,代码运行凡是带有{}的代码，均可以被折叠下载数据的代码，保留但不反复运行，用if(F){...},可以控制其不运行但保留。...2.1.2 分成多个脚本，每个脚本最后保存Rdata，下一个脚本开头清空再加载。...save(pd,exp,gpl,file = "steploutput,Rdata")，这句代码将几个第一个脚本有用的变量保存到Rdata文件中，下次使用这些变量时直接加载load这个Rdata文件即可...加载保存Rdata（文件夹）的Rdata文件：读取：surv = read.table("import/xxx.txt")#tab键一键保存保存：save(x,file = "Rdata/xxx.Rdata...2.3 if条件语句控制代码运行elseif(F){}啥都不敢if(F){}elese{}#运行else后的{}中的代码2.4 ifelse函数只有3个参数ifelse(x,yes,no)x：逻辑或逻辑值向量
>ls("package:stringr")前提：要先把R包加载成功，才能用ls列出来 列出一个包都有哪些函数或数据 3.R语言里的符号 （）--函数、赋值和输出、先运行 []---向量、数据框...一切操作在r语言中进行 （4）R特有的数据保存格式：Rdata Rdata：保存的是变量，不是表格文件 支持多个变量存到同一个Rdata 是R语言特有的数据存储格式，其他软件无法打开 · 相关命令：...1.输出文件、输入文件、输出的图片、保存的Rdata、 脚本和Rmd文件+Rproject 读取：surv变量=read.table("import/文件名) 2.分步骤 加载上一级的文件、相隔文件夹调用文件时...save(soft,file = "soft.Rdata")---保存 rm(list = ls())-----rm=ls清空环境 load(file = "soft.Rdata")-----不会保存后立刻加载...用于读取/导出文件的R包 fread（）实现智能读取【data.table】 export（）导出【rio】 import_list---多个工作部的数据，引入
（1）R的规范赋值符号是 <- ，也可以用 = 代替。（2）在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行。（3）R的代码都是带括号的，括号必须是英文的。...选择目录后，RStudio会自动运行setwd()函数来更改工作目录。...4.变量的保存与重新加载这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。...RData时的加载命令您提供的R代码中包含了三个与R数据存储和加载相关的函数的使用：(1)save.image(file="bioinfoplanet.RData"):这个命令将保存当前R会话中的所有对象...(3)load("test.RData"):这个命令用于加载之前保存的"test.RData"文件。这会将文件中的对象恢复到当前R会话中。
# + } #if (T) { + #把运行的代码括起来 # + } #长脚本管理2：分成多个脚本，每个脚本最后保存Rdata，下个脚本清空再加载 #### (2)有else...搜索一下 # 3.加载test1.Rdata,按照symbol列给ids数据框去重复,注意，要让ids数据真正发生修改。...这两个函数都用于将字符串转换为小写字母，但是它们有以下区别：库依赖：str_to_lower()需要先安装和加载stringr包，而tolower()是R的内置函数，不需要任何额外的库。...输入类型：str_to_lower()仅适用于字符向量或字符串标量，而tolower()可以应用于所有字符数据类型，例如字符向量、字符串标量、因子等。...和tail()函数用于查看数据框或向量的前几行或后几行。
Scissor的代码实现 Scissor R包github在 https://github.com/sunduanchen/Scissor....加载R包 library(Scissor) Step2....加载示例数据 这里采用scAB包的示例数据进行演示： 可参考：整合单细胞数据和Bulk数据的多种方法（一）：R包scAB library(Seurat) library(preprocessCore)...所以我检查了源代码，修复了这个bug，只要运行下面的函数，再跑一次就行了： Scissor <- function (bulk_dataset, sc_dataset, phenotype, tag =...这里要强调一下Scissor R包的运行速度是真的快。而scAB运行这个8000个细胞的示例数据，需要花费好几个小时，效率上相差甚远。 Step4.
