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【V课堂】R基本操作函数脉络图

如果你使用R做数据分析,你一边会感到无比的便捷,一边也会感到苦恼,便捷在于它丰富的功能和简单的代码,通常使用几行代码就能解决一个很复杂的事,这得益于他丰富的package,使得我们能方便的实现自己的想法...,苦恼的是,由于众多函数,和各种不一的package提供功能类似的函数,使得我们记忆函数变得困难,因为他们之间没有统一的语法规范,这要让我们花很多时间去学习软件的本身,这就本末倒置了,下面这张图就简单的整理了一下常用的基础功能...从基本操作到数据处理,举的都是比较常用的函数,这些都值得我们去熟悉.还有许多功能强大的包,对于我们数据处理非常有帮助,在下期会呈现给大家. ?

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    R中的sweep函数

    函数的用途 base包中的sweep函数是处理统计量的工具,一般可以结合apply()函数来使用。...函数的参数 sweep(x, MARGIN, STATS, FUN = "-", check.margin = TRUE, ...) x:即要处理的原数据集 MARGIN:对行或列,或者数列的其他维度进行操作...…… 下面我们结合几个具体的例子来看 #创建一个4行3列的矩阵 M = matrix( 1:12, ncol=3) 1.每一行都减去这一行的均值 #方法一,通过rowMeans函数来计算每一行的均值...sweep(M,1,rowMeans(M)) #方法二,通过apply函数来计算每一行的均值,MARGIN=1,对行做操作 sweep(M,1,apply(M,1,mean)) 2.每一行列都减去这一列的均值...#方法一,通过colMeans函数来计算每一列的均值 sweep(M,2,colMeans(M)) #方法二,通过apply函数来计算每一列的均值,MARGIN=2,对列做操作 sweep(M,2,

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    完整的R语言预测建模实例-从数据清理到建模预测

    通过这个函数,我们现在可以对数据集中的每一个变量都有一个整体性把握。 我们可以看出我们共有21个变量,共计3168个观测值。...但是我们更关注的是,预测因子之间是不是存在高度的相关性,因为预测因子间的香瓜性对于一些模型,是有不利的影响的。...对于研究预测因子间的相关性,corrplot 包中的corrplot函数提供了很直观的图形方法: ###find correlations between factors factor_Corr 的量纲实际上是不一样的,另外某些因子间存在高度的相关性,这对我们的建模是不利的,因此我们需要进行一些预处理,我们又需要用到preProcess 函数: ### preprocess factors...因为原生的R只支持单进程,通过我们的设置,可以将四个核都使用起来,可以大为减少我们的计算时间。 我们最后的一个步骤就是要将三个模型进行比较,确定我们最优的一个模型: ?

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    讨论学习R的grepl函数

    废话不多说,我们来聊聊今天的正题。昨天有位群友在群里提出了这样一个问题 具体的字符串向量是这样的,需要达到的目的就是,看字符串向量里面的每一个元素是否包含"LIPE2"这个基因。...这里的字符串向量有四个元素。 实现的手段就是通过R的grepl函数 这个函数里的pattern是匹配的模式,也就是我们经常听到的正则表达式。...今天我又仔细的研究了一下,给出了三种实现的方法,供大家交流学习。我又加入了一个干扰项,让这个正则表达式更全面。...#例如,“er\b”可以匹配“never”中的“er”,但不能匹配“verb”中的“er”。...如果对strsplit还不熟悉的小伙伴,其实可以先输出来看看结果 sapply(s,function(x){ strsplit(x,',')[[1]] }) 返回的结果是分割之后的字符串向量

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    R中的替换函数gsub

    R中gsub替换函数的参数如下 gsub(pattern, replacement, x, ignore.case = FALSE, perl = FALSE, fixed = FALSE,...vector举例如下: > x R Tutorial","PHP Tutorial", "HTML Tutorial") > gsub("Tutorial","Examples",x) #将...Tutorial替换成Examplers [1] "R Examples" "PHP Examples" "HTML Examples" 还有其他的一些例子来灵活使用这个函数,结合正则表达式。...,我们知道组织病理分期分成stage I,stage II,stage III和stage IV四个分期 接下来我们试着把组织病理分期从四个组合并成两个组,并转换成因子 我们使用gsub函数...,并转换成因子 我们还是使用gsub函数 #删除组织病理学分期末尾的A,B或者C等字母,例如Stage IIIA,Stage IIIB stage=gsub("[ABCD]$","",clin$ajcc_pathologic_stage

