对应的小单元格高和宽是都可以调整的...调整热图的颜色和图例 ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c)) + geom_tile(colour="white", #linewidth

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跟着Nature学作图：R语言ggplot2箱线图和堆积柱形图完整示例

https://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9#MOESM8 s41586-022-04808-9.pdf 没有找到论文里的作图的代码，但是找到了部分做图数据...，我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图今天的推文重复一下论文中的 Extended Data Fig. 4箱线图和堆积柱形图 image.png Extended Data Fig. 4a...,"Indels","SVs", "SNPs+Indels","SNPs+Indels+SVs"))+ labs(x=NULL,y=TeX(r"...("#c0d5e5","#edd2c4"), labels=c("SL5.0-332","TGG1.1-332"))+ labs(x=NULL,y=TeX(r"...legend.direction = "horizontal")+p3)+ plot_annotation(tag_levels = "a") image.png 示例数据和代码可以自己到论文中获取

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R语言ggplot2：单元格为方块的热图简单小例子-2

昨天公众号后台有人留言作图，示例图如下 image.png 我选择使用R语言的ggplot2来实现，这个是箱线图和热图的拼接，右侧的热图可以借助geom_point()函数实现，将点的形状改为正方块，数值按照正负来映射颜色...继续昨天推文的内容 R语言ggplot2绘图单元格为方块的热图—1—调整图例的位置（点击蓝色字体直达昨天的推文）今天的推文记录一下如何实现这个热图首先构造一份数据集 set.seed("20200407...) ggplot(data=df2,aes(x=Sample,y=variable))+ geom_point(aes(size=abs(value_1), color...scale_y_discrete(position = "right")+ labs(x=NULL,y=NULL) image.png 这里遇到的问题是如何让图例想推文开头的图片一样：一个图例就能够既反映大小又有颜色呢...暂时不知道了，手动编辑吧，可能得费一些时间 image.png 这样手动调整还挺费时间的，今天就先到这里了，好好想想有没有用代码实现的办法，欢迎大家留言讨论呀!

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scRNA分析|使用AddModuleScore 和 AUcell进行基因集打分，可视化

list ，这里使用msigdbr包选择的通路为例 # 手动输入基因向量，并转为list形式 WNT_features <- list(c( "gene1","gene2","gene3","gene4...4.1 seurat的绘图函数和其他信息一样，直接使用seurat的一些函数绘制小提琴图，点图，feature 图等等。...使用ggplot2 绘制umap点图，将基因集评分映射到umap图中。...ggplot2 绘制umap图，坐标位置，颜色，大小还不是你说了算 4.4 绘制热图如果展示多条通路的话，可以使用热图的方式 library(pheatmap) aucMat R统计，ggplot2绘图，生信图形可视化汇总）

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R语言绘图之ggplot2

那么今天我们就为大家介绍一下目前在R语言中流行的绘图包ggplot2。 1. ggplot2的安装：install.packages("ggplot2")。...ggplot图的元素可以主要可以概括如下：最大的是plot（指整张图，包括background和title），其次是axis（包括stick，text，title和stick）、legend（包括backgroud...，由斜率和截距指定 geom_area 面积图（即连续的条形图） geom_bar 条形图 geom_bin2d 二维封箱的热图 geom_blank 空的几何对象，什么也不画 geom_boxplot...箱线图 geom_contour 等高线图 geom_crossbar crossbar图（类似于箱线图，但没有触须和极值点） geom_density 密度图 geom_density2d 二维密度图...，用竖直线来表示 geom_path 几何路径，由一组点按顺序连接 geom_point 点 geom_pointrange 一条垂直线，线的中间有一个点（与Crossbar图和箱线图相关，可以用来表示线的范围

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R语言之 ggplot 2 和其他图形

1.初识 ggplot2 包 ggplot2 包提供了一套基于图层语法的绘图系统，它弥补了 R 基础绘图系统里的函数缺乏一致性的缺点，将 R 的绘图功能提升到了一个全新的境界。...例如，在上图中，我们将变量 am 映射到颜色，但具体使用哪种颜色是 ggplot2 自动选择的。如果想自己设定颜色，就需要使用标度（scale）函数了。...ggplot2 中有种类繁多的以 scale 开头的标度函数，可用于控制图形的颜色、点的大小和形状等。例如，我们可以用下面的标度函数手动设置需要的颜色，结果如下图所示。...除了直方图和密度曲线图，箱线图也经常用于展示数值型变量的分布，尤其多用于各组之间分布的比较。...3.3 热图热图（heatmap）是将一个矩阵中的元素数值用不同颜色表达，并对矩阵的行或列进行层次聚类的一种颜色图。通过热图，我们不仅可以直接观察矩阵中的数值分布状况，还可以知道聚类的结果。

