在我前面的文章：clusterProfiler包进行KEGG,GO,GSEA富集分析，有介绍在GSEA分析中，在MSigDB（Molecular Signatures Database）数据库中定义了很多基因集...，下载的基因集是gmt格式文件。...第2列 ：一般是描述信息，说明这套基因列表从哪里收集的，也可以为空或者用NA表示。官方提供的格式是URL，也可以是任意字符串。 第3列-第n列：是基因集内所有基因的名字，有几个写几列。...write.gmt <- function(gs,file){ sink(file) lapply(names(gs), function(i){ cat( paste(c(i,'tmp...Yes MoleculeName和 catabolism.Type这2列是我们要的。
读者的问题是，他一个R命令在rstudio的console里面显示出来的日志最多就1000行，这样的话它很多信息被淹没了，所以鼠标滚轮是没办法查看被淹没的信息，求解决方案： 最多就1000行 这个时候有治标和治本的两个方案...= 200000) 后来chatGPT给了我治本的方法，就是存储输出结果在文件里面： lapply(1:1000, print) -> output_file sink("output.log"...治本的方法；输出到日志文件 其实也可以借鉴Linux的黑白命令行里面的重定向语法，通过BioinfoArk提供的中国区chatGPT查询： 在Linux命令行中，你可以使用重定向符号来将命令的输出结果保存到文件中...下面是一些常用的重定向符号和用法： >：将命令的标准输出重定向到文件中，如果文件不存在则创建，如果文件已存在则覆盖原有内容。...例如： command > output.txt 这将将命令的标准输出保存到名为output.txt的文件中。 >>：将命令的标准输出追加到文件中，如果文件不存在则创建。
此外，一个熟练的数据科学家运用他们的直觉和经验，从数据中提取尽可能多的信息。因此，在Python和R中都有大量的函数和工具可以帮助我们完成这项任务，这一点也不奇怪。...今天，我们将使用R并学习在R中转换数据时使用最广泛的一组“apply”函数。这组函数提供了对数据的高效和快速操作。当我们只想处理某些列时，这特别有用。这组函数称为apply()函数。...我创建了一个简单的表，告诉我们返回的类型： 返回值 每个元素的长度 输出 列表 1个 向量 列表 > 1并且长度相同 矩阵 列表 > 1，且长度可变 列表 我们将看到上述所有场景的示例： 场景1...现在，这个函数不能同时应用于list1和list2的所有元素。...尾注 到目前为止，我们学习了R中apply()函数族中的各种函数。这些函数集提供了在一瞬间对数据应用各种操作的极其有效的方法。本文介绍了这些函数的基础知识，目的是让你了解这些函数是如何工作的。
Sink Sink 不断地轮询 Channel 中的事件且批量地移除它们，并将这些事件批量写入到存储或索引系统、或者被发送到另一个 Flume Agent。...说明：在使用 Spooling Directory Source 时，不要在监控目录中创建并持续修改文件；上传完成的文件会以.COMPLETED 结尾；被监控文件夹每 500 毫秒扫描一次文件变动...需求 使用 flume 接收数据，并给每条数据添加前后缀，输出到控制台。前缀可从 flume 配置文件中配置。...Channel 中的事件且批量地移除它们，并将这些事件批量写入到存储或索引系统、或者被发送到另一个 Flume Agent。...需求 使用 flume 接收数据，并在 Sink 端给每条数据添加前缀和后缀，输出到控制台。前后缀可在 flume 任务配置文件中配置。 configure():读取任务配置文件中的配置信息。
交流群的小伙伴神秘兮兮的给大家分享了他从文章附件supplementary pdf一个个抠出来的280 genes的 Splicing factor 基因列表 ，并且制作好了如下所示的 gmt文件 ，其实就是普通文本文件啦...，编辑器打开可以看到就是一行的内容，如下所示： Splicing_factors_geneset NA TARDBP SRRM1 PPP1R8 PPIE 后面的基因省略掉 写出gmt文件 假如你目前的基因列表在...R里面，就可以自己写一个函数，比如 write.gmt 进行输出到gmt文件（本质上仍然是文本文件）： library(msigdbr) all_gene_sets = msigdbr(species...n') }) sink() } write.gmt(gs,file) 读取gmt文件 假如你拿到了gmt文件，很容易读取它并且去做分析，下面有两个不同包的函数： file="Homo-H-examp.txt...clusterProfiler的read.gmt和GSEA 首先呢，clusterProfiler重新改写了gmt文件和做gsea的方法，所以代码稍微有一点点不同。
