R的数据类型 R中包含三种最基本的数据类型 字符型（character） "a"，"abc"，"1"，"小明"，'大强' 数值型 （numeric） 1,2,3,100,10086 逻辑型（logical...） TRUE FALSE NA 可以看出，字符型数据是在双引号或单引号中括起来的内容；数值型就是数字；逻辑型包括三个TRUE，FALSE和NA。...想判断一个数据是什么数据类型可以用class() x <- 1 y <- 'a' z <- TRUE class(x) class(y) class(z) -----------------------...------- > class(x) [1] "numeric" > class(y) [1] "character" > class(z) [1] "logical" 判断一个数据是否是某个类型的数据...= 大于， 小于， 小于等于， 大于等于， 等于， 不等于 可用于判断两个数据的大小关系，返回逻辑值 逻辑运算 或&：都是TRUE为TRUE，只要有一个是FALSE就为
日常逛 GitHub，今天发现了很不错的学习资源。有针对 R 和 Python 2 种不同的版本。...我这里截取教程的第一部分知识，读者阅读之后如果比较感兴趣可以通过 https://ds-r.leovan.tech/ 进行阅读，通过原文下载。 Python 版本放在第 2 篇推文中。 ? ? ?
这有点类似于shell中通过$引用相应的参数。看来很多的编程语言都存有相同的参数传递机制。 函数的属性 R中包含了一系列的函数用于提取函数类型对象的信息。...NULL 如果我们想要在R代码中对函数的参数列表进行操作，formals函数是一个很好的工具，它会返回一个配对列表对象（对应参数名和设定的默认参数值）。...注意，formals函数仅能运行在R写的函数上（类型为closure的对象），而不能在内嵌函数（bulti-in function）上运行。...例如： > f.formals$y <- 3 > formals(f) <- f.formals > args(f) function (x, y = 3, z = 2) NULL R提供了一个非常方便的函数...加入解释器在到达全局环境时依然没有找到var，那么R会在全局环境中指定var的值为value。
之前我学习和自己分析时就遇到过，尝试使用判断的方式事先检查它是不是数据存在问题（这类数据明显不服从正态分布），可以使用正态性检验，或者直接判断是不是样本组内的数据是完全一样的，如果一样就不要这个了。...所遇到的问题： 分析两个样本之间是否存在差异，每个样本三个重复。现在用的是t.test，但有些样本三个重复的值一样（比如有0,0,0或者2,2,2之类的），想问下像这种数据应该用什么检验方法呢？...以下是我的回答： 数据是恒量是无法做t检验的，因为计算公式分母为0（不懂的看下统计量t的计算公式，一般标准差/标准误为分母，所以恒量是不能算的）。...，如果出问题，返回相应的NA，这样我们可以算完后再检查数据。...9508518/why-are-these-numbers-not-equal https://stackoverflow.com/questions/23093095/t-test-failed-in-r
如果缺失数据的量相对于数据集的大小非常小，那么为了不偏离分析而忽略缺少特征的少数样本可能是最好的策略，但是留下可用的数据点会剥夺某些数据的特征。...尽管某些快速修正如均值替代在某些情况下可能很好，但这种简单的方法通常会向数据中引入偏差。 在这篇文章中，我们将使用airquality数据集（在R中提供）来推测缺失值。...为了本文的目的，我将从数据集中删除一些数据点。 快速分类缺失数据 有两种类型的缺失数据： MCAR：随意丢失。 MNAR：不是随意丢失的。...查看缺失的数据模式 该mice软件包提供了一个很好的功能md.pattern()，可以更好地理解丢失数据的模式 输出结果告诉我们，104个样本是完整的，34个样本只错过臭氧测量，4个样本只错过了Solar.R...左边的红色方块图显示Solar.R的分布与臭氧缺失，而蓝色方块图显示剩余数据点的分布。 如果我们假设MCAR数据是正确的，那么我们预计红色和蓝色方块图非常相似。
继续我们的R语言基础学习！ 今天要学习的是R中的数据类型 在这些数据类型中，向量和数据框对于生信学习者来说较为重要。...c（1，2，5）中的元素 02数据框 1.示例数据准备 在工作目录下新建一个excel，取名为example并保存为csv格式，内容如下 千万不要直接另存为csv格式！！！...5)dec 用于指明数据文件中小数的小数点 6)row.names 保存行名的向量 以向量的形式给出每行的行名，或读取表中包含行名称的列序号 df <- read.csv('example.csv',...8)数据框的导出 write.table(x,file ="",quote = T, sep = "") 9)变量的保存与重新加载 如果本次数据没用完，想下次再次使用 save.image(file...查询了一下发现是图中红框的部分是没有数据的，如果使用csv程序会采用NA补全，而table不会 写在最后 磨磨唧唧终于是把R语言基础的数据结构部分给发出来啦，虽然R语言基础的第三期还没写好，但是
