chr,las=2, border = F,width = c(1,2),space = 1,density = 12,angle = c(45,135)) 人染色体长度分布图 二、分组条形图...#绘制分组条形图 x <- read.csv("sv_distrubution.csv",header = T,row.names = 1) head(x) #barplot(x) barplot...写在最后：有时间我们会努力更新的。...大家互动交流可以前去论坛，地址在下面，复制去浏览器即可访问，弥补下公众号没有留言功能的缺憾。原地址暂未启用（bioinfoer.com）。...sx.voiceclouds.cn 有些板块也可以预设为大家日常趣事的分享等，欢迎大家来提建议。
本文介绍基于R语言中的readxl包与ggplot2包，读取Excel表格文件数据，并绘制具有多个系列的柱状图、条形图的方法。 ...首先，我们配置一下所需用到的R语言readxl包与ggplot2包；其中，readxl包是用来读取Excel表格文件数据的，而ggplot2包则是用以绘制柱状图的。...install.packages("ggplot2") 此外，在用代码进行数据分析、可视化时，有时需要对数据加以长数据与宽数据的转换（具体什么意思在后文有介绍），这里需要用到另一个R语言包reshape2...通过上述代码，我们即可将数据读入R语言中；其具体格式如下图所示。...接下来，加号后面的geom_bar参数，是我们绘制多序列柱状图所需要设定的，其中position参数设置为"dodge"就表示我们希望将不同的系列平行放置（如果不设置position参数，那么不同系列的柱子就会垂直堆积
本次内容介绍条形图的绘制，包括基本条形图、簇状条形图、频数条形图、堆积条形图、百分比条形图。 下次将介绍如何对条形图着色、调整条形图的宽度和间距、添加数据标签等内容。...1绘制基本条形图 演示数据 以gcookbook包中的pg_mean数据集为例。...有时候，我们想额外添加一个分类变量跟x轴上的分类变量一起对数据进行分组。 此时，可通过将该分类变量映射给fill参数来绘制簇状条形图，这里的fill参数用来指定条形的填充色。...输出图片 3 绘制堆积条形图 演示数据 同上，以gcookbook包中的cabbage_exp数据集为例，该数据集包含两个分类变量Cultivar和Date和一个连续变量Weight。...2.48 绘图代码 使用geom_bar()，同时不要映射任何变量到y参数，geom_bar()函数在默认情况下将参数设定为stat = "bin"，该操作会自动计算每组（根据x轴上面的变量进行分组
背景介绍 Excel是一个很强大的作图工具，做好的图使用Excel插件导出高质量的图，完美收官！ 今天我们来介绍一个，使用Excel做分组条形图！如下所示！...软件介绍 Excel 2019 64bit 绘图教程 1.在Excel中输入数据，如下所示分为三个组别，每个组别中的元素不同，对应的数据为均值±标准差格式 2.选中数据，选择作图，按照如下操作，选择确定...3.添加误差线：加号-图表元素-误差线-更多选项 4.在右侧选择：自定义-指定值 5.选择向上的箭头，选中标准差，添加进去即可 6.单击两下图中的柱子，即可更改颜色 7.同理，更改其他柱子的颜色...8.单击柱子，设置柱子的间隙宽度 9.最后一幅图分组条形图就做好了，使用XLToolbox插件直接导出就可以了！
麦肯锡官网一个图表介绍了自动化对零售业商品管理领域不同工作内容的影响度，把不同工作环节的影响度分为轻、中、重，如下图所示。...industries/retail/our-insights/automation-in-retail-an-executive-overview-for-getting-ready Power BI内置条形图使用重叠和误差线也可以制作类似的效果...： 首先，新建三个度量值： M.1 = 1 M.2 = 2 M.3 = 3 簇状条形图如下拖拽字段： 效果如下： 重叠功能打开，系列间距100%，适当调整颜色： 为M3添加误差线，误差线的起点为...0，终点为三个条形的正中央： M.End = SWITCH ( SELECTEDVALUE ( 'Table'[Impact] ), "Light", 0.5, "Moderate",