（）前的是函数 [] 是取子集，一定是个数据 【】里有“，”->向量或矩阵 [[]] 前的通常是个列表 列表取子集 $ 数据框取子集 <- 赋值 = 赋值，或连接形式参数与实际参数...否定 { } 用于容纳多行代码 #注释 " " 字符型数据 ：：包：：函数 #文件名必须带引号，且在能识别文件名称的函数括号里面，实际参数位置上 文件的读写 csv格式 > read.csv("ex3...#Rdata R语言中特有的数据储存格式，无法用其他软件打开 #保存的是变量（向量、矩阵、列表等），不是表格文件 >save() #保存 save只能用于保存Rdata >save(test,...file="xxx.Rdata") >load() #加载 >load("xxx.Rdata") #不需要进行赋值 如x=load("xxx.Rdata") Rdata本身含有变量的不需要再进行赋值...，再加载它 > save(x,file="x.Rdata") > rm(list = ls()) > load("x.Rdata"） 6.加载y.Rdata（已保存在工作目录）,求gene1列的平均值
如何避免运行限速步骤 # 初阶版本 if(F){ a = 1 #假装是限速步骤 #保存运行结果，下次运行到这里时直接加载结果 save(a,file = "a.Rdata") } load(...file.exists(f)){ #只有f文件(a.Rdata)在工作目录下不存在时才运行，否则跳过这段代码 a = 1 #假装是限速步骤 print("bye") #保存运行结果，下次运行到这里时直接加载结果...file.exists(f)){ #只有f文件(a.Rdata)在工作目录下不存在时才运行，否则跳过这段代码 a = 1 #假装是限速步骤 print("bye") #保存运行结果，下次运行到这里时直接加载结果...#gl 用于设置下图的颜色 gl = deg$logFC names(gl)=deg$ENTREZID #Gene-Concept Network,要放大看 cnetplot(ego,...~ 4.问题数据和常见错误分析 图片 >代码和ppt来源于生信技能树
rownames（行名）AdmDate是日期型变量，Age是连续型变量（定量型）Diabates是名义变量，Status是顺序变量，二者都是分类变量，R中称为因子一、向量是用于存储数值型、字符型或逻辑型数据的一维数组...--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。...RData时的加载命令5、提取元素ax,y#第x行第y列ax,#第x行a,y#第y列ay #也是第y列aa:b#第a列到第b列ac(a,b)#第a列和第b列a$列名#也可以提取列（支持Tab自动补全，不过只能提取一列...提取某两列作散点图：plot(iris$Sepal.Length,iris$Sepal.Width)图片脚本的使用和保存：将上面的代码复制到一个新的R脚本中,然后保存到工作目录下，再次打开，后缀是R。...问：save(a,file="test.RData")这句代码如果报错object a not found，是为什么？应该怎么解决？答：可能是a这个变量不存在或者没有创建。
Rstudio 的设计结构 帮助 设置 创建一个project 创建一个脚本 代码运行 R的命令响应 代码保存 R中的交互 相关文件 设置编码 什么是R？...加函数名称，或 help 可以打开R中相关的文件记录帮助文档。类似shell 脚本中的 man 非常好用。 设置 在global option 下可以对studio 相关软件参数进行设置。...创建一个脚本 image.png 代码运行 运行全部代码 或者直接在console 中直接运行。...# 会注释掉代码（不执行） R的命令响应 R语言非常贴心，对于不完整命令会识别并提示补全命令。 代码保存 会默认保存在工作目录下。一般也就是保存在Rproject 生成的文件夹内。...一个Rproject 一般包括： R常见错误 1）文件名不对；路径不对（不在工作目录中）。2）函数所在包没有导入成功；函数拼写。3）包未安装。4）未加载相应Rdata。