编程语言学多了你会发现虽然每一门编程语言都有其各自的语法、特性，但它们都有着一些程序内秉的框架：数据类型、条件判断、循环，所以才有了那句言简意赅的定义： 程序 = 算法 + 数据结构 算法即步骤，但不是每一步都该执行...学习控制结构并正确地使用它是打到高端局的必经之途。 下面呈上 R 关于控制结构的知识，与君共享。...，所以 if 函数的类型是special： > typeof(`if`) [1] "special" R 中，条件语句不是向量型运算。...接触过其他编程的朋友肯定接触过不少类 switch 或 case 的语句，R 也存在着switch函数，所以我们可以用下面的语句实现该功能： > switcheroo.switch <- function...后语 使用 R 的人是幸运的，向量化是 R 的内在特性之一，以至于我们常常忘记它的存在。 请珍惜这份开源的馈赠。
复制-修改机制 这里介绍R的一个重要特性，以便于更安全地使用数据。...x1[1] = 0 x1 ## [1] 0 2 3 x2 ## [1] 1 2 3 结果显示x1的改变不会影响x2，我们可能以为赋值操作会自动复制值，然后使新变量指向数据的副本，而不是原始数据，那么实际如何我们用...，而赋值操作并没有自动复制数据！...那么数据是什么时候被复制了呢？...在R的背后，环境至关重要，它标明了数据、函数、符号的存储空间，它们相互独立又相互联系。 在引用语义下使用环境 引用语义这里是指——修改环境时不会复制该环境，无论它有多个名称还是作为参数传递给函数。
另外还可以设置访问网络的代理。 读取数据库 如果需要在R中连接数据库，主要是使用ODBC来连接，需要安装包RODBC。如果是Linux或者Mac平台，对于MySQL数据库，可以安装RMySQL包。...因为我现在是Mac，就以MySQL为例，我在MySQL的test数据库中建立了一个表Employee，现在需要读取该表。...dbConnect(MySQL(),dbname="test",host="127.0.0.1") 接下来我们要查看有哪些表，可以： dbListTables(conn) 如果我要查询Employee表中的所有数据...，那么： emp<-dbGetQuery(conn,"select * from Employee”) 查询完了数据库记得关闭连接，这是一个好习惯： dbDisconnect(conn) 如果我们连接的不是...MySQL，那么就需要安装对应的数据库连接的包。
数据汇总 summary 对一个数据框 d，用 summary(d) 可以获得每个连续型变量的基本统计量，和每个离散取值变量的频率。以及分类变量的各种类型的统计结果。...:45.50 str 对数据框 d，用 str(d) 可以获得各个变量的类型和取值样例。...table 还可以接受两个参数，实现列联表： 对于 table() 的结果列联表，可以用 addmargins() 函数增加行和与列和： 数据框概括 用 colMeans() 对数据框或矩阵的每列计算均值...，用 colSums() 对数据框或矩阵的每列计算总和。...split split 函数可以把数据框的各行按照一个或几个分组变量分为子集的列表，然后可以用 sapply() 或 vapply() 对每组进行概括。
❝一句话简介：一个可以用于探索、下载和简单分析 UCSC Xena data hubs 上所有数据集的 R Shiny 交互式应用。...❞ 项目地址：https://github.com/openbiox/UCSCXenaShiny[1] 可以单独作为 R 包下载和使用，目前主要开发了数据集的下载和单基因的分析功能，很多都还需要完善和增加...数据集的选择、查看和下载： ? 一些单基因分析模块：包括泛癌表达、生存分析、Cox分析等 ? 接着看下目前6位参与的开发人员，如果没有他们就没有这个工具的存在啦。 ?...目前该平台正在内测，如果你不想要安装 R 包，又想要尝试一下 UCSCXenaShiny，欢迎注册 最后，如果这个工具能够帮助到你的科研工作，记得引用一下我们的预印本： ❝Wang, S.; Xiong...UCSCXenaShiny: An R Package for Exploring and Analyzing UCSC Xena Public Datasets in Web Browser.
