这几天收到师兄的任务,熟悉iGRaph包的使用,通过查资料,外加自己的实践,在此做个简单的学习笔记。 以下例子均是在R 3.0.1版本下测试的。...1.用igraph创建图表 g<- graph(c(1,2, 1,3, 1,4, 2,4, 3,4), directed=T) > g IGRAPH D--- 4 5 -- > plot(g..., layout=layout.fruchterman.reingold) 2.创建多种图形的图表 > g1 g1 IGRAPH U--- 4 6 -- Full...graph + attr: name (g/c), loops (g/x) > g2 g2 IGRAPH U--- 3 3 -- Ring graph + attr...: name (g/c), mutual (g/x), circular (g/x) > g3 = graph.lattice(c(3,4,2))#create a lattice > g3 IGRAPH
一般来说就是Windows电脑的中文用户名需要修改电脑系统的环境变量,R包下载等等。...但是今天有一个学员起初是下载R包无法联网,所以失败,根据我们的经验当然是options(download.file.method = 'libcurl')就轻轻松松解决啦,不过这次居然是仅仅是解决了R自带...R包下载问题,使用BiocManager仍然是无法安装R包,如下所示: ?...='libcurl') 果然,现在在Windows电脑里面R语言的安装R包和下载文件就OK啦。...接下来就继续安装R包吧 使用管理员打开R哦,然后就 options()$repos options()$BioC_mirror options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn
今天笔记本电脑装包反反复复出现下面错误: Error in install.packages : ERROR: failed to lock directory ‘D:\Tool\R_Library’...for modifying Try removing ‘D:\Tool\R_Library/00LOCK’ 尝试下解决方案: install.packages("Rcpp", dependencies...= TRUE, INSTALL_opts = '--no-lock') 把 Rcpp 改成要装的包名。...不行的话把报错文件删了: unlink("D:/Tool/R_Library/00LOCK", recursive = TRUE) 参考:https://stackoverflow.com/questions.../questions/14382209/r-install-packages-returns-failed-to-create-lock-directory
对于网络的可视化和数据挖掘,有很多图形界面的软件可供选择,比如cytoscape, gephi 等等,这些软件使用方便,操作简单,功能的强大,但是同时也有着一个缺点,就是无法自动处理,只能通过人工点击鼠标来操作...igraph是一个开源项目,旨在提供一个简单易用,功能强大的网络数据处理框架,在R,Python, C语言中都有具体实现,网址如下 http://igraph.org/ 本篇以R语言为例,展示其用法。...在R语言中,对应的包名为igraph, 安装方式如下 install.packages("igraph") network对应的数据结构为graph, 通常用大写字母G表示,顶点的英文为vertex,...在R中,读取文件并创建network的代码如下 # 加载包 library(igraph) # 读取节点文件 nodes <- read.table("nodes.txt") # 读取边文件 links...通过igraph包,可以自动化的编程处理网络数据,节省精力,避免重复劳动。缺点就是该包内置的聚类算法有限,mcode 和 mcl 这两种算法就没有。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—
本文是复杂网络课的一个小作业,主要学习如何导入图数据以及如何利用igraph包绘制网络图。 ?...导入边数据和节点数据 这里主要是将边数据和节点数据分别导入,再利用igraph包中的graph_from_data_frame()将边,节点数据进行合并构成一个网络图。...生成方式1(没有颜色分类) igraph.options(vertex.size=3, vertex.label=NA, edge.arrow.size=0.5) V(graph)$color <- colrs...参考文献:Statistical Analysis of Network Data with R by Eric D. Kolaczyk, Gábor Csárdi
