2.1数据读取 2.1.1读取内置数据集 R本身提供了超过50个数据集，同时在功能包(包括标准功能包)中附带了更多的数据集。R自身提供的数据集存放在自带的datasets程序包中。...sqlFetch()直接读取Excel连接中的一个表到R数据框或列表中，sqlQueryQ在Excel连接上执行SQL查询语句，井返回结果。...R的数据或更一般的对象(如向量、矩阵、数据框、列表甚至函数等)可以通过save()保存为R专有的文件格式，以Rdata为后缀。...> a=file("C:/Program Files/RStudio/2.txt") 2.2.2保存为文本文件 通常我们会把R中的向量、矩阵、数据框和列表等对象写入一个文本文件中并保存起来，例如扩展名为...最好是矩阵或数据框;quote是逻辑值，TRUE表示变量名等字符、因子要用双引号括起来:sep指定分隔符;row.names/col.names也是逻辑值，TRUE表示将行名/列名写入文件中。
看报错只看最后一个冒号后面的ctrl加+/-是放大或缩小rstudio界面getwd()是获取工作目录所在位置r语言中可能出现的问题：1.warning啥也不是 语言里百分之99的warning是废话，...剩下的百分之一会恶化（产生error，产生意外的结果，如导出的图没有结果）。...必须要互动二、数据类型和向量2.1 数据类型数据类型包括数值型如1，2、字符型（必须加引号如“a”，'m’单双引号都行）、逻辑型（TRUE即T，FALSE即F，NA意思是缺失值 存在但未知）判断数据类型的函数...如3==5 FALSE 3！=4 TRUE逻辑运算 多个逻辑条件的连接：与&，或|，非！如35 FALSE 35 TRUE !...(4>5) TRUE2.2数值类型的判断和转换is族函数，判断，返回值是TRUE或FALSEis.numeric() 是否为数值型数据 is.numeric("a") FALSE is.logical
R语言基础 R语言是用函数处理数据 1、R与Rstudio 2、数据类型 3、数据结构 4、函数和R包 5、文件读写 6、绘图（一个应用的方向） 7、应用专题 一、R语言 入门认知 1.R语言与RStudio...1.4 新建脚本（一个装代码的文件） 步骤：file > new file > R script 1.5 RStudio 介绍 脚本编辑器、控制台（代码运行和结果显示）、environment（对象/变量列表...=4 TURE 逻辑运算 多个逻辑条件的连接 与 & 例如： 35 FALSE 或 | 例如： 35 TRUE 非 ！ 例如： !...(4>5) TRUE 5 数据类型的判断和转换【前面学了class() 函数】 is族函数，判断，返回值为TRUE或者FALSE is.numeric() 是否数值型数据...因为数据框不是电脑上的一个真实文件，并且要求每一列只能有一种数据类型。但是数据框可以导出，可以导出为一个表格。
在R中对象（object）是指可以赋值给变量（variable）的任何事物，在R语言中使用对象来存储数据也即储存变量，对象类型有标量、向量、矩阵、数组、数据框、列表。...推荐在安装R后安装RStudio（https://www.rstudio.com/），在RStudio中编辑、运行R脚本。...1.1标量与向量 ⑴赋值及运算符 标量是存储数据的最基本结构，可以是数值型、字符型或逻辑型（TRUE/FALSE）。...数据框必须有列名字，若没有则默认为X1、X2……。...名义型变量例如不同膳食类型、不同糖尿病类型，一般为字符型；有序型变量表示一种顺序关系，例如癌症的早、中、晚期，虽然也可以用数字表示，但不是数值关系，没有比较的意义，也无法衡量不同阶段间的差别大小；连续性变量可以为两个值之间的任何值
RStudio,打开后工作目录自动设置好了 R界面文字放大 “control” + “shift” + “+” R界面文字缩小 “control” + “-” 二.报错 报错: Error 。...解决：检查命令，检查环境，修正后重新运行 结果出错时(Error)，只看最后一个冒号的后半句 解决报错信息的两大思路，1. 检查代码有没有问题，2....数据结构（向量、数据框、矩阵、列表） 字符型向量必须加引号（单双皆可）不能为中文值 逻辑型（logical）包括TRUE(T)、FALSE(F)、 NA(缺失值） 判断数据类型的函数class（） 数据框单独拿出来一列是向量...(iris) ncol(iris) 两个向量（长度一致）的操作 x <- c(1,3,5,1) y <- c(3,2,5,6) x==y #比较运算 1 FALSE FALSE TRUE FALSE...按条件 df$scoredf$score > 0, 数据框按照逻辑取子集，TURE对应的行/列留下，FALSE对应的行/列丢掉。
