这是一般做基因差异表达分析在使用t检验或者其他统计检验中常出现的一个问题。...，我们需要解决的就是这个问题。...为什么出现这问题？如果解决？以下是我的回答： 数据是恒量是无法做t检验的，因为计算公式分母为0（不懂的看下统计量t的计算公式，一般标准差/标准误为分母，所以恒量是不能算的）。...，如果出问题，返回相应的NA，这样我们可以算完后再检查数据。...9508518/why-are-these-numbers-not-equal https://stackoverflow.com/questions/23093095/t-test-failed-in-r
简介 平常在各种R语言群里，总会遇到关于安装R包的问题，例如：搭载在github上的R包，由于网速（外网）原因而无法下载该怎么办？...这里小编分享下平常逼不得已才使用的“下三滥”方法——直接下载包，通过本地安装。 网上好多解决方案都是基于R gui的，但现实中使用Rstudio这个IDE会更多些。...关键词：R包名称+R，或者可以再加上CRAN。 ? 搜索技巧：R包名称+R 找到Downloads板块，下载对应的压缩包 这里以mac为例 ?...mac为例 打开Rstudio，点击右下角的Pakages，Install from选择为P package Archive ? 打开Rstudio 载入刚才下好的压缩包 ?...这个方法对一些有很多依赖包的包可能会很头疼，就怕安装完成，他还说你有其他包没安装，那你只能“将错就错”了！
解决R语言排序问题的方法： order from base arrange from dplyr setorder and setorderv from data.table arrange from...## dplyr sort(dd, f = ~ -z + b) ## taRifx dd[with(dd, order(-z, b)), ] ## base R
刚给朋友实验读取excel文件出错了，我的电脑却没有问题。...报的错误是： Error in findPerl(verbose = verbose) : perl executable not found....谷歌了下，在这个网页中找到了方案http://stackoverflow.com/questions/10940224/gdata-package-perl-issue，说perl的解释器问题。...在电脑中安装perl后还是有问题，说不存在某个文件。由于耗时太久，我也不好意思霸占着继续我的技术癌。 这里给出我找到的解决方案，供为参考。
在python中，我们回归一般采用的是statsmodels这个模块，但是回归的时候获得的R2其实有那么点学问，有时候设置错参数可能得到的R2大家会觉得怪怪的。这里就给大家排个雷。...每一组内部，其实就是有没有hasconstant这个参数，以及这个参数设置的问题。数据中，rate列作为y，plf_ttm作为x。大家不用在乎这是什么，只要关注后面的R2的结果就可以了。...我们分别获取了第一组的情况下的三种回归的r2和回归的结果。我们看到两点： 1.r2来看，第二种和第三种是一样的。而第一中明显高于后面两种。这是为什么呢？...汇总之后，上面注释的意思是，如果模型当中是用到了constant显示的定义为True，那么，最后就用我们常规认知的r2，或者，使用了addconstant隐式使用了常数项，那么也是使用常规认知的r2.也就是说...，r2层面，显示定义常数项的效力大于隐式定义的。
问题之书 一、序 二、三、如何认识、组织和提出自己的问题 四、Rtudio中基础R问题汇总 已经太久没有遇到很基础性的问题，因此很多刚开始学代码时候的问题已经忘了。...因此写这部分并没有那么容易，要拼命回忆可能的常见问题。 对于代码问题，你一定要相信的是： 一定是自己的问题！代码一定没问题！ 一定是自己的问题！代码一定没问题！ 一定是自己的问题！代码一定没问题！...4.2 找到出现问题的地方 经常有人问我问题的时候，截一张报错的图片给我，一片红，根本不知道从哪开始报错的。 这样是没有用的，别人根本不会知道是哪里报了错，也没办法帮你解决！...如果数据是Excel弄好，有时候可能会多出来几行或者几列空的东西。这个在Excel里面是看不出来的。 R中读入文件的时候，read.table()或read.csv()最常用。...路径中有中文 虽然Rstudio可以识别中文，大部分时候没有问题，但是还是在一些情况下可能报错，比如开发R包的时候。如果确认是字符的问题，可以试试全英文路径。
简介 最近有读者问我，如何查看R语言某包中某函数的源代码呢？我第一时间给出了自己比较常用的方法（见方法一），今天打算做个这方面的推文，于是又查了些资料，才发现原来水好深！...还有更好的方法(见方法二)，并且和不同的面向对象系统有关。 方法一 打开查R包的相关网站，比如：https://rdrr.io/ ?...查R包的相关网站 输入你的R包名称或者相应的函数，这里以nlme包中的lme()为例。 ? 找到对应位置 进入会出现这样的界面，界面相应介绍可以下图： ?...nlme源代码 方法二 Stack overflow[1]中给出了一些更加高效的方式，在R控制台输入相应函数，即可得到对应函数的源代码了。 这里小编做个知识点整理，自己也学一波。...https://adv-r.hadley.nz/
