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R语言ggtree:进化树序列id改成物种名称

通常我们会使用比对好fasta文件构建进化树,fasta文件中大于号后内容就是最终进化树上文字标签。如果拿到进化树文件后你想替换掉其中一些内容,那该怎么办呢?...本篇推文介绍一下使用R语言ggtree包实现这个目的 这个问题是来源于公众号一位读者提问 ?...大家可以关注我公众号 小明数据分析笔记本 留言相关问题,如果我恰巧会的话,我会抽出时间介绍对应解决办法 首先你已经有了构建好进化树文件 (Synergus:0.1976902387,(((((Periclistus...image.png 第一列x就是进化树中原本序列名称 第二列y是想要替换成id名称 读入进化树文件 library(treeio) tree<-read.newick("ggtree_practice_aligned.fasta.treefile...image.png 把这个新进化树写出到文件里 write.tree(tree1@phylo,file = "pra.nwk") 这样就达成目的了 这里导出进化树文件没有了最初支持率信息,我们再通过一行代码给他加上就好了

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卷积神经网络在图像分割进化史:R-CNN到Mask R-CNN

具体来说,我们介绍首先解决了这个问题R-CNN网络,以及后来发展出来Fast R-CNN和Faster R-CNN。...在CNN输出层,R-CNN网络还应用了支持向量机(SVM)方法,它能够判断该图像是否为对象,以及是什么对象。...通过预先训练好AlexNet网络来判断边框图像是否为有效区域,最后通过支持向量机算法来确定边框图像类别; 3. 在确定边框图像类别后,应用线性回归模型,来输出更紧密边框坐标。...在R-CNN,我们使用了卷积神经网络来提取图像特征,用支持向量机来分类对象和用了回归模型来缩小边界框,但是Fast R-CNN使用单个网络模型来实现以上三个功能。...该模型输入和输出分别为: 输入:图像(不需要带有区域建议)。 输出:图像对象类别和边界框坐标。 如何生成区域 接下来我们来看下Faster R-CNN如何CNN特征中生成这些区域建议。

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【C 语言】文件操作 ( 文本文件 | 文本加密解密 | fgets 函数 | fputs 函数 )

文章目录 一、文件读取多行文本 二、文本文件加密 三、文本文件解密 一、文件读取多行文本 ---- 首先 , 以方式打开文件 ; // 打开一个文件 , 以方式...调用 fgets 方法 , 文件读取数据 ; char *fgets(char *str, int n, FILE *stream) char *str 参数 : 文件文本读取到哪里去 ; int...// r : 使用方式打开一个文件 ; FILE *p = fopen("D:\\a.txt", "r"); // 从命令行接收字符串数组 char s[1024...(s), p); 写出文件 : 调用 fputs 方法 , 字符串写出到文件 ; // 字符串数组 char s[1024] = {0}; // 取到数据写入到...() { // 打开一个文件 , 以方式 // r : 使用方式打开一个文件 ; FILE *p = fopen("D:\\a.txt", "r"); // 打开一个文件

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R迁移到Python过程需要知道几个包

我一直认为编程语言能力取决于它软件库,因此本文着重介绍我经常使用一些关于机器学习算法 R 包和 Python 替代包。...pandas 吸取了 R 语言中数据清洗功能优点并将其引入到 Python 。...stringr -> re+string R 语言自带字符串操作函数非常难用,每次当我需要处理字符串时,我都会做以下两件事: 向大神 Hadley Wickham 表示感谢 导入 stringr stringr...Python 拥有正则表达式库re,和一个内置字符串软件包 string。 RStudio -> Rodeo ? 对于许多用户来说,RStudio 是 R 语言中一款非常友好编辑器。...在 R 语言中,我们可以利用 knitr 来创建可重复可视化分析报告,RStudio 很早就包含了这个功能。在 Python ,最相近软件库是 Jupyter。

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Excel公式技巧12: 字符串中提取数字——所有数字分别提取到不同单元格

