今天尝试解决使用ggplot2画图时的一个问题，图例不按规矩出牌。 ggplot2的作者们在测试时发现更新版本也出这问题了，正好可以用于简单说明。 本来是一个这样的图形 ? 新版本变成了 ?...而我是画两个相似的图形时出现这问题，数据结构一样，然后画图后图例的顺序变了~ 根据文档，默认使用了某种“秘密魔法”？！...解决办法是有的，我们可以使用order选项设定。...下面是一个例子： dat <- data.frame(x = LETTERS[1:3], y = 1) p <- ggplot(dat, aes(x, y, fill = x, colour = 1:3...如果我们要改变图例顺序，按下面的操作，将color变成1，然后fill使用默认排序： # And we can reverse the order p + guides( color = guide_colorbar
核心配置是 emphasis: { focus: 'series' } 达到的效果是，隐藏其他图例，只显示当前hover的图例，在emphasis中也可以配置更多的hover效果 option
Date : [[2022-01-06_Thu]] Tags : #R/index/02 #R/R可视化 #R/R数据科学 #其他/答粉丝问题 前言 感觉ggplot 绘图中的图例/legend，完全可以作为一个单独的内容讲很久...3-改变图例标题和子标签 改变图例标题的方法有很多，关于子标签，可以使用scale_xx_discrete 定义 labels ： ggplot(chic, aes(x = date, y = temp...，好看一些： 4.3-调整图例方向 默认下，图例显示是竖直的（自上而下），我们可以将其改变为水平horizontal ： ggplot(chic, aes(x = date, y = temp, color...默认下，如果是多个图都指定了某个分组： 图例标记也会非常智能的显示的。...我们可以不希望显示，在几何对象中使用show.legend = FALSE ： ggplot(chic, aes(x = date, y = temp, color = season)) + geom_point
遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色 第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree.../questions/45493163/ggplot-remove-na-factor-level-in-legend ggtree(tree_1)+ geom_tree(aes(color=group...))+ geom_tiplab(offset = 0.1)+ scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 这样就把图例去掉了 自定义颜色 colors<-...image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 需要示例数据和代码 点赞 点击在看 然后在后台留言 20210605 就可以了 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python
目 正文 自定义ggplot2图的图例。这里我们要修改非数据组件，通常通过theme（）命令来完成。 此页面受到ggplot2（？theme）帮助页面的强烈启发。...另外，请访问非常强大的ggplot2文档以获取更多信息。...我们从mtcars数据集和默认图例开始： library(ggplot2) basic=ggplot(mtcars, aes(wt, mpg, colour = factor(cyl), shape =...image.png 修改图例位置 要删除图例，请在theme（）中使用legend.position =“none”。 要更改其位置，但在图表外使用bottom，left，right或top。...或者使用0和1之间的相对坐标放置在图中。 #1: no legend basic + theme(legend.position = "none") ?
用R语言的pheatmap 包画热图可以给行或者列添加注释，比如添加个分组信息 示例代码 test = matrix(rnorm(200), 20, 10) test[1:10, seq(1, 10,...image.png 但是如果添加多组注释信息的话，他的图例是从上到下依次排列，如果太多图例就会超过绘图边界，比如 annotation_col<-data.frame(group=factor(c(rep...image.png 我有四个图例需要展示，但是这张图只出现了3个 当然可以通过增加图片的高度让第四个图例显示出来 ? 但是如果注释信息再多也不能够一直拉长图片高度呀！...有一个办法是更改图例的大小，但是没有找到参数来调节。 还有一个办法是：现在图例的单列，能不能改为多列显示？...还有一个办法是不用这个函数了，换ComplexHeatmap包中的Heatmap函数 示例代码 mat = matrix(rnorm(100), 10) rownames(mat) = paste0("R"
常规气泡图的图例 示例数据就直接用内置的鸢尾花的数据集了 library(ggplot2) colnames(iris) ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width...我开始想复杂了，以为需要去图例相关的参数里进行设置，原来直接更改点的形状就好了，给shape参数设置成21就好了 ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width...image.png 这里还可以看到图例是带灰色背景的，如果想要去掉怎么办呢？...="black", fill = "transparent"))+ geom_circle(aes(x0=5,y0=3.5,r=...alpha=0.2, color="red")+ xlim(2,8)+ ylim(2,8)+ geom_circle(aes(x0=7,y0=3,r=
