R:如何在列上使用多个条件的变异体 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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【Cell】有关生物大分子凝聚体以及液液相分离的知识汇总（六）

例如，为了改变低复杂度蛋白质的相行为，可能需要引入多个突变来显著改变蛋白质的多价性。一旦确定了具有特定相分离缺陷的变异体，可以将其引入细胞中以替代野生型蛋白质。...此类实验已成功用于研究核中RNA调控类似朊病蛋白的相行为的作用。如上所述，光遗传学提供了另一种在活细胞中操纵相分离的方法。研究相分离的功能效应的另一个可能性是使用细胞提取物。...使用提取物进行实验在帮助我们理解翻译和转录等基本细胞过程方面非常重要。提取物实验的优势在于可以进行体外重构生物化学实验。...而其他的自组装过程（如蛋白质寡聚化）通常不会产生这种缓冲行为。在细胞中，过量的蛋白质可以储存在无膜小器官中，并在蛋白质水平下降时根据需要进入稀释相中。 3....新的序列对齐方法和基于序列协变的进化耦合的创新计算方法，适用于无序序列，将使我们更接近实现这一目标。

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存内领域前沿,基于忆阻器的存内计算----浅析忆阻存内计算

在实际应用中，存内计算通常使用特定的存储器件，如闪存、相变存储器（Phase-Change Memory，PCM）或电阻式随机存取存储器（Resistive Random Access Memory，RRAM...它的工作原理基于材料中的阻变效应，即电阻在外部刺激下（如电压、电流或光等）发生可逆的变化。...控制工作条件：精确控制施加的电压、电流、温度等工作条件，避免过度刺激或不稳定的工作环境，以减少电阻变化的波动。...Waser 团队系统分析了 16 种布尔逻辑运算，提出了利用1个双极性阻变器件和1个互补型阻变器件的方法，可以在3步操作内实现其中的14种运算，剩余的 2 种运算 XNOR 和 XOR 可以使用...亚利桑那州立大学 Yu 研究组提出了在忆阻器阵列上实现卷积神经网络中卷积的功能，把二维的核矩阵转化为了一维列向量并使用 Prewitt 核进行了概念验证。

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CSDN-markdown基本语法说明

MathJax是一款运行在浏览器中的开源的数学符号渲染引擎，使用MathJax可以方便的在浏览器中显示数学公式，不需要使用图片。这篇文章介绍如何使用LaTeX语法编写数学公式。...标记公式 LaTeX的数学公式有两种：行内公式和块级公式。行内公式放在文中与其它文字混编，块级公式单独成行。都使用美元符号进行标记显示。...上下标是可以嵌套的，也可以同时使用。...，如果分子分母都是单个数，那么大括号{}可以省略，如：$\frac12$表示12。...异体异体 P P ϖ \varpi 异体异体 R R ϱ \varrho 异体异体 Σ Σ ς \varsigma 异体异体 Φ Φ φ \varphi 异体特殊字符关系运算符 ±

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基因组深度学习模型很难很好地解释个体转录组的变异

随着深度学习的快速发展和用于训练的数据集的增长，最近在直接从参考基因组序列中预测基因表达水平、3D基因组折叠以及表观遗传特征，如转录因子结合、组蛋白修饰和染色质可及性等取得了成功。...然后，作者使用所有四个模型计算每个个体以及参考基因组序列的基因表达预测结果。对于每个模型，我们使用输出表达预测轨迹，其与用于Geuvadis测量的LCLs最相似的细胞类型相对应。...对于每个模型，作者使用个性化序列作为输入，计算了两个额外的指标。...通过使用个人基因组序列来评估模型性能，作者的输入序列包括每个个体TSS周围的所有变异体，从而避免了因果变异体识别的问题。...., Shuai, R., Baokar, P., Chung, R., Rastogi, R., Kathail, P., & Ioannidis, N. M. (2023).

