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「R」ggplot2在R包开发中的使用

在撰写本文时,ggplot2涉及在CRAN上的超过2,000个包和其他地方的更多包!在包中使用ggplot2编程增加了几个约束,特别是如果你想将包提交给CRAN。...尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式,以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...有时候在开发R包时为了保证正常运行,不得不将依赖包列入Depdens。...在包函数中使用 aes() 和 vars() 为了使用ggplot2创建图形,你很可能至少要使用一次aes()函数。如果你的图形使用了分面操作,你可能也会使用vars()用来指向绘图数据。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象(例如,在一个plot()-风格的函数中)。

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gtsummary|巧合-绘制多种数据汇总表“神器”

晚上想起上午时候提示我没有tbl_summary函数,查到是gtsummary包的,习惯性看了下包的功能,这不是也可以绘制三线表? 惊了,于是有了这篇分享。...1 下载R包,数据 使用内置数据集演示 #install.packages("gtsummary") library(gtsummary) #查看内置数据集 head(trial) ?...2 绘制table1 2.1 简单表格 #先选择部分变量进行展示 trial2 % select(age, grade, death, trt) # 绘制 table1 使用的是中位数(四分位数),分类变量使用的 个数(比例)。 但是不是缺点什么? 文献中的表1,是不是会有分组?是不是会有总体描述?是不是会有P值?是不是会有mean(sd) ?...all_continuous() ~ "{mean} ({sd})") ) %>% add_p(test = list(all_continuous() ~ "t.test")) # 添加P值 就可以根据需求,结合着使用就可以绘制文献中的

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    超强的gtSummary ≈ gt + comparegroups ??

    在R语言中绘制表格的包我们介绍了非常多,除了专门绘制基线资料表的compareGroups/tableone/table1,还介绍了绘制普通表格的gt,以及扩展包gtExtra。...gtsummary包是专门用来画表格的,高度自定义的多种选项,快速绘制发表级表格。可用于总结汇总数据集、多种模型等。 快速绘制描述性统计表格、基线资料表(例如医学期刊常见的表1!) 。...联合broom/gt/labelled等R包,可以直接生成发表级的结果,配合rmarkdown,可自定输出到Word、PDF、HTML等多种文件中。...使用as_gt()函数转换为gt对象后们就可以使用gt包的函数了。...但我还是喜欢用compareGroups包,因为简单,一句代码即可搞定,所以,必须比较下,哪个好用,尤其是在画基线资料表方面!

    1.8K80

    生信爱好者周刊(第 2 期):生信的境界与道路

    文章 1、在ggplot2散点图中自动添加回归系数或回归方程、R2、P值等 有时候使用ggplot2绘制散点图展示两组变量的关系时,同时也做了一些描述二者关系的统计,如相关性分析、回归分析等,并期望将相关系数或回归方程...工具 1、datar: dplyr in python[12] 在生信分析中,R是很常用的语言,R中数据处理的包,特别是tidyverse开发的包,包括dplyr、tidyr、 forcats等,很受欢迎...4、gtExtras[15] gtExtras的目标是提供一些额外的辅助函数来帮助使用gt创建漂亮的表。这些函数通常是对样板文件的包装,或者添加了gt中尚未内置的功能。...主题 数据高亮 5、gtsummary[16] - 准备好的演示数据总结和分析结果表 gtsummary包提供了一种优雅而灵活的方法来使用R编程语言创建可发布的分析和汇总表。...从阅读中读者可以学习安装和使用三方包、操作基础的数据类型,学习数据的导入、操作和可视化,学习统计分析和编写脚本等内容。

    1.4K20

    R语言生存分析和科研绘图

    “删失(censored)数据指在观察或试验中,由于人力或其他原因未能观察到所感兴趣的事件发生,因而得到的数据。”图表示10个参与者,在事件为发生前有7位患者出现了删失情况。...某个对象在某个时间点的生存概率公式为:$S(t) = Pr(T > t) = 1- F(t)$$S(t)$是生存函数$F(t) = 1- Pr(T > t)$是累积分布函数生存分析应用案例加载R包导入本教程分析所需要的...R包library(tidyverse)library(survival)library(survminer)library(gtsummary)# rm(list = ls())options(stringsAsFactors...,包括Surv和surfit函数;survminer R包提供了ggsurvplot函数允许基于ggplot2定制Kaplan-Meier图 ;组间比较可采用log-rank检验,采用survival:...:survdiff ;单或多变量Cox回归分析可以使用survival::Cox进行。

