想一想，把自己的研究成功部署为一个APP，数据不仅仅是paper的二维图表，在行业会议上别人都在用PPT，我却打开了APP，是不是很帅？ 当然，这些都是次要的，主要的是节约时间。...特别是，当实验室有好几个师弟师妹，研究不同的通路一会画一个小提琴图一会画一个tsne图，为什么不给你们实验室写一个Shiny！ 其实，并不难。...创建之后，第一个应用程序就应运而生了，在Rstudio控制台运行： library(Shiny) # 没有安装的同学安装一下 runApp('H:\\singlecell\\SCshiny\\seuratreport...其实没有想的那么复杂： 当然，我们可以把shiny放在github上供大家享用，其实就是创建一个仓库，把我们的文件放上去，用runGitHub()来运行。...，之差最后一步： library(rsconnect) rsconnect::deployApp('H:\\singlecell\\SCshiny\\seuratreport') 下面是创建的过程： Preparing
侧边栏（siderbar）主要起到导航作用，可以简单理解为输入栏，不同的输入栏（输入），主体（body）就呈现出不同内容（输出）。...菜单项切换不同的界面，输入项决定界面呈现什么内容。简单理解为：侧边栏（siderbar）就是主体(body)的输入“参数”，用于切换不同的界面和改变界面呈现的内容。...library(shiny)library(shinydashboard)library(ggplot2)library(DT) ui <- dashboardPage( dashboardHeader...library(shiny)library(shinydashboard)library(ggplot2)library(DT) ui <- dashboardPage( dashboardHeader...library(shiny)library(shinydashboard)library(ggplot2)library(DT)ui <- dashboardPage( dashboardHeader
在临床决策中，R Shiny可以用于以下方面： 数据可视化：医生可以使用R Shiny构建交互式图表和图形，以更好地展示和解释患者的病情和治疗效果。...临床预测模型：R Shiny可以帮助医生构建和验证临床预测模型，以便更好地了解患者的风险和预测未来病情的可能性。...决策支持系统：R Shiny可以用于构建决策支持系统，帮助医生制定更准确、更个性化的治疗方案。 临床试验监管：R Shiny可以用于临床试验监管，帮助研究人员快速掌握数据，监测研究的进展和效果。...image.png 在这个示例程序中，使用了numericInput和selectInput函数创建输入变量，使用actionButton函数创建计算患病概率的按钮。...) library(ggplot2) library(pROC) library(DT) library(tidyverse) library(shinydashboard) library(shinydashboardPlus
上面是shiny团队的稿件 l5-更复杂的反应app 创建一个更复杂的依赖R脚本和额外数据的有灵魂的（能反应的）app 使用R脚本和数据 此篇旨在展示如何载入数据，R脚本，包，用来构建app。...地区分布图使用颜色展示变量的地区差异 此例中，helpers.R 将会创建一个percent_map ，一个设计用于匹配counties.rds数据的函数，下载 脚本将会使用maps和mapproj包，...，还载入了两个包library(maps)和 library(mapproj) 使用shiny也会这样调用这些函数，但是写法略有不同 source和readRDS需要文件路径，文件路径的使用方式在shiny...构建参数值 如何放置这些设置参数的代码 赶紧先自己做做吧 回顾 如今，你已经可以使用R脚本，数据集，包创建复杂的app了 有几个要点 对于shiny app 来说，app.R脚本所在的路径就是工作目录...，把小工具的值转换成R表达式 我的答案 library(shiny) source("helpers.R") counties <- readRDS("data/counties.rds") library
数据可视化仪表盘是将数据直观呈现并提供交互性的强大工具。R语言与Shiny框架的结合，使得创建交互式数据可视化仪表盘变得轻松而灵活。...在这篇博客中，我们将深入介绍如何使用R和Shiny创建一个简单而实用的数据可视化仪表盘。步骤1：安装和加载必要的包首先，确保你已经安装了以下R包：shiny、ggplot2、dplyr。...(shiny)library(ggplot2)library(dplyr)步骤2：创建Shiny应用创建一个新的R脚本（例如，app.R），用于编写Shiny应用。...以下是一个简单的Shiny应用的框架：RCopy code# app.R# 加载必要的包library(shiny)library(ggplot2)library(dplyr)# 定义UI界面ui <-...应用在R中运行Shiny应用：RCopy codeshinyApp(ui, server)这将启动Shiny应用，你可以在浏览器中访问http://127.0.0.1:XXXX（XXXX为端口号），查看创建的数据可视化仪表盘