今天遇到了一个百思不得解的问题，记录一下，欢迎交流讨论。为了简化问题，我把数据删除到两行，并把问题最小化了。...我想用apply函数筛选一下第三列V4中的数据，用一个稍微复杂的条件，这里我简化成了是否大于0，当然，如果只是>0，太多方法可以实现了，只是复现最小错误。...打印出来才发现问题所在，正数多了个空格(如蓝色空格所示)，导致结果错误，但是单独放一行上去结果是OK的。就是这么神奇有没有，怎么解决呢，as.numeric转化成数值试试？...function(row){ print(as.numeric(row[3])) as.numeric(row[3]) > 0 } apply(pca_test, 1, test_func) 问题解决啦...原来的数据结构如下： 数据处理过程中，需要的值变成了chr类型：
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友询问如何使用「pheatmap」绘制相关性热图，小编之前已经写过各种ggplot2风格的热图，但是对于pheatmap却是很少涉及，这一节就来介绍一下「pheatmap...❞ 加载R包 library(tidyverse) library(psych) library(pheatmap) library(magrittr) # devtools::install_github...p-value，并进行多重比较法的FDR校正 pp <- corr.test(env, genus, method = "pearson", adjust = "fdr") cor <- pp$r #...绘图，因此在此需要将长数据转换为宽表 ❞ #将相关系数矩阵转换为宽格式，行名为环境变量，列名为物种，值为相关系数 rvalue % select(1, 2, 3) %>% pivot_wider...，列名为物种，值为显著性符号 pvalue % select(1, 2, 5) %>% pivot_wider(names_from = "genus", values_from
p=18993 在回归模型研究中，我们将讨论优化，而经典工具就是所谓的共轭。给定函数f：Rp→R，其共轭值为函数f ⋆：Rp→R使得 ?...可视化考虑一个简单的抛物线函数（在维度1中）f（x）= x ^ 2 / 2，然后f ⋆（2）是线x↦2x与函数f（x）之间的最大距离。...实际上，对于ℓp的共轭，我们可以使用以下代码对其进行可视化 f = function(x) abs(x)^p/pfstar = function(y) max(y*x-vf)vi(1.5) ?
加载R包 library(tidyverse) library(psych) library(pheatmap) library(magrittr) # devtools::install_github...p-value，并进行多重比较法的FDR校正 pp <- corr.test(env, genus, method = "pearson", adjust = "fdr") cor <- pp$r #...pheatmap绘图，因此在此需要将长数据转换为宽表 #将相关系数矩阵转换为宽格式，行名为环境变量，列名为物种，值为相关系数 rvalue % select(1, 2, 3) %>% pivot_wider...(names_from = "genus", values_from = r) %>% column_to_rownames(var = "env") # 将显著性符号矩阵转换为宽格式，行名为环境变量...，列名为物种，值为显著性符号 pvalue % select(1, 2, 5) %>% pivot_wider(names_from = "genus", values_from
背景 Tidyverse 是 Rstudio 公司推出的专门使用 R 进行数据分析的一整套工具集合，里面包括了readr，tidyr， dplyr，purrr，tibble，stringr...《R 数据科学》电子书：https://r4ds.had.co.nz/ tidyverse 包重构了 R 语言处理数据的语法，比默认的 R 函数更加方便，相当于一套新的语法，使用起来更加方便...tidyr 与 dplyr 包是用 R 语言中用来处理各种数据整合分析的包，可以说是 R 数据整合的“瑞士军刀”，tidyr 包负责将数据重新整合，dplyr 包可以完成数据的排序，筛选，分类计算等都等操作...目前最新的版本中主要提供 pivot_longer，pivot_wider 等函数。...(x, names_from = year,values_from = cases) table2 pivot_wider(table2, names_from = type,values_from =
/2017/11/02/problems-estimating-garch-parameters-r/ 源代码：点击阅读原文 我从 R 的金融板块邮件列表收到一位知名金融工具包贡献者——Brian Peterson...有可能 fGarch 开始显现出它的落伍老迈，新的包装已经解决了我在这里强调的一些问题。...，讨论了 R 需要更好的优化计算实践。...特别是，他强调了 garchFit() 使用了过时的方法（或至少它们的 R 实现）。他主张在社区中提高对优化问题的认识，并提高包的灵活性，而不仅仅是使用 optim() 提供的不同算法。...我之前从未怀疑或质疑过统计软件的计算结果，甚至没有考虑过这个问题。今后在处理其他统计模型的参数估计问题时，务必首先用模拟数据检验一下相关软件的结果稳健性。
1.经查证，只是 Windows 的空行在 linux 中不识别，故需要用 dos2unix 来转换。 2.
