p=14874 通常，GLM的连接函数可能比分布更重要。...=3,ylim=c(.001,.32),xlab="power",ylab="error") 因此，分布通常也不是GLM上最重要的一点。...---- 参考文献 1.用SPSS估计HLM层次线性模型模型 2.R语言线性判别分析（LDA），二次判别分析（QDA）和正则判别分析（RDA） 3.基于R语言的lmer混合线性回归模型 4.R语言...Gibbs抽样的贝叶斯简单线性回归仿真分析 5.在r语言中使用GAM（广义相加模型）进行电力负荷时间序列分析 6.使用SAS，Stata，HLM，R，SPSS和Mplus的分层线性模型HLM 7.R语言中的岭回归...、套索回归、主成分回归：线性模型选择和正则化 8.R语言用线性回归模型预测空气质量臭氧数据 9.R语言分层线性模型案例
方案 在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist <- objects(packageName)...移除包含箭头 <- 的东西 idx <- grep("<-", funlist) if (length(idx) !...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version
本文介绍对 R 的安装与配置，以 Windows 系统为对象进行操作，其他操作系统过程类似。本文算是一个老司机的经验之谈，初学者按照操作配置可以减少以后不必要的麻烦，对于其他读者，希望也有所启发。...注意，R 和 RStudio 可以单独安装，但 RStudio 只有在 R 安装好了以后才能正常使用。...配置 Windows R 默认使用用户文档目录作为家目录（等同于 Linux 中的 ~），使用系统指定的临时目录作为临时目录，使用安装路径下的 R版本/library 目录作为 R 包存储目录。...当你想要更新 R 版本时，你不得不面临重装所有包的举动（如果你使用几个月，装了几百个包~~），或者想其他办法解决。 下面就是教你自己创建自定义的临时目录与包目录，这样上面情况都不会发生了。...保存后重启 RStudio 或者点击菜单栏 Session 下的 Restart R 。 ? 每次都会输出你包的存储路径和 R 的临时路径，方便提醒自己。
返回结果取决于对象的类型，对于数据框对象会返回数据框的列名，对于数组会返回数组中被命名元素的名字 row.names 对象的行名 tsp 对象的起始点。...> dim(m) [1] 4 3 > dimnames(m) [[1]] [1] "r1" "r2" "r3" "r4" [[2]] [1] "c1" "c2" "c3" 存在简便的函数获取行名和列名...： > b <- 1:12 > b [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 我们可以用方括号来操作a中的元素，但对b不能用同样的方式（因为对象b没有任何维度）。...对于简单的对象而言，其类和类型是有紧密联系的。然而，对于复合型对象，两者则可能不同（最常见的是数据框，你创建一个然后用class与typeof函数看看就知道了）。...下面是一个简单数值型向量的类型和类： > x <- c(1,2,3) > typeof(x) [1] "double" > class(x) [1] "numeric" 与改变其他属性的操作一样，我们可以改变
这是一篇很有实力的干货，很多技术知识连我自己现在都还未掌握。 R中的每一个符号（symbol）都是定义在一个具体的环境中的。...环境（environment）就是一个R对象（R中一切皆对象），其中包含给定上下文中的符号集合、与这些符号相关的对象，以及一个指向父环境的指针。...函数的父环境就是创建该函数的环境。调用环境是使用该函数的环境。如果函数是在运行环境中创建的，那么父环境和调用环境是相同的。...on.exit所使用的表达式 sys.status 返回一个列表，其中包括调用sys.calls,sys.parents和sys.frames的结果 parent.frame 返回sys.frame(sys.parent...异常处理和环境是密切相关的，在异常发生时，R解释器需要中止当前的函数，并向调用环境发出异常信号。 提示错误 用法非常简单，下面给出发错误和警告的小例子，我们在编写程序的时候照着用就可以了。
R中的因子用于存储不同类别的数据，可以用来对数据进行分组，例如人的性别有男和女两个类别，根据年龄可以将人分为未成年人和成年人，考试成绩可以分为优，良，中，差。...R 语言创建因子使用 factor() 函数，向量作为输入参数。...，除了显示字符串的内容以外，这里还有一行levels，证明sex有两个level（类别），female和male。...sex sex 可以看到虽然最初我们构建的向量里面包含的是male和female，最后因子却变成了man和woman。...关于这个参数后面我们还会给大家举个更实际的，跟临床数据相关的例子。 R中的因子使用还是更广泛的，例如做差异表达分析的时候我们可以根据因子将数据分成两组。
1、数据的导入 导入文本文件 使用read.table函数导入普通文本文件 read.table(file,header=FALSE,sep="",...)...read.csv("3.xxx", header=FALSE, sep=","); #指定分隔符 data3 <- read.csv("3.xxx", header=FALSE, sep="\t") 2、数据的导出
