R:使用“for循环”绘制多个图_使用R在多图窗口中绘制多个图_使用for循环中的位置绘制多个饼图 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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R语言循环绘制柱状图

循环绘制正常与肿瘤两组的柱状图第一步：合并数据及 # =================================================== # # # # ===...metadata$group) table(metadata$group ) dt$id <- rownames(dt) dt <- merge( metadata, dt, by='id') 第二步：循环绘图...ggsave(filename = paste( gene, '.pdf', sep = ''), width = 8, height = 8, units = "cm")} 循环不同...grade的柱状图 # =================================================== # # # # ====================

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「R」使用forestplot绘制森林图

森林图常见于元分析，但其使用绝不仅如此，比如我现在想要研究的对象有诸多HR结果，我想要汇总为一张图，森林图就是个非常好的选择。...ggpubr包提供的森林图是针对变量分析绘图，我也尝试使用了metafor包的forest画图函数，但太灵活了，我除了感觉文档画的不错，但实际使用却很难得到想要的结果。...安装： install.packages("forestplot") 文本森林图可以与文本连接起来并自定义。...文本表下面是一个使用文本表的例子： library(forestplot) #> 载入需要的程辑包：grid #> 载入需要的程辑包：magrittr #> 载入需要的程辑包：checkmate #...多个置信区间范围这在对比时非常有用： tabletext <- tabletext[,1] forestplot(tabletext, mean = cbind(HRQoL$

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「R」使用NMF包绘制热图

学习文档: https://cran.r-project.org/web/packages/NMF/vignettes/heatmaps.pdf Heatmap引擎 NMF包中的热图引擎是由aheatmap...接着，我们使用NMF模型来分解矩阵。 res = nmf(X, 3, nrun = 10) 混合系数矩阵：coefmap NMF结果的混合系数矩阵可以使用coefmap()函数进行绘制。...par(opar) 基底矩阵：basismap 基底矩阵可以使用basismap函数进行绘制，默认的行为是添加basis注释通道，每一行显示主导的基底组分，即每一行有最高负载的基底组分。...50个刻度一致性矩阵：consensusmap 当使用NMF进行矩阵的时候，一种评估基于指定rank评估聚类稳定性的方法是考虑由多个独立NMF运行结果计算得到的连接矩阵。...：aheatmap 还有很多自定义画热图的例子，使用下面的命令查看。

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使用R语言绘制SCI插图云雨图

云雨图介绍我们使用r语言中ggplot2包绘制云雨图，云雨图可以看做是核密度估计曲线图、箱线图和抖动散点图的组合图表。...我们可以使用自定义的半小提琴函数geom_flat_volin()、箱型图函数geom_boxplot和抖动散点图函数geom_jitter()叠加实现。...设置工作路径和导包并且导入数据 setwd('你的工作路径') #导包 library(ggplot2) #导入数据 data <- read.csv('data1.csv') 2.3 ggplot2库实现图形绘制...2.3.1绘制半提琴图 2.3.2绘制抖动散点图 2.3.3叠加箱线图 2.3.4实现坐标翻转 2.3.5去除边框调整字体等微调 theme_bw()+ theme(panel.grid.major...大家以后有需要可以使用云雨图。

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Matplotlib如何绘制多个子图

www.cnblogs.com/chenqionghe/p/12355018.html 说明：本文经作者授权转载，禁止二次转载 Matplotlib是Python的底层绘图工具，可定制性很强，很多人刚开始使用...如何绘制多个子图的图表？这次写个小短文来讲一讲。 fig和axis的区别？相信不少小伙伴一开始都是直接用plt.plot来绘图，非常简单，但这是偷懒的做法，不建议大家这样。...fig相当于是一个大的画布，ax相当于是小的子图，一个画布可以有一个或多个子图。单个图表任何操作都是在axes对象上进行的，包括坐标轴、刻度、图例等。具体怎么用，下面讲到。...绘制多子图使用Matplotlib绘图单图相对比较容易，但有时候需要将多张图放在一张图表里，这就用到子图操作。...) # 画第4个图：条形图 ax[1][1].bar([20,10,30,25,15],[25,15,35,30,20],color='b') plt.show() 绘制不规则子图前面的两个图占了221