问题 你想安装和使用一个 R 包。...如果想要将所有已安装的软件包更新为可用的最新版本,使用以下命令: update.packages() 如果你在 Linux 系统上使用 R ,管理员可能已经在系统上安装了一些 R 包,由于普通用户没有更改权限...其他 导入包也可以使用require()函数。下表显示了 R 包安装相关的命令及描述。...R包 remove.packages 移除一系列已安装的R包 installed.packages 将已经安装的R包更新到最新版本 setRepositories 设定当前的R包的资源库列表 通过命令行安装...R 包 R CMD INSTALL aplpack_1.1.1.tgz # 安装aplpack包 从其他资源库安装 R 包 devtools 包提供了从其他流行的 Git 资源库或其他 URL 上安装
2、作用:实现特定的功能,你需要什么功能,安装相应的R包就行。说人话就是使用智能手机,需要使用微信与人聊天,你就按照微信APP,需要上腾讯视频看电视剧,你就安装腾讯视频APP。...3、在哪可以找R包: (1)官方网站CRAN网站下载,使用“install.packages()”函数来安装 (2)Bioconductor网站下载,主要是生物生信相关的...R包,使用 “BiocManager::install()来安装 (3)github网站,是R包作者写的,没有经过审核,使用”devtools::install_github...几乎不使用,使用时需要写明R包的作者,就是指明选择谁写的R包。...说人话,智能手机安装的腾讯视频,只要你不卸载,就一直在你的手机里,需要看电视剧是打开APP,看完电视了你退出APP,再次看电视时还需要再次打开APP。所有“加载”R包就相当于打开APP。
关于R和RStudio安装在这里就不再介绍了,网上有很多相关内容,如果安装过程有困难可以后台私信我。 PS.本次内容为R包安装及初识向量。 ? PART2 R包安装 问:什么是R包?...答:包是R函数、数据、预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合。它们提供了种类繁多的默认函数和数据集。...(对于刚接触R的同学来说可能看起来比较抽象,但是没关系,我们会在后续的学习中慢慢了解R包的概念) 1.R包安装:第一次安装一个包,使用命令install.packages()即可。...#示例:安装ggplot2包 install.packages('ggplot2') install.packages("ggplot2") 值得注意的一点是,包的名称需要放在单引号''或者双引号""...中 2.R包载入:安装完成后,想要调用这个包中的命令、数据等信息,就需要先载入这个包,需要用到的命令为library()。
说实话,自从之前好好学习了一下入门的R以后,一直没有用过R,很多东西都忘了,还是需要靠做笔记方便日后查阅。 本期讲一下R包的几种来源以及安装指定版本R包的几种方法。 R包来源及安装方法 1....CRAN网站 可以理解为R包的官网,凡是需要通过CRAN下载的R包,都可以通过install.packages("pkg_name")来安装。 2....Github 部分作者在写好R包以后还没来得及上传到CRAN上,便可通过其Github进行安装,通过devtools::install_github("用户名/pkg_name")安装。...安装指定版本R包 复现文章或R包的更新与当前的R版本或R代码不兼容时,就需要考虑安装某个特定版本的R包了,这里列一些常见的安装指定版本R包的方法供大家参考。...源码安装 在这里也许能找到你需要的R包历史版本。
简介 平常在各种R语言群里,总会遇到关于安装R包的问题,例如:搭载在github上的R包,由于网速(外网)原因而无法下载该怎么办?...这里小编分享下平常逼不得已才使用的“下三滥”方法——直接下载包,通过本地安装。 网上好多解决方案都是基于R gui的,但现实中使用Rstudio这个IDE会更多些。...接下来以gmm包在Rstudio下安装为例: 教程 使用bing搜索该包,找到相应网站[1]。 关键词:R包名称+R,或者可以再加上CRAN。 ?...搜索技巧:R包名称+R 找到Downloads板块,下载对应的压缩包 这里以mac为例 ?...这个方法对一些有很多依赖包的包可能会很头疼,就怕安装完成,他还说你有其他包没安装,那你只能“将错就错”了!