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文献解读-遗传病-第二十六期|《癫痫的临床特征、诊疗和KCNH5突变》

这为KCNH5相关疾病的临床异质性和基因型-表型相关性提供了强有力的见解。测序流程测序数据分析部分，研究者使用Sentieon软件进行参考基因组比对、去重复、BQSR及变异检测。...Sentieon软件团队拥有丰富的软件开发及算法优化工程经验，致力于解决生物数据分析中的速度与准确度瓶颈，为来自于分子诊断、药物研发、临床医疗、人群队列、动植物等多个领域的合作伙伴提供高效精准的软件解决方案...截至2023年3月份，Sentieon已经在全球范围内为1300+用户提供服务，被世界一级影响因子刊物如NEJM、Cell、Nature等广泛引用，引用次数超过700篇。...此外，Sentieon连续数年摘得了Precision FDA、Dream Challenges等多个权威评比的桂冠，在业内获得广泛认可。...正如之前所报道的，KCNH5变异体c.980G > A（p.R327H）患者伴有癫痫发作和自闭症。研究中三个病例的癫痫发作在使用抗癫痫药物后都得到了很好的控制。

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咖啡因的摄入对于高风险帕金森病人群的研究

之前的研究已经确定，特定的LRRK2变异，如G2385R、R1628P和S1647T，是亚洲人群中的风险因素。咖啡因一直以来都被研究其对PD的潜在保护作用。...三个LRRK2变异体的风险基因型和突变基因型的频率已制表（表1）。G2385R的风险变异体携带者状态与PD显著正相关，R1628P的风险变异体携带者状态与PD显著正相关。...在咖啡因使用分层分析中，G2385R杂合子状态与PD显著相关，在摄入咖啡因者中和非摄入咖啡因者中都有观察到。R1628P的杂合子状态在摄入咖啡因者中与PD显著相关，但在非摄入咖啡因者中不显著。...在纯合携带者中，非摄入咖啡因者的PD几率比摄入咖啡因者更高，暗示了与咖啡因的相互作用（表3）。在基因型分层分析中，无论携带状态如何，咖啡因的使用都与三种风险变异体中的帕金森病几率降低有关（见表4）。...风险变异体的相互作用分析表 5 图 1 对于G2385R，非摄入咖啡因的突变携带者（最高风险）患帕金森病的几率比野生型摄入咖啡因的人高出8.58倍（在年龄、性别和运动障碍家族病史的调整后）。

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plink计算TagSNP和lead SNP的方法

最近，星球里面有老师提问：根据 LD≥0.25 的 r2，将 5Mb 区域内数值高于阈值的多个 SNPs 进行聚类。一个聚类中 P 值最低的 SNPs 被确定为 lead SNPs。"...，我知道怎么计算R2,但是我不理解这个聚类怎么做的我第一想到的是做block分析，后来又搜了一下clump的用法： clump命令用于聚类相关的SNP（单核苷酸多态性）或变异体。...在GWAS（全基因组关联研究）或其他类似的遗传关联研究中，当多个相邻的SNP显示出与某个性状或疾病相关的统计信号时，这些SNP可能是由同一因果变异体驱动的，或者它们之间存在某种连锁不平衡。...其他可能的参数，如P值阈值，用于确定哪些SNP应该被考虑在内。总之，clump命令在PLINK中用于将相关的SNP聚类到一起，并选择一个或多个代表性的SNP来代表整个关联区域。...这两个选项各自满足不同的分析需求，并在不同的场景中使用。

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Cell | 深度突变学习预测SARS-CoV-2受体结合域组合突变对ACE2结合和抗体逃逸的影响

第3类抗体，包括临床使用的REGN10987 （imdevimab）和S309 （sotrovimab），结合部分保守表位，并对几种变体（如Alpha、Beta、Gamma）产生耐药性。...虽然DMS在RBD单突变分析方面非常有效，但之前的几个循环变体（如Beta、Gamma和Delta）具有多个RBD突变，而Omicron及其亚系具有多达21个RBD突变（BA.1.12.1），因此迫切需要确定组合突变的影响...(D和E)在RBM-2和RBM-1数据上训练的13个mAb模型的准确性、F1和AUC，在低距离和高距离测试序列上进行评估。...机器学习显示，一些抗体，如LY-CoV16和LY-CoV555，预计可以保持与大多数单一变异体的结合，但几乎失去与所有组合变异体的结合（图6B），而其他抗体，如REGN10987和LY-CoV1404，...预计可以与几乎所有的单一变异体和组合变异体的结合。

