本篇主要介绍P for trend、p for interaction、per 1 sd的R语言实现,关于每一项的具体含义,可参考文中给出的链接,或者自己搜索学习。...关于p for trend具体含义和数值型变量分箱的方法,大家可以参考医咖会的文章:p for trend是个啥 把连续性变量转换为分类变量(在R里转变为因子),设置哑变量,进行回归分析,即可得到OR值及...此时如果我们把x1变成因子型,那在进行回归分析时会自动进行哑变量编码,就可以得到几个组的OR值和95%的可信区间,关于R语言中分类变量进行回归分析时常用的一些编码方法,强烈你看一下这篇推文:R语言分类变量进行回归分析的编码方案...p for interaction p for interaction是交互作用的P值,关于其含义可以参考松哥统计的这篇文章:p for interaction是什么 目前计算P for interaction...值(p for interaction)是:0.217,交互作用项是没有统计学意义的。
y ~ x y ~ 1 + x 很多读者在使用 R 的模型构建时可能会对其中的截距项感到困惑。上述两个模型都描述了简单的线性回归,是等同(完全一致)的。...第一个模型隐含了截距项,而第二个模型显式地进行了指定。 当我们了解这一点后,我们在实际的操作过程中尽量指明截距项,这样能够更加方便自己和他人理解。...y ~ 0 + x y ~ -1 + x y ~ x - 1 上述3个模型都去除了截距项。 如果是 y ~ 1 那么得到的模型结果恰好是均值。为什么是均值呢?大家不妨想一想。...相关资料: https://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.html#Statistical-models-in-R https://stackoverflow.com.../questions/13366755/what-does-the-r-formula-y1-mean
1表示第一项,..2表示第二项,以此类推。这有点类似于shell中通过$引用相应的参数。看来很多的编程语言都存有相同的参数传递机制。 函数的属性 R中包含了一系列的函数用于提取函数类型对象的信息。...NULL 如果我们想要在R代码中对函数的参数列表进行操作,formals函数是一个很好的工具,它会返回一个配对列表对象(对应参数名和设定的默认参数值)。...注意,formals函数仅能运行在R写的函数上(类型为closure的对象),而不能在内嵌函数(bulti-in function)上运行。...例如: > f.formals$y <- 3 > formals(f) <- f.formals > args(f) function (x, y = 3, z = 2) NULL R提供了一个非常方便的函数...加入解释器在到达全局环境时依然没有找到var,那么R会在全局环境中指定var的值为value。
函数的用途 base包中的sweep函数是处理统计量的工具,一般可以结合apply()函数来使用。...函数的参数 sweep(x, MARGIN, STATS, FUN = "-", check.margin = TRUE, ...) x:即要处理的原数据集 MARGIN:对行或列,或者数列的其他维度进行操作...…… 下面我们结合几个具体的例子来看 #创建一个4行3列的矩阵 M = matrix( 1:12, ncol=3) 1.每一行都减去这一行的均值 #方法一,通过rowMeans函数来计算每一行的均值...sweep(M,1,rowMeans(M)) #方法二,通过apply函数来计算每一行的均值,MARGIN=1,对行做操作 sweep(M,1,apply(M,1,mean)) 2.每一行列都减去这一列的均值...#方法一,通过colMeans函数来计算每一列的均值 sweep(M,2,colMeans(M)) #方法二,通过apply函数来计算每一列的均值,MARGIN=2,对列做操作 sweep(M,2,
在Python 3.x中,内置函数print()用来实现格式化输出,各参数含义请参考本文末尾的相关阅读。本文重点介绍print()函数的end参数以及转义字符'\r'的妙用。...本文末尾的相关阅读中已经提到,end参数用来确定print()函数在输出全部内容之后以什么结束,默认是转义字符'\n',也就是换行符,在使用时可以根据需要修改这个参数的值,例如: ?...那么,如果把end参数设置为回车符'\r',会是什么样的效果呢?...下面的代码 from time import sleep for i in range(1000): print(i, end='\r') sleep(0.01) 运行效果如下面的视频所示:
构造数据 本文为了聚焦于公式函数本身的用法,我构造的示例数据会非常的简单。...img 公式保存了创建它的环境 使用到 R 的朋友几乎都用过公式,它在统计建模方面给了我们极大的方便。不过,公式相比于数值、逻辑值这些数据类型,有什么特点吗?...")= 从属性部分我们可以看到公式保存了创建它的环境。...公式函数用法 核心是什么 公式函数的优点在于提供了一种构造匿名函数的简洁方式。而核心在于在同一行代码表示如何使用输入构造出输出。...这里值得注意的是,当匿名函数只有一个参数时,我们用 .x 表示函数的输入参数。如果进行拓展,2 个参数时使用 .x 与 .y,3 个参数时使用 ..1, ..2, ..3 等。
