R:使用ml3库绘制结果 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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R-forestplot包| HR结果绘制森林图

上一篇简单的介绍了COX生存分析结果绘制森林图Forest plot（森林图） | Cox生存分析可视化，本文将介绍根据数据集合的基本信息以及点估计值（置信区间区间）的结果直接绘制森林图的方法。...其中点估计值（置信区间）的结果可以是COX也可以是logistic回归等其他方法的结果，适用范围更广。...数据准备 #载入R包 library(forestplot) #数据来源：https://www.r-bloggers.com/forest-plot-with-horizontal-bands/ data...绘制森林图 2.1 简单森林图对数据进行部分修改，方便行名和列名字输出 ## 构建tabletext，更改列名称，展示更多信息 np 绘制完成了，颜色，大小，间隔等需要根据实际情况进行调整。

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「R」使用forestplot绘制森林图

森林图常见于元分析，但其使用绝不仅如此，比如我现在想要研究的对象有诸多HR结果，我想要汇总为一张图，森林图就是个非常好的选择。...ggpubr包提供的森林图是针对变量分析绘图，我也尝试使用了metafor包的forest画图函数，但太灵活了，我除了感觉文档画的不错，但实际使用却很难得到想要的结果。...文本表下面是一个使用文本表的例子： library(forestplot) #> 载入需要的程辑包：grid #> 载入需要的程辑包：magrittr #> 载入需要的程辑包：checkmate #...使用表达式 data(HRQoL) clrs <- fpColors(box="royalblue",line="darkblue", summary="royalblue") tabletext <

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「R」使用yyplot绘制pubmed研究趋势

Y叔的厉害之处在于它对于ggplot2包的理解非常深，写出包和结果对象基本都直接可以用ggplot展示，或者直接用plot绘制可以得到类似的显示效果。...检索返回的结果可以直接用plot绘制，这里因为我需要添加bw主题，所以导入了ggplot2包，不然可以不使用该包注意纵坐标是一个比例，该关键字发表文章数与当年文章总数的比例值，我们也可以灵活一点，只绘制发表文章数目

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「R」使用NMF包绘制热图

学习文档: https://cran.r-project.org/web/packages/NMF/vignettes/heatmaps.pdf Heatmap引擎 NMF包中的热图引擎是由aheatmap...接着，我们使用NMF模型来分解矩阵。 res = nmf(X, 3, nrun = 10) 混合系数矩阵：coefmap NMF结果的混合系数矩阵可以使用coefmap()函数进行绘制。...par(opar) 基底矩阵：basismap 基底矩阵可以使用basismap函数进行绘制，默认的行为是添加basis注释通道，每一行显示主导的基底组分，即每一行有最高负载的基底组分。...50个刻度一致性矩阵：consensusmap 当使用NMF进行矩阵的时候，一种评估基于指定rank评估聚类稳定性的方法是考虑由多个独立NMF运行结果计算得到的连接矩阵。...par(opar) 很显然这是一个对称矩阵，结果看上一半或者下一半都可以。同一方法，计算多个rank的结果函数nmf可以接受一组rank序列用来拟合多个不同的rank的结果。

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R语言ggplot2绘制曼哈顿图展示GWAS分析的结果

之前分享过一篇推文介绍过这个内容 R语言ggplot2包画曼哈顿图的一个简单小例子，但是当时自己不太懂曼哈顿图，实现是直接借助ggplot2的geom_jitter()这个函数实现的。...今天的推文重新介绍一下ggplot2绘制曼哈顿图的代码。...数据集就使用之前的推文中用到的数据跟着Nature Genetics学GWAS分析：emmax软件gwas分析/qqman包展示结果，这个数据太大，出图有些慢，只随机选取了其中1%的数据 (这个数据我自己的存储路径...R语言中也有现成的包和函数可以直接画曼哈顿图，我这里选择用ggplot2来画是因为出图后可以非常方便的组合其他的图，比如可以叠加一个基因结构的图，然后再拼一个展示不同基因型表型差异的图。...首先是gwas结果的部分截图 image.png 然后还需要准备一个染色体长度的文件 image.png 读取数据 library(tidyverse) library(readxl) library

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使用R语言绘制SCI插图云雨图

云雨图介绍我们使用r语言中ggplot2包绘制云雨图，云雨图可以看做是核密度估计曲线图、箱线图和抖动散点图的组合图表。...我们可以使用自定义的半小提琴函数geom_flat_volin()、箱型图函数geom_boxplot和抖动散点图函数geom_jitter()叠加实现。...设置工作路径和导包并且导入数据 setwd('你的工作路径') #导包 library(ggplot2) #导入数据 data <- read.csv('data1.csv') 2.3 ggplot2库实现图形绘制...2.3.1绘制半提琴图 2.3.2绘制抖动散点图 2.3.3叠加箱线图 2.3.4实现坐标翻转 2.3.5去除边框调整字体等微调 theme_bw()+ theme(panel.grid.major...大家以后有需要可以使用云雨图。