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ggplot2|从0开始绘制箱线图

继续“一图胜千言”系列，箱线图通过绘制观测数据的五数总括，即最小值、下四分位数、中位数、上四分位数以及最大值，描述了变量值的分布情况。...箱线图能够显示出离群点（outlier），通过箱线图能够很容易识别出数据中的异常值。 ? 本文利用R语言的ggplot2包，从头带您绘制各式各样的箱线图。...4）添加最大值和最小值的两条须线 ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + stat_boxplot(geom = "errorbar",width=0.15...2)更改箱子填充颜色 fill 填充色； color 箱线的外框颜色 #单组设置颜色 ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + geom_boxplot(fill...三图例，标题设置 1）设置legeng Legend是对箱线图的解释性描述，默认的位置是在画布的右侧中间位置，可以通过theme()函数修改Legend的位置 p + theme(legend.position

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生信马拉松 Day6

今天的主要内容是绘图，包含ggplot2、ggpurb和patchwork开头一个小tips：在运行R project时，界面上最好每次只有一个脚本，否则不同脚本之间流程、变量容易混乱1.强悍的ggplot2library...y = Petal.Length))注意：ggplot2的特殊语法：列名不带引号，画同一个图片的两个函数之间用“+”连接1.属性设置（颜色、大小、透明度、点的形状，线型等）方法1：手动设置，注意需要把实际参数设置为有意义的值颜色...，代表根据这一列的内容分配颜色，不加引号2.手动设置颜色是geom_xxx()的参数，只能是颜色有关的字符串，且需要加引号如何自行指定映射的具体颜色ggplot(data = iris)+ geom_point...写作图代码，注意基础包画图，不同的函数连接不需要加“+”3.dev.off()方法3：eoffice包可以导出为ppt格式，打开相应的ppt时可右键取消组合，就可以对各个元素进行修改注意：1.超多点的图或超多行列的热图不适用...()，到null device，或报错（说明画板已经关上）2.采用dev.new()新建画板，抛弃原来的画板3.重启R studio总之到重新运行代码能出图今日宝藏R package分享1.好看的配色R

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R语言ggplot2绘图单元格为方块的热图—1—调整图例的位置

今天公众号后台有人留言作图，示例图如下 ?...image.png 我选择使用R语言的ggplot2来实现，这个是箱线图和热图的拼接，右侧的热图可以借助geom_point()函数实现，将点的形状改为正方块，数值按照正负来映射颜色，按照一定的数值来映射大小...image.png 正常做一个柱形图 library(ggplot2) ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes(fill=x)) ?...image.png 拉大图例与主图的距离使用theme()函数中的legend.box.margin参数来调节 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes...image.png 还有另外两个知识点是调节图例的标题和图例的距离以及图例的文本和图例的距离分别需要用到legend.spacing.y和legend.spacing.x参数 ggplot(data=

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开发 | 用数据说话，R语言有哪七种可视化应用？

R语言提供了一系列的已有函数和可调用的库，通过建立可视化的方式进行数据的呈现。在使用技术的方式实现可视化之前，我们可以先和AI科技评论一起看看如何选择正确的图表类型。...针对如何选择最适宜的图表，Dr.Andrew Abela 提供了一个很好的方法示意图：在使用图表分析的时候，常用的有7种图表： 1. 散点图 2. 直方图 3. 柱状图和条形图 4. 箱线图 5....在我们的案例中，如果我们想要找出每个折扣店每个商品销售的价格的情况，包括最低价，最高价和中间价，箱线图就大有用处。除此之外，箱线图还可以提供非正常价格商品销售的情况，如下图所示。...离值群的检测和剔除是数据挖掘中很重要的环节。下面是一个简单的画箱线图的例子，使用的是R中的ggplot()和geom_boxplot函数。...热点图使用场景：热点图用颜色的强度（密度）来显示二维图像中的两个或多个变量之间的关系。可对图表中三个部分的进行信息挖掘，两个坐标和图像颜色深度。

