尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...引用ggplot2函数 与引用其他包类似，你需要在DESCRIPTION文件下的Imports条目下列出ggplot2，并使用::访问ggplot2提供的函数。...因为这个原因，ggplot2定义了一个自己的泛型函数autoplot()，调用它会返回一个ggplot()。...#' @importFrom ggplot2 autoplot autoplot.discrete_distr <- function(object, ...) { plot_data ggplot2::autoplot", "discrete_distr") } } 参考资料 [1]roxygen2: https://cran.r-project.org/package=roxygen2
导语 GUIDE ╲ ggfortify作为ggplot2的补充包，不仅可以应用于时序分析领域，还能应用于各种统计分析领域。...背景介绍 ggfortify是一个应用起来非常简单的R包，可以仅用一行代码绘制各种统计图，更为简洁易懂，能够满足我们各种绘图的需求。...接下来小编将给大家介绍如何通过ggfortify和ggplot2进行主成分分析和时序分析等多种图片的可视化！...install_github('sinhrks/ggfortify') library(ggfortify) 函数介绍： autoplot(object, #目标对象 data =...R包的使用 01 时序分析可视化 使用AirPassengers数据集绘制基本时序分析图片 #AirPassengers数据集 autoplot(AirPassengers) 使用 ts.colour
（喜欢爬山和烧烤 ） ggfortify 是一个简单易用的R软件包，它可以仅仅使用一行代码来对许多受欢迎的R软件包结果进行二维可视化，这让统计学家以及数据科学家省去了许多繁琐和重复的过程，不用对结果进行任何处理就能以...PCA (主成分分析) ggfortify 使 ggplot2 知道怎么诠释PCA对象。...加载好 ggfortify 包之后, 你可以对stats::prcomp 和 stats::princomp 对象使用 ggplot2::autoplot。...# 半监督Fisher局部判别分析 (SELF) model r = 3, metric="plain") autoplot...可支持的R包有： zoo::zooreg xts::xts timeSeries::timSeries tseries::irts 一些例子： library(xts) autoplot(as.xts(
（喜欢爬山和烧烤 ） ggfortify 是一个简单易用的R软件包，它可以仅仅使用一行代码来对许多受欢迎的R软件包结果进行二维可视化，这让统计学家以及数据科学家省去了许多繁琐和重复的过程，不用对结果进行任何处理就能以...PCA (主成分分析) ggfortify 使 ggplot2 知道怎么诠释PCA对象。...加载好 ggfortify 包之后, 你可以对stats::prcomp 和 stats::princomp 对象使用 ggplot2::autoplot。...更多选择请参照 ggplot2::stat_ellipse里面的 frame.type 的 type 关键词。...(可以使用中文) 给大家推荐《R语言入门到进阶》4天的现场培训课程。 ?
ggplot2基本要素ggplot(data = iris)+ geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,...y = Petal.Length))ggplot2默认没有引号，第一行为全局设置，以下分别为分图层。...#分面函数facet_wrap ggplot(data = iris) + geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length
今天小编给大家介绍的是2018年发表在Bioinformatics上的工具--ggCyto，作为一个开源的BioConductor软件包，ggCyto是基于ggplot2实现流式细胞数据可视化的，它能够让我们更为方便快捷的绘制可用于发表的...R包安装 BiocManager::install("ggcyto") library(ggcyto) 可视化展示 01 ggCyto支持3种类型的绘图函数 1、ggplot ggplot能够使用所有主要的...= 0.5) #gates gates <- filterList(gs_pop_get_gate(gs, "CD8")) ggplot(gs, aes(x = ``, y = `R780...autoplot(fs, "CD4") autoplot(fs, "CD4", "CD8", bins = 64) autoplot(gs, c("CD4", "CD8"), bins = 64)...bioc/vignettes/ggcyto/inst/doc/Top_features_of_ggcyto.html 小编总结 ggCyto是一个非常简单方便的流式细胞数据可视化工具，支持3种类型的绘图函数
ggplot2提供了多种统计变换方式： stat_abline stat_contour stat_identity stat_summary stat_bin...，基于原始数据做某种计算，并在图上表现出来，也可以通过它改变geom_xxx函数画图的默认统计参数。...#做为图层的一个很好的例子是蝙蝠侠logo，batman logo由6个函数组成，在下面的例子中，我先画第一个函数，之后再加一个图层画第二个函数，不断重复这一过程，直到六个函数全部画好。...require(ggplot2) f1data.frame(x=x,y=y) d -3*sqrt(33)/7,] return(d) } x1data.frame(x2=x2, y2=y2)...p3data.frame(x4=x4,y4=y4) p4data.frame(x5=x5,y5=y5) p5data.frame(x6=x6,y6=y6) p6 #下面再以生物界中常用的柱状图+误差图为实例，展示ggplot2