同时，agent还支持选择器，就是一个source支持多个channel和多个sink，这样就完成了数据的分发。...将从事件header中获取使用此属性值命名的字段的值，并将消息发送到主题的指定分区。...注意： Kafka Sink使用FlumeEventheader中的topic和key属性将事件发送到Kafka。...migrateZookeeperOffsets true 当找不到Kafka存储的偏移量时，在Zookeeper中查找偏移量并将它们提交给Kafka。...五 hdfs sink讲解 该sink会将数据写入hdfs，它目前支持创建文本和序列文件，这两种文件格式都支持压缩。可以根据所用时间，数据大小或事件数量定期滚动文件（关闭当前文件并创建一个新文件）。
使用 spark.lapply 分发运行一个本地的 R 函数 spark.lapply SparkR 中运行 SQL 查询 机器学习 算法 分类 回归 树 聚类 协同过滤...在概念上 相当于关系数据库中的 table 表或 R 中的 data frame，但在该引擎下有更多的优化....我们明确的使用 as.DataFrame 或 createDataFrame 并且经过本地的 R data frame 中以创建一个 SparkDataFrame....例如, 我们可以使用 write.df 把先前的示例的 SparkDataFrame 存储为一个 Parquet 文件. write.df(people, path = "people.parquet... spark.lapply 分发运行一个本地的 R 函数 spark.lapply 类似于本地 R 中的 lapply, spark.lapply 在元素列表中运行一个函数，并使用 Spark 分发计算
从整个过程来看，数据分析其实包含了4个过程：采集，存储，计算，展示。大数据的数据采集工作是大数据技术中非常重要、基础的部分，具体场景使用合适的采集工具，可以大大提高效率和可靠性，并降低资源成本。...数据从源传输到存储库的过程中，Logstash 过滤器能够解析各个事件，识别已命名的字段以构建结构，并将它们转换成通用格式，以便更轻松、更快速地分析和实现商业价值。...在一条pipeline数据经过上游数据源汇总到消息队列中，然后由多个工作线程进行数据的转换处理，最后输出到下游组件。一个logstash中可以包含多个pipeline。...如果是在Filebeat运行过程中新创建的文件，只要在Harvster关闭后，文件大小发生了变化，新文件才会被Prospector选择到。...在传输上Flume比Logstash更可靠一些，因为数据会持久化在channel中。数据只有存储在sink端中，才会从channel中删除，这个过程是通过事物来控制的，保证了数据的可靠性。
和HDFS,它从channals消费数据(events)并将其传递给目标地....| Event数据存储在磁盘文件中 Spillable Memory Channel | Event数据存储在内存中和磁盘上，当内存队列满了，会持久化到磁盘文件 Pseudo Transaction...| 数据在IRC上进行回放 File Roll Sink | 存储数据到本地文件系统 Null Sink | 丢弃到所有数据 HBase...的文件起名为a1,同时指定这个文件在哪 安装telnet yum install telnet 退出 ctrl+] quit Memory Chanel 配置 capacity：默认该通道中最大的可以存储的...| Event数据存储在磁盘文件中 Spillable Memory Channel | Event数据存储在内存中和磁盘上，当内存队列满了，会持久化到磁盘文件 Pseudo Transaction
1.2.4 Sink Sink不断地轮询Channel中的事件且批量地移除它们，并将这些事件批量写入到存储或索引系统、或者被发送到另一个Flume Agent。 Sink是完全事务性的。...，而不通过域名服务器； -l或--listening：显示监控中的服务器的Socket； -p或--programs：显示正在使用Socket的程序识别码和程序名称； 3．创建Flume Agent...说明： 在使用Spooling Directory Source时 1) 不要在监控目录中创建并持续修改文件 2) 上传完成的文件会以.COMPLETED结尾 3) 被监控文件夹每500毫秒扫描一次文件变动...向upload文件夹中添加文件 在/opt/module/flume目录下创建upload文件夹 [atguigu@hadoop102 flume]$ mkdir upload 向upload文件夹中添加文件...不会，Channel存储可以存储在File中，数据传输自身有事务。 但是如果使用内存存储的话，掉电可能会丢失数据。
