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你肉眼能看几万个基因名字判断有没有重复的基因？

标准是什么 这里我们不回答标准是什么，但是给出去冗余的代码，多个基因重复了的，我们只保留表达量最大的。 下面代码的dat就是一个很简单的表达矩阵，你可以任意GEO数据挖掘获得。...这列，这列的每行都为一个探针，接着在dat这个矩阵中，按照刚刚取出的探针所在的行，再取出来组成一个新的矩阵dat，此操纵为取出与注视ids相对于的dat #保证ids矩阵和dat矩阵长度相等 dat[1...:4,1:4] ids$median=apply(dat,1,median) #ids新建median这一列，列名为median，同时对dat这个矩阵按行操作，取每一行的中位数，将结果给到median...这一列的每一行 ids=ids[order(ids$symbol,ids$median,decreasing = T),]#对ids$symbol按照ids$median中位数从大到小排列的顺序排序，将对应的行赋值为一个新的...为否，即取出不重复的项，去除重复的gene ，保留每个基因最大表达量结果s dat=dat[ids$probe_id,] #新的ids取出probe_id这一列，将dat按照取出的这一列中的每一行组成一个新的

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R3数据结构和文件读取

df1[,3]## [1] 5 3 -2 -4df1[,ncol(df1)]## [1] 5 3 -2 -4#如何取数据框除了最后一列以外的其他列？...改行名和列名rownames(df1) <- c("r1","r2","r3","r4")#只修改某一行/列的名colnames(df1)[2] <- "CHANGE"#6.两个数据框的连接，mergetest1...#注释3如何按照数据框的某一列，给整个数据框排序order，使用order()函数按照数据框的某一列对整个数据框进行排序。...#注释4如何按照数据框的某一列，给整个数据框去重复，可以使用unique()函数按照数据框的某一列对整个数据框进行去重操作。...如果需要保留所有列并仅去除重复行，则可以将上述代码中的c("column_name")替换为NULL，即：df_unique <- unique(df)这会返回一个去除重复行后的完整数据框df_unique

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R语言基础5（绘图基础）

可用于向量取子集； str_replace(x,"o","a")#将x中的o替换为a，只替换出现的第一个o； str_replace(x,"o|s","a")#将x中的o或者s替换为a，只替换出现的第一个...# arrange，数据框按照某一列排序 sort()##只排序某一列，其他列不改变；无法改变对应关系。...)) #从大到小 # distinct，数据框按照某一列去重复 distinct(test,Species,.keep_all = T)##将Species列去重复，保留所有列； # mutate，...#x是数据框或者矩阵 #margin为行则是1，margin为列是2; #fun为函数 #apply(test,2,mean) #对test的每一列求平均值 sort(x) #对x从小到大排序 head...，列名为gene values_to = "count")##合并为一列，列名为count ###pivot_longer宽变长 library(ggplot2) p =

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从零开始的异世界生信学习 R语言部分 02 数据结构之数据框、矩阵、列表

数据框 data.frame 数据框 约等于表格：1.数据框不是一个具体文件，只是R语言内部的一个数据；2.数据框每一列只能有一种数据类型 图片 新建和读取数据框 #新建和读取数据框 df1 <- data.frame...#如何取数据框的最后一列？...增加一列 在$后面写一个不存在的列名表示增加一列 df1$p.value <- c(0.01,0.02,0.07,0.05) df1 #改行名和列名 rownames(df1) <- c("r1",..."r2","r3","r4") #只修改某一行/列的名 colnames(df1)[2] <- "CHANGE" # | 或符号前后不可以连接字符，只能用于数字，逻辑值 两个数据框的连接 test1 <...,sort = T) #左连接，即新合并的数据框中，保留test1中保留选中的name列中的所有元素，新的数据框中没有的数据显示NA，sort表示按列排序 merge(test1,test3,by.x