facet_wrap(~cut)+stat_smooth() 9、主题（Theme） 通过ggplot画图之后，我们可能还需要对图进行定制，像title, xlab, ylab这些高频需要用到的，自不用说，ggplot2...但是这个远远满足不了需求，我们需要改变字体，字体大小，坐标轴，背景等各种元素，这需要通过theme()函数来完成。...ggplot2提供一些已经写好的主题，比如theme_grey()为默认主题，我经常用的theme_bw()为白色背景的主题，还有theme_classic()主题，和R的基础画图函数较像。.....level..), geom="polygon")+ scale_fill_continuous(high='darkred',low='darkgreen') ggplot2.fig22 11、ggplot2...这里用ggplot2来画。3D版本请猛击此处。
require(ggplot2) data(diamonds) ##设置种子，可重复（数字随意） set.seed(42) small 函数，而某一几何对象才需要的映射参数提供给geom_xxx函数。...数目在这里不用提供，因为ggplot2会通过x变量计算各个分类的数目。...密度函数图 #说到直方图，就不得不说密度函数图，数据和映射和直方图是一样的，唯一不同的是几何对象，geom_histogram告诉ggplot要画直方图，而geom_density则说我们要画密度函数图...ggplot2提供了很多的geom_xxx函数，可以满足我们对各种图形绘制的需求。
这个R教程讲解如何使用R和ggplot2包创建线图。 在一个线图中，观察值都按照x排列并连接起来。 可以使用函数geom_line()、geom_step()或geom_path()。...ggplot2 line plot - R software and data visualization 基本的线图 数据 这里使用的数据来自数据集ToothGrowth，描述了不同剂量药物下牙齿的生长情况...也可以使用函数 **scale_linetype_manual()**手动更改线型。...参考资料 [1]ggplot2 line types: http://www.sthda.com/english/wiki/ggplot2-line-types-how-to-change-line-types-of-a-graph-in-r-software...[2]ggplot2 line types: http://www.sthda.com/english/wiki/ggplot2-line-types-how-to-change-line-types-of-a-graph-in-r-software
FactoMineR包中的功能；graph参数设为FALSE后，这里只是保存了主成分分析后的结果； fviz_pca_ind是factoextra包中的函数，对PCA结果中的individuals（这里是样本...）进行作图，df.pca是我们用PCA函数得到的结果； geom.ind即我们把降维后的样本以point的形式反应在二维坐标上，还有arrow，text等可选的参数； col.ind即基于df里的分组信息进行颜色区分...SCLC区分的还不错 更多完整的PCA教程看群主之前的推文： 【直播】我的基因组55：简单的PCA分析千人基因组的人群分布 重复一篇Cell文献的PCA图 prcomp 用到的参数介绍 prcomp是R的...stats 包（base级别）的函数； autoplot是ggfortify中的函数，frame即对分出来的簇加上边界，frame.type即边界类型设定为norm； ######ggplot2太大了，...得抽时间好好了解； library(ggfortify) autoplot(prcomp( df[,1:ncol(df)-1] ), data=df,colour = 'group') autoplot
在知识星球里有录友问我，刷题究竟要不要用库函数？ 刷题的时候总是禁不住库函数的诱惑，如果都不用库函数一些题目做起来还很麻烦。 估计不少录友都有这个困惑，我来说一说对于库函数的使用。...那么平时写算法题目就全都不用库函数了么？ 当然也不是，这里我给大家提供一个标准。 如果题目关键的部分直接用库函数就可以解决，建议不要使用库函数。...如果库函数仅仅是 解题过程中的一小部分，并且你已经很清楚这个库函数的内部实现原理的话，那么直接用库函数。...使用库函数最大的忌讳就是不知道这个库函数怎么实现的，也不知道其时间复杂度，上来就用，这样写出来的算法，时间复杂度自己都掌握不好的。...在刷题的时候本着我说的标准来使用库函数，相信对大家回有所帮助！
这个功能今天工作的时候需要，就搜了一下，有个 ggforce 包可以做这个事情（之前还 mark 过，哈哈）。
---title: "R语言基础-画图（ggplot2）"output: html_documentdate: "2023-09-12"---ggplot2绘图模版# ggplot(data = ,# position = )+# +# 1.数据演示数据以R的内置数据...（颜色、大小、点的形状、透明度、线型等）2.1 手动设置颜色-color；大小-size；形状-shape；透明度-alpha；填充颜色-fill具体的实际参数现查现用即可哦#设置颜色library(ggplot2...2.5 统计变换-绘图模版"stat= "#此处以R内置数据diamonds为例，先简单查看下数据，做一些简单的统计View(diamonds)table(diamonds$cut)## #...，自己非要写上的话报错#下面两段代码在这个情况下是出同一张图，不过因为市场需求关系，geom_FUNCTION类型的函数相对于用的更多。