本期开始继续基础图表(柱形图/条形图(bar charts))的绘制推文教程，但在系列绘制之前，我们先介绍下个人较喜欢的一个绘图R包-ggchicklet包，用于绘制带圆角角度的柱形图(Rounded...可以看出这种默认的颜色、主题风格在图表颜值提升上还有很大的空间，接下来我们就结合hrbrthemes主题包、RColorBrewer颜色主题包进行“美化”设置。...guide_legend(nrow = 1,title = "") )+ labs(x = "Class", y = "Data", title = "Base Charts in R...“暗黑主题”的风格结果如下： ?...总结 本期推文算是基础柱形图之前的“前菜”-ggchicklet包的介绍及实例展示，这个包也是我比较喜欢的R可视化包之一了，当然 hrbrthemes包也需要灵活掌握哦，可以帮你快速制成“高大上”可视化图表作品
一、分组条形图 x <- read.csv("sv_distrubution.csv",header = T) x # svs % tidyr::pivot_longer(cols...+ theme(legend.position = 'bottom',plot.title = element_text(hjust = 0.5)) ggplot2 绘制基因组 SV 突变堆叠条形图...= '') ggplot2 绘制饼图 三、箱线图 head(ToothGrowth) ToothGrowth$dose <- as.factor(ToothGrowth$dose) #按提供药物种类分组...ggplot(data = ToothGrowth,aes(x=supp,y=len,fill=supp))+geom_boxplot() #按剂量分组 ggplot(data = ToothGrowth...大家互动交流可以前去论坛，地址在下面，复制去浏览器即可访问，弥补下公众号没有留言功能的缺憾。 bioinfoer.com 有些板块也可以预设为大家日常趣事的分享等，欢迎大家来提建议。
就是下面这张图，在途中用条形图展示了不同季节样本浮游动物的组成情况，同时使用带误差棒的折线图来表示浮游动物生物量的变化，相当于在一幅图中同时展示了群落的相对丰度和绝对丰度。 ?...对于这种图我一直都是使用R的base函数来完成的，代码其事并不复杂涉及到的无非就是plot、barplot、axis、text、mtext、par等几个基本的函数。...dr R.Season.txt",header = TRUE,row.names = 1,sep = "\t") dt 的边界位置也能显示图像。 接下来绘制条形图。...，所以一定要添加par(new = T)，不然条形图就被覆盖了，这里绘图区域要与上一步条形图的绘图区保持一致。
在 R 包中，我有看到过 maftools 中可以绘制这样的图，用来表示新的数据队列与 TCGA 数据的比较，这也是应用于 TMB 分析。因为研究问题，我最近也想尝试使用改种图形来展示数据。...下面是一个使用示例，通过构建一个示例数据进行绘图，展示如何传入分组变量和值变量、分组标签位置、排序以及点的透明度等： set.seed(1234) data <- data.frame( yval...图中的红色线段代表数据的中位数。也就是从图中我们可以看到每个具体排序后的样本值，以及整体的分布情况。...源代码 目前该图的实现代码如下，代码通过 https://github.com/ShixiangWang/sigminer/blob/master/R/show_group_distribution.R...难度有以下几点，感兴趣的读者不妨带着这些问题阅读源代码： 怎么对点排序，构建绘图坐标？ 怎么对不同的 panel 展示不同的背景颜色？theme() 中的选项都不支持向量化，所以必须另辟蹊径。