废话不多说,我们来聊聊今天的正题。昨天有位群友在群里提出了这样一个问题 具体的字符串向量是这样的,需要达到的目的就是,看字符串向量里面的每一个元素是否包含"LIPE2"这个基因。...这里的字符串向量有四个元素。 实现的手段就是通过R的grepl函数 这个函数里的pattern是匹配的模式,也就是我们经常听到的正则表达式。...这位群友所提出的问题,tricky的地方在于LIPE2这个基因有时候存在于字符串的中间,有时候存在于开头,有时候又存在于末尾,并且还需要考虑一些干扰项比如LIPE23这个基因也能够匹配LIPE2,似乎很难通过一个正则表达式来实现...今天我又仔细的研究了一下,给出了三种实现的方法,供大家交流学习。我又加入了一个干扰项,让这个正则表达式更全面。...#例如,“er\b”可以匹配“never”中的“er”,但不能匹配“verb”中的“er”。
R中gsub替换函数的参数如下 gsub(pattern, replacement, x, ignore.case = FALSE, perl = FALSE, fixed = FALSE,...vector举例如下: > x <- c("R Tutorial","PHP Tutorial", "HTML Tutorial") > gsub("Tutorial","Examples",x) #将...Tutorial替换成Examplers [1] "R Examples" "PHP Examples" "HTML Examples" 还有其他的一些例子来灵活使用这个函数,结合正则表达式。...,我们知道组织病理分期分成stage I,stage II,stage III和stage IV四个分期 接下来我们试着把组织病理分期从四个组合并成两个组,并转换成因子 我们使用gsub函数...,并转换成因子 我们还是使用gsub函数 #删除组织病理学分期末尾的A,B或者C等字母,例如Stage IIIA,Stage IIIB stage=gsub("[ABCD]$","",clin$ajcc_pathologic_stage
:行名或列名 %*%:矩阵乘法crossprod:矩阵交叉乘积(内积) outer:数组外积kronecker:数组的Kronecker积 apply:对数组的某些维应用函数tapply:对“不规则”数组应用函数...函数 function:函数定义 source:调用文件 call:函数调用.C,.Fortran:调用C或者Fortran子程序的动态链接库。...统计分布 每一种分布有四个函数:d――density(密度函数),p――分布函数,q――分位数 函数,r――随机数函数。比如,正态分布的这四个函数为dnorm,pnorm,qnorm,rnorm。...下 面我们列出各分布后缀,前面加前缀d、p、q或r就构成函数名: norm:正态,t:t分布,f:F分布,chisq:卡方(包括非中心)unif:均匀,exp:指数,weibull:威布尔,gamma...:伽玛,beta:贝塔lnorm:对数正态,logis:逻辑分布,cauchy:柯西,binom:二项分布,geom:几何分布,hyper:超几何,nbinom:负二项,pois:泊松signrank:
我们在做数据分析的时候,经常需要产生一些重复序列。例如,做差异表达分析时需要用到的分组变量,绘制ceRNA网络的节点文件中的RNA type列等等。...今天小编就来给大家介绍一下R中生成重复序列的函数rep。你可以把它看作时repeat这个英文单词的缩写,就很容记住了。...函数形式:rep(x, time = , length = , each = ,) 参数说明: x:代表的是你要进行复制的对象,可以是一个数字,一个字符,或者是一个向量。...times:代表的是复制的次数,只能为正数。 负数以及NA值都会为错误值。复制是指的是对整个向量进行复制。 each:代表的是对向量中的每个元素进行复制的次数。...length.out:代表的是最终输出向量的长度。
接触过Python的朋友肯定对模块很熟悉,R的代码组织方式以包为主。但基于文件的模块形式也是可以实现的,modules[1] 包提供了这种支持。...,而是它可以将文件里写好的函数整体加载为模块对象。...那么,利用GitHub page加上这里介绍的use()函数构建一个可实时获取的代码库是可能的。对于小的脚本函数, 写一个文件总是比写一个包简单轻量。...基于上面的思想,我将去年写的R包安装以及TCGA样本名重过滤等几个函数单独通过GitHub page进行了部署。...这里一个对绝大部分读者有用的函数是install(),它之前被放在R包wfun中。我前几天把它重新进行了迁移和修改。
方案 在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...移除包含箭头 <- 的东西 idx <- grep("<-", funlist) if (length(idx) !...iconv iconvlist icuGetCollate icuSetCollate identical identity ifelse importIntoEnv inherits integer interaction...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version
大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。