图片2.4 数据库介绍图片3、代码分析流程3.1 数据分析之前先安装R包options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/") ##这个地方的镜像可以设置为清华镜像...', getGPL = F) ###getGEO网页下载数据后读取到R，如果代码下载不下来，就可以去网页下载下来，然后放到工作目录下边。...= rep(c("RA","control"),times = c(13,9)) ### 两个Group意思是一样的，运行一个就行}else if(T){ # 第三种方法，使用字符串处理的函数获取分组...需要加载ggplot2包Q2：如何画基因的相关性图？ A2：需要加载corrplot包，然后筛选自己想要的基因和它在各组的表达量，M = cor(t(exp[g,]))，具体看代码Q3：如何拼图？...~4、问题数据和常见错误分析数据提交者的错：1.表达矩阵是空的；2.表达矩阵不完整；3.表达矩阵被标准化过；4.表达矩阵游错误或异常值自己的错误：1.用芯片流程分析转录组数据；2.忘记log或多余log
新手笔记R语言赋值符号是<-R代码带英文括号函数getwd()获取工作路径R语言的向量数据结构由元素构成，元素可以是数字或字符串我们熟悉的表格在R语言的数据结构是数据框？...数据框tip：运行项目时需要将文件放置于工作目录下；R中严格区分大小写；改错变量可以重新赋值覆盖；可以使用并保存脚本文件，文件格式为Ra....保存变量和重新加载#保存变量和重新加载可以让没有处理完的数据下次想接着用，保存格式时RDatasave.image(file="bioinfoplanet.RData") #保存当前所有变量save(...X,file="test.RData") #保存其中一个变量load("test.RData") #加载RData，导入保存的变量e....")如果代码报错object X not found，说明X不存在，R找不到这个对象，需要建立X这个变量给他赋值代码示例来自微信公众号生信星球图片
R语言中的write.table()函数将数据框（或矩阵）a写入到文件 "yu.txt" 中，以逗号作为分隔符，且不对数据进行引用（quote）。...变量的保存与重新加载#这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。...RData时的加载命令在R中，像a这样的变量可以表示各种类型的数据结构，包括但不限于：数据框(Data Frames)：如你的例子所示，a是一个数据框，它是一种具有行和列的表格数据结构。...当你使用save()将a保存到文件时，R会将整个对象a以及其结构和数据保存到文件中，无论a是数据框、矩阵、列表或任何其他受支持的数据类型。...这可能导致后续使用 load("test.RData") 加载文件时，期望得到的内容与实际内容不符，从而引发问题。
导出数据 由于 R 主要用于数据分析，导入文件比导出文件更常用，但有时我们也需要将数据或分析结果导出。...此外，函数 save( ) 可以将工作空间中的指定对象保存为以 .rdata 为扩展名的 R 数据文件。...") # 导入数据 load("patients.rdata") rdata 格式文件占用空间小，用 R 读入速度很快。...当你在本地加载 rio 包时，如果 R 提示有些建议安装的包没有安装，可以运行 install_formats( ) 命令进行安装。...在 R 中，as 系列函数可以用于实现变量类型的转换。
利用函数赋值：同样的，也能通过函数（自带或自定义）进行赋值。...--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。...RData时的加载命令元素提取个人理解：由于相比于向量多了一个维度，所以提取的时候也多了一个维度a[1,3] #提取第一行第三列元素a[,3] #提取第3列元素a[3] #同上a$列名 #直接提取a[c...（如果没有答案则翻译成英文搜索）备忘录：来自花花和豆豆老师整理的新手常见问题（1）R的规范赋值符号是<-，也可以用=代替（2）在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行 （3）R的代码都是带括号的...（6）表格在R语言中称为数据框^_^（7）别只复制代码，要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：?
