R openxlsx read.xlsx的datetime有问题_在R中删除数据分组中的openxlsx包问题_使用CVX的DCP for R有问题 - 腾讯云开发者社区

「前言：」 ❝今天我用openxlsx包中的read.xlsx读取xls文件时，竟然报错了。我记得有一个包是可以读取Excel2003的，搜索了一下，发现不太容易查找，就写一遍博客记录一下。...毕竟，很多东西放到网上，一搜索看到自己写的东西，那种爆棚的感觉，好像互联网成了我的笔记本，666……，所以对自己有帮助的，才是对别人有帮助的。搜到答案，自己总结一下，然后写一篇博客。...❞ xlsx文件，是2007,2013,2016版本的Excel文件，R语言中可以通过openxlsx包进行读取。 1. 读取xlsx文件 > dd = read.xlsx(".....读取xls文件报错如果读取xls文件，报错： > dat = read.xlsx("计算遗传力.xls")Error in read.xlsx.default("计算遗传力.xls") : openxlsx...汇总 openxls通过函数read.xlsx读取xlsx文件 readxl通过函数read_xls读取xls文件软件安装方法：install.packages("openxlsx") 以及 install.packages

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R语言技巧 - 多sheet文档读取并合并输出

--- title: R语言技巧 - 多sheets文档读取并合并输出 tags: Rundefined Excel categories: R语言技巧 date: Feb 26, 2023 at 21...:12:11 author: yeyezi subject: R语言技巧 - 多sheets文档读取并合并输出偶尔我们会遇到将多个sheets合并为一个的需求, 但是如果有几十个sheets合并起来既容易出错又麻烦...代码如下: rm(list = ls()) library(librarian) shelf(openxlsx, dplyr, plyr) setwd("Project/EXCEL/") shtnames...::write.xlsx(dat, "EXCEL.xlsx", colWidths = "auto") 效果对比原文档: 图片处理后: 图片稍事修改: 图片当然如果相对分sheet中的表格进行操作也是可以的..., 只需要改动其中提取的循环内容就可以: for (i in seq_along(shtnames)) { xlsxlist[[i]] <- read.xlsx("各省高校经费预算 O.xlsx

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Excel的SNP数据如何变为plink格式

转化的代码 library(openxlsx) library(tidyverse) library(data.table) dat = read.xlsx("genotype.xlsx") dat...map有43251行，也就是有43251个SNP，ped比map多六列，因为第七列才是SNP的数据，结果没有什么问题。...再看一下map的前几行和后几行：可以看到map最后几行是错误的，原始的xlsx文件有问题。...思路：将其读取到R中转置保存到本地然后通过grep，去掉相关的行然后再读到R中，再进行处理。报错总结数据有空行，有缺失，有indel。...更新的代码中，判断是否有空行，将NN作为缺失读取到R中，可以避免上面的情况，更新后的代码如下： library(openxlsx) library(tidyverse) library(data.table

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多元统计分析：对应分析

而且，在实际问题中，样本数目远大于变量数目，在Q型因子分析时，计算量远大于R型因子分析。...对应分析就是通过数学变换，把 Q型、R型因子分析结合起来卡方效验 H_0: 相互独立 H_1: 相互影响（不独立） library(openxlsx) d10.1 = read.xlsx('...library(openxlsx) Case10 = read.xlsx('.....的相关关系分为三类补充 R语言中数据标准化 scale() 默认，scale() 对矩阵或数据框的指定列进行均值为0、标准差为1 的标准化 newdata <- scale(mydata...如何通俗易懂地解释「协方差」与「相关系数」的概念？《多元统计分析与R语言建模》王斌会《R语言实战》Robert I.

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R语言从入门到精通：Day4

这些数据类型在我们运用R语言解决实际问题的时候都非常有用，在上节的例子中我们是在R里面直接生成的数据，但是实际数据分析中，如何快速灵活的读取和处理多种格式的外部数据呢？...上节教程结束后，有同学问：我每次用R语言解决实际问题的时候都要像第3节中那样用键盘将每个数据输入电脑里面吗？答案当然是否定的。...这里我给大家推荐一个不需要这些依赖的R包：openxlsx（openxlsx包的安装如图8）。...openxlsx包的帮助文档里介绍了三个写入数据和一个读取数据的函数，其中读取数据的函数read.xlsx()就能实现xlsx文件的读取。...这个函数的命名和用法都和read.table()非常类似（如图9），大家不妨自己尝试一下如何使用这个函数。 ? 图8:包openxlsx的安装 ? 图9:函数read.xlsx()的参数 4.