其他快捷键介绍可看这篇推文：Rstudio常用快捷键以及窗口操作有用技巧。 默认情况下代码和结果会在输出文件中呈现。如果通过参数来控制代码块运行结果的输出情况可以在{r }中设置。...```{r echo=FALSE} print(1:5) ``` 结果为: ## [1] 1 2 3 4 5 collapse选项一个代码块的代码、输出通常被分解为多个原样文本块中， 如果一个代码块希望所有的代码...asis, 文本型输出直接进入到HTML文件中， 这需要R代码直接生成HTML标签， knitr包的kable()函数可以把数据框转换为HTML代码的表格。...: self_contained: true thumbnails: true lightbox: true gallery: false highlight:...Markdown语法没有用于更改文本颜色的内置方法。
默认情况下代码和结果会在输出文件中呈现。如果通过参数来控制代码块运行结果的输出情况可以在{r }中设置。一般包括代码及运行结果的输出、图片表格格式定义等。...这样的代码段如果有标签， 可以在后续代码段中被引用。 加选项include=FALSE， 则本代码段仅运行， 但是代码和结果都不写入到生成的文档中。...```{r echo=FALSE} print(1:5) ``` 结果为: ## [1] 1 2 3 4 5 collapse选项 一个代码块的代码、输出通常被分解为多个原样文本块中， 如果一个代码块希望所有的代码...、输出都写到同一个原样文本块中， 加选项collapse=TRUE。...asis, 文本型输出直接进入到HTML文件中， 这需要R代码直接生成HTML标签， knitr包的kable()函数可以把数据框转换为HTML代码的表格。
1.R包的安装图片option是设置图片1.R包安装和使用的逻辑：安装包-加载包-使用包里的函数2.用library()检查是否安装成功——唯一标准3.已经安装的包用::快速调用里面的函数4.常见疑问1...）没有error就忽略2）package not available包名写错；命令写错；R语言版本和包要求版本不同；包过时被剔除图片3）是否更新：建议选n，除非一直报错；不想回答安装命令参数：update...4046）权限问题：管理员方式重新进入rstudio7）？？？...——中文用户名5.分情况讨论require（）返回TRUE（成功加载） 或者 FALSE（不成功加载）if(!...sd 2)找R包介绍页面3）browsevignettes('') 在线教程7.补充常见的R语言符号图片中括号前是数据框或者矩阵两个中括号前是列表library括号里的是包文件名称出现在代码里，必然在实际参数的位置上带引号
R-Basics和Visualizing Data with R提供了基础的指导，但是没有详细介绍如何用R操作数据集。...在本演示中，我们将下载并安装RSQLite包–将SQLite的集成到RStudio上运行的R的工具。...dbWriteTable(conn, "cars", mtcars) 这个简单的语句在数据库中创建了一张数据类型类似R数据框的列的表。表列的名称是基于在数据框中的列的名称。...sqldf("SELECT * FROM mtcars WHERE mpg > 20", row.names=TRUE) 在R中有许多方式去创建新的数据框–基本的语言包含一些支持函数，而且R包像dplyr...RStudio掩盖这种复杂性，并提供了导入文件的简单对话。如果你没有一个得心应手的CSV文件，您可以基于我们前面看到的mtcars数据集通过R创建一个。
---- 1、安装到全局环境中 这里的全局环境是指R的默认包路径（在R中通过.Library查看），与之相反的是后文中使用renv所创建的隔离环境。...renv::init(project = "~/SCP_env", bare = TRUE, restart = TRUE) 在隔离环境中安装SCP： 如果全局环境中没有SCP，则运行： renv::...也会有很多人发现一些蹊跷的地方，比如： 自己根本没有加载过这个当事”包” 当事”包”版本明明已经符合，但是仍然报错 实际上，这个问题常出现在Rstudio中。...所以一步到位的解决办法就是：打开R console（而非Rstudio）–> install.packages(‘xxx’) –> 再次安装SCP或者你所需要的包 如果想在Rstudio中避免启动session...后就载入一些包，可以取消Rstudio所有的启动后加载功能：打开Tools –> Global Options –> General，将下图的选项框全部取消勾选： 3.4、Error: package