R自动数据包的重要性，这是一个系列： 向量 euro #欧元汇率，长度为11，每个元素都有命名 landmasses #48个陆地的面积，每个都有命名 precip #长度为70的命名向量...#纽约1973年5-9月每日空气质量 anscombe #四组x-y数据，虽有相似的统计量，但实际数据差别较大 attenu #多个观测站对加利福尼亚23次地震的观测数据 attitude...#30个部门在七个方面的调查结果，调查结果是同一部门35个职员赞成的百分比 beaver1 #一只海狸每10分钟的体温数据，共114条数据 beaver2 #另一只海狸每10分钟的体温数据，...LifeCycleSavings #50个国家的存款率 longley #强共线性的宏观经济数据 morley #光速测量试验数据 mtcars #32辆汽车在11个指标上的数据...rock #48块石头的形态数据 sleep #两药物的催眠效果 stackloss #化工厂将氨转为硝酸的数据 swiss #瑞士生育率和社会经济指标 ToothGrowth
很多常见的属性都是针对常见的数值型数据对象而言的：像数组、矩阵和数据框。...返回结果取决于对象的类型，对于数据框对象会返回数据框的列名，对于数组会返回数组中被命名元素的名字 row.names 对象的行名 tsp 对象的起始点。...但这不意味着这两者完全一样的，我们自己也能很明显感觉它们的差异。 R中有一个all.equal函数可以用来比较两个对象的数据和维度以甄别两个对象是否近乎相同，若不同则会返回其原因。...对于简单的对象而言，其类和类型是有紧密联系的。然而，对于复合型对象，两者则可能不同（最常见的是数据框，你创建一个然后用class与typeof函数看看就知道了）。...例如，在计算机内部，因子是通过整型数据以及整型数据到因子水平的映射来实现的（整型数据占的存储空间较少且固定，因此比字符向量更高效）。
环境（environment）就是一个R对象（R中一切皆对象），其中包含给定上下文中的符号集合、与这些符号相关的对象，以及一个指向父环境的指针。...当R解析一个符号时，会先查找当前的环境。如果在本地环境中没有匹配的符号，R就会逐级而上查找父环境中是否有能匹配的符号。 符号 符号这个概念也许刚接触R的话不会常听到，但你却实实在在每每刻刻都在用它。...我记得学C语言时，对于变量赋值及其实现通常老师会举一个酒店或者旅馆的例子。如果说存储单元是一个个独立的房间，里面放了数据，那么符号就是门牌号了，指向了数据放在哪个房间。...envir环境中定义的所有名称 remove 从envir环境中移除罗列的对象 search 以向量 形式返回所附着的包的名称 searchpaths 以向量 形式返回所附着的包的路径 attach 将数据对象添加到当前搜索路径...detach 将数据对象从当前搜索路径中移除 emptyenv 返回空环境对象。
本文介绍对 R 的安装与配置，以 Windows 系统为对象进行操作，其他操作系统过程类似。本文算是一个老司机的经验之谈，初学者按照操作配置可以减少以后不必要的麻烦，对于其他读者，希望也有所启发。...根据我这一两年多反复安装 R，遇到错误不得不重装 R 的一些经历，在安装时有以下几个重要的建议： 尽量不要安装在 Program files 相关目录下，考虑到现在大多数电脑都是一个 C 盘，可以选择在...下面展示的就是我选择了 C:/Tools 作为本文软件安装的目录。大家根据自己电脑合理选择，有其他盘的朋友可以装到其他盘。带固态硬盘的最好装到固态硬盘目录里，因为读写数据快。...配置 Windows R 默认使用用户文档目录作为家目录（等同于 Linux 中的 ~），使用系统指定的临时目录作为临时目录，使用安装路径下的 R版本/library 目录作为 R 包存储目录。...保存后重启 RStudio 或者点击菜单栏 Session 下的 Restart R 。 ? 每次都会输出你包的存储路径和 R 的临时路径，方便提醒自己。