前两篇文章分别讲解了提取位于字符串开头和末尾数字公式技术,本文研究字符串中提取所有数字技术: 1. 字符串由数字、字母和特殊字符组成 2. 数字在字符串任意地方 3....字符串小数也一样提取 3. 想要结果是所有数字返回独立单元格 例如,在单元格A1字符串: 81;8.75>@5279@4.=45>A?...因为希望字符串里考虑成对字符,所以需要将字符串里位置1字符和位置2字符比较、位置2字符和位置3字符比较,依此类推。...因此,Arry2后生成数组让我们可以知道字符串字符数字变为非数字或者非数字变为数字位置。 3....FALSE;FALSE;14;15;FALSE;17;18;FALSE;20;FALSE;FALSE;FALSE;FALSE},2*COLUMNS($A:A)+{-1,0})*{-1,1}) 上面生成数组数值代表着字符串非数字到数字或者数字到非数字位置

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Day5-蓝色柠檬

今天进行R数据结构相关练习。摘自【生信星球】总结,我觉得对于我这种生信小白来说很有帮助,包括一些易错点,以及需要注意地方。...(4)显示工作路径 getwd()(5)向量是由元素组成,元素可以是数字或者字符串。(6)表格在R语言中改名叫数据框^_^(7)别只复制代码,要理解其中命令、函数意思。...一、向量1.1向量含义元素指的是数字或者字符串,而向量表示:多个元素组成变量;区别于标量(一个元素组成变量)使用时,一般都会直接给变量定义,也就是“赋值”,字面意思是赋予这个变量一个数值(其实也不一定是数值...x<- c(11,22,33) #常用向量写法,意为x定义为由元素11,22,33组成向量。...、数据框今天练习数据由【生信星球】提供,感谢~百度网盘下载后直接复制到自己R练习文件夹下,通过代码直接设取到工作目录setwd("C:/软件/R") #设取到工作目录dir() #展现工作目录内容问题

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Python字符串String去除出换行符(n,r)和空格问题

Python字符串String去除出换行符和空格问题(\n,\r) 在Python编写过程,获取到字符串进场存在不明原因换行和空格,如何整合成一个单句,成为问题。...实际问题: 如图: string内容 其中,“ · ”代表为空格,一段话被换行成了几段。 1.使用 .strip() 只能够去除字符串首尾空格,不能够去除中间空格。...原因在于:在python存在继承了 回车符\r 和 换行符\n 两种标记。 \r和\n 都是以前那种打字机传承来。 \r 代表回车,也就是打印头归位,回到某一行开头。...win下用\r\n表示换行。...python同样一句话:print (u'前面的内容\r只显示后面的内容') 所以,在去除换行时,需要同时去除两者才行,即使用 .replace('\n', '').replace('\r', '')

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R 迁移到 Python 过程你需要知道几个软件库

我一直认为编程语言能力取决于它软件库,因此本文着重介绍我经常使用一些关于机器学习算法 R 包和 Python 替代包。...pandas 吸取了 R 语言中数据清洗功能优点并将其引入到 Python 。...stringr -> nothing R 语言自带字符串操作函数非常难用,每次当我需要处理字符串时,我都会做以下两件事: 向大神 Hadley Wickham 表示感谢 导入 stringr stringr...Python 拥有正则表达式库re,和一个内置字符串软件包 string。 RStudio -> Rodeo 对于许多用户来说,RStudio 是 R 语言中一款非常友好编辑器。...sqldf -> pandasql sqldf 是 SQL 用户在 R 轻松操作数据一个好方法。在我刚开始喜欢使用 R 语言时候,我经常利用 sqldf 来处理数据。

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超详细 Python 文件操作知识!

/test.txt当前文件夹上一级文件夹里查找 test.txt 文件。../ 表示是上一级文件夹。...以bytes类型操作读写,写,写模式 r+b 读写【可读,可写】 w+b 写【可写,可读】 a+b 写【可写,可读】 5....Python中提供了StringIO和BytesIO这两个类字符串数据和二进制数据写入到内存里。 StringIO StringIO可以字符串写入到内存,像操作文件一下操作字符串。...from io import StringIO # 创建一个StringIO对象 f = StringIO() # 可以像操作文件一下,字符串写入到内存 f.write('hello\r\n')...序列化:数据内存持久化保存到硬盘过程 反序列化:数据硬盘加载到内存过程 python 里存入数据只支持存入字符串和二进制 json:Python里数据(str/list/tuple/dict