最近迷上了动态可视化，突然发现shiny真是个好东西，能够将我之前所学都完美的结合在一起，形成一个集成的动态仪表盘！...今天做一个小小的案例，算是shiny动态可视化的小开端…… 这个案例是之前发过的中国人口结构动态金字塔图，这个图还是蛮不错，数据取自UN的官网，非常有现实意义的人口性别结构数据。...library(ggplot2) library(animation) library(dplyr) library(tidyr) library(xlsx) library(ggthemes) library...(shiny) library(shinythemes) 做简单的数据清洗工作，为shiny提供可用的数据源： setwd("D:/R/File") windowsFonts(myfont=windowsFont...此外，shiny的两个组成部件： ui.R和server.R我已经打包成文件夹了，里面有需要的数据集文件，有执行app的gobal文件，如需可在魔方学院群贡献文件中下载
基于行的布局 library(shiny)library(shinydashboard)library(ggplot2)body <- dashboardBody( fluidRow...上述动态图为基于行的布局，有两个fluidRow()函数，所以布局中创建了两个行整体：一个行整体是绘制不同类型的直方图，包含直方图类型参数输入项、直方图标题输入项以及直方图输出项3个元素。...基于列的布局 library(shiny)library(shinydashboard)library(ggplot2)library(DT) body <- dashboardBody( fluidRow...从广义上来说，有两个列整体，第一个列整体为绘制不同类型的直方图：包含直方图类型参数输入项、直方图标题输入项以及直方图输出项；另一个列整体包含滑动条输入项、源数据和数据类型。...library(shiny)library(shinydashboard)library(ggplot2)body <- dashboardBody( fluidRow( box(selectInput
在Y叔的公众号看到文章**《有人基于AnnotationHub和clusterProfiler做了个shiny，就能支持1700+的物种，你却老是在问我，非模式生物怎么办！》**。...正好自己最近在学习R语言的shiny。于是找到这个shiny的代码看了看，发现不是很长，花点时间应该可以重复出来。...原本的shiny对应的github主页 https://github.com/sk-sahu/sig-bio-shiny 今天先重复一小部分 包括 导航栏 侧边栏 文本输入框 数字输入框 选择框 提交按钮...library(shiny) ui<-navbarPage('Pomegranate',inverse = T,collapsible = T, tabPanel("Gene...value="Pg00001"), selectInput
image.png 2.下载R脚本 helpers.R是一个R脚本，可以制作地图，并使用颜色显示的区域变化。...在这个例子中，helpers.R将创建percent_map函数绘制counties.rds的数据。helpers.R 在此处下载。 ?...image.png helpers.R使用R中的maps和mapproj软件包。...library(maps) library(mapproj) source("census-app/helpers.R") counties <- readRDS("census-app/data/counties.rds...4.建立app.R文件 将以下代码复制并粘贴到您的census-app目录下，新建一个app.R文件 # Load packages ---- library(shiny) library(maps)
名为DT的R包可以利用这个库，实现交互式操作，方便探索大数据集。...library(DT) datatable(mtcars) mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb R社区还有其他高质量的javascript...创建Shiny交互式应用程序 shiny由RStudio开发，不同于前面的动图，它可以在web浏览器中运行。...一个shiny应用程序基本由两个重要部分组成：一个是Web浏览器交互的HTTP服务器，另一个是HTTP服务器交互的R会话。...下面我们写一个最小的shiny应用程序，写一个R脚本定义它的用户界面和服务器逻辑，用户界面是一个boostrapPage，它包含一个numericInput用于接收一个整数表示样本容量，一个textOutput
