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跟着Nature学作图：R语言ggplot2山脊图添加辅助线图例添加到左下角

MOESM8 没有找到论文里的作图的代码，但是找到了部分组图数据，我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图 今天的推文重复一下论文中的Figure2a image.png 主要知识点 如何在山脊图上添加辅助线...另外一个知识点是如何把图例放到整个图的左下角 部分示例数据截图 image.png 读取数据 library(readxl) dat.fig2a p1 p1 image.png 这里有一个问题是辅助线的位置是在平均值，这里通过一个求平均值的函数实现，如果是任意数值应该怎么做暂时想不到方法 添加文本...label=round(mean_value,2)), hjust=1.5,color="#2772a7")+ labs(x=TeX(r"...unit(c(0.1,0.1,0.1,1),'cm'))+ annotate(geom = "text", x=0.8,y=1.5, label=TeX(r"

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    R语言使用ARIMA模型预测股票收益时间序列

    在这篇文章中，我们将介绍流行的ARIMA预测模型，以预测股票的收益，并演示使用R编程的ARIMA建模的逐步过程。 时间序列中的预测模型是什么？...第1步：测试和确保平稳性 要使用Box-Jenkins方法对时间序列进行建模，该系列必须是平稳的。平稳时间序列表示没有趋势的时间序列，其中一个具有恒定的均值和随时间的方差，这使得预测值变得容易。...使用R编程构建ARIMA模型 现在，让我们按照解释的步骤在R中构建ARIMA模型。有许多软件包可用于时间序列分析和预测。我们加载相关的R包进行时间序列分析，并从雅虎财经中提取股票数据。...我们的目标是从断点开始预测整个收益序列。我们将在R中使用For循环语句，在此循环中，我们预测测试数据集中每个数据点的收益值。...---- 本文选自《R语言使用ARIMA模型预测股票收益时间序列》。

    2.4K10

    使用R语言进行时间序列（arima，指数平滑）分析

    p=3609 读时间序列数据 您要分析时间序列数据的第一件事就是将其读入R，并绘制时间序列。您可以使用scan（）函数将数据读入R，该函数假定连续时间点的数据位于包含一列的简单文本文件中。...一旦将时间序列数据读入R，下一步就是将数据存储在R中的时间序列对象中，这样就可以使用R的许多函数来分析时间序列数据。要将数据存储在时间序列对象中，我们使用R中的ts（）函数。...为了估计可以使用加性模型描述的非季节性时间序列的趋势分量，通常使用平滑方法，例如计算时间序列的简单移动平均值。 “TTR”R包中的SMA（）函数可用于使用简单的移动平均值来平滑时间序列数据。...要使用此功能，我们首先需要安装“TTR”R软件包 。一旦安装了“TTR”R软件包，就可以输入以下命令加载“TTR”R软件包： 然后，您可以使用“SMA（）”功能来平滑时间序列数据。...如果你必须将时间序列d次除以获得一个固定序列，那么你有一个ARIMA（p，d，q）模型，其中d是差分的使用顺序。 你可以使用R中的“diff（）”函数来区分时间序列。

    5.1K61

    使用R语言随机波动模型SV处理时间序列中的随机波动率

    在y包含零的情况下，发出警告，并在进行辅助混合物采样之前，将大小为sd（y）/ 10000的小偏移常数添加到平方收益上。 但是，我们通常建议完全避免零回报，例如通过预先降低零回报。...下面是如何使用样本数据集exrates1准备数据的说明。 图1提供了该数据集中时间序列的可视化。...R> par(mfrow = c(2, 1))R> plot(sim) 运行采样器 函数svsample，它用作C语言中实际采样器的R-wrapper 。...可以使用上述所有参数。请参见图7。 R> plot(res, showobs = FALSE)  为了提取标准化残差，可以在给定的svdraws对象上使用残差/残差方法。...使用可选的参数类型，可以指定摘要统计的类型。当前，类型允许为“平均值”或“中位数”，其中前者对应于默认值。此方法返回svresid类的实向量，其中包含每个时间点所请求的标准化残差的摘要统计量。

    1.9K10

    在r语言中使用GAM（广义相加模型）进行电力负荷时间序列分析

    p=9024 用GAM进行建模时间序列 我已经准备了一个文件，其中包含四个用电时间序列来进行分析。数据操作将由data.table程序包完成。 将提及的智能电表数据读到data.table。...在绘制的时间序列中可以看到两个主要的季节性：每日和每周。我们在一天中有48个测量值，在一周中有7天，因此这将是我们用来对因变量–电力负荷进行建模的自变量。 训练我们的第一个GAM。...通过平滑函数s对自变量建模，对于每日季节性，使用三次样条回归，对于每周季节性，使用P样条。...让我们使用summary函数对第一个模型进行诊断。...调整后的R平方（越高越好）。我们可以看到R-sq.（adj）值有点低。 让我们绘制拟合值： ? 我们需要将两个自变量的交互作用包括到模型中。 第一种交互类型对两个变量都使用了一个平滑函数。