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文件操作

R提供了大量读入文件的函数，这些函数通常是以read.*开头，后面接文件扩展，例如read.csv，read.xlsx，read.spss 等。其中最常用的为 read.table。...如果格式不正确就需要修改命令重新读取文件；如果没有问题，就可以对数据进行后续的分析了。...还好 R 可以很方便地处理 excel 的电子表格。通常处理 Excel 表格有两种方法。...方法二：readr，xlsx，openxlsx 等包 R 中有大量可以读写 Excel 电子表格的包，使用方法与 read.table()函数类似，只需注意Excel 的电子表格分为工作簿与工作表...#安装 openxlsx 包 install.packages("openxlsx") #加载 openxlsx 包 library(openxlsx) #读入 excel 文件，指定 sheet 号

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Excel的SNP数据变为plink格式的数据--代码分享

最近，星球内有位老师问了一个问题，之前我写了一篇博客（Excel格式的SNP数据怎么变为plink格式），老师说他的数据和我的一样，却报错了：世界上有很多报错，我不为之操心，但是我的代码报错了，我就要负责到底...示例数据是这样的：我把它放到了D盘，然后运行我的代码： setwd("D:/") library(openxlsx) library(tidyverse) library(data.table)...x3=0,x4=0,x5=0,x6=0) %>% select(FID=ID,IID=ID,x3,x4,x5,x6,everything()) ped[1:10,1:10] 报错了：好吧，我的代码真的有问题...，于是我开始查找问题，发现代码是到这一步报错的： dat %>% select(-c(1:4)) %>% t() %>% as.data.frame() %>% mutate(ID = rownames...所以完整的代码是： setwd("D:/") library(openxlsx) library(tidyverse) library(data.table) dat = read.xlsx("SNP.xlsx

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R语言中如何写入xlsx的不同sheet表格

背景: 想要实现一个功能, 将不同的数据写入一个Excel中, 不同的数据对应不同的sheet表, 看了一下R语言, 找到的解决方法如下....测试思路模拟两个数据框新建一个list表写入excel中代码 aa<-data.frame(1:5,2:6)ab<-data.frame(2:60,13:71)library(openxlsx)...感想: 最近发现, R语言中的list更好用, 我的R语言水平感觉要进步一个台阶了......运用R语言的list示例: 需求描述: 现在有3个Excel, 想把这些Excel合并到一个Excel中的不同sheet表中, 如何实现?...解决问题思路: 1, 使用dir函数, 返回文件名的集合 2, 新建一个list, 赋值为空NULL 3, 写一个for循环, 循环读入, 并保存到list中 4, 对list重命名代码如下: a =

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Day5-数据结构

read.csv("路径/你的文件.csv") # 读取.tsv文件（以制表符分隔的文本文件） data <- read.table("路径/你的文件.tsv", header = TRUE, sep...# 读取excel文件（.xlsx格式） # 使用 openxlsx 包 install.packages("openxlsx") library(openxlsx) data <- read.xlsx...("路径/你的文件.xlsx") # 读取R数据文件（.RData/.rda格式） # 从.RData文件中加载数据 load("路径/你的文件.RData") # 使用readRDS读取.rda文件...）（4）变量的保存与重新加载 #这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?...（5）提取元素[] 数据框有行和列，而向量里是元素的位置 save(a,file="test.RData")这句代码如果报错object a not found，是为什么，应该怎么解决？

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R语言︱文件读入、读出一些方法罗列（批量xlsx文件、数据库、文本txt、文件夹）

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多元统计分析：多维标度 MDS 分析

简介多元统计分析：多维标度 MDS 分析案例各地区工资水平的多维标度分析 library(openxlsx) Case12 = read.xlsx(".....$points, row.names(Case12), cex = 0.8) image-20201212194045611 可以发现离群点：北京、上海、浙江 Q&A 补充参考《多元统计分析及R语言建模

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ComplexHeatmap|根据excel表绘制突变景观图（oncoplot）

如果有maf格式的文件，可以直接oncoplot包绘制瀑布图，有多种展示和统计maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot（瀑布图）和maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总，分析和可视化...这个包功能很强大，本次只简单的介绍如何绘制基因组景观图（瀑布图）。一载入R包，数据 #if (!...") #install.packages("circlize") #后面直接加载即可 library(openxlsx) library(ComplexHeatmap) library(circlize...) #读入数据 mut <- read.xlsx("TCGA_data.xlsx",sheet = "突变信息") cli <- read.xlsx("TCGA_data.xlsx",sheet = "...注：颜色不一定好看，只是为了当默认的颜色比较接近时，或者有要求时候，可以自定义。

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ggballoonplot|气球图-多分类数据可视化

ggballoonplot（气球图）可用于多分类数据的可视化展示，其中每个单元格都包含一个点，其大小反映了相应组件的相对大小。...一载入数据，R包一、载入R包数据 #使用示例数据 library(ggpubr) library(ggplot2) library(openxlsx) #载入示例数据集 my_data <-...read.xlsx("ggballoonplot.xlsx") head(my_data)tail(my_data) ?...这样就可以很明显的比较不同数据集中，重点基因的表达上调，下调情况以及差异表达的P值。...可以参考之前ggplot2的相关推文进行图形优化。