我们用R做数据处理的时候，经常要对数据的格式进行变换。例如将数据框（dataframe）转换成列表（list），或者反过来将列表转换成数据框。...那么今天小编就给大家介绍一对R函数来实现这样的功能。 这一对函数就叫做stack和unstack。从字面意思上来看就是堆叠和去堆叠，就像下面这张图展示的这样。...那么R里面这两个函数具体可以实现什么样的功能呢？下面这张图可以帮助大家来理解。unstack就是根据数据框的第二列的分组信息，将第一列的数据划分到各个组，是一个去堆叠的过程。...df = PlantGrowth unstacked_df = unstack(df) unstacked_df 结果如下，因为这里ctrl，trt1和trt2中的样本刚好都是10个，所以这里结果看上去还像是一个数据框...组，得到的结果如下，就只剩下trt1和trt2这两个组了。
在日常数据分析的过程中，我们经常需要在一个字符串或者字符串向量中查找是否包含我们要找的东西，或者向量中那几个元素包含我们要查找的内容。...这个时候我们会用到R中最常用的两个函数，grep和grepl。...其实grep这个函数也并非是R所特有的，在linux中模式匹配也用grep这个函数，前面我就给大家简单介绍过☞Linux xargs grep zgrep命令。...我们先来看看grep和grepl这两个函数的用法。 这两个函数最大的区别在于grep返回找到的位置，grepl返回是否包含要查找的内容。接下来我们结合具体的例子来讲解。...x) 运行结果如下： 以上是一些简单的例子，前面我们给大家举过一个grepl实战的例子。
y ~ x y ~ 1 + x 很多读者在使用 R 的模型构建时可能会对其中的截距项感到困惑。上述两个模型都描述了简单的线性回归，是等同（完全一致）的。...当我们了解这一点后，我们在实际的操作过程中尽量指明截距项，这样能够更加方便自己和他人理解。 y ~ 0 + x y ~ -1 + x y ~ x - 1 上述3个模型都去除了截距项。...如果是 y ~ 1 那么得到的模型结果恰好是均值。为什么是均值呢？大家不妨想一想。...相关资料： https://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.html#Statistical-models-in-R https://stackoverflow.com.../questions/13366755/what-does-the-r-formula-y1-mean
此时，我们无法清晰地划分它们对因变量的影响。 例如，对于双因素方差分析，若不同处理方式中的观测数不同，那么模型y ~ A*B与模型y ~ B*A的结果不同。...R默认类型I（序贯型）方法计算ANOVA效应（类型II和III分别为分层和边界型，详见R实战（第2版）202页）。...R中的ANOVA表的结果将评价： A对y的影响 控制A时，B对y的影响 控制A和B的主效应时，A与B的交互影响。 一般来说，越基础性的效应需要放在表达式前面。...conf_level.png multcomp包中的glht()函数提供了多重均值比较更为全面的方法，既适用于线性模型，也适用于广义线性模型。下面代码重现了上述检验结果，并用不同的图形进行展示。...评估检验的假设条件 ANCOVA与ANOVA相同，都需要正态性和同方差假设，检验可以参考上一节。另外ANCOVA还假定回归斜率相同。
数据可视化不可避免的就是要选择一些颜色方案，颜色方案除了手动设置之外，在R中也有自动生成颜色方案的工具。...R中的HCL配色方案 HCL本意是和RGB HSV等一样的颜色空间的术语，由于这里所用的颜色方案在R中是hcl.pals函数，所以就称为HCL配色方案了。...HCL相比较HSV等颜色空间的一个重要优点就是颜色的视觉明度是均一的，在R中也是推荐使用hcl颜色方案，不推荐使用rainbow等颜色方案了。...，常用于着色离散变量； sequential的颜色方案中色调较少，体现了颜色的连续过渡，可以用于着色连续变量； diverging和divergingx也是颜色的连续过渡，但是不同于sequential...RColorBrewer RColorBrewer包的配色方案通过display.brewer.all查看，可以发现它的颜色方案也是类似的：sequential、qualitative和diverging
当解决问题时，我首先要明确问题的背景和目标。在这个问题中，你提到了一个关于itz文档中的Content-Encoding问题的bug，以及如何使用r.content而不是r.read()来获取响应。...让我们深入探讨这个问题，并提出一份1000字的技术文章，解决这个问题。本文将探讨itz文档中未提到的如何使用requests库中的r.content来获取响应的问题。...使用正确的方法来获取响应内容对于网络请求非常重要，因为它可能会影响到数据的正确性和性能。requests库提供了两种常见的方式来获取响应内容，即r.content和r.read()。...如果itz文档中没有提到如何使用r.content，那么开发者可能会默认使用r.read()，这可能会导致不必要的性能损耗和代码冗余。因此，解决这个问题对于确保代码的效率和可读性非常重要。...3、在等待文档更新的过程中，开发者可以通过查看requests库的官方文档来获取关于r.content的更多信息和示例。官方文档通常会提供详细的说明和示例，以帮助开发者更好地使用库的功能。
1 paste的用法 paste(..., sep=" ", collapse=NULL) 本质是把输入的term转变为string，和as.character意思一样。然后进行连接。...每个term之间以sep参数分隔开 collapse是把结果进行处理，也可以认为怎么来对结果进行折叠。...通过具体例子来看sep和collapse参数 > paste('Sample',1:10,sep = '') [1] "Sample1" "Sample2" "Sample3" "Sample4...letters[1:5],sep = '-',collapse = '\t') [1] "Sample-a\tSample-b\tSample-c\tSample-d\tSample-e" #为了更好的看清楚结果...letters[1:5],sep = '-',collapse = '\t')) Sample-a Sample-b Sample-c Sample-d Sample-e #注意区分和上一条命令的区别