    20800

    一文看懂eBPF|eBPF实现原理

    eBPF 虚拟机的规范: 寄存器 r1-r5:作为函数调用参数使用。在 eBPF 程序启动时,寄存器 r1 包含 "上下文" 参数指针。...修正 helper 函数 helper 函数是 eBPF 提供给用户使用的一些辅助函数。...调用 eBPF 的 helper 函数与调用普通的函数并不一样,调用 helper 函数时并不是直接调用的,而是通过 helper 函数的编号来进行调用。...每个 eBPF 的 helper 函数都有一个编号(通过枚举类型 bpf_func_id 来定义),定义在 include/uapi/linux/bpf.h 文件中,定义如下(只列出一部分): enum...通过上面的代码,就能将 eBPF 程序挂载到 socket 上,当 socket 接收到数据包时,将会执行这个 eBPF 程序对数据包进行过滤。

    2.5K10

    手把手教你R语言复现mindfulness_PTSS_COVID19文献结果

    特质正念与PTSS之间的关系中,从负面情绪中恢复的能力(recovering from negative emotions)起到了显著的中介作用(95%CI= [-0.212, -0.094]),而产生积极情绪的能力...特质正念以及从负面情绪中恢复的能力是防止PTSS的保护因素。...文章对上述结论的结果数据分析是使用的SPSS软件,本教程将使用R语言对文章的结果进行整体复现。因为文章没有给出每个维度的规则,所以最后R计算得到的结果会与文章存在部分偏差。...章:生成表5(Table5: Analysis of total, direct and indirect effects of trait mindfulness on PTSS)第7章:总结需要的R包...需要使用到的R包,大家可以通过install.packages("package_names")安装或其他方式。

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    Service Mesh架构新技能之eBPF入门与实践

    –R9,另外 R10 是一个只读的帧指针R0:eBPF 中内核函数的返回值和退出值R1 - R5:eBF 程序在内核中的参数值R6 - R9:内核函数将保存的被调用者callee保存的寄存器R10:一个只读的堆栈帧指针...seccomp-BPF 数据包、内核函数、用户函数、跟踪点 PMCs 等 R0:eBPF 中内核函数的返回值和退出值 R1 - R5:eBF 程序在内核中的参数值 R6 - R9:内核函数将保存的被调用者...eBPF 程序不能调用任意的内核参数,只限于内核模块中列出的 BPF Helper 函数,函数支持列表也随着内核的演进在不断增加。...在某些情况下,当您要确保一组特定的用户空间程序使用相同的 IP 地址和端口时,系统将使用多个 IP 地址。...虽然 BCC 竭尽全力地简化 BPF 程序开发人员的工作,但其“黑魔法” (使用 Clang 前端修改了用户编写的 BPF 程序)使得出现问题时,很难找到问题的所在以及解决方法。

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    全了!!表格可视化制作技巧大汇总~~

    回归表格绘制[3] 当然,除了上面介绍的外,下面小编再汇总列出其他的优秀第三方R包,小伙伴们可自行选择学习哈~如下: R-gtsummary R-kableExtra R-formattable R-reactable...R-flextable R-可视化+表格的”混搭“ 这一部分小编主要介绍如何在可视化绘制(ggplot2体系) 中添加表格内容,用以更加生动的展现数据价值。...这里主要介绍R-ggpubr包和R-ggpmisc包。...内容如下: ggpubr R-ggpubr包之前的推文(统计绘图 | 一行代码教你绘制顶级期刊要求配图)也介绍其绘制科研图表的方便些,这次的推文则重点介绍其绘制表格的函数,当然还是可以和ggplot2图表对象一起展示的...表格绘制[4] ggpmisc R-ggpmisc包中绘制表格的函数为stat_fit_tb(),其功能主要是一些统计结果和拟合结果进行表格展示,当然你也可以看下之前介绍的推文(统计绘图 | 一行代码教你绘制顶级期刊要求配图