发布地址： https://yanshenli.shinyapps.io/shinydemo/ （shinyapp.io打开比较慢） 参考资料 《Mastering Shiny》 https://mastering-shiny.org...pwd=cnxr 提取码：cnxr 使用方法：下载代码包，修改“shiny.R”中的工作路径，正常就可以直接运行了。...（有疑问欢迎交流，仅限周六日） shinyapp.R library(shiny) library(ggplot2) setwd("C:\\Users\\ysl\\Desktop\\shinydemo"...) load("global.R") load("ui.R") load("server.R") shinyApp(ui, server) global.R data = iris ui.R ui...) output$plot1 <- renderPlot({ pairs(dataset()) },res = 96) # point graph SERVER ## 创建交互变量选择窗口
Shiny APP的结构： library(shiny) runExample("01_hello") ?...，并没有输出，要想创建一个交互式的输出需要两步： 在UI里面添加一个R对象 在server函数内部告诉R如何去创建这个对象 在UI里面添加R对象 shiny提供了一系列的函数将R对象转化成UI界面的输出...，R对象名称为selected_var 提供R代码来创建这个对象 将R对象的名称放在UI里面只是告诉shiny在哪儿放置我们的输出结果，接下来我们需要告诉shiny如何去创建这个对象 server函数会创建一个类似列表的对象...shiny render*函数的输出，不同的render*函数对应不同类型的输出： ?...image-20201107230932367 需要用到的包为maps and mapproj 可以直接运行这些代码： library(maps) library(mapproj) source("test_app
，每个都可以用直白命名的R函数创建，例如函数actionButton 用来创建 动作按钮 （Action Button），函数 sliderInput 创建 一个 滑块 （slider bar） 下表是常见的小部件...selectInput 试试把下面的代码运行一下吧 library(shiny) # Define UI ---- ui <- fluidPage( titlePanel("Basic widgets...当然此篇只要了解他们的作用就行了，不必了解这种复杂的布局方案 练习 尝试写个如图所示的界面（答案很长放在后面，但是一定一定要先自己做一遍哦） 小节回顾 shiny提供一个函数家族来创建这些小工具 每个小工具的函数都需要...我又做出来了哦，这是我的结果 我的代码 library(shiny) # Define UI ---- ui <- fluidPage( titlePanel("censusVis"), sidebarLayout...from your R console:"), code('install.packages("shiny")'), br(), br(), br(),
Shiny reactive的用法与案例展示 在Shiny中，reactive()是一个函数，用于创建一个响应式变量（reactive variable）。...当需要在 Shiny 应用程序中创建一个简单的响应式变量时，可以使用 reactiveVal() 函数。它创建的变量不需要依赖其他变量或表达式，而是直接返回一个初始值。...与 reactive() 不同，reactiveVal() 可以在任何时间更新响应式变量的值。...reactiveValues() 函数可以用于创建包含多个响应式变量的对象，因此可以在 Shiny 应用程序中方便地管理多个响应式变量。...library("shiny") library(DT) data <- as.data.frame(ggplot2::diamonds) data$comment <- NA ui <- fluidPage
效果展示 图片 图片 图片 过程 稿子 请写一篇500字的公众号文章引文，论述为什么要ChatGPT帮助下创造简单的shinyAPP，探讨可行性，并思索这一行为的意义。...代码 Q1: 给我写一个利用DOSE R包计算疾病相似度矩阵的shinyAPP, 用中文注释 下面是一个利用DOSE R包计算疾病相似度矩阵的shinyAPP，注释中包含了代码的解释和中文注释： library...在服务器端逻辑中，根据用户选择的分析方法使用DOSE包中对应的函数计算疾病相似度矩阵，并将结果输出到界面上。用户可以多次输入不同的疾病名称或列表进行计算，并根据计算结果进行分析和决策。...好的，根据您的要求，下面是一个使用DOSE R包计算两个疾病之间相似度的shinyAPP，界面与您提供的UI类似： library(shiny) library(DOSE) # 设置APP用户界面 ui..., 请给我相应的shinyAPP 好的，以下是使用ChatGPT帮助下创建的简单shinyAPP，可以进行a、b两个术语集的相似度计算和可视化展示： library(DOSE) library(GOplot