R和Rstudio 查看你的电脑用户名是中文还是英文 Desktop的上级显示用户名，如果是中午请改为英文，否则无法安装Rstudio R和R包安装教程 但建议官网自己下载最新的或合适的版本 R R是一种编程语言...R语言软件界面简陋，通常不直接使用，而是用图形界面的Rstudio Rstudio RStudio是免费提供的开源集成开发环境（IDE）。...RStudio提供了一个具有很多功能的环境，使R更容易使用，是在终端中使用R的绝佳选择四个板块 脚本编辑器：写脚本的地方 控制台：脚本运行和结果显示 环境/历史命令：显示对象和变量 文件...^,sqrt(),abs(),log() 赋值： <- 删除变量 rm(u,c) rm(list = ls())#清空所有变量 显示文件列表 dir() list.files() #没有文件则返回character...(0) > identical(list.files, dir) [1] TRUE R-project管理多个R工作目录 基本绘图 plot(rnorm(50)) #iris是一个R语言自带的数据框
图片 https://mp.weixin.qq.com/s/UsDC-t1j7NHaLTnI6xCATQ monocle3与PAGA有点类似，在UMAP图上显示轨迹图，没有了树状的结构。...原理、图的理解，可以参考Reference中的链接 安装 ubuntu sudo apt install libudunits2-dev libgdal-dev R speedglm包违反CRAN规定被删除了...") 图片 图片 图片 5.Perform differential expression analysis 这是空间差异分析常用的方法，在空间转录组中也有。...空间共表达效应，1代表此基因在空间距离相近的细胞中表达值高度相似。根据莫兰指数挑选前10个基因用于可视化。...", plot = p) 图片 图片 7.Finding modules of co-regulated genes 寻找共表达基因模块,根据上边的差异分析结果，按照UMAP和Louvain 聚类，将这些基因分在不同的模块中
其中，formula类似于lm( )中的参数，用于指定模型表达式，但主成分分析中没有响应变量; data指定数据框;subset用于选择数据矩阵的行，选出数据的一个子集进行分析；a. action表示...princomp(x, cor = FALSE, scores = TRUE, covmat = NULL, subset = rep_len(TRUE, nrow(as.matrix...(x))), ...) x是用于主成分分析的数据集:cor默认为FALSE，表示使用样本的协方差阵作主成分分析， 若cot=TRUE则使用相关系数矩阵R求主成分; 例 ?...> agri=read.table("D:/ProgramFiles/RStudio/agriculture.txt",header=TRUE) > agri=agri[,-1] #剔除第一列序号 >...利用R程序包labdsv中的方法pca()进行主成分分析 > food=read.table("D:/ProgramFiles/RStudio/food.txt",header=T) #读入数据 >
https://mp.weixin.qq.com/s/UsDC-t1j7NHaLTnI6xCATQ图片monocle3与PAGA有点类似，在UMAP图上显示轨迹图，没有了树状的结构。...原理、图的理解，可以参考Reference中的链接安装ubuntusudo apt install libudunits2-dev libgdal-devRspeedglm包违反CRAN规定被删除了，所以要从...5.Perform differential expression analysis这是空间差异分析常用的方法，在空间转录组中也有。...空间共表达效应，1代表此基因在空间距离相近的细胞中表达值高度相似。根据莫兰指数挑选前10个基因用于可视化。...", plot = p)图片图片7.Finding modules of co-regulated genes寻找共表达基因模块,根据上边的差异分析结果，按照UMAP和Louvain 聚类，将这些基因分在不同的模块中
