尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...有时候在开发R包时为了保证正常运行，不得不将依赖包列入Depdens。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...: https://cran.r-project.org/package=ggthemes [5]vdiffr: https://cran.r-project.org/package=vdiffr [6...]testthat: https://testthat.r-lib.org/ [7]vctrs: https://vctrs.r-lib.org/
前言 先前提到了60-R可视化-8-用ggsignif做统计分析绘图 (qq.com)这个包。 当时挖了一个坑： 那么问题来了，我的字体该加到哪里呢？...基本的ggplot 就够了 比如你可以将内容以captain 的形式加在图片的侧方。 ggstatsplot 就是个很好的例子： subtitle, captain 都是很不错的选择。...参考下面就行了：57-R可视化-6-ggplot2基石三部曲最终之进阶为菜鸟 (qq.com) 我非要加在图片里 p <- ggplot(iris) + geom_point(aes(Sepal.Length...ggplot(mtcars, aes(wt, mpg, label = rownames(mtcars))) > p + geom_label() 为柱状图添加计数标记 个人感觉，比较常见的场景是...65-R茶话会14-柱状图用col还是bar，你可以省一点空间 (qq.com) 下面简单的对数据框操作一下： iris2 <- iris iris2$group <- sample(c("a","b"
ggplot作图系统在R预言诸多可视化包中之所以如此的风靡，除了它拥有自己的图层理念之外，我觉得还要归功于它对于图表细节元素的灵活调整。...对于ggplot的初学者而言，可能没有太多的在意图表的主题是否优雅，配色是否美观，仅求能够准确无误的出图就OK了。 但是如果仅限于此，那么使用ggplot作图真的就是杀鸡用了宰牛刀了。...就拿默认的图表来说，虽然你只靠两句代码就可以跑出来一幅还算及格的图表，可是ggplot语法博大精深，背后给你的代码默认匹配的参数不计其数。...可是在R预言可视化这个领域内，以上图表绝对是一个烂大街的货色，怎么说呢，因为你不修改主题，它搭配的主题永远都是theme_gray ggplot(mydata,aes(Conpany,Sale,fill...至于图表中的颜色填充顺序和图例相反，这个问题只需追加一句代码即可： ggplot(mydata,aes(Conpany,Sale,fill=Year))+geom_bar(stat="identity"
今天跟大家分享的是ggplot图表中的一类重要元素——线条。...R语言中ggplot函数系统中涉及到线条的地方有很多，最常见的场景就是我们做geom_line()（折线图）、geom_path（）(路径图),以及图表的绘图区（panel）、图表区、网格系统（grid...今天以一个折线图为例，简要说明ggplot函数中关于线条的主要参数及其效果。...我们使用过ggplot内内置数据集验证我们的猜想。...接下来通过对线条内部参数的修改，我们可以体会到ggplot对于线条细节的把控是多么的专注： ggplot(newdata,aes(Company,Sale,group=Year,colour=Year)
配色来源于论文 https://www.nature.com/articles/s41577-022-00707-2 里面图的颜色看起来非常舒服，摘下来作为自己数据可视化作图的备选项 第一个图 image.png...八个配色 library(ggplot2) cols<-c("#88c4e8","#db6968","#982b2b","#0074b3", "#e5ce81","#f47720",..."#459943","#bdc3d2") dat01<-data.frame(x=LETTERS[1:8], y=1) ggplot(data=dat01,aes(...("#606f8a","#e8c559","#ea9c9d","#005496") dat02<-data.frame(x=LETTERS[1:4], y=1) ggplot..."#ea9c9d", "#c74546","#88c4e8") dat03<-data.frame(x=LETTERS[1:6], y=1) ggplot