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超详细Python文件操作知识

/test.txt当前文件夹上一级文件夹里查找 test.txt 文件。../ 表示是上一级文件夹。...Python中提供了StringIO和BytesIO这两个类字符串数据和二进制数据写入到内存里。 StringIO StringIO可以字符串写入到内存,像操作文件一下操作字符串。...from io import StringIO # 创建一个StringIO对象 f = StringIO() # 可以像操作文件一下,字符串写入到内存 f.write('hello\r\n')...需要调用getvalue()方法才能获取到写入到内存数据 print(f.getvalue()) f.close() BytesIO 如果想要以二进制形式写入数据,可以使用BytesIO类...序列化:数据内存持久化保存到硬盘过程。 反序列化:数据硬盘加载到内存过程。 python 里存入数据只支持存入字符串和二进制。

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R语言基础操作①基础指令

(package)至工作空间 data()——列出可以被获取到存在数据集(base包数据集) data(package=“nls”)——nls包datasets加载到数据库 批处理文件和结果重定向...输入输出(读入输出数据、文件) assign(“x”,c(1,2,3)) 和 x x ——向量赋值 read.table(”infantry.txt”...file=”file.txt”, row.names = FALSE, quote=FALSE)——输出,quote为FALSE去掉字符串类型双引号,write.table(stasum, “stasum.csv.../RData”)——加载目录*.RData,把文档-词项矩阵磁盘加载到内存 数据查看 通用对象 R是一种基于对象(Object)语言,对象具有很多属性(Attribute),其中一种重要属性就是类...,输入对应名称即可 str()——查看数据(框)数据总体信息(比如样本个数、变量个数、属性变量名称、类型) nrow(dataframe)——查看数据集行数 NROW(vector)——查看向量行数

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C文件读写

可以程序数据保存为一个文件。待下次重新启动程序时,之前保存文件中提取数据。这样,程序就不会在重启后失忆了。...函数 fopen 第一个参数为字符串,内容为需要操作文件路径,第二个参数也为字符串,内容为文件操作模式。 操作模式 、写模式w、rr” 模式,模式,取自read首字母。...可读可写模式 可以使用+r和w模式单一模式,升级为读写均可模式。 “w+” 模式,更新模式,可读可写。但是,会清空文件原有内容。 “r+” 模式,更新模式,可读可写。...num最大读取字符数,包括 ‘\n’ 在内。 stream文件结构指针 例如,我们先声明100个字节 char 类型数组,数组名为 str ,用于放置文件读取一行字符串。...文件读取二进制 与之前讨论直接数据写入文件fwrite函数对应,fread函数可以文件数据直接读取到内存当中。由于现在需要读取文件,函数fopen第二个参数,文件打开模式改为r

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C文件读写

可以程序数据保存为一个文件。待下次重新启动程序时,之前保存文件中提取数据。这样,程序就不会在重启后失忆了。...函数 fopen 第一个参数为字符串,内容为需要操作文件路径,第二个参数也为字符串,内容为文件操作模式。 操作模式 、写模式w、r "r" 模式,模式,取自read首字母。...可读可写模式 可以使用+r和w模式单一模式,升级为读写均可模式。 "w+" 模式,更新模式,可读可写。但是,会清空文件原有内容。 "r+" 模式,更新模式,可读可写。...num最大读取字符数,包括 '\n' 在内。 stream文件结构指针 例如,我们先声明100个字节 char 类型数组,数组名为 str ,用于放置文件读取一行字符串。...文件读取二进制 与之前讨论直接数据写入文件fwrite函数对应,fread函数可以文件数据直接读取到内存当中。由于现在需要读取文件,函数fopen第二个参数,文件打开模式改为r

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Python文件处理入门篇

buffering:如果buffering值被设为0,就不会有寄存。如果buffering值取1,访问文件时会寄存行。如果buffering值设为大于1整数,表明了这就是的寄存区缓冲大小。...\n".encode(encoding='utf-8')) fo.close() 运行结果 (3)文件读取 主要有以下方法: read()方法,从一个打开文件读取一个字符串。...需要注意是,Python字符串可以是二进制数据,而不仅仅是文字。 语法: Count——已打开文件读取字节计数。...该方法文件开头开始读入,如果没有传入count,它会尝试尽可能多地读取更多内容,可能直到文件末尾 例: with open('temp.txt','r+') as f: print(f.read...readline()方法,文件读取单独一行。如果返回一个空字符串,说明已经读取到最后一行。