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基于新型忆阻器的存内计算原理、研究和挑战

算，如与、或、非 3 类逻辑，如图 7 所示。...，剩余的 2 种运算 XNOR 和 XOR 可以使用两个器件来实现，其运算结果均直接存储在器件中，如图 10 所示。...2018年，Lin等[52]在1k 1T1R模拟型忆阻器阵列上，首次在线训练了改进的生成式对抗网络，成功生成了手写数字图像，如图14所示。 ?...与GPU方案相比，使用忆阻器阵列加速的方法更显优势。...亚利桑那州立大学 Yu 研究组[54] 提出了在忆阻器阵列上实现卷积神经网络中卷积的功能，把二维的核矩阵转化为了一维列向量并使用 Prewitt 核进行了概念验证。

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. | 用深度学习预测SARS-CoV-2的进化

第四类抗体靶向Sarbecoviruses中高度保守的区域，因此通常对变异更具抵抗性。然而，新出现的病毒系列如Omicron和BA.2仍然可能导致中和作用的丧失。...使用这两个模型作为特征提取模块，作者添加了九个并行的线性分类层，以在绑定目标结构的条件下学习序列到功能的映射（图1a）。...由于对于变异体有多个结合目标，作者采用硬参数共享方案进行多任务学习，其中所有模块在所有九个任务中共享相同的参数。然后，以端到端的方式训练整个框架。最终，模型学习如何预测ACE2和八种抗体的结合特异性。...受到机器学习引导的蛋白质工程领域的进展的启发，作者将训练的多任务模型用作评分函数（图1a），将所有九个任务的平均预测分数作为适应度分数，并使用修改后的遗传算法搜索具有改进适应性的新变异体（图1b）。...搜索过程包括从GISAID数据库中选择初始序列，使用遗传算法生成并选择“优于初始”的序列，以在初始序列的15个突变“信任半径”内产生38,870个可能的高风险变异体。

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MySQL如何给JSON列添加索引（二）

（一）》，我们简单介绍了MySQL中JSON数据类型，相信大家对JSON数据类型有了一定的了解，那么今天我们来简单看下如何在JSON列上添加索引？ InnoDB支持虚拟生成列的二级索引。...在虚拟列上定义的二级索引有时称为“虚拟索引”。二级索引可以在一个或多个虚拟列上创建，也可以在虚拟列和常规列或存储的生成列的组合上创建。包含虚拟列的二级索引可以定义为UNIQUE。...在虚拟列上使用二级索引时，由于在操作期间INSERT和 UPDATE操作期间在二级索引记录中实现虚拟列值时要执行计算，因此要考虑额外的写入成本。...；当EXPLAIN在SELECT包含一个或多个使用->or->> 运算符的一个或其他SQL语句上使用时，这些表达式将使用JSON_EXTRACT()和（如果需要）转换为它们的等效项JSON_UNQUOTE...`c`,'$.name') 1 row in set (0.00 sec) 在MySQL 8.0.21和更高版本中，还可以JSON使用JSON_VALUE()带有表达式的函数在列上创建索引，该表达式可用于优化使用该表达式的查询

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【数据库设计和SQL基础语法】--连接与联接--内连接和外连接的概念

语法：连接的语法取决于使用的数据库系统，但一般来说，连接通常在SQL查询的FROM子句中使用，并包括关键字如 INNER JOIN、LEFT JOIN、RIGHT JOIN 等。...内连接的结果是根据一个或多个匹配条件定义的，只返回两个表之间匹配的行，而不包括任何在其中一个表中没有匹配的行。内连接通常使用 INNER JOIN 关键字表示，连接条件在 ON 子句中指定。...内连接基于连接条件匹配的原则，只返回两个表之间匹配的行，而不包括任何在其中一个表中没有匹配的行。...索引可以减小查询的执行时间，特别是在连接大表时。合适的连接条件：使用有效的连接条件是优化性能的关键。确保连接条件使用了索引，并且在连接列上使用了合适的数据类型。...以下是一些技巧，可以帮助你避免一些常见的连接错误：确保连接条件的正确性：确保连接条件中使用的列确实存在于连接的两个表中，并且数据类型相匹配。连接条件应该基于共同的列，如主键和外键。