说实话,自从之前好好学习了一下入门的R以后,一直没有用过R,很多东西都忘了,还是需要靠做笔记方便日后查阅。 本期讲一下R包的几种来源以及安装指定版本R包的几种方法。 R包的来源 1....CRAN网站 可以理解为R包的官网,凡是需要通过CRAN下载的R包,都可以通过install.packages("包名")来安装 2....Bioconductor 里面多是跟生信相关的R包,通过BiocManager::install("包名")来安装,今天的例子edgeR和limma都可以通过这种方法安装。 3....部分作者在写好R包以后还没来得及上传到CRAN上,便可以在其Github上安装,通过devtools::install_github("用户名/包名")安装 # 综上 install.packages(...安装指定版本R包 复现文章或R包的更新与当前的R版本或R代码不兼容时,就需要考虑安装某个特定版本的R包了,这里列一些常见的安装指定版本R包的方法供大家参考。
tidyverse安装失败,install.packages('tidyverse') 错误原因大概是其中有个依赖包xml2安装不上,解决办法是yum install libxml2-devel,这样就可以安装...xml2了,也可以安装tidyverse了
写在开头 最近在疯狂补数据挖掘课以及跟着生信技能树整理的#R语言在补充R语言基础知识 恰好看到了无法在线下载安装GitHub包?...R包安装的方式 之前在学习数据挖掘课程的时候,就按照小洁老师教的方法整理过相应的笔记啦,R包安装与使用 那我们先回顾一下,基本的R包安装方法——配置好镜像,然后按照对应的来源安装需要的R包。...) #安装R包 括号里面写入需要安装的包的名字 2....Github上R包 如果是github上的包,可以采用输入作者名以及R包名字之后使用命令进行安装 安装Github上的包 #使用devtools安装 install.packages('devtools...() #查看已安装的R包 search() #查看已载入的R包 查看已经安装的R包 查看已经载入的R包 R包安装成功的唯一标准:library()没有error——小洁老师
通常来说,R包的安装主要有四种方法,包括:1)从R语言官网上直接下载相关R包并安装;2)从Bioconductor上下载R包并安装;3)从Github上下载R包并安装;4)手动安装R包。...接下来我将和大家分享R包的具体安装: 1)首先获取下载的R包的名字,比如下载metafor这个R包,可以先在官网(https://www.r-project.org/)上找到这个包,了解一下这个包的详细内容和使用说明...,接下来使用: install.packages('metafor') 即可顺利安装该R包。...3)接下来便是安装源自Github(https://github.com/)的R包了,它的步骤和安装源自Bioconductor的R包类似,需要先安装devtools包,然后用devtools包里的install_github...,github中的R包需要在其前面加上该包所在的库名,否则无法进行下载安装。
社群划分跟聚类差不多,参照《R语言与网站分析》第九章,社群结构特点:社群内边密度要高于社群间边密度,社群内部连接相对紧密,各个社群之间连接相对稀疏。...grey(0.5)#线的颜色 #edge.arrow.mode = "-" 箭头换成线 #vertex.label.dist=5 点标签和节点之间的距离一般0.1,便于错开重叠 2、简易画图自编译函数 R语言与网站分析中还专门写了一个画图函数
R语言入门mac——安装【附安装链接】 这里写目录标题 R语言入门mac——安装【附安装链接】 一、总体安装步骤 1 安装R 2下载RStudio 二、R包安装 一、总体安装步骤 1 安装R RStudio...需要R 3.0.1+ 下载链接:https://cran.rstudio.com/ 2下载RStudio 下载链接:https://rstudio.com/products/rstudio/download.../ 二、R包安装 下面展示 r包安装代码 rm(list = ls()) options()$repos options()$BioC_mirror options(BioC_mirror="https
以下的代码都是igraph包中的。...这里可以看到某点的中间中心度,某点betweenness(g,V(g)$label=="c") 同时igraph包在操作过程中,会返回所有点的中心度,比如(1,2,4,5)则会返回5个数字,没有的3也会有位置
安装 在R或者Rstudio交互界面输入: source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("RTCGAToolbox") Windows下...,如果安装出现问题,请查看依赖包是否完整。...我安装时发现XML包可能需要单独安装。 如果你是Linux系统,而且XML包一直安装不上,请仔细查看错误信息。...有可能是你的系统没有XML和curl配置,导致不能安装XML以及Rcurl包(具体依据错误信息分析)。...安装RTCGA工具包。
(1)R包安装 按需索取,目的不是学会某个具体的R包,而是找所有R包使用的规律。 不需要安装所有的R包,需要哪一个,装哪一个。...例如:install.packages("stringr") 安装后需要加载,加载的时候加不加引号都可以, 两个都是加载,load是加载数据,library是加载R包 library()...#library是判断R包是否安装成功的唯一标准, require() 一次安装,每次打开新的session(交互式会话)都要加载。...")) #安装R包 if(!...R语言版本与R包不符 可能原因4:包过时了 2)是否更新 图片 3)加载A包,报错B包不存在 先安装B包,成功后再安装A包 4)依赖包的版本不够新 图片 更新一个包:重新安装,或先删除再重新安装 更新所有的包
安装R语言的包的方法: 1....自动安装(在线安装) 在R的控制台,输入 install.packages("gridExtra") # 安装 gridExtra install.packages("stepNorm", contriburl...手动安装(离线安装) Windows: 下载package.zip文件 打开R的菜单栏->Packages->“Install package from local zip file…” 选择package.zip...文件 Linux上安装R包(离线安装): 下载package.tar.gz文件 在Shell终端(注意不是R)输入: sudo R CMD INSTALL package.tar.gz 注意:需要sudo...查看全部安装的R包: .packages(all.available=T) 查看某个安装的R包: library("XML") help(package="XML")
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