今天在处理 UCSCXenaShiny 的 R 包 check 时发现报出 Note: found 162 marked UTF-8 strings 这种字符串编码问题（具体 action 报告[1]）...继续搜索发现该问题是出在包中引入的数据对象上，就是我们放在包里的数据存在编码问题。...目前这个我处理的包有 10 个数据集，为了锁定问题源，我采用了 https://github.com/dankelley/oce/issues/1663 提到的策略，即逐步删除 data/ 目录下的文件...使用 iconv() 函数，用法如下： nonUTF <- iconv(df$TroubleVector, from="UTF-8", to="ASCII") 参考的问答[2] 这里的问题是 from...` <- stringi::stri_enc_toascii(toil_info$`_primary_site`) 提交的 gh action 也显示问题解决了： ❯ checking installed
添加环境变量 打开环境变量对话框，控制面板>系统>高级系统设置>环境变量，选择“Path”这个环境变量，点击编辑，可以添加环境变量的值，添加Rscript.exe 所在的路径。 ? ? ?...在命令行中运行 Rscript 在 R 脚本文件所在的文件夹中，在空白处按住 Shift 键，并且点击鼠标右键，在弹出的对话框菜单中选择“在此处打开命行窗口”，直接进入命令行窗口界面，并进入改目录。...在打开的命令行窗口中输入Rscript test.R 运行脚本文件，如果提示找不到“Rscript”命令，则说明上面步骤中的环境变量设置是有问题的（如果重新设置环境变量，命令行窗口要重新打开）；执行成功就说明可以执行...R脚本了。
R中的绘图命令可以分为高水平（High level） 、 低水平 （Low level） 和交互式（Interactive）三种绘图命令。...绘制图形后，使用 legend函数，help(“legend”) 5 R 如何做双坐标图？...在 R 中可以通过绘图参数 par(new = TRUE)使得绘制第二个绘图 (hight-level plot) 时保留第一个绘图区域，这样两张绘图会重叠在一起，看起来就是双坐标图。...This is a really long title that i can not type it properly” , width = 50 ) ,collapse= “\n”)) 9 怎样将 R...11 在 word 里如何使用 R 生成的高质量绘图？ 矢量绘图的效果是最好的，比如 eps、pdf，而不是位图（png、jpg、tiff等）。
这有点类似于shell中通过$引用相应的参数。看来很多的编程语言都存有相同的参数传递机制。 函数的属性 R中包含了一系列的函数用于提取函数类型对象的信息。...NULL 如果我们想要在R代码中对函数的参数列表进行操作，formals函数是一个很好的工具，它会返回一个配对列表对象（对应参数名和设定的默认参数值）。...注意，formals函数仅能运行在R写的函数上（类型为closure的对象），而不能在内嵌函数（bulti-in function）上运行。...例如： > f.formals$y <- 3 > formals(f) <- f.formals > args(f) function (x, y = 3, z = 2) NULL R提供了一个非常方便的函数...加入解释器在到达全局环境时依然没有找到var，那么R会在全局环境中指定var的值为value。
tidyr 包以一种比较简洁统一的格式实现数据长宽格式的转换，其中，函数 pivot_wider( ) 用于把长格式数据转换为宽格式，而函数 pivot_longer( ) 用于把宽格式数据转换为长格式...上面的结果也可以用下述命令得到： library(tidyr) wide <- pivot_wider(as.data.frame(Indometh), names_from...= time, values_from = conc) wide 注意在上面的函数 pivot_wider( ) 中，我们用函数 as.data.frame(...在对医学数据进行分析之前，通常情况下应先把数据集转换为长格式，因为 R 中的大多数函数都支持这种格式的数据。...tidyr 包中的 gather() 和 spread() 同样可以用于长型、宽型数据类型转换，详见 Cookbook for R。
本期作者：徐瑞龙 未经授权，严禁转载 本文承接《在 R 中估计 GARCH 参数存在的问题》 在之前的博客《在 R 中估计 GARCH 参数存在的问题》中，Curtis Miller 讨论了 fGarch...包和 tseries 包估计 GARCH(1, 1) 模型参数的稳定性问题，结果不容乐观。...本文承接之前的博客，继续讨论估计参数的稳定性，这次使用的是前文中提到，但没有详尽测试的 rugarch 包。...之前的猜测是对的，样本要极端大才能保证估计的质量。 其他参数的行为。...为了解决非大样本情况下估计的稳定性问题，有必要找到一种 bootstrap 方法，人为扩充现实问题中有限的样本量；或者借鉴机器学习的思路，对参数施加正则化约束。
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