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pandas数据清洗，排序，索引设置，数据选取

df.fillna({1:0,2:0.5}) #对第一列nan值赋0，第二列赋值0.5 df.fillna(method='ffill') #在列方向上以前一个值作为值赋给NaN 值替换replace(...，后面重复的为True，第一个和不重复的为false，返回true #和false组成的Series类型 df.duplicated('key')#两行key这一列一样就算重复...， 默认：更新index，返回一个新的DataFrame # 返回一个新的DataFrame，更新index，原来的index会被替代消失 # 如果dataframe中某个索引值不存在，会自动补上NaN...True) reset_index() 将使用set_index()打造的层次化逆向操作 既是取消层次化索引，将索引变回列，并补上最常规的数字索引 df.reset_index() ----...Label切片 # df.loc[A,B] A是行范围，B是列范围 df.loc[1:4,['petal_length','petal_width']] # 需求1：创建一个新的变量 test # 如果

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两个神奇的R包介绍，外加实用小抄

新建一个数据框并赋值给bioplanet这个变量（赋值符号<-还记得嘛）括号里是“列名”=列值，这里列名要加双引号。这里涉及的几个给列填充数值的函数有 rep，重复，括号中填要重复的字符和重复次数。...一列是一列，是魔鬼的步伐。不要让sample1，2，3当列名，让他们多重复几遍，合并到一列。 数据由九宫格变成了一列，就可以用来跨包处理啦。 这就是实现了数据框的变形?。...expand（列出每列值所有可能的组合，天哪我是写到这里的时候刚看懂的！） 来看示例 ? ? 我是看到了结果才知道我干了啥的喂。就是选中的列中的值各种组合，成为一个新表。...") 两种办法拼起来~ 一个是R自带的rbind，一个是dplyr里的bind_rows 按行拼接时，列数、列名需要一致 rbind(frame1,frame4)# frame1 %>%bind_rows...•semi_join只保留第二个表格中包含的id ? 只是把表1中的gene4去掉了，但并没有加上表2的annotion列。 •anti-join只保留第二个表格中不包含的id ?

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生信学习-Day6-学习R包

执行这个操作后，你将得到一个新的数据框，其中只包含test数据框中Species列值为"setosa"或"versicolor"的行。...数据框是R语言中类似于表格的二维数组结构，每一列包含了一个变量的值，每一行包含了每个变量的一个值集。...这意味着函数将查找 test1 和 test2 中列名为 "x" 的列，并基于这两列中的匹配值来合并行。只有当两个数据框中都存在列 "x" 且某些行在这一列的值相等时，这些行才会出现在最终的结果中。...内连接的特点是只包含两个数据框中键值匹配的行。如果 test1 中的某行在其 "x" 列中的值在 test2 的 "x" 列中没有对应值，则这行不会出现在结果中，反之亦然。...结果将是一个新的数据框，其中包含了test1中那些在test2中找到匹配项的行，而不包含在test2中找不到匹配项的行。这种操作通常用于数据集的筛选，以保留与另一个数据集相关的数据。

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Pandas 秘籍：1~5

分配新值或删除带有点符号的列可能会导致意外的结果。 因此，在生产代码中应避免使用点表示法访问列。 更多 如果会引起麻烦，为什么有人会使用点符号语法呢？ 程序员很懒，而且键入的字符更少。...操作步骤 创建新列的最简单方法是为其分配标量值。 将新列的名称作为字符串放入索引运算符。 让我们在电影数据集中创建has_seen列以指示我们是否看过电影。 我们将为每个值分配零。...准备 以下是排序列的简单指南： 将每列分为离散列或连续列 在离散列和连续列中将公共列分组 将最重要的列组首先放置在分类列之前，然后再放置连续列 本秘籍向您展示如何使用此指南排序各列。...最重要的列（例如电影的标题）位于第一位。 步骤 4 连接所有列名称列表，并验证此新列表是否包含与原始列名称相同的值。 Python 集是无序的，并且相等语句检查一个集的每个成员是否是另一个集的成员。...我记得axis参数的含义，认为 1 看起来像一列，对axis=1的任何操作都会返回一个新的数据列（与该列具有相同数量的项）。