如果是FPKM或TPM可选择limma，注意：edgeR和DESeq2只能处理count注意：count做差异分析计算上下调，FPKM或TPM进行下游可视化 二....需要加载ggplot2包 Q2：如何画基因的相关性图？...A2：需要加载corrplot包，然后筛选自己想要的基因和它在各组的表达量，M = cor(t(exp[g,]))，具体看代码 Q3：如何拼图？...A3：如果使用ggplot2画出来的图，可以加载patchwork包，如果是其他，可以使用plot_grid（）函数，具体如下 rm(list = ls()) load(file = "step1output.Rdata.../xiantu.pdf",width = 17,height = 18) kegg_plot_function.R里面的代码 ### --------------- ### ### Create: Jianming
生信技能树 1.代码相关R包的加载 options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/") if(!...array芯片数据才可以用此代码分析 图片 GEO文件下载并读取到R中为只有一个元素的list 在列表中取子集后得到"ExpressionSet"结构数据，为"Biobase"包中的数据形式 #(1)提取表达矩阵...# Group(实验分组)和ids(探针注释) rm(list = ls()) load(file = "step1output.Rdata") library(stringr) # 标准流程代码是二分组...state:ch1` ## pd$后tab补齐，R语言中，列名存在特殊符号，列名会用反引号标注 ## 这种方法适用于临床信息列中分组信息明确 }else if(F){ # 第二种方法...R包后，查看R包中哪部分是所需要的注释，R包无法自动补齐，注意 ids <- toTable(hgu133plus2SYMBOL) ##使用toTable函数加载R包中的SYMBOL，并生成数据框 head
新手须知（1）R的规范赋值符号是<-，也可以用=代替（2）在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行 （3）R的代码都是带括号的，括号必须是英文的。...（6）表格在R语言中称为数据框（7）使用?函数或命令命令查看某个函数或命令的意义，如?...#查看有几行几列write.table(a,file = "yu.txt",sep = ",",quote = F) #将数据框导出save.image(file = "bioinfoplanet.RData...") #保存当前所有变量save(a,file = "test.RData") #保存其中一个变量load("test.RData") #再次使用RData时的加载命令a[1,2] #a数据框中第1行第...")代码报错“object a not found”，说明未找到a数据框，可能时因为未将数据框赋值为a，可运行a<-，右上方环境窗口中出现a即可将a导出。
富集分析需要很长的时间跑代码，以下代码可以“存在即跳过，不存在即运行”，可以节省时间，不重复运行 # 初阶版本:手动修改if后面的F，需要运行的时候改成T if(F){ a = 1 #假装是限速步骤...save(a,file = "a.Rdata") #保存运行结果，下次运行到这里时直接加载结果 } load("a.Rdata") # 高阶版本 f = "a.Rdata" if(!...file.exists(f)){ #只有f文件(a.Rdata)在工作目录下不存在时才运行，否则跳过这段代码 a = 1 #假装是限速步骤 print("bye") #如果运行了这个代码，就输出一个...file.exists(f)){ #只有f文件(a.Rdata)在工作目录下不存在时才运行，否则跳过这段代码 a = 1 #假装是限速步骤 print("bye") #保存运行结果，下次运行到这里时直接加载结果...) #在不打开脚本时，运行该脚本下的全部代码。
前段时间做了一下SCENIC单细胞转录因子分析，在重新配置SCENIC的运行环境时，发现这个包的函数和数据库数据有了很大的冲突，导致流程根本无法运行，以下说明一下如何解决这个问题。...在运行SCENIC分析时，主要报错点有两个，分别叙述如下： bug1: getDbAnnotations函数报错 分析代码如下： scenicOptions <- initializeScenic(org...改名为motifAnnotations_hgnc，然后导出为Rdata对象，重新置于RcisTarget R包的data文件夹下即可。...# 在linux下通过如下方式查看checkAnnots函数的所在位置 # 下载SCENIC R包文件，解压后的R子文件夹即是R代码所在 grep checkAnnots *R # class_ScenicOptions.R...如何本地安装R包，可以参见以前的推文： Rtips：如何安装旧版本的R包 https://mp.weixin.qq.com/s/3eK3XB6QZreALopLgx6VsQ SCENIC分析代码参考 library
基础指令 程序辅助性操作： 运行 q()——退出R程序 tab——自动补全 ctrl+L——清空console ESC——中断当前计算 调试查错 browser() 和 debug()——设置断点进行...，运行到此可以进行浏览查看（具体调试看browser（）帮助文档（c,n,Q）） stop(‘your message here.’)...R帮助页面中的关键词或短语（互联网）RSiteSearch(‘neural networks’) 准备 文件目录设置 setwd（）——设置工作文件目录 getwd（）——获取当前工作文件目录...list.files()——查看当前文件目录中的文件 加载资源 search()——通过search()函数，可以查看到R启动时默认加载7个核心包。.../RData”)——加载目录中的*.RData，把文档-词项矩阵从磁盘加载到内存中 数据查看 通用对象 R是一种基于对象（Object）的语言，对象具有很多属性（Attribute），其中一种重要的属性就是类
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