专注R语言在生物医学中的使用 首先是加载R包和数据 library(tidyverse) library(ggtext) library(showtext) showtext_auto() load(..."E:/R/r-learning/r4ds/000files/df_animals_2.rdata") 主题设置 theme_set(theme_minimal(base_size = 19, base_family...labs(title = "突出显示个别条形的重叠条形图")+ # 主题细节调整...theme(plot.title = element_markdown(), axis.text.x = element_blank() ) 本文用到了很多之前学过的R...包和技巧： ggplot2修改坐标轴详细介绍 超详细教程：修改ggplot2图例 让你的ggplot2主题支持markdown和css 让你的ggplot2支持markdown语法
之前我们已经讲过很多条形图啦，但是今天我们再来讲一种条形图——环状条形图（Circular barplot）。当厌倦普通的条形图的时候或者空间有限但是要展示较多样本的时候，都可以考虑使用环状条形图。...什么是环状条形图（Circular barplot） 条形图是科研中常用的图，但是有时候可能你会觉得普通的条形图过于平平无奇。...还有些时候展示的空间有限，数据却很庞大，这时再用普通的条形图可能就不利于展示信息了。那么要怎么办呢？不如考虑一下使用环状条形图。我们先来看几个关于环状条形图的例子。...每一根柱子代表一个州，绿色的柱子代表森林覆盖率，灰色的代表人口密度。 ? 森林覆盖率与人口密度 通过上面两个例子可以发现环状条形图是一种明明很简单，但是却让你眼前一亮，觉得好像很华丽的数据展现方式。...如何作环状条形图 1）需要什么样的数据 我们这次使用的数据以及代码来源Azandis的博客[1]。我根据最终的图片，整理了所需要的数据。
import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt labels = ['G1', 'G2', 'G3',...
第一部分：点图 在R语言里我们可以利用dotchart(x, labels=, groups=, gcolor=, cex=)函数来绘制点图，参数x是一组数值型向量，labels这个参数则是代表x中每个值的标签...除此以外，groups参数可以对x进行分组，gcolor指定各个组的颜色，而cex则可以控制标签的尺寸。在这里我们仍将使用R内置的mtcars数据集来演示。...# 按照mpg进行排序, 利用cylinder这个变量进行分组和上色 # cylinder是指汽车的气缸数 # 这里需要新建变量color用来存储颜色信息 x 条形图 在R中我们可以使用barplot(height)函数来绘制条形图，这里height可以是一个向量或者矩阵。如果是一个向量的话，则它的值就决定了每一个条带的高度。...从这个这个简单的条形图中我们可以看到不同挡数汽车的数目，也即车型在挡数上的分布，3挡的汽车类型最多。
本文作者蒋刘一琦，自嘲是一个有艺术追求的生信狗，毕业于浙江大学生物信息学专业，目前在复旦大学就读研究生，研究方向为宏基因组。 在生物信息领域我们常常使用R语言对数据可视化。...在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。 什么是直方图/条形图？...对于直方图，我们要做的第一步就是把连续性的数据分箱（bin），所谓的分箱实际上就是将数据按照一定的间隔进行分组。...直方图例子 而条形图如下列例子统计了不同国家的样本数量。可以看到下图的柱子之间有间隔，体现出国家并非一个连续变量而是一个分类变量。 ? 条形图例子 直方图/条形图怎么画？...如何绘制直方图/条形图 1）需要什么格式的数据 本次我们来看一个新的R提供的数据，就是闪闪发光的钻石?Diamonds。 ?