介绍插件机制介绍插件机制为GeaFlow任务提供了外部数据源的集成能力扩展，GeaFlow支持从各类Connector中读写数据，GeaFlow将它们都识别为外部表，并将元数据存储在Catalog中。...在Console中，插件属于一种资源类型，用户可以通过白屏化的方式在Console上注册自定义的Connector插件，并在DSL任务或创建表时使用自定义的插件。...)、外部文件系统插件(REMOTE_FILE)、外部图存储系统插件(DATA)，如下列表所示。...解析DSL中使用的表绑定的插件。获取引擎自带的插件列表。将1和2中的结果进行合并，过滤引擎自带的插件，得到最终dsl任务中用户使用的插件列表。...创建sink表：提交任务创建dsl任务，直接在dsl中使用之前创建的source表和sink表。
Channel是一个被动的仓库，它持有Event直到Event被Sink消费。FileChannel就是Flume中的一类Channel，使用本地文件系统作为自己的仓库。...agent中的Source和Sink同Channel中排列的Events异步运行。 可靠性 Event在Flume agent的Channel中暂存。...Source和Sink包含由Channel提供的Transaction中Event的存储和检索。这确保了Event在流中的点之间可靠的传递。...很有可能现有的操作在实际使用中不够用。...Sink Sink的目标是从Channel中取出Event然后传输向流中的下一个Flume Agent或者存储到外部仓库。一个Sink和一个Channel关联，在Flume属性文件中配置。
Apache Flume 是一个从可以收集例如日志，事件等数据资源，并将这些数量庞大的数据从各项数据资源中集中起来存储的工具/服务，或者数集中机制。...flume具有高可用，分布式，配置工具，其设计的原理也是基于将数据流，如日志数据从各种网站服务器上汇集起来存储到HDFS，HBase等集中存储器中。...Flume可以采集文件，socket数据包、文件、文件夹、kafka等各种形式源数据，又可以将采集到的数据(下沉sink)输出到HDFS、hbase、hive、kafka等众多外部存储系统中 ...1.使用telnet 发送消息 然后输出到控制台 1)创建netcat-console.conf文件 # 定义这个agent中各组件的名字 a1.sources = r1 a1.sinks...环境 另外创建一个文件夹 /root/data/flumedata 往里边添加文件,查看hdfs变化 3.采集文件到kafka 采集需求：比如业务系统使用
目标地可能是另一个sink,也可能HDFS,HBase. 关联关系 Agent(代理)：Flume代理配置存储在本地配置文件中。这是一个遵循Java属性文件格式的文本文件。...可以在同一个配置文件中指定一个或多个代理的配置。配置文件包括代理中的每个源、接收器和通道的属性，以及如何将它们连接在一起以形成数据流。...内存通道可以具有最大队列大小(“容量”)，而HDFS接收器需要知道文件系统URI、创建文件的路径、文件旋转的频率(“HDFS . rollinterval”)等。...这是通过列出代理中每个source、sink 和channel的名称来完成的，然后为每个sink 和source指定连接channel。...配置文件将包含这些组件的名称，并将文件通道作为avroWeb源和hdfs-cluster1接收器的共享通道。
1.2.3 Sink Sink 不断地轮询 Channel 中的事件且批量移除它们，并将这些事件批量写入到存储或索引系统、或者被发送到另一个 Flume Agent。 ...（1）在 /opt/module/flume/ 下创建文件夹 upload mkdir upload （2）向 upload 文件夹中添加文件。...Flume 企业开发案例 5.1 复制和多路复用 5.1.1 需求 使用 Flume-1 监控文件变动，Flume-1 将文件变动内容传递给 Flume-2，Flume-2 负责存储到 HDFS。...5.2 负载均衡和故障转移 5.2.1 需求 使用 Flume1 监控一个端口，其中 Sink 组中 Sink 分别对接 Flume2 和 Flume3，采用 FailoverSinkProcessor...6.3 自定义 Sink 6.3.1 需求 使用 Flume 接收数据，并在 Sink 端给每条数据添加前缀和后缀，输出到控制台。前后缀可在 Flume 配置文件中配置。