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数据可视化的在线、本地简易制作

一、在线制图——ImageGP 这是由生信宝典团队开发的在线绘图工具，包括多种形式的热图、线图、柱状图、箱线图、泡泡图、韦恩图、进化树、火山图、生存分析等，这些都是基于R代码或简便封装的R脚本，简单，...此外，出图后，可继续调整参数，以满足需要。 ? 鉴于篇幅有限，可制作的图较多，但制作方法都比较简便，故读者们可以结合自身对图的了解，以及网站给出的Demo数据和设置，可以慢慢探索和研究。...专业图表风格的转换使用Excel绘制图表后，选择“背景风格”中的项目“R ggplot2”、“Python Seaborn”、“Matlab 2014”等图表风格，自动实现图表背景风格的设定与转换，即把...适宜配色的转换使用Excel绘制图表后，选择“颜色主题”中的项目“R ggplot2 Set1”、“Python seaborn hsul”等颜色主题，可以实现R、Python颜色主题的自动转换；...Excel辅助工具的使用 “辅助工具”包括颜色拾取、数据小偷、色轮参考、图表保存、截图等功能，尤其是“数据小偷”可以通过读入现有的柱形图或曲线图，自动或手动的方法，读取并获得图表的原始数据。

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十一、画图（ggplot2、ggpubr）及图片保存

手动设置：把图形设置为一个或n个颜色，与数据内容无关。 Q1 ：能不能自行指定映射的具体颜色？想要自行指定映射的颜色，就必须要有映射。...Q2 区分color和fill两个属性空心形状和实心形状都用color设置颜色；有填充无轮廓，或者轮廓和填充一样颜色用color；既有边框又有内心的，才需要color和fill...图片练习题6-1 # 1.加载test.Rdata,分别以test的a和b列作为横纵坐标，change列映射颜色，画点图 load("test.Rdata") test ggplot(data = test...极坐标系coord_polar() ggpubr 基本函数： ggscatter(iris,x="Sepal.Length",y="Petal.Length",color="Species") 叠加箱线图和点图的叠加...##3个函数，谁在前面，谁先出现，在最底层，就是说，先出现小提琴图，再出现箱线图，最后点图 ##这里设置的坐标如果和图片中的横纵坐标一样后边就不用翻转，coord_flip() ggplot(data

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一文掌握小提琴图的所有画法

通常密度会随附一种叠加的图表类型，如箱形图，以提供一些其他的数据信息，即矩形上下边框代表第一个和第三个四分位数，中间点是中位数。小提琴图可以用来观察数据的分布情况，也可用于比较多个组之间的分布。...R包，可在一个页面直接绘制多组图，喜欢简洁风格的小伙伴可以试试这个。...这里的小提琴图是箱形图和核密度图的组合。...轴加粗显示 ) 2. library(hrbrthemes)#ggplot2的主题和相关组件包 library(viridis) #是Matplotlib的新默认颜色映射 ggplot...，小提琴图都是个不错的选择，而且简单易绘制，大家可以借鉴哦~

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R数据科学|5.5.1 习题解答

然而，由于数据中有大量的点，我将绘制对carat进行分区的箱线图，需要注意的是，装箱宽度的选择很重要，如果宽度太大，就会模糊任何关系;如果宽度太小，箱中的值可能变化太大，无法揭示潜在的趋势： ggplot...因为这是连续(carat)和分类(cut)变量的示例，所以可以用箱形图将其可视化。...这种消极的关系可能是由于钻石被选择出售的方式。较大的钻石可以通过较简单的切割就可获利出售，而较小的钻石需要较精细的切割。问题三安装ggstance包，并创建一个横向箱线图。...【注】会发现得到的两幅图是一样的，但是x和y表示的变量却不同。现在的ggplot2可以直接通过设置参数orientation来改变图形朝向。...解答像箱形图一样，字母值图的箱形图对应于分位数。然而，它们包含的分位数远比箱形图多。它们对于大型数据集非常有用，因为，更大的数据集可以给出超过四分位数的精确估计。

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独特的箱型图版式，你学会了吗？

导语 GUIDE ╲ ggeconodist是开发者受Economist杂志独特风格的启发，开发的一款与普通绘制的箱型图不同风格的R包。...今天要给大家介绍的是一种箱型图的个性画法，功能由ggeconodist包提供，开发者受一款杂志Economist中绘图风格的启发，从而开发了这样一款绘图美观的箱型图绘图包。...://cinc.rud.is") library(ggeconodist) 02 基本箱型图的绘制首先让我们来看一下正常用geom_boxplot()绘制的箱型图和geom_econodist()绘制的箱型图有什么区别...~color) ggplot(diamonds,aes(cut,price,fill=color))+ geom_econodist()+ facet_wrap(~color) 对箱型图进行进一步的美化...大家可以按照自己的喜好选择更为适合自己的函数哟！