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    R语言的常用函数速查

    :计算各数据子集的概括统计量tapply:对“不规则”数组应用函数 二、数学 1....:行名或列名 %*%:矩阵乘法crossprod:矩阵交叉乘积(内积) outer:数组外积kronecker:数组的Kronecker积 apply:对数组的某些维应用函数tapply:对“不规则”数组应用函数...函数 function:函数定义 source:调用文件 call:函数调用.C,.Fortran:调用C或者Fortran子程序的动态链接库。...统计分布 每一种分布有四个函数:d――density(密度函数),p――分布函数,q――分位数 函数,r――随机数函数。比如,正态分布的这四个函数为dnorm,pnorm,qnorm,rnorm。...下 面我们列出各分布后缀,前面加前缀d、p、q或r就构成函数名: norm:正态,t:t分布,f:F分布,chisq:卡方(包括非中心)unif:均匀,exp:指数,weibull:威布尔,gamma

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    scRNA|R版CytoTRACE v2从0开始完成单细胞分化潜能预测

    V2 使用可解释性的AI算法来预测单细胞RNA测序数据的细胞分化潜能。...相较V1的功能和理论的改进详见文献正文,在代码实现上CytoTRACE v2中拆分为了R版本和Python版本,安装R版本的话无需配置python的环境,使用门槛大幅降低。...和r 版本,所以这里需要使用subdir参数指定为cytotrace2_r 。...2,CytoTRACE v2可视化 (1)v2在 plotData 同cytotrace v1的可视化函数不一样,v2在 plotData函数中包装了一些常见的可视化结果 ,可以先设定待展示的表型(celltype...CytoTRACE2_Boxplot_byPheno (p1+p2+p3+p4) + plot_layout(ncol = 2) (2)调整出图的风格,与V1接近(plotData函数中的代码) FeaturePlot

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    【R语言】rep函数的使用

    我们在做数据分析的时候,经常需要产生一些重复序列。例如,做差异表达分析时需要用到的分组变量,绘制ceRNA网络的节点文件中的RNA type列等等。...今天小编就来给大家介绍一下R中生成重复序列的函数rep。你可以把它看作时repeat这个英文单词的缩写,就很容记住了。...函数形式:rep(x, time = , length = , each = ,) 参数说明: x:代表的是你要进行复制的对象,可以是一个数字,一个字符,或者是一个向量。...times:代表的是复制的次数,只能为正数。 负数以及NA值都会为错误值。复制是指的是对整个向量进行复制。 each:代表的是对向量中的每个元素进行复制的次数。...length.out:代表的是最终输出向量的长度。

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    R语言中的批处理函数

    在R语言中,apply系列函数作为批量处理函数,可以循环遍历某个集合内的所有或部分元素,以简化操作。这些函数底层是通过C来实现的,所以效率也比手工遍历来的高效。...apply系列函数的基本作用是对矩阵或者列表(list)按照元素或元素构成的子集合进行迭代,并将当前元素或子集合作为参数调用某个指定函数。...apply族函数分别有apply函数,tapply函数,lapply函数,mapply函数。每一个函数都有自己的特点,在处理不同类型的数据可以选用相对应的函数。...apply族函数分别有apply函数,tapply函数,lapply函数,mapply函数。每一个函数都有自己的特点,在处理不同类型的数据可以选用相对应的函数。...总结以上函数应用可以减少在R语言中的For循环,从而提升R语言效率。 欢迎各位学习交流

    2.7K20

    R tips:手动获取函数的源码

    R中的函数分为普通函数、S3方法和S4方法。 普通函数的源码获取细节 普通函数的源码手动获取比较简单,只需要在console中输入函数名,打印一下即可。...导出函数可以理解为这个包开放给用户使用的函数,而非导出函数则主要是供这个包内部使用的函数,一般情况下它不需要暴露给用户。...,base包的::、[ 等操作符,colnames的%>%、%$%等操作符都是函数,由于他们不是合法的R变量名称(只包含数字、英文字母...其实它的作用就是将当前函数分发给相应的泛型方法,规则就是去找一个叫做generic.class的函数。...* 获取S4方法源码 不同于S3方法,S4方法源码无法通过构造函数名称来获取,但是methods包(R的官方S4类包,默认自动导入)中提供了getMethod方法来获取源码。