目前计划推出基础图表的绘制教程推文(会同时推出R和Python两个版本)，原因在于有时苦苦找不到数据，不仅导致想绘制的图表完成不了，而且也白白浪费了时间，再者也有小伙伴私信要求多些基础教程的推文，当然...geojson数据格式读取 ggplot2 可视化展示 openxlsx 实现R灵活读取excel文件 ggtext包实现文本定制化操作 geojsonio包对geojson数据格式读取 这里使用的数据和上期推文的数据一样...，读取geojson格式文件的代码如下： HK <- geojson_read("香港特别行政区.json",what='sp') 即可实现R语言对geojson格式地图文件的读取。...ggplot2 可视化绘制 简单绘制 我们只是对处理过的数据进行简单的绘制，代码如下： # Plot it library(ggplot2) HK_map <- ggplot() + geom_polygon...另外，ggplot2绘制定制化的图表真的很方便，大家可以结合自己喜好学习适合自己的工具。
今天跟大家分享ggplot图表系统中形状。 在ggplot函数系统中，形状是一类重要的映射属性，如同颜色一样，它可以被赋予给变量，当然也可以直接指定实际的形状类别。...ggplot函数的图层理念中，修改局部图层的元素，需要在局部图层内进行设定，这里需要在geom_point（）函数内部进行形状设定。 R绘图系统中存储着的形状符号多达25种： ?...因为形状属于分类性质的映射属性，所以形状不可以被指定给连续性变量： ggplot(mydata,aes(Company,Sale,group=Year))+geom_line()+geom_point(...作用于单个图层的映射属性要放在对应图层中，（比如作用于线条的属性要放在geom_line()内，作用于形状的属性要放在geom_point()内）,作用于全局的属性要放在全局系统函数层内【ggplot（...（比如本例中同时作用于折线图和散点图的数据集、x轴y轴变量以及分组变量等） 以上是个人学习ggplot函数过程中所获得的一些体会和心得，希望能够帮助大家在学习R语言可视化过程中少走一些弯路，限于个人能力和水平
R语言ggplot2如果要做散点图可以用自带的一些形状 如果想用其他形状，有一个R包是ggstar https://cran.r-project.org/web/packages/ggstar/vignettes...ggstar这个R包的整体结构暂时还看不明白，但是定义形状的部分自己能够修改。...在 primitive.R 代码中 plxy 就是一个形状的数据，第一列是x，第二列是y 比如上图中28的形状 square diamond 把中心掏出一正方形的空白 data.frame(x=c(0,...) source("ggstar02/geom_star.R") source("ggstar02/primitive.R") source("ggstar02/utilities.R") library...，就能够把这个形状用于ggplot2的散点图中
下面，本文将对神经网络目标计数领域的不同方法、一般问题、挑战及最新解决方案的作一个总体描述。文末，现有的 Faster R-CNN 网络模型作为概念证明将被用于计数给定视频中街道上的目标。 挑战 ?...除了神经网络图像处理面临的共同挑战之外（比如训练数据的大小、质量等），目标计数问题还有其特殊挑战： 计数目标的类型 重叠 透视 检测到的目标的最小尺寸 训练和测试速度 这种被采用以计数高速公路上的汽车或者体育馆前的拥挤人群的方法...对于概念证明工作，我将使用改良型 Faster R-CNN 的 Keras 实现以处理视频文件，并用给定类的检测目标的计数对图像进行注释。...多年来，我们使用了标准 RCNN 网络、Fast R-CNN 乃至 Faster R-CNN 取得了长足进展，其中 Faster R-CNN 被用于解决我们的简单计数问题。...下面，我们选择了在被描述的 PoC 样本视频中检测和计数目标实例。 概念证明 为了解决问题，我们将在一个支持 GPU 的 AWS 实例上使用上述带有 Keras 的 Faster R-CNN 模型。
今天的推文是昨天推文的延续 跟着Science Advances学画图：R语言ggplot2画柱形图如何让屁股朝右。...disorders中的 figure2B image.png image.png 但是有一个细节没有能够实现，就是让坐标轴以上图样子的科学计数法显示，昨天的推文发出后有读者留言了对应的解决办法，今天在推文中记录一下...+ geom_col()+ scale_y_continuous(labels = scales::scientific) image.png image.png 能够修改成上图的科学计数法...另外的方式是 ggplot(df,aes(x=x,y=y))+ geom_col()+ scale_y_continuous(labels = c(expression(italic(0)),...欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记
遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色 第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree.../questions/45493163/ggplot-remove-na-factor-level-in-legend ggtree(tree_1)+ geom_tree(aes(color=group...image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 需要示例数据和代码 点赞 点击在看 然后在后台留言 20210605 就可以了 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python...做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！
是一半的小提琴图加散点图的组合，看起来有些像云朵加雨滴的形式，所以得名云雨图，主要的作用还是用来展示数据的分布情况 之前看到过相关推文进行介绍，大部分的推文介绍的实现办法都是使用gghalves包，这个包中的函数可以将...ggplot2的常规图形只画其中的一般，比如 geom_half_boxplor() geom_half_violin() 最近在一个介绍ggplot2扩展包的链接里发现了一个包叫see，这个包里有一个函数是...geom_violindot()函数，画云雨图非常方便，下面简单介绍一下代码 首先是安装see这个R包 install.package("see") 使用鸢尾花的数据集作图 library(ggplot2...现在的状态是垂直，不像云朵加雨滴，如果需要改成水平，加一个coord_flip()函数就好 ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Length...试了其中的几个，发现这个配色还挺好看的 ggplot(iris, aes(x = Species, y = Sepal.Length,
之前的推文介绍了画柱形图展示富集分析的结果R语言ggplot2做柱形图展示富集分析的结果，今天的推文介绍一下画气泡图展示富集分析结果的代码。气泡图就是散点图的一个变种。...多了一个变量映射给点的大小，富集分析里通常是用来映射基因的数量。比如下图 image.png 示例数据集还是之前的KEGG富集分析结果。...但在真实的数据了这个阈值设置为多少就得根据自己的数据情况来了。...(ggplot2) dat01$GeneRatio<-dat01$Input.number/200 ggplot(dat01,aes(x=GeneRatio,y=Term))+ geom_point...("paletteer") library(paletteer) #paletteer_c("ggthemes::Orange-Blue Diverging", 50) ggplot(dat01,aes
在之前的推送中，曾经有过一篇介绍excel图表辅助线的制作方法，其中用到的技巧五花八门、令人眼花缭乱。 而ggplot图表系统中的辅助线添加起来却异常简单，非常易于操作。...这主要得益于ggplot函数系统的图层控制理念以及该包的开发者很早就意识到图表辅助线这一层面的图表元素需求。...接下来我以几个案例的形式对图表辅助线操作进行演示： library(ggplot2) library(reshape2) library(ggthemes) data<-data.frame(Name...辅助线的另外一种常见的用途就是在时间序列数据中。 ggplot(economics,aes(date,unemploy))+geom_line() ?...这里可以使用辅助线来标注我们最感兴趣的时间点数据： ggplot(economics,aes(date,unemploy))+geom_line()+geom_vline(aes(xintercept=
R 的拼图方法 · 语雀 (yuque.com)[1] (11条消息) 目前最全的R语言-图片的组合与拼接_R语言中文社区-CSDN博客[2] 前言 有的时候你可能想要把两个不同的图放在一起比较，亦或是想要实现文章中的这种排列...，并按照输入的ggplot 对象顺序，分配大小。...ggplot 作图，直接添加。...4-关于基础包 其实在 [[53-R可视化2-基础包绘图的入门功夫]] 我也提到过，可以通过声明mfcol 进行绘图内容在画布上的排列，具体可以参考：R-拼图系列-基础函数 - 简书 (jianshu.com...R 的拼图方法 · 语雀 (yuque.com): https://www.yuque.com/mugpeng/rr/mmfcvf [2](11条消息) 目前最全的R语言-图片的组合与拼接_R语言中文社区