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这26款好看的可视化R包助你一臂之力

ggpubr包可绘制几乎60%的sci图形类型多，有直方图、柱状图、饼图、棒棒糖图、Cleveland 点图、箱线图、小提琴图、点图、散点图、误差棒图，并且方便拼图，加上统计分析的结果 p值标记。...缺点：它的p值可能和直接的R统计结果有一点点差异。 3.名称：RColorBrewr包简介：提供3套配色方案，连续型，渐变色；极端型可生成离群点；离散型形成彼此差异明显的颜色标记分类数据。...10.名称：pheatmap 简介：pheatmap是目前用的到做多的绘制热图的一个R包，他可以通过一个矩阵和一个legend配置文件轻松完成热图绘制.对于入门级的朋友非常友好。...需要先安装好devtools和curl两个包，然后可以从github上安装最新版的ggplot2和ggtech。...pROC包对于 ROC曲线的的绘制和分析可谓得心应手。 23.推荐：ggfortify 简介：最开始在初学R的时候，一开始就知道如果要表达时间序列可以用最基本的ggplot2来实现。

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1.6几何对象

前面几节的内容比较少，第1.5节我对其做了补充，可见R可视乎|分面一页多图，课后练习题也可在该篇文章中找到。 1.6节主要讲几何对象：表示数据的几何图形对象，比如条形图，折线图，箱线图等。...练习 (1) 在绘制折线图、箱线图、直方图和分区图时，应该分别使用哪种几何对象？...(se = FALSE) 想象下：x轴是displ，y轴是hwy，颜色使用drv填充，然后加了一个散点图（中间没有参数，用默认），再加上一个拟合曲线，没有绘制出区间。...所以出来的结果，散点图和拟合曲线都是三种颜色。下面是出来的颜色： ? (3) show.legend = FALSE 的作用是什么？删除它会发生什么情况？...第三个图：散点图颜色的颜色根据drv变量进行变化，并且拟合曲线也是和散点图相同颜色（所以可以在最原始图层中加入color=drv），没有拟合曲线的区间，但是有图例（默认就是有的）。

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散点图及数据分布情况

要由colour和fill共同控制首先需要选择一个同时具有colour以及fit属性的点，其次在scale_shape_manual()中选择一个包括NA（空心）和其他颜色的调色板。...Q：如何使用散点图中的颜色和大小属性来表示第三个连续变量？...，箱型图可能更加恰如其分。...= 21) *之前我们探索了一些关于箱线图的原理箱线图是由箱和须两部分组成，箱的范围是从数据的下四分位数到上四分位数，也就是四分距IQR IOR=25%分位-75%分位箱中间的线是中位数，也就是...50%分位数须是箱边缘超过1.5IQR的点，超过这个点的数据点就是异常值，也就是outlier，并且画上点这个图就展示了一个偏态数据集直方图，密度曲线和箱型图之间的关系。

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2023.4生信马拉松day6-绘图

、大小、透明度、点的形状，线型等）① 手动设置（不常用）手动设置可以指定的属性包括：颜色color——可指定的参数是字符串型的颜色名称，“blue”，“red”；填充颜色fill，跟color可选的范围相同...，color是aes的参数，输入不带引号的列名；手动设置时 color是geom_point的参数，要求是带引号的颜色名称；手动设置设置多个颜色非常出力不讨好，跟数据关联起来了再指定颜色就好；映射也可以手动修改映射到的颜色而不必使用默认分配的颜色...，跟数据关联起来了再指定颜色就好；## Q2 区分color和fill两个属性### Q2-1 空心形状和实心形状都用color设置颜色ggplot(data = iris)+ geom_point(...，ggpubr淡化了映射和手动设置的区别，淡化了图层的概念，更加简单好上手；深入后还是需要回归到ggplot2；ggpubr 搜代码直接用，基本不需要系统学习；sthda上有大量ggpubr出的图，可以套用...-（2）去哪里找现成的画图代码现成的代码不难找——① 火山图、热图直接到搜索引擎搜代码；② STHDA网站上找代码、数据、教程；③ 扩展资料-R_03工作目录下的各种扩展学习（基础包500行代码&ggplot2

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R语言ggplot2画热图添加分组信息的颜色条

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