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    Android数据存储

    TextView tv = (TextView) findViewById(R.id.tv_sdsize); File path = Environment.getExternalStorageDirectory...会在data/data/包名/shared_prefes里面去创建相应的xml文件,根节点是Map,其实内部就是将数据保存到Map集合中, 然后将该集合中的数据写到xml文件中进行保存。...* FROM person LIMIT 20 OFFSET 10 SELECT * FROM person LIMIT 10,20 SELECT * FROM reading_history.../data/data/包名下的apk在安装时提示解析失败。 我们在更新或安装apk时一般将其放到外部存储设备中来进行安装,但是如果一个手机没有外部存储设备该怎么办呢?总不能就不给更新或者安装了。...清除缓存&清除数据 清除数据会清除/data/data/包名中的所有文件 清楚缓存会清楚getCacheDir()目录下的内容,也就是/data/data/包名>/cache/

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    生信爱好者周刊(第 50 期):顶级1区期刊宣布:明年起将不再拒稿!

    值得关注的是本系列研究中的方法学论文,相关研究的读者可以深入看看:来了一种新工具——验证风险函数(BPRF,一种Meta分析方法),可对暴露于有害或保护性风险因素后特定健康结局进行评估。...mariobox}可为{plumber} APIs的打包提供一个框架 链接:https://github.com/ThinkR-open/mariobox 9.progressr | 一个统一的进度更新R包...链接:https://cran.r-project.org/web/packages/gridExtra/vignettes/tableGrob.html 11.gtsummary | 批量建模并输出整洁模型结果...本推文通过具体示例介绍了利用gtsummary包进行快速回归建模并输出统计结果的方法。...13.转录因子汇总 本文章整理了转录因子的网络资源,数据来源:网页工具、文献和R包。

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    听说你还不会画表格?!我给你汇总好了全部方法~~

    回归表格绘制[3] 当然,除了上面介绍的外,下面小编再汇总列出其他的优秀第三方R包,小伙伴们可自行选择学习哈~如下: R-gtsummary R-kableExtra R-formattable R-reactable...R-flextable R-可视化+表格的”混搭“ 这一部分小编主要介绍如何在可视化绘制(ggplot2体系) 中添加表格内容,用以更加生动的展现数据价值。...这里主要介绍R-ggpubr包和R-ggpmisc包。...内容如下: ggpubr R-ggpubr包之前的推文(统计绘图 | 一行代码教你绘制顶级期刊要求配图)也介绍其绘制科研图表的方便些,这次的推文则重点介绍其绘制表格的函数,当然还是可以和ggplot2图表对象一起展示的...表格绘制[4] ggpmisc R-ggpmisc包中绘制表格的函数为stat_fit_tb(),其功能主要是一些统计结果和拟合结果进行表格展示,当然你也可以看下之前介绍的推文(统计绘图 | 一行代码教你绘制顶级期刊要求配图

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    funkyheatmap |临床+组学+分组数据可视化“神器”,时髦的热图

    临床数据一般是使用图表汇总Table1的方式进行展示,例如R|tableone 快速绘制文章“表一”-基线特征三线表 或者 gtsummary|巧合-绘制多种数据汇总表“神器” 。...今天介绍一个可视化展示方式,funkyheatmap-R包 , 可以为基准数据生成热图式可视化的函数,可以使用列和行的注释对其进行微调 。...效果如下 一 载入R包,数据 首先安装funkyheatmap 包, 1)先使用mtcars 数据绘制 #devtools::install_github("dynverse/dynbenchmark...下面使用dynbenchmark_data的数据进行详细的调试 绘制。...此处为各种方法的类型),对应下图的红框部分 row_info <- data %>% select(group, id) row_groups <- data %>% transmute

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