) im1 <- ggplot(eqtls, aes(x = 1:49,y=V2, size=sample)) + geom_point(alpha=1,color = eqtls$cls)+...coord_cartesian(ylim = c(0,0.5)) + scale_fill_manual(values = as.character(eqtls$cls)) im1 image.png 这里新接触到一个R包...latex2exp，用来添加比较复杂的文本公式之类的很方便，需要好好学习一下 第二个小图b im2 <- ggplot(eqtls, aes(x = 1:49,y=V3, size=sample))...coord_cartesian(ylim = c(0,0.25)) + scale_fill_manual(values = as.character(eqtls$cls)) im2 image.png 贡献的图例...(get_legend(im3)) pm3 image.png 这里新接触到一个知识点是 ggplot2作图的图例可以单独提取出来然后和其他图去拼图 最后是拼图 p <- ggarrange(ggarrange
---- R语言绘图系列： R语言可视化及作图1--基础绘图（par函数，散点图，盒形图，条形图，直方图） R语言可视化及作图2--低级绘图函数 R语言可视化及作图3--图形颜色选取 R语言可视化及作图...4--qplot和ggplot2美学函数 R语言可视化及作图5--ggplot2基本要素和几何对象汇总 R语言可视化及作图6--ggplot2之点图、条形图、盒形图、直方图、线图 * 1....(x=4,y=40),label='y==1.2+x^2',parse = TRUE,size=7) #如果parse=FAKSE,图形上显示的就直接是y == 1.2 + x^2，而不是图上的公式。...图例绘制 2.1 guide_legend函数（主要参数：color, shape, size） 图例调整函数也属于标度函数的一类，但不可以直接使用加号来连接，必须放在函数中，作为一个参数。...factor(1:5)) pp <- ggplot(dat,aes(x,y,color=p,size=q,shape=r))+geom_point() #画出散点图，在不对图例进行任何调整的情况下，图形有测也会出现三个图例
在撰写本文时，ggplot2涉及在CRAN上的超过2,000个包和其他地方的更多包！在包中使用ggplot2编程增加了几个约束，特别是如果你想将包提交给CRAN。...尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...有时候在开发R包时为了保证正常运行，不得不将依赖包列入Depdens。...创建一个新的主题 当创建一个新的主题时，从已有主题出发总是好的实践（例如，theme_grey()），然后使用%+replace%替换需要该包的元素。...这是一种好的策略，哪怕几乎所有的元素都要替换，如果不这样做会让我们通过添加元素优化主题变得困难。ggthemes[4]包中有很多好的主题作为参考。
image.png 我选择使用R语言的ggplot2来实现，这个是箱线图和热图的拼接，右侧的热图可以借助geom_point()函数实现，将点的形状改为正方块，数值按照正负来映射颜色，按照一定的数值来映射大小...image.png 拉大图例与主图的距离 使用theme()函数中的legend.box.margin参数来调节 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes...image.png 将图例放到右上角 通过 legend.justification 参数来实现 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes(fill=x)...image.png 还有另外两个知识点是调节图例的标题和图例的距离以及图例的文本和图例的距离 分别需要用到legend.spacing.y和legend.spacing.x参数 ggplot(data=...image.png 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记
1.单独使用Pillow包时，图片会弹出新窗口显示： from Pillow import Image img = Image.open('data/empire.jpg') img.show() 2....我想要在jupyter notebook的浏览器上边显示图片怎么办？...可以使用matplotlab.pyplot【显示图片工具】 和 Pillow【图片处理工具】 结合使用 %matplotlib inline import matplotlib.pyplot as plt.../img.png', 'r') gray = img.convert('L') r,g,b = img.split() #注意：gray和r，g，b不一样，gray是三者通过公式算出来的...以上这篇jupyter 使用Pillow包显示图像时inline显示方式就是小编分享给大家的全部内容了，希望能给大家一个参考。
这里我们构造一组数据来看看如何使用 ggplot2 来拟合数据。...ggplot2 绘制散点图： library(ggplot2) p <- ggplot(df, aes(x, y)) + geom_point() p 我们先直接利用 geom_smooth...() 对散点进行平滑拟合，默认使用的是 loess 方法。...，然后使用线条添加在图上也是可以的。...https://stackoverflow.com/questions/37494969/ggplot2-add-regression-equations-and-r2-and-adjust-their-positions-on-plot