R包的github主页 https://github.com/ewenme/ghibli R包的名字是ghibli,查了下这个单词是吉普力工作室的意思，吉普力工作室和宫崎骏之间的关系我不是铁杆粉，我也搞不明白...%9B%E5%B7%A5%E4%BD%9C%E5%AE%A4/7389798 接下来是介绍代码 首先需要安装这个R包 install.packages("ghibli") 查看包的帮助文档 help...(ggplot2) ggplot(data=df1,aes(x=x,y=y,fill=x))+ geom_col(show.legend = F)+ scale_fill_ghibli_d("TotoroMedium...(x=letters[1:7], y=1:7) library(ggplot2) ggplot(data=df2,aes(x=x,y=y,fill=y))+ geom_col...PonyoMedium", direction = -1) -> p4 library(patchwork) p3+p4 image.png 应该仔细研究下这个R包的代码
最近在使用ggplot2对箱线图叠加点图是发现奇怪的现象，只要我改变点的形状，绘图就出问题了。 下面我通过一个简单的示例展示这个问题。...我们先生成一组简单的数据，并绘制一个正常的叠加图： library(ggplot2) library(dplyr) head(mtcars) ## mpg cyl...来解决点也需要分配到不同的fill组中的问题。...下面就是见证奇怪的时刻： set.seed(1) ggplot(data, aes(x, y, fill = fill)) + geom_boxplot() + geom_point(aes(shape...而我们代码的唯一修改就是增加了shape映射以修改点的形状。 我百思不得其解，ggplot完全没有干好它该干的事情嘛。
今天尝试解决使用ggplot2画图时的一个问题，图例不按规矩出牌。 ggplot2的作者们在测试时发现更新版本也出这问题了，正好可以用于简单说明。 本来是一个这样的图形 ? 新版本变成了 ?...而我是画两个相似的图形时出现这问题，数据结构一样，然后画图后图例的顺序变了~ 根据文档，默认使用了某种“秘密魔法”？！...下面是一个例子： dat <- data.frame(x = LETTERS[1:3], y = 1) p <- ggplot(dat, aes(x, y, fill = x, colour = 1:3...当然，如果你理解了上面的英文文档，怎么设定怎么排都是可以的。
image.png 在一个交流讨论群里看到有人讨论这个图，很早之前就看到过这个图，当时记得有一个现成的R包可以做。如果让自己使用ggplot2来实现当时还真没有思路。...现在有一些思路，这个就是点 和 线段 的组合，把握好坐标位置就好了 但是这个图里的线段是带有弧度的，之前画图的线段都是直线，所以就查了一下ggplot2画带有弧度的线段的办法，找到了参考资料 Line...segments and curves — geom_segment • ggplot2 (tidyverse.org) 没有弧度的线段使用的是geom_segment()函数 有弧度可以使用geom_curve...()函数 下面是一个小例子 library(ggplot2) b <- ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) + geom_point() df <- data.frame(...好了今天的内容暂时先到这里了 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学
image.png 之前有人在公众号留言问这幅图的实现办法，这个是气泡图，用ggplot2很方便能够实现，但是这个图比较特殊的是横坐标还有对应的图片，当然出图以后用其他软件来编辑是可以实现的，但是对齐之类的可能会比较麻烦...如果能用代码实现就能节省一些时间，正好最近看到一个ggplot2的扩展包 叫做 ggimg 对应的github的主页是 https://github.com/statsmaths/ggimg 下面我们就来试试能不能用这个包来实现推文开头的图...(ggimg) library(ggplot2) ggplot()+ geom_point_img(data=df, aes(x=x,y=y,img=img),...ggimg_example/",full.names = T)) df1 pdf(file = "ggimg_example/ggimg.pdf", width = 10,height = 8) ggplot...小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
即时通信 IM
ICP备案
对象存储
实时音视频