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java面试(3)SQL优化

任何在Order by语句的非索引项或者有计算表达式都将降低查询速度应尽量避免在 where 子句中对字段进行 null 值判断，否则将导致引擎放弃使用索引而进行全表扫描，如select id...任何在where子句中使用is null或is not null的语句优化器是不允许使用索引的。...在使用索引字段作为条件时，如果该索引是复合索引，那么必须使用到该索引中的第一个字段作为条件时才能保证系统使用该索引，否则该索引将不会被使用，并且应尽可能的让字段顺序与索引顺序相一致。...当ORACLE找出执行查询和Update语句的最佳路径时, ORACLE优化器将使用索引. 同样在联结多个表时使用索引也可以提高效率....用>=替代> ；用IN来替换OR ；用UNION替换OR；用UNION-ALL 替换UNION ( 如果有可能的话)；用WHERE替代ORDER BY 总是使用索引的第一个列：如果索引是建立在多个列上

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数据库创建索引的条件和注意事项

如果建立聚簇索引，那么需要的空间就会更大；如果非聚簇索引很多，一但聚簇索引改变，那么所有非聚簇索引也会跟这变；当对表中的数据进行增加、删除和修改的视乎，索引也要动态的维护，一旦一个数据改变，并且改变的列比较多...一般来说，应该在下面这些列上创建索引在经常搜索的列上创建索引，能够加快搜索的速度；在作为主键的列上创建索引，需要强制该列的唯一性和组织表中数据的排列结构；在经常被用在连接的列上(主要是外键)建立索引...在经常使用WHERE子句的列上建立索引，加快条件的判断速度。当增加索引时，会提高检索性能，加快条件的判断速度，但是会降低修改性能。索引可以分为聚簇索引和非聚簇索引。...) 只能在可以保证实体完整性的列上创建唯一性索引索引可以包含一个、两个、甚至更多个列。...当表中有多个关键列时，复合索引是有用的，这种情况下的符合索引能提高查询性能，同时减少需要在一个表中创建的索引数量。

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神经受控微分方程：非规则时间序列预测新SOTA

机器之心报道参与：Racoon、魔王、小舟使用神经微分方程对时间序列的动态进行建模是一个很有潜力的选择，然而目前方法的性能往往受限于对初始条件的选择。...然而目前方法的性能往往受限于对初始条件的选择，不能较好地捕捉时变的新数据。这项研究提出一种神经受控微分方程来解决这一问题。方法假设有一个完全可观测但很可能是不规则采样的时间序列： ?...定义为任意以θ为参数的神经网络模型。于是，可将神经受控微分方程定义为 CDE 的解： ? 其中 ? 使用该初始条件是为了避免平移不变性（translational invariance）。...CharacterTrajectories 数据集上不同数量的缺失数据首先，该研究展示了在不规则采样时间序列上神经 CDE 的效果。...Speech Commands 数据集中的规则时间序列最后，该研究展示了神经 CDE 模型在规则、完全观测的时间序列上的效果。

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115道MySQL面试题(含答案)，从简单到深入！

如何在MySQL中使用索引优化查询？使用索引优化查询的一种方式是确保WHERE子句中的条件使用了索引。...如何在MySQL中创建和使用触发器？触发器是一种数据库对象，它在特定事件（如INSERT、UPDATE、DELETE）发生时自动执行一段SQL语句。...- 更新应用程序中相关的SQL语句。这是一个敏感操作，需要谨慎处理，以避免数据完整性问题。54. 什么是MySQL的联合索引，如何正确使用？联合索引（或复合索引）是在两个或多个列上创建的索引。...- 使用索引：确保删除操作涉及的列上有合适的索引，以加快查找速度。...锁升级是指在某些条件下，MySQL自动将低级别的锁（如行锁）升级为高级别的锁（如表锁）。这通常发生在MySQL认为行锁的开销过大时，例如，当事务涉及大量行时。