前面给大家简单介绍了 ☞【R语言】R中的因子（factor） 今天我们来结合具体的例子给大家讲解一下因子在临床分组中的应用。 我们还是以TCGA数据中的CHOL（胆管癌）这套数据为例。...关于这套临床数据的下载可以参考 ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) 前面我们也给大家介绍过一些处理临床数据的小技巧 ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验，复现临床paper...*","stage I/II",stage) #转换成因子 stage=factor(stage) stage 可以得到下面这个两分组的因子 方法二、直接使用factor函数 #删除组织病理学分期末尾的...参考资料： ☞【R语言】R中的因子（factor） ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验，复现临床paper ☞R生成临床信息统计表...☞玩转TCGA临床信息 ☞TCGAbiolinks获取癌症临床信息 ☞肿瘤TNM分期 ☞R替换函数gsub
最近在研究excel透视图，想到好像自己在R-分组操作并不是很流畅，顺便学习分享一下。R自带数据集比较多，今天就选择一个我想对了解的mtcars数据集带大家学习一下R语言中的分组计算（操作）。...目录 1 dplyr包中的group_by联合summarize 1.1 group_by语法 1.2 summarise语法 1.3 group_by和summarise单变量分组计算 1.4...分组计算示例 3.3 aggregate分组计算补充（formula形式） 4 splite ---- 正文 首先给大家看一下mtcars数据集的基本情况，data.frame类型，32个观测对象，11...$ carb: num 4 4 1 1 2 1 4 2 2 4 ... 1 dplyr包中的group_by联合summarize 1.1 group_by语法 data为数据集 ...为分组变量...2 10 19.2 6 168. 123 3.92 3.44 18.3 1 0 4 4 # ... with 22 more rows # 对分组数据的相关变量进行函数计算
今天跟大家分享多系列与分面组图的美化技巧！ 昨天讲的关于多序列柱形图与条形图美化技巧，其实还漏掉了一些一点儿。...当数据序列比较多的时候，特别是超过四个以后，还用堆积柱形图（条形图）、或者簇状柱形图的话，图表必然会因为系列太多而受到挤压或者变形，整体就会不协调、不美观。...还有ggplot不支持次坐标轴功能，它的作图思维基本源于塔夫脱的可视化理念，而且作者个人的审美也接受次坐标轴（大牛任性），但是他留给大家解决多序列图表的方案是——分面组图~ data的配色确实挺难看的，这里我们使用华尔街日报、经济学人的主题、及配色模板。...好了，这样分面组图及其标签问题算是列举清楚了，至此柱形图（条形图）终于告一段落，下一届开讲散点图。
一、前言二、初阶图形2.1 基本条形图2.2 水平柱状图2.3 带图例的堆叠柱状图2.4 带图例的分组柱状图2.5 ggplot作图2.6 plotly作图三、进阶图形3.1 水平柱状图3.2 显著性柱状图...3.3 堆积百分比柱状图3.4 分组柱状图四、讨论一、前言柱状图又称条形图，在统计分析中的使用频率最高，也是众多小白入门R最早绘制的可视化图形。...安装R包：barplotggplot2plotly二、初阶图形2.1 基本条形图values 分组柱状图将刚刚初阶的分组柱状图设置为水平即可...有交互性的可视化R包，可以绘制点图、线图、条形图、气泡图、桑基图、甘特图、树状图等。
大家在绘制图的时候是不是有的时候老师纠结颜色的搭配。今天给大家介绍一个可以自动搭配颜色的R包RColorBrewer。R包的安装载入就不再赘述。直接进入主题。...或者我们也可以R包中的颜色向量进行拼接也可以满足我们的需求。...接下来我们看下R包中的主要函数以及如何将颜色载入： brewer.pal函数可以将颜色载入，其参数分布也很简单：brewer.pal(n,name)其中n指的颜色的个数，name指的颜色的名称（也就是上面三组中的某一个名称...我们今天趁此机会跟大家介绍一种自编程的绘图叫圆形条形图。首先我们来看下实现原理：首先我们要知道圆上的点的计算公式x=r*cos(a);y=r*sin(a)。...总结，如果想绘制其他的条形图原理通用，只要能把图像上的点有公式计算就可以绘制，同样颜色的搭配也可以参考RColorBrewer包或者自己设置。
分享是一种态度 基因集富集分析是很常见的分析内容，可视化展示的方式也多样。本文提供两组分组间的差异表达基因集的功能富集结果的一些相对美观的可视化方式。...1 读取Seurat对象 生成差异表达基因 library(Seurat) library(dplyr) sce R_Language/R_Practice/scRNA_Seq_column.../src/scRNA-seq_advance/Data/sce.rds') ## 1 设置分组 sce.all = sce table(Idents(sce.all)) ## ## Naive CD4...colour = "grey80", linetype = "dashed"), panel.grid.minor.x = element_blank()) ## 图一：常规分组条形图...limits = c(minimum, maximum), breaks = seq(minimum, maximum, nbreaks)) #修改图例名字以及图中颜色 ## 图五：借用ggpubr包绘制条形图
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