R中的函数分为普通函数、S3方法和S4方法。 普通函数的源码获取细节 普通函数的源码手动获取比较简单,只需要在console中输入函数名,打印一下即可。...导出函数可以理解为这个包开放给用户使用的函数,而非导出函数则主要是供这个包内部使用的函数,一般情况下它不需要暴露给用户。...,base包的::、[ 等操作符,colnames%、%$%等操作符都是函数,由于他们不是合法的R变量名称(只包含数字、英文字母...其实它的作用就是将当前函数分发给相应的泛型方法,规则就是去找一个叫做generic.class的函数。...* 获取S4方法源码 不同于S3方法,S4方法源码无法通过构造函数名称来获取,但是methods包(R的官方S4类包,默认自动导入)中提供了getMethod方法来获取源码。
在R语言中,apply系列函数作为批量处理函数,可以循环遍历某个集合内的所有或部分元素,以简化操作。这些函数底层是通过C来实现的,所以效率也比手工遍历来的高效。...apply系列函数的基本作用是对矩阵或者列表(list)按照元素或元素构成的子集合进行迭代,并将当前元素或子集合作为参数调用某个指定函数。...apply族函数分别有apply函数,tapply函数,lapply函数,mapply函数。每一个函数都有自己的特点,在处理不同类型的数据可以选用相对应的函数。...apply族函数分别有apply函数,tapply函数,lapply函数,mapply函数。每一个函数都有自己的特点,在处理不同类型的数据可以选用相对应的函数。...总结以上函数应用可以减少在R语言中的For循环,从而提升R语言效率。 欢迎各位学习交流
前言 apply函数族是R语言中数据处理的一组核心函数,通过使用apply函数,我们可以实现对数据的循环、分组、过滤、类型控制等操作。...但是,由于在R语言中apply函数与其他语言循环体的处理思路是完全不一样的,所以apply函数族一直是初学者玩不转的一类核心函数。...很多R语言新手,写了很多的for循环代码,也不愿意多花点时间把apply函数的使用方法了解清楚,最后把R代码写的跟C似得。...简介 由于R语言的apply家族函数是用C写的,所以使用apply进行遍历的执行效率远远高于自己编写的循环语句。...eapply函数平时很难被用到,但对于R包开发来说,环境空间的使用是必须要掌握的。特别是当R要做为工业化的工具时,对变量的精确控制和管理是非常必要的。
我们用R做数据处理的时候,经常要对数据的格式进行变换。例如将数据框(dataframe)转换成列表(list),或者反过来将列表转换成数据框。...那么今天小编就给大家介绍一对R函数来实现这样的功能。 这一对函数就叫做stack和unstack。从字面意思上来看就是堆叠和去堆叠,就像下面这张图展示的这样。...那么R里面这两个函数具体可以实现什么样的功能呢?下面这张图可以帮助大家来理解。unstack就是根据数据框的第二列的分组信息,将第一列的数据划分到各个组,是一个去堆叠的过程。...trt2 25 5.37 trt2 26 5.29 trt2 27 4.92 trt2 28 6.15 trt2 29 5.80 trt2 30 5.26 trt2 在使用stack函数的时候...,后面小编会使用这两个函数来给大家举个真实的应用案例,敬请期待。
学习R语言里的排序函数 (生信技能树学员徐谦) 正在上5月生信入门课程的小伙伴们应该初步掌握了一些R语言的基本函数,其中有一类函数可以称为排序函数,例如周二细讲的sort,order函数,以及不常使用的...rank函数,这里说的只是R基础包中的排序函数,另外还有其他包中的一些更方便的函数,例如dplyr包中的arrange,这些后续我们再共同学习。...参数的更改 R语言里所有的函数都是有参数的,我们可以根据函数作者的设定,赋予不同的参数,例如查阅帮助文档,可以看到sort,order都可以设定decreasing = T或者F来控制顺序,这个大家都知道了...但是后来一想不太对,R语言中几乎所有的函数都是有严格的对象和参数要求的,如果给了它函数里没写的东西,那大部分时候就会报错,如果没报错,那就是函数接受了,当然也有其他特殊例外的情况。...以上是R语言中基础函数中几个排序函数的用法,那排序到底有什么用呢?实际上在R语言中我个人觉得order比sort用的多,原因就是他会返回坑的位置。
在R中,expand.grid()函数可以返回几个元素所有可能的组合,使我们免于多层遍历的苦恼。...其实这个就是我们提供的sex,age,major中的变量分别组合起来得到的,类似于,遍历三层循环得到所有的排列组合。
在日常数据分析的过程中,我们经常需要在一个字符串或者字符串向量中查找是否包含我们要找的东西,或者向量中那几个元素包含我们要查找的内容。...这个时候我们会用到R中最常用的两个函数,grep和grepl。...其实grep这个函数也并非是R所特有的,在linux中模式匹配也用grep这个函数,前面我就给大家简单介绍过☞Linux xargs grep zgrep命令。...我们先来看看grep和grepl这两个函数的用法。 这两个函数最大的区别在于grep返回找到的位置,grepl返回是否包含要查找的内容。接下来我们结合具体的例子来讲解。...☞讨论学习R的grepl函数 参考资料: ☞Linux xargs grep zgrep命令 ☞讨论学习R的grepl函数
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