我之前详细介绍过mlr3这个包，也是目前R语言机器学习领域比较火的R包了，今天说下这么用mlr3进行二分类资料的模型评价和比较。...本期目录： 加载R包 建立任务 数据预处理 选择多个模型 建立benchmark_grid 开始计算 查看模型表现 结果可视化 选择最好的模型 加载R包 首先还是加载数据和R包，和之前的数据一样的。...开始计算 下面就是开始计算，和tidymodels相比，这一块语法更加简单一点，就是建立benchmark_grid，然后使用benchmark()函数即可。...语法，使用起来和tidymodels差不多，也是对结果直接autoplot()即可。...library(ggplot2) autoplot(bmr)+theme(axis.text.x = element_text(angle = 45)) 喜闻乐见的ROC曲线： autoplot(bmr
text(6.5,4, labels = 'hello')#在(6.5,4)坐标处添加“hello” dev.off() #关闭画板 #2.ggplot2 中坚力量，语法有个性 library(ggplot2...iris数据框作点图，x=和y=分别表示行名和列名,Sepal.Length为数据框中的列名 属性 参数 颜色 color 大小（单位mm） size 透明度 alpha 填充颜色(1-20均用不到fill函数...+ geom_point(mapping=aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Length),color="red") 4.scale_color_manual手动设置显示的颜色，此函数必须与...箱式图 pdat.data.frame rownames group gene count test1 control gene1 0.1 test2 treat gene2 0.2 library(ggplot2
那么今天我们就为大家介绍一下目前在R语言中流行的绘图包ggplot2。 1. ggplot2的安装：install.packages("ggplot2")。...2. ggplot2的绘图原理: ggplot2的核心理念是将绘图与数据分离，数据相关的绘图与数据无关的绘图分离，并按图层作图。...3. ggplot2的函数介绍： ggplot2里的所有函数可以分为以下几类： 用于运算（我们在此不讲，如fortify_，mean_等） 初始化、展示绘图等命令（ggplot，plot，print等）...按变量组图（facet_等） 真正的绘图命令（stat_，geom_，annotate），这三类就是实现一个函数一个图层的核心函数。...theme：调整不与数据有关的图的元素的函数。
前言 ❝在正式介绍ggplot2绘图之前，我们先来介绍一下ggplot2的绘图框架，以便后面介绍时更容易理解。一般来说，ggplot2绘图框架分为：图层、几何对象、映射、标度和主题。...本次以散点图为例简略带领大家快速了解ggplot2的绘图逻辑，更详细内容后面我们会一一推送。 ❞ 1. 加载与安装包 安装并加载绘图所需的R包ggplot2。...# 安装ggplot2 install.packages("ggplot2") # 加载ggplot2 library(ggplot2) 2....载入绘图数据 本次演示我们以R自带的数据集diamonds为例进行绘图，由于数据量比较大我们使用tidyverse随机抽取1000条数据进行演示。...绘图 3.1 创建画布 通过在ggplot函数内使用data=指定绘图数据，通过aes进行映射，指定x轴和y轴； theme_bw()函数用于设置主题。
在此基础上，添加其他 ggplot 相关函数。...library(ggplot2) library(ggfortify) theme_set(theme_classic()) # 绘图 autoplot(AirPassengers) + labs...包 时间序列图：基于数据框 如果想设置特定的时间间隔，则需要使用 scale_x_date() 函数。...data(economics_long, package = "ggplot2") head(economics_long) 在下面的代码中，在 geom_line() 函数中设置绘图对象为 value.../master/cancer_survival_rates.csv") # 定义函数，来源: https://github.com/jkeirstead/r-slopegraph tufte_sort
把基于基础函数的PCA放在文章里了，能够加深理解，希望你喜欢。 了解PCA PCA的重要性，我昨天已经介绍了：PCA-弱水三千，取哪一瓢饮？...即实现协方差矩阵对角化； 5）将P按特征值进行排序，因为Y=PX，所以，中心化后的矩阵（转置）与特征向量矩阵（转置）乘积后得到新的样本矩阵，取前两行即PC1和PC2； 这里把PCA的过程用我理解的基础函数...对比下在R的现成的PCA功能的结果 FactoMineR和factoextra配合做PCA和可视化(下图中图片名为PCA)； prcomp（stats base级别）和autoplot配合做PCA和可视化...）的结果；cov（x）为协方差矩阵； deca_re$x ###生成名为Rplot_deca$x的图，方便与ggfortify的作图对比 plot(deca_re$x) #####ggfortify使ggplot2...功能更加丰富，使autoplot能够处理prcomp的结果 library(ggfortify) autoplot(prcomp(decathlon2.active),label=TRUE,loadings
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