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2023.4生信马拉松day3-数据结构

-数据框二维数据；约等于表格 但是：列有要求（同一列只允许同一种数据类型）；不是文件（可以导出来成为一个文件）；数据框单独拿出的一列是向量，视为一个整体；-矩阵二维数据；同一列同一行都只允许一种数据类型...(volcano) #体验一下用R的内置数据画个图，快乐一下2.数据框属性dim(df1) #看行数和列数nrow(df1) #只看行数ncol(df1) #只看列数#经常把行列搞反怎么办，...df1[,2] #取出来的列是向量df1[2] #不加逗号，可以取出列，并保留其数据框属性df1[c(1,3),1:2] #取第一行 第三行的前两个数（会继承行名、列名）#小tips：读懂error...df1[,3]df1[,ncol(df1)]#如何取数据框除了最后一列以外的其他列？...df1$p.value <- c(0.01,0.02,0.07,0.05) df1#改行名和列名rownames(df1) <- c("r1","r2","r3","r4")#只修改某一行/列的名colnames

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pandas基础：重命名pandas数据框架列

例如，可能希望列名更具描述性，或者可能希望缩短名称。本文将介绍如何更改数据框架中的名称。...图6 set_axis()方法 此方法与rename()不同，因为set_axis()只需要最终的列名，但是必须为我们想要保留的每一列输入名称。...图8 通过将上述列名重新赋值给一个新的类似列表的对象，我们可以轻松更改这些列名： 图9 注意，此方法与set_axis()方法类似，因为我们需要为要保留的每一列传入名称。 何时使用何方法？....rename()方法要求我们只传递需要更改的列 .set_axis()和df.columns要求我们传递所有列名 换句话说，使用： .rename()当只需要更改几列时。...例如，你的表可能有100列，而只更改其中的3列。唯一的缺点是，在名称更改之前，必须知道原始列名。 .set_axis()或df.columns，当你的表没有太多列时，因为必须为每一列指定一个新名称！

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整理了 25 个 Pandas 实用技巧，拿走不谢！

你可以对前两列使用astype()函数： ? 但是，如果你对第三列也使用这个函数，将会引起错误，这是因为这一列包含了破折号（用来表示0）但是pandas并不知道如何处理它。...将一个字符串划分成多个列 我们先创建另一个新的示例DataFrame: ? 如果我们需要将“name”这一列划分为三个独立的列，用来表示first, middle, last name呢？...如果我们想要划分一个字符串，但是仅保留其中一个结果列呢？比如说，让我们以", "来划分location这一列： ?...如果我们只想保留第0列作为city name，我们仅需要选择那一列并保存至DataFrame: ? 17....如果我们想要增加新的一列，用于展示每个订单的总价格呢？回忆一下，我们通过使用sum()函数得到了总价格： ?

3.2K10

Power Pivot中忽略维度筛选函数

返回 表——包含已经删除过滤器后的一列或多列的表。 C. 注意事项 通常和filter组合，如果是列名需要是filter处理的列名 1个参数只能写1个条件，列和表不能同时出现。...全班平均成绩:=Calculate(Average('表1'[成绩]),All('表1')) 如果要忽略的是表中的某一个维度，则第一参数使用列名来进行，所以 All('表1'[学科])代表了只忽略学科这个维度去求学生的平均分...语法 ALLEXCEPT( , [, [,…]]) ---- 位置 参数 描述 第1参数 table 需要清除过滤器的表 第2参数 column 除外的列也就是需要保留筛选的列...返回 表——包含已经删除过滤器后的一列或多列的表。 C. 注意事项 第1参数是表，第2参数是列，而All函数的第1参数是表或者列。...直接在CALCULATE或CALCULATETABLE的过滤器参数中调用时，它不会实现结果表 通常和filter组合，如果是列名需要是filter处理的列名 D. 作用 忽略指定过滤器后进行计算。