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火山图|给你geneList，帮我标到火山图上

一载入R包，数据 library(ggplot2) library(openxlsx) library(dplyr) #绘制火山图数据 data <- read.xlsx("火山图.xlsx", sheet...了解一下ggplot2绘图的方式，标示的基因就是各个基因的text，然后想办法将其赋予到一个 aes 中即可。三标示指定基因和上面类似，将指定基因添加到绘制数据中即可。...3.1 读入含有geneList的文件 gene <- read.xlsx("火山图.xlsx", sheet = 2) gene$geneList <- gene$gene ?...3.4 ggrepel 解决重叠问题如果目标标示基因太多会导致重叠，可使用ggrepal函数 library(ggrepel)ggplot(data = data2, aes(x = logFC,...呐，可以随意标示感兴趣的基因了。

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多元统计分析：因子分析

) d9.1 = read.xlsx('.....TODO: 这一段在百度百科上的解释与书上解释有冲突，书上解释看起来就像是说正交旋转法有很多种，而方差最大旋转只是其中一种。...常用的斜交旋转方法有 Promax 法等极大似然法 Fa1 = factanal(d9.1, 3, rotation='none') Fa1$loadings # 旋转前 Fa1$loadings[...，则在接下来分析中可考虑剔除该变量 d3.1 = read.xlsx(".....案例上市公司经营业绩评价的因子分析 library(openxlsx) Case9 = read.xlsx("..

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判别分析练习题

., data = data1);fy (tab = table(predict(fy)$class, data1$y)) # 每次运行都不一样，是因为有距离相等情况，此时就会随机分到一个类 #...平行线，y = kx + b ，k相同->平行，点到平行线上投影相同 # Fisher 判别曲线是 x1 轴，有两个不同类的点的投影是重合的 --导致--> 判别这两个点的类别是随机的 sum(diag...首先读取数据： library(openxlsx) d6.3 = read.xlsx('.....detach(d3) library(openxlsx) d6.4 = read.xlsx(".....首先读取数据： library(openxlsx) d1 = read.xlsx("..

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R语言之数据获取操作

实际上，R 中有大量的内置数据集可用于分析和实践，我们也可以在R 中创建模拟特定分布的数据。...不同扩展名的文件代表不同的文件格式，这常常会给分析者带来困扰。 R 提供了适用范围广泛的数据导入工具。...这些函数以 r 开头，常用的有：rnorm( )、runif( )、rbinom( )和 rpois( ) 等。...还可以借助第三方包（例如 openxlsx 包、readxl 包和 gdata 包）直接读取 xlsx 或 xls 格式的数据文件。...以 openxlsx 包为例： library(openxlsx) write.xlsx(patients, "patients.xlsx") patients.data <- read.xlsx("patients.xlsx

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如何查找符合标准的投稿目标

图片检索结果可见有250篇文献，其中207篇为核心期刊文献。使用结果输出功能获得所有文献的论文标题和出处情况。...首先在工作目录中新建code文件夹并创建prepare.R以创建工作环境. # !...::getSourceEditorContext()$path)) source(paste(root_dir, "code", "prepare.R", sep = "/")) # !...uniplatform=NZKPT") shelfEnvironment(paste(imput_dir, sep = "/"), path = root_dir) paper_info <- read.xlsx...main---- shelfEnvironment(paste(imput_dir, sep = "/"), path = root_dir) paper_info <- read.xlsx(list.files

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改数据类型

批量进行数据转换：sapplyread.xlsx读取了数据后，很多时候是character格式的library(openxlsx)library(ggplot2)library(magrittr)library...(ggpubr)adiv <- read.xlsx("PBC&HC alphaBox_2124.xlsx",colNames = T, rowNames = T, na.strings = "NA")...必须需要数值型向量但在后面运行按组比较时，又必须是在一个数据框内pVal <- compare_means(sobs ~ Group, adiv, method = "wilcox.test")$p.formatView(adiv) #有前六列应该是数值...，最后一列才是字符class(adiv) #显示结果是data.frameclass(adiv$sobs) #显示结果是character如何快捷地将前六列的内容直接转换为数值型，还不需要赋值一个新向量跟最后一列拆开...（同一个表中直接转换，前六列数值，最后一列字符）adiv[,1:6] <- sapply(adiv[,1:6], as.numeric)str(adiv) #看一下改变后各列的数据格式，成功！

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对单细胞每个cluster进行批量富集分析

t040413/silicosis/spatial_transcriptomics/silicosis_ST_harmony_SCT_r0.5.rds") Idents(d.all) Idents(d.all...d.all$stim=="NS_7"~"NS", d.all$stim=="NS_56"~"NS" ) table(d.all$group) Idents(d.all)=d.all$group 这里有三个...="none",] dim(sce.markers) head(sce.markers) #sce.markers=openxlsx::read.xlsx("~/silicosis.../silicosis_ST_harmony_SCT_r0.5.rds") Idents(d.all) Idents(d.all) %>%table() head(d.all$SCT_snn_res.0.5...="none",] dim(sce.markers) head(sce.markers) #sce.markers=openxlsx::read.xlsx("~/silicosis

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R语言读取 xlsx 和xls 文件

R语言技巧 - 多sheet文档读取并合并输出

Excel的SNP数据如何变为plink格式

多元统计分析：对应分析

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ComplexHeatmap|根据excel表绘制突变景观图（oncoplot）

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火山图|给你geneList，帮我标到火山图上

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如何查找符合标准的投稿目标

改数据类型

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