patchwork是基于ggplot2的拼图包，因为ggplot2本身没有强大的拼图语法，而一般使用的gridExtra与cowplot的拼ggplot2图形都存在不少问题。...我关注这个包蛮久了，现在Github上的Star数已经远超大部分的R包，但似乎还没有发布到CRAN。我的工作看似跟作图相关，写的博文大多数也如此，但实际对图形的掌控力并不咋的，所以还是要多多学习。.../patchwork") 导入： p_load(patchwork) # 或 # library(patchwork) 例子 patchwork的使用灰常简单，使用+把要拼的图加在一起就可以了。...我们不用创建对象，也可以像ggplot2本身使用一样相加。...增加花括号的使用进行嵌套可以布置更复杂的图形： p3 <- ggplot(mtcars) + geom_smooth(aes(disp, qsec)) p4 <- ggplot(mtcars) + geom_bar
MOESM8 没有找到论文里的作图的代码，但是找到了部分组图数据，我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图 今天的推文重复一下论文中的Figure1c image.png 今天主要的知识点是多个图例的时候如何分开放...，目前想到的办法是使用ggpubr这个R包把图例单独挑出来，然后使用annotation_custom()函数再把图例加回去。...breaks = c(0.4,0.6,0.8,1.0), expand = expansion(mult = c(0.1,0))) image.png 图例位置...b6e0f0", "SV"="#ea6743"), name="")+ labs(y=TeX(r"...b6e0f0", "SV"="#ea6743"), name="")+ labs(y=TeX(r"
不过，有软件实践提名奖这样的研发底子在，终于，我还是做回了开发， 开个玩笑：毕竟财务易得，开发难求~ 就这样~~~在开发的路上走远了~~~ 好了，回到正题，这偏文章是跨越10年对学习的思考，还在R3...但是是互动式的录屏，非要做的话相当于PDF相对与adobe form的体验效果，截图如下： 以业务流程为核心，包含了所有的配置，tcode应用，甚至是增强开发： 一直到完成，退出： 虽然这样的R3
2.Python_matplotlib画图时图例说明(legend)放到图像外侧 用python的matplotlib画图时，往往需要加图例说明。...如果不设置任何参数，默认是加到图像的内侧的最佳位置。 如何将该legend移到图像外侧，有多种方法，这里介绍一种。...(legend)放到图像外侧_Poul_henry的博客-CSDN博客_python画图legend显示在左上角 3.Python_matplotlib图例放在外侧保存时显示不完整问题解决 可以看到放在图像右上的图例只显示了左边一小部分...默认值为： 现考虑既然图例右侧没有显示，则调整subplots_adjust()函数的right参数，使其位置稍往左移，将参数right默认的数值0.9改为0.8，那么可以得到一个完整的图例： ...：Python_matplotlib图例放在外侧保存时显示不完整问题解决_Poul_henry的博客-CSDN博客_bbox_inches
但是找到了部分组图数据，我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图 今天的推文重复一下论文中的Figure2a image.png 主要知识点 如何在山脊图上添加辅助线 另外一个知识点是如何把图例放到整个图的左下角...x=mean_value, label=round(mean_value,2)), hjust=1.5,color="#2772a7") 绘制图例...(get_legend(p2)) -> p3 将图例和图组合到一起 library(latex2exp) pdf(file = "Rplot13.pdf", width=9.4,height...label=round(mean_value,2)), hjust=1.5,color="#2772a7")+ labs(x=TeX(r"...unit(c(0.1,0.1,0.1,1),'cm'))+ annotate(geom = "text", x=0.8,y=1.5, label=TeX(r"
Ahigh-qualitygenomecompendiumofthehumangutmicrobiomeofInnerMongolians4.pdf 论文中大部分作图数据都有，争取把论文中的图都复现一下 今天的推文我们试着复现一下论文中的Figure2b image.png 今天推文的主要知识点就是四个柱子，每个柱子单独配色，然后4个图例如何调整四个图例的前后顺序..."Oscillospiraceae", "Lachnospiraceae"))) -> df04 作图代码 ggplot
R语言ggplot2如果要做散点图可以用自带的一些形状 如果想用其他形状，有一个R包是ggstar https://cran.r-project.org/web/packages/ggstar/vignettes...ggstar这个R包的整体结构暂时还看不明白，但是定义形状的部分自己能够修改。...) source("ggstar02/geom_star.R") source("ggstar02/primitive.R") source("ggstar02/utilities.R") library...(grid) library(gridExtra) library(tidyverse) ggplot(data=data.frame(x=1:5,y=2,group=c("A","A","A","B...(aes(x=x,y=y))+ geom_polygon(fill="white",color="black") ggplot(data=data.frame(x=1:5,y=2,group=c(
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