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    R语言中的apply函数族

    前言 apply函数族是R语言中数据处理的一组核心函数,通过使用apply函数,我们可以实现对数据的循环、分组、过滤、类型控制等操作。...但是,由于在R语言中apply函数与其他语言循环体的处理思路是完全不一样的,所以apply函数族一直是初学者玩不转的一类核心函数。...很多R语言新手,写了很多的for循环代码,也不愿意多花点时间把apply函数的使用方法了解清楚,最后把R代码写的跟C似得。...# m为均值,v为方差m v <- c(1, 10, 100, 1000) # 生成4组数据,按列分组mapply(rnorm, rep(4,4), m, v)[,1] [,2]...eapply函数平时很难被用到,但对于R包开发来说,环境空间的使用是必须要掌握的。特别是当R要做为工业化的工具时,对变量的精确控制和管理是非常必要的。

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    DeepSeek R1 对编程语言未来的预测

    今天分享下 DeepSeek 对于编程语言未来的预测,这个应该也是很多开发者关注的,因为它可能会影响未来的职业选择。因我自己最近也在关注这方面,所以今天就问了 DeepSeek。...DeepSeek R1 四种语言前景分析以下是 DeepSeek R1 关于 Go、Java、Rust、Python 四种语言的前景分析,结合技术趋势、市场需求和生态系统发展分析如下:1....GoJavaRustPython增长潜力高(云原生)低(存量市场)极高(系统替代)高(AI 驱动)学习曲线中等中等偏高高低性能高中等极高低适用领域后端/基础设施企业系统/Android系统/安全/区块链AI/脚本/科研未来 5 年预测...个人观点 提示:以下是我个人总结,非 DeepSeek 的输出。 DeepSeek R1 对于四种语言的前景分析、未来 5 年预测及给出的建议,其实跟我的想法是完全一致的。...根据 JetBrains2024 的市场调研,Go 在四种语言中的工资是最高的,背后的原因可能是因为云原生的技术门槛。

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    R中的stack和unstack函数

    我们用R做数据处理的时候,经常要对数据的格式进行变换。例如将数据框(dataframe)转换成列表(list),或者反过来将列表转换成数据框。...那么今天小编就给大家介绍一对R函数来实现这样的功能。 这一对函数就叫做stack和unstack。从字面意思上来看就是堆叠和去堆叠,就像下面这张图展示的这样。...那么R里面这两个函数具体可以实现什么样的功能呢?下面这张图可以帮助大家来理解。unstack就是根据数据框的第二列的分组信息,将第一列的数据划分到各个组,是一个去堆叠的过程。...trt2 25 5.37 trt2 26 5.29 trt2 27 4.92 trt2 28 6.15 trt2 29 5.80 trt2 30 5.26 trt2 在使用stack函数的时候...,后面小编会使用这两个函数来给大家举个真实的应用案例,敬请期待。

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    学习R语言里的排序函数

    学习R语言里的排序函数 (生信技能树学员徐谦) 正在上5月生信入门课程的小伙伴们应该初步掌握了一些R语言的基本函数,其中有一类函数可以称为排序函数,例如周二细讲的sort,order函数,以及不常使用的...rank函数,这里说的只是R基础包中的排序函数,另外还有其他包中的一些更方便的函数,例如dplyr包中的arrange,这些后续我们再共同学习。...参数的更改 R语言里所有的函数都是有参数的,我们可以根据函数作者的设定,赋予不同的参数,例如查阅帮助文档,可以看到sort,order都可以设定decreasing = T或者F来控制顺序,这个大家都知道了...但是后来一想不太对,R语言中几乎所有的函数都是有严格的对象和参数要求的,如果给了它函数里没写的东西,那大部分时候就会报错,如果没报错,那就是函数接受了,当然也有其他特殊例外的情况。...以上是R语言中基础函数中几个排序函数的用法,那排序到底有什么用呢?实际上在R语言中我个人觉得order比sort用的多,原因就是他会返回坑的位置。

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