数据采样： setwd("E:\\Rwork") set.seed(1234) index <- sample(1:nrow(iris),10, replace = T) index sample_set...include.lowest = TRUE) newiris <- data.frame(contseplen = iris$Sepal.Length , discseplen = cutseplen) newiris 数据合并...最常用merge()函数，但是这个函数使用时候这两种情况需要注意： 1、merge(a,b)，纯粹地把两个数据集合在一起，没有沟通a、b数据集的by，这样出现的数据很多，相当于a*b条数据； 2...、merge函数是匹配到a,b数据集的并，都有的才匹配出来，如果a、b数据集ID不同，要用all=T（下面有all用法的代码）。
数据分为：数值型、字符型、逻辑型图片逻辑型数值，用函数"class"判断，"TRUE" "FALSE"称为“返回值”"！"...代表将之前的逻辑（不是数值型）结果反过来图片图片图片不同函数之间的应用图片注：“=”可以任何时候替代赋值符号“<-”，但反过来并不是。加个括号之后可以让赋值和输出一起实现。...赋值成一个向量，再去进行下一步的操作。图片向量由元素组成，向量中第2次或第多次出现的叫重复值，去重复是去掉后面出现的值，第一次出现的会保留下来。...图片[ ]外面表示谁被取子集，[ ]里面表示取子集的条件。图片x[4]:取向量集里第4个元素；x[2:4]表示取第2到第4个元素；x[-4]表示去掉第4个元素，剩下的为子集。
本文内容： 基础函数操作数据框 sqldf包使用SQL查询数据框 data.table包操作数据 dplyr管道操作处理数据 rlist包处理嵌套数据结构 使用内置函数操作数据框 数据框的本质是一个由向量构成的列表...比如选择满足特定条件的行，使用[]符号，第一个参数提供一个逻辑向量，第二个参数留空。 本文大部分的代码都是基于一组产品的虚拟数据。我们先将数据载入，然后学习怎么用不同的方法操作数据。 if(!...接下来我们正式学习用R内置的函数操作数据框进行分析和统计的一些方法。...个表格有共同的id列，可惜R里面内置函数只能一次合并2个数据框： product_full = merge(product_table, product_tests, by = "id") product_full...例如下面数据包含两种产品不同日期的质量和耐久性的测试结果： toy_tests = read_csv("../..
目录： windows命令行中执行R dataframe 常用函数、变量 1、windows命令行中执行R 前提：已经把R的命令目录加入了系统路径中。 ...在windows中，命令行执行R可以用以下两种方式： （1）RCMD BATCH xxx.r 这种方式也可以写成”r cmd BATCH“、”rcmd BATCH“、”R CMD BATCH“，这几个命令都是一样的...，随便你用哪个 这种方式的输出结果不是直接显示在命令行中，而是会在r文件相同路径下，自动创建一个xxx.r.Rout文本文件，输出的内容在这个文件里 但是这种方式用commandArgs()函数得不到传递的参数...5]="--args" args[6]=="4" args[7]=="do a test" 2、dataframe 创建空数据框 ＃ 创建0行0列的数据框 df_empty = data.frame()...＃ 创建和df有同样多的列，0行的数据框 > df_r = df[, FALSE] data frame with 0 columns and 4 rows ＃ 创建一个行数为0，列数、列名和df相同的数据框
这里数据虽然已经没有了缺失值，但每一行数据的含义却发生了变化。原始数据中产品T01在20160303这天并没有测试，所以这一天的值应该被解释为在此之前的最后一次quality的测试值。...另一个问题是两种产品都是按月测试的，但重塑后的数据框没有以固定的频率对其date。 下面方法进问题进行修正。...通过sqldf包使用SQL查询数据框 有没有一种方法，能够直接使用SQL进行数据框查询，就像数据框是关系型数据库中的表一样呢？sqldf包给出肯定答案。...sql包的实现依赖这些包，它基本上是在R和SQLite之间传输数据和转换数据类型。 读入前面使用的产品表格： product_info = read_csv("../.....《R语言编程指南》，内心强烈推荐的一本书。
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