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使用R语言绘制string蛋白互作图

数据库包含来自众多来源的信息，包括实验资料库，计算预测方法和公共文本集。每次互动都与组合的置信度相关综合各种证据的分数。目前，涵盖了来自5090的超过24百万种蛋白质生物。...STRING数据库可用于在基因列表中添加含义。STRINGdb R软件包，以方便用户访问STRING中的数据库。在本指南中，以示例说明了该软件包的大多数功能。...首先，首先知道所拥有生物的NCBI分类标准标识符（例如，人类使用9606，小鼠使用10090）。...score_threshold=700, input_directory="") STRINGdb$methods() # score_threshold是蛋白互作的得分， # 此值会用于筛选互作结果...但是个人感觉绘制出来的图片依然没有cytoscape软件功能强大，建议还是string网页+cytoscape的方法来绘制。

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如何在CDSW中使用R绘制直方图

温馨提示：要看高清无码套图，请使用手机打开并单击图片放大查看。...本文档主要讲述如何在CDSW中使用R语言绘制直方图和饼图，并使用Hive数仓作为数据源。...[cla3me9e47.jpeg] 整个界面由三个区域组成，左边工程文件列表，中间代码显示区域，右边运行结果展示。...[513wpbc23f.jpeg] [o7z3kp7h2k.png] [xss6nl7z7g.jpeg] 3.编写R绘制直方图代码 ## 加载R运行依赖包 library(ggplot2) library...---- 编写R绘制饼图代码 ## 加载R运行依赖包 library(ggplot2) library(gcookbook) library(data.table) library(DBI) library

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R语言绘图 | 使用pheatmap快速绘制热图

热图是我们展示数据时常用的图形，今天小编教大家使用"pheatmap" 快速绘制热图。首先，我们需要准备输入文件。比如，我想绘制热图来比较30个基因在6个组织里的表达情况。 ?...如图所示，第一列为基因名，第一行为不同组织的名称，整理好后保存为制表符分隔的txt格式，准备好输入文件后我们就可以开始绘制热图啦。...## 安装R包 install.packages("pheatmap") ## 加载R包 library("pheatmap") ## 输入文件 exp 绘制好啦！ ? 由于我们不同基因的表达量数值差异太大，所以导致我们色阶的区分度特别小，这时我们可以通过对表达量取对数来解决这个问题。...pheatmap还有许多其他功能，具体使用方法大家可以参考： https://www.jianshu.com/p/1c55ea64ff3f 参考资料： https://cran.r-project.org

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「R」使用ggpolar绘制生存关联网络图

之前课题组一个师妹有需要绘制一个带相关性又能展示生存分析显著性的极坐标图，所以造了ggpolar这个包，今天分享给大家，感兴趣的读者不妨使用自己的数据模仿下，应用到自己的分析项目中去。

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R tips：使用ggplot2绘制空间坐标图

Xenium、Visium、VisiumHD、CellDive、Akoya等空间组学数据是包含细胞的坐标信息的，这些信息可以用于绘制空间原位图。...theme(panel.background = element_rect(fill = "black")) p_xenium_boundary | p_xenium_boundary2 使用...geom_polygon绘制细胞边界空间图，指定group为cell_id即可，fill可以指定为细胞类型或者基因表达量。...另一个选择是使用geom_tile图层，它可以指定点的height和width，height和width的大小和使用的数据有关系，在调试出图时只需要指定好了它们的值，则点的遮挡关系就不会因为导出图片的大小而出现改变...同样的，将上述图形放大后效果查看绘图细节如下：本文仅作一种概览的绘图演示，具体的空间图绘制可以基于上述思路进行各种个性化的绘图调整。

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如何使用R来绘制韦恩图（Venn Diagram）

2017.12.15日厦大生命科学前沿课上，一位博士师姐分享的一篇论文中，多次应用韦恩图，看起来特别美，于是特地去R语言官网阅读关于Venn Diagram的使用。...从网上高手博客中看到一些例子，故敲一遍代码以熟悉Venn Diagram包的使用。...这种方式画的图与第一种方式画出结果一样！...接下来利用draw.triple.venn绘制三个集合的韦恩图 > draw.triple.venn(area1=Length_A, area2=Length_B, area3=Length_C,n12

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使用Python绘制热图的库 pyHea

pyheatmap 通过源码安装： git clone git://github.com/oldj/pyheatmap.git cd pyheatmap python setup.py install 使用示例...= 2: continue a = [int(i) for i in a] data.append(a) # 开始绘制 hm =