exec：支持执行命令的，并将命令执行后的标准输出作为数据采集，多用于采集一个可追加文件。 spooling directory：支持对一个目录进行监听，采集目录中一个或多个新生成的文件数据。...特点：Sink组件不断地轮询Channel中的事件且批量地移除它们，并将这些事件批量的、事务的写入到存储或索引系统、或者被发送到另一个Flume Agent。...file：file Sink组件是将采集到的数据直接输出到本地文件系统中，即linux的磁盘上。 除此之外还有：thrift、ipc、HBase、solr、自定义Sink。...特点： 由于Channel组件的存在，使得Source和Sink组件可以运作在不同的速率上。 Channel是线程安全的，可以同时处理几个Source的写入操作和几个Sink的读取操作。...Flume-1将变动内容传递给Flume-2，Flume-2负责存储到HDFS。 同时Flume-1将变动内容传递给Flume-3，Flume-3负责输出到Local FileSystem。
R对象有值，但不必有对应的变量名；变量名必须经过绑定才有对应的值和存储位置。 我们可以通过变量获得对象所在的地址（存储位置），并获得对象的值。...在R的3.1.0之前则用的深拷贝方法， 即复制列表时连各个元素保存的值也制作副本。...的内部机制中，数据框和列表并没有什么明显的区别： 只不过从操作上，我们可以对不同列表的相同位置的数据进行同时处理（行操作）。...创建环境 环境的创建和打印，操作也和列表对象非常相似。...env()生成新的环境同时，定义环境中的数据。
, -conf-file 文件名, ,生成后的文件名 a1, -Dflume.root.logger日志输出街边, console在控制台输出 flume-ng agent --conf-file...我们搭建多Agent流的环境使用的就是avro源 三 exec源 exec源在启动时运行给定的unix命令，并期望该进程在标准输出上不断生成数据(stderr被简单丢弃，除非属性logStdErr...注意 : a.我们通常在项目中使用exec源来监控某些日志文件的数据 b.我们可以通过修改配置文件中的a1.sources.r1.command = tail -F /root/log.txt配置来决定是否在一开始读取时读取全部文件...Event数据存储在持久化存储中，当前Flume Channel内置支持Derby File Channel Event数据存储在磁盘文件中 Spillable Memory Channel Event...它目前支持创建文本和序列文件。它支持两种文件类型的压缩。可以根据经过的时间、数据大小或事件数周期性地滚动文件(关闭当前文件并创建新文件)。它还根据事件起源的时间戳或机器等属性对数据进行存储/分区。
； -l或--listening：显示监控中的服务器的Socket； -p或--programs：显示正在使用Socket的程序识别码和程序名称； 创建Flume Agent配置文件flume-telnet-logger.conf...说明： 在使用Spooling Directory Source时 不要在监控目录中创建并持续修改文件 上传完成的文件会以.COMPLETED结尾 被监控文件夹每500毫秒扫描一次文件变动 向...upload文件夹中添加文件 在/opt/module/flume目录下创建upload文件夹 [atguigu@hadoop102 flume]$ mkdir upload 向upload文件夹中添加文件...案例需求：使用Flume-1监控文件变动，Flume-1将变动内容传递给Flume-2，Flume-2负责存储到HDFS。...同时Flume-1将变动内容传递给Flume-3，Flume-3也负责存储到HDFS 需求分析： ?
Source 将外部系统中的数据写入到 Pulsar；sink 则将 Pulsar 中的数据输出到外部系统。...Function 的元数据存储在 Pulsar 中，但 function 的运行状态由 Kubernetes 管理。...Function Mesh 支持同时创建、更新和终止多个 function 和 connector。同一个 Mesh 中， function 和 connector 的生命周期相同。...Function Runner 负责调用 function 和 connector 逻辑，处理从输入流中接收的事件，并将处理结果发送到输出流。...sink CRD yaml 示例文件中，connector 将数据发送到 ElasticSearch。
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