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模拟退火算法优化指派问题

在数学中还有很多其他特殊的问题，比如指派问题。指派问题可以看成是更特殊的多个背包问题（很多个背包求优，每个背包只能装一样物品）。基本指派问题一般可以描述为有n个任务n个人。...指派问题已经有了明确可解的算法，也就是我们大家都知道的匈牙利算法。同样的，这个问题也可以使用模拟退火来解决。今天我们就使用模拟退火算法来为大家演示，如何在指派问题进行优化？...模拟退火算法这个名称的来源大家已经知道了，我们就不再赘述。这里要提的是退火算法中的马尔可夫链。如果将每个特定时间序列上的解空间状态看成离散的，并将这些离散状态连成一条链的话。...= randperm(5,2); %产生两个随机数，用来交换x中的任务分配顺序 r1=r(1); r2=r(2); temp=x(r1); x(r1)=x(r2)...这个过程视不同目标函数及约束条件变化而变化，希望狗子们忽略细节，领会精神。喜欢Python的狗子们可以留言，如果留言够多，二狗会出一期python实现模拟退火算法的文章。

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NatMed | 有源代码 | 多基因风险评分识别出不同类型的脂肪肝疾病

多个位点的独立主要变异体具有后验包含概率（PIP）> 0.95，表明这些 GWAS 主要变异体是因果变异体（补充表 7）。...因此，如果两个独立的主要变异体在彼此 1 Mb 范围内处于连锁不平衡状态（r2 > 0.2），则它们被赋予相同的位点 ID（补充表 4）。使用 Circos 绘制了环形曼哈顿图。...我们使用 COLOC-SuSiE 进行共定位分析，假设存在多个因果变异（coloc R 包 v.5.1.0），采用默认先验概率，并考虑每个位点索引变异周围 1.5 Mb 范围内的变异。...对于在任一复制队列中不可用的遗传变异，使用替代变异：在 UK Biobank 中与主要变异体在 1.5 Mbp 范围内具有连锁不平衡（R2 > 0.4）的变异体。...如果在 UK Biobank 中未找到这样的变异体，则改用 1000 基因组项目中的欧洲人群的 LDproxy 工具。在存在多个替代变异体的情况下，选择具有最高连锁不平衡和功能影响的变异体。

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【数据库SQL server】自学终极笔记

，涉及值注意：一个模式可有多个实例。...数据库的二级映像功能外模式/模式映像【多个】：模式变->外模式不变->应用程序不变（体现逻辑独立性）模式/内模式映像【唯一】：存储变->模式不变->应用程序不变（体现物理独立性）第二章关系数据库...选择 σ 在关系R中选择满足给定条件的诸元组 σF(R) = {t|t∈R∧F(t)= '真'} 示例：查询信息系（IS系）全体学生。...连接从两个关系的笛卡尔积中选取属性间满足一定条件的元组 A和B：分别为R和S上度数相等且可比的属性组；θ：比较运算符 1....R与S的除运算得到一个新的关系P(X)， P是R中满足下列条件的元组在 X 属性列上的投影：元组在X上分量值x的象集Yx包含S在Y上投影的集合，记作： R÷S={tr[X] | tr

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MySQL索引实战经验总结

全文索引 MySQL从3.23.23版开始支持全文索引，它查找的是文中的关键词，而不是直接比较索引中的值。单列索引在单列上创建的索引。组合索引在多个列上创建的索引。...最左前缀查找 where子句中有a、b、c三个查询条件，创建一个组合索引abc(a,b,c)，最左前缀的概念是说以组合索引最左边的列a组合成的查询条件，如(a,b,c)、(a,b)、(a,c)，这三种情况的查询条件都会使用...区分度不是很高的列，如性别，列值重复性太大，索引效果不是很明显；不是经常被作为查询条件、排序条件、连接条件的列。...=等负向查询将不会使用索引；每次查询只使用一个索引，如果where条件使用了索引，order by将不再使用索引；对于where子句中有多个查询条件的，单列索引的效率不如复合索引，因为查询每次只能使用一个索引...； MySQL只对以下操作符才使用索引：、>=、between、in，但是需要注意in的范围值不要太多； union all可以使用索引，但本身效率不是很高，不建议使用；列上进行类型转换的将不会使用索引

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