echo是PHP语句, print和print_r是函数,语句没有返回值,函数可以有返回值(即便没有用) print（） 只能打印出简单类型变量的值(如int,string) print_r（） 可以打印出复杂类型变量的值...'; eval("\ echo $print; print_r -- 打印关于变量的易于理解的信息。...bool print_r ( mixed expression [, bool return] ) //返回值是布尔型的,参数是mix类型的,可以是字符串,整形,数组,对象类print_r() 显示关于一个变量的易于理解的信息...如果给出的是 string、integer 或 float，将打印变量值本身。如果给出的是 array，将会按照一定格式显示键和元素。object 与数组类似。...print_r() 将把数组的指针移到最后边。
但是，如果我们想要直接更新R 呢？有的时候受制于容量的大小，不同的R 和不同R 下的包非常的占用我们的磁盘空间。 再或者，如果想要批量的更新所有的R 包到最新的版本呢？ 这里就需要一些新的操作了。...★查看了一下，发现updateR 和installr 这两个包分别对应了win os 与mac os 的两个系统。”...mac 而在我的电脑上，updateR 无关顺利完成更新，而且其也无法设置镜像，完成更新后只不过下载了一个新版本的R 罢了！ 再试试看手动下载R 和手动迁移包吧。...这里我直接是现将新版本4.0 下的library 目录中的包保存出来，接着直接将原本版本R 中的library 直接复制进去，接着再将本来的4.0 下的包（base 之类R 安装中自带的）再覆盖回去。...这时候直接对目录中的 R 包进行更新： update.packages(checkBuilt=TRUE, ask = T) 接着就在后台放一阵吧～ 但有时候基础包的更新函数却对Bioconductor
❝本节来介绍在 R中如何使用ggplot2结合for循环绘图并保存，下面通过一个案例来看具体操作 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(data.table) library...library(patchwork) 设置文件路径 file_name <- "loop_data.tsv" 读入数据 dat <- fread(file_name, sep="\t") 获取唯一的城市名称进行循环...cities = unique(dat$city) 创建一个空列表来保存创建的图 city_plots = list() 循环遍历并绘图保存 for(city_ in cities) { city_plots...".pdf"), width =3.04, height =3.10, units = "in", dpi=300) } 上面我们将每一张图都单独输出了，下面来介绍如何将其全部组合起来，分别介绍两种R包的方法
函数的用途 base包中的sweep函数是处理统计量的工具，一般可以结合apply()函数来使用。...当我们我们需要将apply()统计出来的统计量代回原数据集去做相应操作的时候就可以用到sweep()。...函数的参数 sweep(x, MARGIN, STATS, FUN = "-", check.margin = TRUE, ...) x:即要处理的原数据集 MARGIN：对行或列，或者数列的其他维度进行操作...，与apply的用法一样 STATS：需要对原数据集操作用到的统计量 FUN：操作需要用到的四则运算，默认为减法"-"，当然也可以修改成"+","*","/"，即加、乘、除 check.margin:是否需要检查维度是否适宜的问题...…… 下面我们结合几个具体的例子来看 #创建一个4行3列的矩阵 M = matrix( 1:12, ncol=3) 1.每一行都减去这一行的均值 #方法一，通过rowMeans函数来计算每一行的均值
1.str() 在很多语言里可以将其他类型转化为字符串，不过在R中会返回数据类型。...","virginica": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... 2.通过链接读取数据 site <- "http://random.org/integers/" # 这是一个生成随机数的网站...(5),y=runif(5)) names(df) <- 1:2 取第一列，如果是这样则会报错： df$1 报一个“错误: unexpected numeric constant in "df$1"”的错误...但是这样可以： df$`1` df$后tab键提示出来也是会有反引号的。...： irisSL <- iris$Sepal.Length # 分成五个bins cut(irisSL, 5) # 也可以按我们想要的范围分割 cut(irisSL, breaks = seq(1,8,1
之前我学习和自己分析时就遇到过，尝试使用判断的方式事先检查它是不是数据存在问题（这类数据明显不服从正态分布），可以使用正态性检验，或者直接判断是不是样本组内的数据是完全一样的，如果一样就不要这个了。...，如果一样，则输出原始的结果，再筛选其中差异大的基因 。...假设有两万个基因的表达，我手头没数据，所以写个伪代码： 下面用geneExpr1与geneExpr2表示两组数据： for循环1(geneExpr1, geneExpr2): 组合某基因表达 - c...都是恒量): 输出该结果进行人为检查，可以赋给一个列表什么的。...9508518/why-are-these-numbers-not-equal https://stackoverflow.com/questions/23093095/t-test-failed-in-r
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