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OmicCircos--实现多组学数据的环形可视化！

R包安装 BiocManager::install("OmicCircos") library(OmicCircos) 可视化展示 01 数据准备输入文件格式包中使用了四个输入数据文件：segment...绘制基础圆形需要segment data。其余三个数据集用于绘制额外的轨迹。...circos(R=400,cir=db,type="chr",col=colors,print.chr.lab=TRUE,W=4,scale=TRUE) ##逐层绘制circos circos(R=360...type="ml3",B=FALSE,cutoff=5, lwd=2) circos(R=150,cir=db,W=40,mapping=link.v,type="link",lwd=2,col=colors...,col.v=4,type="ml3",B=FALSE,col= colors[7],cutoff=0,scale=TRUE) circos(R=200,cir="hg18",W=50,mapping=

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R语言因子分析

factanal()进行因子分析，不过不如psych包好用，我们这里使用psych包演示。...但是提取几个因子并没有绝对的标准，我们可以结合多种方法或专业知识，和提取主成分的方法类似，可以参考之前的介绍的方法：R语言主成分分析除此之外，还可以结合特征值大小、累计贡献率来确定使用几个因子。...下面我们首先用9个因子进行因子分析，看看结果再说。...看结果中的Cumulative Var，累积方差解释，可以看到在使用3个因子时，累计贡献度是0.55,4个因子是0.59，结合碎石图，我们选择用4个因子。...因子旋转通过因子旋转我们可以更容易找到内在规律，使得结果更加容易结合专业背景进行解释。

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使用R语言包RIdeogram展示blast双序列比对结果

RIdeogram 是用来展示染色体组型（idiogram）的一个R语言包，比如展示snp的密度分布；展示某类基因在染色体上的分布等等。...1 25021643 969696 Grape 12 252525 6 VI 1 21508407 0ab276 Grape 12 252525 第二个是共线性分析的结果...cccccc 6 11 10861038 10886821 10 8099058 8011502 cccccc 了解了基本的数据输入格式，那么我们就可以将blast的比对结果转化成这种形式...首先是使用blast比对构建数据库 makeblastdb -in mt.fasta -dbtype nucl -out mt 比对 blastn -query cp.fasta -db mt -outfmt...synteny_dual_comparison) ideogram(karyotype =df1 , synteny=df4,output = "1.svg") rsvg_pdf("1.svg",'3.pdf') 结果

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Python 【绘制图及turtle库的使用】

前言最近翻到一篇知乎，上面有不少用Python（大多是turtle库）绘制的树图，感觉很漂亮，整理了一下，挑了一些觉得不错的代码分享给大家（这些我都测试过，确实可以生成喔~赶快去试一下吧） one 樱花树...() te.hideturtle() te.update() te.done() 蟒蛇绘制及turtle库的使用环境要求 python3 最好有一个ide，我用的是最基本的pycharm 这是我根据mooc...的教程写下来的（视频链接在文末），希望能给刚开始学习Python提供一个范例：这篇博文，我们将绘制一条蟒蛇，并解释turtle的使用。...从代码中我们可以很明显的看到使用了turtle这个库，那么每一行的代表什么意思呢？...turtle.bd(d)是向海龟的反方向运行 turtle.circle(r,angle)这是曲线函数，圆心在海龟的左手侧距离自己距为r的地方，想要绘制完整圆形，不要写第二个参数就好角度坐标体系我们可以使用下面函数来改变当前海龟的行进角度

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在 R 中使用 sf 和 ggplot2 绘制河流地图

这次我们将只使用3个库：httr通过GET函数检索数据;tidyverse 和 sf 用于空间分析和数据整理。...相反，包使用 s2 库中的球面几何运算符。在我们的例子中，这会破坏代码，因为某些河流线具有无效的球形几何图形。一个快速的解决方法是通过sf：：sf_use_s2（FALSE）关闭此功能。...我们首先绘制河流线，并根据定义的宽度根据类和宽度分配特定颜色。由于我们的目标是将视野缩小到欧洲，因此我们使用coord_sf根据预定义的边界框设置纬度和经度限制。...我们将使用蓝色阴影来绘制我们的河流类。此外，我们将大小限制定义为从 0 到 0.3 的数值范围。我鼓励你玩这个范围，看看你会得到什么。...在本教程中，您学习了如何导入河流空间文件以及如何在 R 中制作欧洲的炫酷河流地图。随时检查完整代码这里，克隆存储库并根据需要重现、重用和修改代码。

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【MySQL】使用Visio绘制数据库关系模型图

使用Visio绘制数据库关系模型图 1 新建项目文件—新建–软件和数据库—数据库模型图点击后，出现如下界面： 2 绘制左侧“实体关系”中将“实体”形状拖放到绘制界面，如下图

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答读者问：R语言ggplot2绘制热图展示GO富集分析结果的简单小例子

昨天有读者在公众号留言问下面这个热图如何画 image.png 这个图的实现办法有很多，今天的推文介绍一下使用R语言的ggplot2实现上图的代码。...values = c("#619cff","#00ba38","#f8766d")) library(aplot) p1%>% insert_left(p2,0.1) 最终的结果如下

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