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R 热图绘制heatmap①

R.package heatmap():用于绘制简单热图的函数 heatmap.2():绘制增强热图的函数 d3heatmap:用于绘制交互式热图的R包 ComplexHeatmap:用于绘制、注释和排列复杂热图的...R&bioconductor包（非常适用于基因组数据分析）首先使用ggplot2画简单热图 data <- as.data.frame(matrix(rnorm(9*10),9,10)) rownames...使用paste对行列名简单命名。 melt函数将data转化为gene-id列，sample-variable列，以及表达值-value列。 ? ?...scale_fill_gradient2('legend name', low = 'blue', high = 'red', mid = 'white') #修改图例名字以及图中颜色大神Y叔也有画热图的

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R EnhancedVolcano 绘制火山图

火山图是用于差异表达分析结果可视化的一种有效方法。...今天，我们来介绍一个用于增强火山图绘制的强大 R 包：EnhancedVolcano ，该包拥有强大的绘图功能，用户可以简单的通过设置颜色、形状、大小和阴影等参数定义不同的绘图属性，此外通过可以通过添加连线的方式有效避免数据点之间的重叠现象...使用 EnhancedVocalno 包绘制的火山图基本可以直接用于文献发表，可以说非常简单又实用的一款神器了。 1. 下载与安装 R 版本：3.6.1。...简单使用 2.1 输入数据格式首先，我们先来介绍一下 EnhancedVolcan o 输入数据格式。...EnhancedVolcano 包绘制火山图就先介绍到这里。

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R语言绘制Circos图

今天我们介绍在R语言中如何绘制Circos图。首先我们看下Circos的官网（http://circos.ca/），其实他们提供了自己的绘制工具包，为了更加方便绘制Circos。...我们利用了R语言中的circlizeR包进行Circos的绘制。 ? 1. Install.packages(“circlize”)#安装R包。 2. R包的载入之后的状态 ? 3....circos.genomicInitialize 基因染色体分布图形绘制不带条图 circos.genomicHeatmap 绘制热图 circos.genomicDensity 基因密度图绘制 circos.genomicLabels...首先绘制第一个track，并使用circos.points为其中一个cell添加其他颜色点 circos.initialize(letters[1:8], xlim = c(0,1)) circos.track...以上就是Circos的绘图原理，当然如果想更加漂亮的绘制Circos还需要颜色的搭配。如果想把多个Circos进行整合可以直接使用函数layout(),结果如下图： ?

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R语言绘制箱图

箱图简单点数就是像一个箱子的图，用于表征数据的分布。百度定义：箱形图（Box-plot）又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。...在各种领域也经常被使用，常见于品质管理。它主要用于反映原始数据分布的特征，还可以进行多组数据分布特征的比较。...箱线图的绘制方法是：先找出一组数据的最大值、最小值、中位数和两个四分位数；然后，连接两个四分位数画出箱子；再将最大值和最小值与箱子相连接，中位数在箱子中间。...数据使用R自带的数据代码导入数据,不想解释各行各列没什么意义，分为两类，一个单一箱图，一个并列的箱图 input1<- mtcars[,c('mpg')] input2 <- mtcars ?...做一个单一的箱图，就是只是一个mpg boxplot(input1, main = "Box plot", ylab = "mpg"，xlab='x')!

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R EnhancedVolcano 绘制火山图

火山图是用于差异表达分析结果可视化的一种有效方法。...今天，我们来介绍一个用于增强火山图绘制的强大 R 包：EnhancedVolcano ，该包拥有强大的绘图功能，用户可以简单的通过设置颜色、形状、大小和阴影等参数定义不同的绘图属性，此外通过可以通过添加连线的方式有效避免数据点之间的重叠现象...使用 EnhancedVocalno 包绘制的火山图基本可以直接用于文献发表，可以说非常简单又实用的一款神器了。 1. 下载与安装 R 版本：3.6.1。...简单使用 2.1 输入数据格式首先，我们先来介绍一下 EnhancedVolcan o 输入数据格式。...coord_cartesian(xlim=c(-6, 6)) + ggplot2::scale_x_continuous( breaks=seq(-6,6, 1)) EnhancedVolcano 包绘制火山图就先介绍到这里