数据可视化是数据分析中关键的一步，相比于静态绘图，交互（界面）图可以给我们更多的调节空间。单细胞数据分析中往往需要用不同的参数来可视化细胞图谱或者基因表达特征，Seurat也中有相关的交互绘图功能。...思考：如何查一个R包中哪些函数有某一参数？ 先载入R包和数据，并执行简单的降维。...library(Seurat) packageVersion('Seurat') [1] ‘3.2.2’ library(SeuratData) library(tidyverse) head(stxBrain.SeuratData...包装它并不是复杂，如Azimuth的源码，shiny完成的是对Seurat包的调用程序。...界面版和命令行版针对的是不同条件的选择，看自己的实验室的编程条件和人员背景来选择。但是做单细胞数据分析迟早都要会R语言。
只要用户触发小工具，反应输出会自动响应 如下图，右边的两行文字会根据用户对小工具的操作改变 此篇创建一个名为census-app的app 总的两步 可以通过两步处理构建反应输出 加一个R对象到你的用户界面...告诉shiny如何在server函数构建对象，该对象会在它的代码构建一个小工具的值的时候反应 第一步：加一个R对象到UI shiny提供了一个函数家族，将R对象转换成在UI中的输出，每个函数创建特定类型的输出...，包含所有用来更新app中R对象的代码，每个R对象在list中要有自己的条目（名字） 在server函数中，可以通过在output定义一个新元素来创建条目，如下，元素名字应该与ui中反应元素使用的参数一致...因为滑块小工具有两个值，最大值和最小值，所以input$range 会包含一个长度为二的向量。...当用户改变小工具，shiny会使用新的值重建依赖于那个小工具的所有的输出，重建对象达到更新的目的 这就是如何用shiny创建反应，通过连接input列表中的值到output中的对象。
，今年8月他们部门接受了我们的R语言培训，这篇文章就是培训后他做的presentation....目标：通过数据的股票代码获取中国股票信息 这个项目以利用shiny获取和展示股票信息为目标。...我的主要目标是利用shiny来展示股市数据，因此我使用雅虎为数据源然后直接使用quantmod程序包来提取数据。 Server.R 下面服务终端代码。代码非常简单。...让人吃惊的是R居然能如此完美的处理这一大堆股票数据。 1 if (!...以前我常常提出这样的问题，怎么样才能为我整理好的数据建立一个规范的端口，然后让用户在各个方向上灵活地分析。Shiny和R恰好是一个好的解决方法，但是我依然需要找到一个将shiny应用于用户的便捷方法。
library(shiny) 输入控件的通用结构 所有的输入（控件）函数第 1 个参数都是相同的 inputId。...inputId 有两处限制： 必须是合法的变量名。 必须唯一。 大多数的输入函数的第 2 个参数是 label，它用于为控件创建可读的标签。它就没有限制了，尽量让大家看得懂该控件的含义即可。...选择列表 selectInput() 和 radioButtons() 是两种不同的创建选择列表方法。...使用 selectInput() 创建的下拉列表由于所占的空间固定，非常适用于长列表。如果设定了 multiple = TRUE，还支持多选。...如果你里面想要用到它，不妨参考 https://github.com/rstudio/shiny-examples/blob/master/009-upload/app.R 提供的示例 Shiny App
引言当我们想获得一个gse的matrix文件和补充文件, 一般情况下可以直接用网页下载, 用 R 的话也可以使用 getGEO(gse) 和 getGEOSuppFiles(gse)函数 , 但是如果在服务器或者网络非常不好的情况下..., 这个链接就是之前说的"可以断点续传而又网速稳定的ftp链接"了, 但是我们当然不能每一次需要这个链接就使用一次 getGEO(gse) , 那样反而是本末倒置了.r$> getGEO("gse17536...shinyAPP代码:library(shiny)library(xml2)library(DT)library(shinyjs)# Define UIui <- fluidPage( useShinyjs...(GEOquery)getGEO("gse17536")上传到github首先, 创建一个空仓库, 之后到本地文件夹内:git initgit remote add origin git@github.com...R(https://rdrr.io/bioc/crossmeta/src/R/load_utils.R)GEO数据批量自动下载-生命数据科学GEO数据库 | series matrix批量高速下载-生命数据科学
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