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    Highcharter包制作交互图表

    下面是因INFORnotes的分享 Highcharter是基于HighCharts javascript库及其模块的R包。...这个包的主要功能是:可以创建交互式的各种图表，如散点图、气泡图、时间序列、热图、树形图、条形图等；支持各种R对象；支持Highstocks图表、Choropleths；支持管道方法和各种各样的主题与外观...hchart():一个泛型函数，它接受一个对象(如向量、时间序列、数据框、likert对象等)并返回一个对象(chart)，和ggplot2中qplot()用法类似。...hc_add_series():根据数据的类型将数据添加到现有对象的通用函数，和ggplot2中geom_类似。 hcaes():和ggplot2中ase()用法相似。...这些名称在图例和工具提示中使用。还可以修改颜色和其他属性。

    1.1K20

    一步一步教你使用ggtree

    ggtree是R语言中一个强大的系统发育树可视化及注释软件包，在Bioconductor中发布，同时兼有ggplot2的优点。...⑵系统发育树与其他数据整合展示 除了系统发育树内置数据的注释，ggtree还可以整合其他数据进行可视化注释，接下来我们使用facet_plot函数在发育树后面绘制每个物种的序列分布柱状图，完整脚本如下：...接下来我们还可以使用gheatmap在发育树后面绘制每个物种的序列分布热图，gheatmap支持矩阵作为输入数据，完整脚本如下： library(ggplot2) library(ggtree) library...度以避免热图过于稀疏，并旋转0度 ⑶系统发育树内插注释图形 ggtree软件包的inset函数可以实现系统发育树节点或末端内插注释图形，从而极大丰富系统发育树的展示内容，下面我们在系统发育树tip处添加序列分布饼图...,"green3","blue","brown")) + theme_inset(legend.position=c(2.2,-20)) }) names(bar1)=1 #bar1主要作用是添加图例

    9K31

    在r语言中使用GAM（广义相加模型）进行电力负荷时间序列分析

    p=9024 用GAM进行建模时间序列 我已经准备了一个文件，其中包含四个用电时间序列以进行分析。数据操作将由data.table程序包完成。 将提及的智能电表数据读到data.table。...axis.title = element_text(size = 12, face = "bold")) + labs(x = "Date", y = "Load (kW)") 在绘制的时间序列中可以看到两个主要的季节性...通过平滑函数s对自变量建模，对于每日季节性，使用三次回归样条，对于每周季节性，使用P样条。...\（R ^ 2 \）–调整后的R平方（越高越好）。我们可以看到R-sq。（adj）值有点低... 让我们绘制拟合值： 我们需要将两个自变量的相互作用包括到模型中。...第一种交互类型对两个变量都使用了一个平滑函数。

    1.6K11

    「R」ggplot2精要：线图

    这个R教程讲解如何使用R和ggplot2包创建线图。 在一个线图中，观察值都按照x排列并连接起来。 可以使用函数geom_line()、geom_step()或geom_path()。...x值可以是： 日期：对于时间序列数据 文本 离散的数值 连续的数值 ?...ggplot2 line plot - R software and data visualization 基本的线图 数据 这里使用的数据来自数据集ToothGrowth，描述了不同剂量药物下牙齿的生长情况...阅读更多线型 : ggplot2 line types[1] 你可以使用grid包为线条添加一个箭头： library(grid) # 添加箭头 ggplot(data=df, aes(x=dose,...阅读ggplot2图例： ggplot2 legend[5] 带数值型x轴的线图 如果x轴的变量是数值型，我可以可以将它根据自己的需要看做连续值或转换为因子变量。

    2.3K10

    R语言中使用多重聚合预测算法（MAPA）进行时间序列分析

    p=10016 这是一个简短的演示，可以使用该代码进行操作。使用MAPA生成预测。...446869.3 450146.7 462231.5 457512.8 467895.1 457606.0 441295.7 471611.2 454282.0 458308.0 453472.5 这提供了序列和预测的简单图解...： 每个时间预测状态的详细视图： 在此示例中，我还使用了paral = 2。...如果已经有并行集群在运行，则可以使用paral = 1。 时间聚合的不同级别上的估计和预测。 第一估计模型在每个时间聚合级别的拟合度，还提供已识别ETS组件的可视化。 ...这些函数还有更多选项，可以设置最大时间聚合级别，MAPA组合的类型等。 第一个是在所有聚合级别上强制使用特定的指数平滑模型。 在这种情况下，将非季节性阻尼趋势模型拟合到时间序列。

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    R语言使用ARIMAX预测失业率经济时间序列数据|附代码数据