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R绘制网络图

对于网络图，其实我们并不陌生，用的比较普遍的是Cytoscape这个软件。不过，我们今天的主角是R包---igragh。...一、安装并加载所需R包 install.packages("igraph") library(igraph) 二、使用方法对于图 graph 这种数据结构而言，最基本的元素包括节点（node）和边...有向图 ?...##小贴士： · 无向图之间的连接使用-，或者---,这个长度是任意的，如graph_from_literal(A-B) 和 graph_from_literal(A-----B) 等价，多个顶点可以直接相连...· 使用+作为箭头； · 有向图中，如果顶点之间没有箭头（+），则表示这两个点不相连，双向的箭头可以使用一个或者两个+代替；左右滑动查看完整内容 # graph_from_data_frame

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「R」R传统图形绘制多图

我这里只说 2 种常用方式，它们互相排斥：使用 par() 函数设定 mfrow 或者 mfcol 进行控制。使用 layout() 函数。...如果使用 mfrow，那么图像区域会被按行依次使用；如果使用 mfcol，那么图像区域会按列依次使用。...layout() 将图片内部区域分割为一组行和列，但行高和列宽度可以分别控制，并且每个子图可以占据超过一行或一列的位置。 layout() 用矩阵作为参数来表示上述的思想，矩阵的值就是子图的序号。...如果某子图序号多次出现，那么该子图就会占据多个区域。 layout(matrix(1:4, byrow=TRUE, ncol=2)) layout.show(4) ?...更多的操作查看文档啦~ 这里其实只要知道 layout() 函数，以及通过矩阵设定子图排列的思想使用起来就简单的。更复杂的操作就要学习 grid 了，可能未来的某天我会学习并写写。

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R 热图绘制heatmap②

使用pheatmap包绘制热图一般而言，pheatmap较heatmap.2等更为简洁以及易于理解，对于初学者而言是一款不错的热图绘制软件。...cluster_row = FALSE, cluster_col = FALSE treeheight_row=0, treeheight_col=0 # 在热图格子里展示文本 pheatmap(test...cluster_row = FALSE, cluster_col = FALSE是否聚类,#可设置参数display_numbers将数值显示在热图的格子中，可通过number_format设置数值的格式...#pheatmap还能够根据特定的条件将热图分隔开； # cutree_rows, cutree_cols：根据行列的聚类数将热图分隔开； pheatmap(test,cutree_rows=2,cutree_cols

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R语言绘制森林图

在Meta分析中森林图比较常见，其主要是是以统计指标和统计分析方法为基础，用数值运算结果绘制出的图型。...它在平面直角坐标系中，以一条垂直的无效线(横坐标刻度为1或0)为中心，用平行于横轴的多条线段描述了每个被纳入研究的效应量和可信区间，用一个棱形(或其它图形)描述了多个研究合并的效应量及可信区间。...森林图的类型主要包括以下两种： 1. 二值变量的森林图当研究对象为二值变量（如发生与不发生）时，采用RR和OR作为统计学指标。...连续性变量的森林图分析指标是连续变量，也称数值变量，可选择加权均数差(WMD)或标准化均数差(SMD)为合并统计量。...以上就是森林图的理论知识。接下来我们介绍其是如何在R语言中实现的。首先我们需要导入R包forestplot。具体的安装载入不再赘述。下面我们看下其主要的函数forestplot。 ?

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R语言绘图 | 使用pheatmap快速绘制热图

热图是我们展示数据时常用的图形，今天小编教大家使用"pheatmap" 快速绘制热图。首先，我们需要准备输入文件。比如，我想绘制热图来比较30个基因在6个组织里的表达情况。 ?...如图所示，第一列为基因名，第一行为不同组织的名称，整理好后保存为制表符分隔的txt格式，准备好输入文件后我们就可以开始绘制热图啦。...## 安装R包 install.packages("pheatmap") ## 加载R包 library("pheatmap") ## 输入文件 exp <- read.table("input.txt...cellwidth：热图每格的宽度。 cellheight：热图每格的高度。 cluster_cols：对列进行聚类。 cluster_rows：对行进行聚类。执行完代码后，热图就绘制好啦！ ?...pheatmap还有许多其他功能，具体使用方法大家可以参考： https://www.jianshu.com/p/1c55ea64ff3f 参考资料： https://cran.r-project.org