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大数据技术之_23_Python核心基础学习_04_ 异常 + 文件(3.5小时)

系统使用路径时,可以使用 / 来代替 \ ,或者可以使用 \\ 来代替 \ # 或者也可以使用原始字符串,但需要在字符串前面加一个 r file_name = 'hello\\demo.txt' file_name.../hello/demo.txt' # 如果目标文件距离当前文件比较远,此时可以使用绝对路径 # 绝对路径应该磁盘根目录开始书写 file_name = r'C:\Users\bruce\Desktop...,它会一次性取到内容封装到一个列表返回     # r = file_obj.readlines()     # pprint.pprint(r[0])     # pprint.pprint(....txt' # 使用 open() 打开文件时必须要指定打开文件所要做操作(、写、追加): # 如果不指定操作类型,则默认是读取文件,而读取文件时是不能向文件写入 #   r 表示只读 #   ...# 内容读取完毕,终止循环             if not content :                 break             # 取到数据写入到新对象

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Python学习之文件操作【基本操作,JSON文件操作】

1、基本操作 在计算机要操作文件套路非常固定,一共包含三个步骤: 打开⽂件 ; 、写⽂件 ; ⽂件内容⼊内存 ; 写: 内容写⼊⽂件 。 关闭⽂件 。...序号 函数/方法 说明 1 open 打开文件,并且返回文件操作对象 2 read 文件内容读取到内存 3 write 指定内容写入文件 4 close 关闭文件 注: 1、open 函数第...1.2 文件操作案例-------文件 # 打开文件 file = open(r"C:\Users\Administrator\Desktop\工单查询.txt", "r", encoding="utf8...") # 读取文件 text = file.read() # 显示读取内容 print(text) # 关闭文件 file.close() 注意: 在 python ,字符串前面加 r,表示字符串内容不通过...2.1 readline ⽅法 readline 方法可以一次读取一行内容,⽅法执⾏后,会把⽂件指针移动到下⼀⾏,准备再次读取readline 方法读取到文件最后,返回长度为 0 字符串 ”” 。

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(三)数据获取与表示

目录 本地数据获取 上下文管理器 打开文件 写文件  文件 读写文件 网络数据获取 抓取 解析 ---- 本地数据获取 上下文管理器         在python,我们可以使用with语句来定义和控制代码块执行前准备动作及执行后收尾动作...,语法为with open('d:\\test\\a.txt','w') as f:,打开后文件对象赋值给f,再进行之后操作。...'、r'd:\outfile.txt'和'record.txt'这三种形式作为参数;mode表示为打开方式,具体功能如下: mode 功能 r模式打开 w 以写模式打开(清空原内容) r 以写模式打开...,若文件已存在则失败 a 以追加模式打开(EOF开始,必要时创建新文件) r+ 以读写模式打开 w+ 以读写模式打开(清空原内容) a+ 以和追加模式打开 rb 以二进制模式打开 wb 以二进制写模式打开...()函数,f.read()写入一个字符串,带参数说明文件至多读出size字节数据,返回一个字符串,不带参数就是文件直到文件结束,返回一个字符串;f.readlines()读出所有的字符串,返回一个列表

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Python字符串String去除出换行符(n,r)和空格问题「建议收藏」

Python字符串String去除出换行符和空格问题(\n,\r) 在Python编写过程,获取到字符串进场存在不明原因换行和空格,如何整合成一个单句,成为问题。...实际问题: 如图: string内容 其中,“ · ”代表为空格,一段话被换行成了几段。 1.使用 .strip() 只能够去除字符串首尾空格,不能够去除中间空格。...原因在于:在python存在继承了 回车符\r 和 换行符\n 两种标记。 \r和\n 都是以前那种打字机传承来。 \r 代表回车,也就是打印头归位,回到某一行开头。...win下用\r\n表示换行。...python同样一句话:print (u'前面的内容\r只显示后面的内容') 所以,在去除换行时,需要同时去除两者才行,即使用 .replace('\n', '').replace('\r', '')

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