练习和思考ppt上的内容！【要在接受这个体系知识的基础上去思考去创新去拓展】二、课堂内容之：R语言与Rstudio1.【解释】R语言的世界是关于函数与数据的世界=简单来说就是利用函数去处理数据。...【学习的好处】然而使用R语言与Rstudio最大的好处就是能批量处理数据和画图！突出批量处理的效率！【我们需要了解的知识】什么是函数？数据要怎么组织？...【最初了解Rstudio步骤】最初学习的步骤：安装R包--读写文件--函数与数据有什么规则【安装R包出现的问题】按照上课需要，安装了一些R包，而R包是需要install（安装）后，在console（控制台中...【为什么学习R语言&Rstudio】R语言相对于初学者来说更加容易R语言是编程语言、软件、环境作用是：数据处理、统计、可视化优点是：开源、可扩展、简单有效Rstudio【是在R语言背后运行的程序】Rstudio...>号的地方出现+，代表命令不完整【解决方式：能补全时可补全/不能补全时在console中按esc键终止】8.出现提示信息，可忽略！！没有error就可忽略！！9.需要去看看提示信息，需要回答！
R海拾遗-shiny4 概述 shiny基础终章，shiny反应表达式学习 代码 在工作目录中创建一个名为stockVis的新文件夹 下载以下文件放在stockVis中 app.R：https://shiny.rstudio.com.../tutorial/written-tutorial/lesson6/stockVis/app.R helper.R：https://shiny.rstudio.com/tutorial/written-tutorial...chartSeries 图表中显示价格 同时需要使用helps.r脚本，脚本包含一个根据通货膨胀调整股票价格的函数。...第一次运行反应表达式时，该表达式将其结果保存在计算机的内存中。...，后续看看有没有大的项目玩一玩，可惜最近服务器不给力，深度学习的东西没法开展，就说这么多吧，love&peace 甜言蜜语最危险的 很多人看不开，也不体面 因小失大
练习2：安装Rstudio 提示：https://www.rstudio.com/ ?...如安装中遇到问题可参考《为什么在r-stdio,cran安装程序包总出错？》或https://zhuanlan.zhihu.com/p/74512190 ?...练习7：读取本地csv、xlsx、txt数据 要求：学会read.csv、read.table等 提示：参考《R语言实战》-2.3-数据的输入 或《R语言常用的数据输入与输出方法 | 第三讲》 03 —...练习13：变量均值、方差、计数、……计算 要求：均值mean、标准差sd、方差var、范围range、…… 提示：参考《R语言实战》-5.3-"表5-3 统计函数" 练习14：数据集（数据框）描述统计...05 — 关于逻辑判断、控制流和自定义函数 练习15：关于逻辑判断-TRUE/FALSE 入门要求：了解基本逻辑运算及其返回值-TRUE/FALSE 提示：参考《R 语言 逻辑运算：TRUE/FALSE
R可以在CRAN上免费下载，安装过程可以参考我前面的视频教程 1. windows下安装R和Rstudio 2. mac下安装R和Rstudio 3....R语言中的基本数据类型（模式）包括数值型、字符型、逻辑型（TRUE/FALSE）、复数型（虚数）和原生型（字节）。 R拥有许多用于存储数据的对象类型，包括标量、向量、矩阵、数组、数据框和列表。...像矩阵一样，数组中的数据也只能拥有一种数据类型。 4、数据框 数据框可用来存储下图格式，不同的列可以包含不同的数据。数据框是R中最常处理的数据结构。...可以使用（如矩阵中的）下标记号，亦可直接指定列名，或是使用$符号，如下例： 5、因子 变量可归结为名义型、有序型或连续型变量。名义型变量是没有顺序之分的类别变量。...列表允许整合若干（可能无关的）对象到单个对象名下。类似于编程语言中的类或是结构体。某个列表中可能是若干向量、矩阵、数据框，甚至其他列表的组合。
，TRUE 为行，False 为列；默认列。...数据框的来源 image.png as.data.frame(matrix)，可以将矩阵数据转为数据框。 查看数据框 通过head()与tail()快速查看，默认提取前六行。..., FALSE, FALSE, FALSE, TRUE, TRUE, TRUE, TRUE) 将不同的vctors 拼接起来。...R 会为每个独立的向量分配一个整数，创建一个value-label 对，value 对应向量中的元素，label 对应分配的数字。...Rstudio 中也有删除全部的选项。 易错点 数据库与矩阵 眼见不一定为实，看返回结果才是真。 5.
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