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R绘制堆积柱形图

前面给大家讲了☞【R语言】百分比表格删除两行重新计算百分比，有小伙伴对文中的两个堆积柱形图比较感兴趣。那么今天我们就来聊聊这两张图是如何绘制出来了。...我们还是以☞【R语言】百分比表格删除两行重新计算百分比中的数据为例 #读入数据 a <- read.table(file="sample_bacteria_percentage.txt",sep="\...稍微宽一些，可以放置<em>图</em>注 par(mar=c(5,4,4,10)) #<em>绘制</em>堆积柱形<em>图</em>，样本名字垂直摆放，利用rainbow生成20种颜色 barplot(as.matrix(a),las=2,col=rainbow...png(file="after.png",width=540,height=400) #设置图片右边空白宽度，稍微宽一些，可以放置图注 par(mar=c(5,4,4,10)) #绘制堆积柱形图，样本名字垂直摆放...) dev.off() 就可以得到如下两张突击柱形图删除行之前删除行之后

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R代码-九象限图绘制

在多组学联合分析中，需要用得到九象限图来对两个组学获得得基因结果进行可视化，例如下面这样得，因此这两天主要是对这个内容进行整理。...图形绘制#=====================# 绘制所有点散点图，注意可以修改X轴和y轴范围；# 可利用type = "n",记得改坐标轴范围大小plot(x,y,pch=16,cex = 1,...cex.lab=1.2,main=main ,col="grey80", xlab="gene expression", ylab="ribo expression")#利用次级函数绘制不同象限的图...bty = "n",cex = 0.8,text.font = 2)#dev.off()总结代码里面很多是参数是可以换的，其实还是数据得质量怎么样，如果数据质量好一些，图片结果应该还是很漂亮得，上面得图得代码还是基本得

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R语言绘制网络图

大家应该熟悉网络调控在基因关系之间的重要性，今天我们为大家展示在R语言中如何实现网络图的绘制。绘制的包有很多，我们今天不一一介绍从我个人角度推荐igrapgh。...主要看下如何绘制一个完整的网络图： 1. 前期数据的整理。...数据的前期准备就此结束，接下看如何绘制网络图。 3. plot函数绘制网络图。 ?...main绘制的网络图的标题。其他的参数类似R语言自带的plot函数。...更加美化的网络图还需要根据每个人的审美去绘制。

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R语言 | 条形图绘制

本次内容介绍条形图的绘制，包括基本条形图、簇状条形图、频数条形图、堆积条形图、百分比条形图。下次将介绍如何对条形图着色、调整条形图的宽度和间距、添加数据标签等内容。...1绘制基本条形图演示数据以gcookbook包中的pg_mean数据集为例。...ggplot(pg_mean,aes(x = group,y = weight)) + geom_col(fill="lightyellow",colour="black") 2绘制簇状条形图演示数据...此时，可通过将该分类变量映射给fill参数来绘制簇状条形图，这里的fill参数用来指定条形的填充色。 position='dodge'以使得两组条形在水平方向上错开排列，否则，系统会输出堆积条形图。...输出图片 3 绘制堆积条形图演示数据同上，以gcookbook包中的cabbage_exp数据集为例，该数据集包含两个分类变量Cultivar和Date和一个连续变量Weight。

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R中轻松绘制南丁格尔图

加载R包 library(tidyverse) library(ggtext) 导入数据 df <- readr::read_csv('data.csv') 构建标签数据 labs <- data.frame...为间隔添加水平线 geom_hline(yintercept = seq(0, 50, by = 10), colour = "grey70", linewidth = 0.3) + # 添加柱状图，...geom_col(aes(y = F_count_total, fill = as.factor(Season)), alpha = 0.8, show.legend = FALSE) + # 添加柱状图，...轴的范围和间隔 scale_y_continuous(limits = c(0, 52), breaks = seq(0, 50, 10)) + coord_polar() + # 使用极坐标...theme_void() + # 使用空白主题 # 设置主题，移除面板网格和背景 theme(panel.grid = element_blank(),

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