    ARIMA模型是应用于时间序列问题的模型。ARIMA将三种类型的建模过程结合到一个建模框架中。 I：差分是用d表示的。它告诉我们在连续的观察样本中，被差分的序列对于原始序列的变化数量。...数据探索 grid.arrange(p1,p2,p3,ncol=2) 从图中可以看出，国民生产总值和消费可以作为回归使用。我们可以用时间、国民生产总值和消费来预测失业率。...点击标题查阅往期内容 R语言ARIMA集成模型预测时间序列分析 左右滑动查看更多 01 02 03 04 ARIMAX模型拟合 summary(varma) plot(df,aes(t,res...ARIMAX优点缺点 要使用ARIMAX模型，有几个可能的优点和缺点。 优点 使用ARIMAX的好处是我们可以将回归和时间序列部分结合在一个模型中，命名为ARIMAX。...本文选自《R语言使用ARIMAX预测失业率经济时间序列数据》。

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    R语言使用ARIMAX预测失业率经济时间序列数据|附代码数据

    ARIMAX优点缺点要使用ARIMAX模型，有几个可能的优点和缺点。优点使用ARIMAX的好处是我们可以将回归和时间序列部分结合在一个模型中，命名为ARIMAX。...本文选自《R语言使用ARIMAX预测失业率经济时间序列数据》。...语言ARIMA-GARCH波动率模型预测股票市场苹果公司日收益率时间序列Python使用GARCH，EGARCH，GJR-GARCH模型和蒙特卡洛模拟进行股价预测R语言时间序列GARCH模型分析股市波动率...模型和蒙特卡洛模拟进行股价预测使用R语言对S＆P500股票指数进行ARIMA + GARCH交易策略R语言用多元ARMA,GARCH ,EWMA, ETS,随机波动率SV模型对金融时间序列数据建模R语言股票市场指数...：ARMA-GARCH模型和对数收益率数据探索性分析R语言多元Copula GARCH 模型时间序列预测R语言使用多元AR-GARCH模型衡量市场风险R语言中的时间序列分析模型：ARIMA-ARCH /

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    R语言使用ARIMAX预测失业率经济时间序列数据|附代码数据

    ARIMA模型是应用于时间序列问题的模型。ARIMA将三种类型的建模过程结合到一个建模框架中。 I：差分是用d表示的。它告诉我们在连续的观察样本中，被差分的序列对于原始序列的变化数量。...实例探究 我们将使用经济序列数据。数据是一个五个季度的经济序列，包含以下数字变量：季度失业率、国民生产总值、消费、政府投资和私人投资。有161个观测点。 季节性成分已经从数据中去除。...数据探索 grid.arrange(p1,p2,p3,ncol=2) 从图中可以看出，国民生产总值和消费可以作为回归使用。我们可以用时间、国民生产总值和消费来预测失业率。...ARIMAX优点缺点 要使用ARIMAX模型，有几个可能的优点和缺点。 优点 使用ARIMAX的好处是我们可以将回归和时间序列部分结合在一个模型中，命名为ARIMAX。...---- 本文选自《R语言使用ARIMAX预测失业率经济时间序列数据》。

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    ggThemeAssist｜鼠标调整主题，并返回代码

    R语言中的ggplot2是最美的绘图包之一。但调整主题的细节需要写大量代码，而且还要反复修改、预览，很是费时费力。...运行下面示例代码： # install.packages("ggThemeAssist") library(ggplot2) library(ggThemeAssist) # 使用mtcars生成一个点图示例...坐标轴文字 Axis text Family：字体家族，默认为Sans，和我们常用的Arial类似；还常用Courier系列等宽字体，如显示核酸、蛋白序列对齐时要求使用；Helvetica是Science...标签 Lable Title：图表标题，直接输入即可，方便吧 x-Axis label: 添加X轴标签 y-Axis label: 添加y轴标签 Colour：图例标题 Fill label：填充色标签...想要添加中文信息的话可以在代码输出之后手动添加，重新运行。

    3.8K10

    绘图技巧 | 议会(项目)图还不会做？快上车~~

    绘制这种图表也是超级简单的，只需使用R-ggpol包进行绘制即可，当然，改包还提供其他优秀的绘图函数，下面就一起来看下吧。...R-ggpol包简介 R-ggpol包实例介绍(议会图为主) R-ggpol包简介 官网： https://github.com/erocoar/ggpol 绘图函数 作为ggplot2绘图系统中的一员...，其安装方便(RStudio直接搜索安装即可)而且还可以通过ggplot2强大的绘图函数设计出自己的可视化作品。...geom_tshighlight(): 可对绘制时间序列的图表进行突出作用，也是比较常用的绘图技巧。 geom_boxjitter(): 绘制了一个混合箱形图-半箱形图且带有误差线的图。...geom_boxjitter example 顺便提一下，很喜欢sci包的这个配色，特适合绘制科研图表哦~~ 「geom_tshighlight」 (可对绘制时间序列的图表进行突出作用，也是比较常用的绘图技巧

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