7.8K20

MySQL数据库（二）

对于MySQL，如果一个SQL没有指定order by 列名，此时的查询结果集的数据顺序是不可预期的。 可以指定多个列排序，多个列之间用逗号分隔。...先按第一列排序，若第一列相同则按第二列排序...以此类推。 默认排序是升序排序，使用asc也表示升序排序。...自增主键（auto_increment）：MySQL给每个表维护了一个全局变量，每次分配一个主键全局变量就自增，下次分配接着上次的继续分。以最大的数据为标准。...了解即可 三、表的设计 表的设计有一对一，一对多，多对多三种形式。 一对一的表，例如银行里面的个人信息是只争对某一个人的。 一对多的表，例如银行的柜姐要对多人服务。...这篇博客如果对你有帮助，给博主一个免费的点赞以示鼓励，欢迎各位点赞评论收藏⭐，谢谢！！！

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R语言 数据框、矩阵、列表的创建、修改、导出

ex1 <- read.table("ex1.txt",header = T);ex1 #header=F为默认，如果文件的第一行就是列名，应选用header=T#2.读取ex2.csv 导入后生成一个数据框...#ex2 <- read.csv("ex2.csv") #读入该文件后会发现原文件第一列被错误当作数据而非行名，且列名的.变成了-，R语言将列名的特殊字符-转化了，该编号可能与其他数据中编号无法匹配，ex2...c(1,3),1:2] #取出第1、3行的1、2列数据，取多列的时候需要组织成合适的向量df1[,-ncol(df1)] #删去最后一列，"-"意义同向量列名或行名取子集df1[,"gene"] #取出列名为...$score <- c(12,23,50,2) #为列名为score的列赋值新向量 df1新增列*新增列名与已有的列名不能一样，否则就是修改向量，默认添加到最后df1$p.value <- c(0.01,0.02,0.07,0.05...name，只取出列名有交集的merge(test1,test3,by.x = "name",by.y = "NAME") #test1与test3的共同列列名不一致，需要分别指出作为公共列的列名也可以借助

7.6K00

R语言机器学习之构建并操作Task（2）（mlr3包系列）

上一期讲到task的col_roles信息，这个是用来储存各列角色的，接下来咱们用实例学习如何操作该对象： library(mlr3) mtcars[1:5,1:3] # 查看mtcars数据集（前五行...，前三列），该数据集列名就是车的型号 #我们把mtcars的前3列转化为“data.table”，并保留行名 data = as.data.table(mtcars[, 1:3],keep.rownames...= "mpg") # 当保留原数据集的行名时，task的feature就会多出一个名叫“rn“的列，代表rownames task$feature_names # [1] "cyl" "disp"...中 task$feature_names # [1] "cyl" "disp" task$select(c("disp")) #只保留disp这个feature列 task$filter(1:3) #...只保留1到3行的数据 task$head() # 查看数据 task$cbind(data.table::data.table(foo =letters[1:3])) # 按列合并数据，也即添加一列新数据

50210

数据分析篇 | PyCon 大咖亲传 pandas 25 式，长文建议收藏

rename()方法改列名是最灵活的方式，它的参数是字典，字典的 Key 是原列名，值是新列名，还可以指定轴向（axis）。 ? 这种方式的优点是可以重命名任意数量的列，一列、多列、所有列都可以。...通过赋值语句，把这两列添加到原 DataFrame。 ? 如果想分割字符串，但只想保留分割结果的一列，该怎么操作？ ? 要是只想保留城市列，可以选择只把城市加到 DataFrame 里。 ?...用一个 DataFrame 合并聚合的输出结果 本例用的还是 orders。 ? 如果想新增一列，为每行列出订单的总价，要怎么操作？上面介绍过用 sum() 计算总价。 ?...把连续型数据转换为类型数据 下面看一下泰坦尼克数据集的年龄（Age）列。 ? 这一列是连续型数据，如果想把它转换为类别型数据怎么办？ 这里可以用 cut 函数把年龄划分为儿童、青年、成人三个年龄段。...年龄列有 1 位小数，票价列有 4 位小数，如何将这两列显示的小数位数标准化？ 用以下代码让这两列只显示 2 位小数。 ? 第一个参数是要设置的选项名称，第二个参数是 Python 的字符串格式。

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