迭代方式主要有两种： 命令式编程 - for和while 函数式编程 - purrr 准备工作 purrr是tidyverse的核心r包之一，提供了一些更加强大的编程工具。...使用purrr函数替代for循环的目的是将常见的列表问题分解为独立的几部分： 对于列表的单个元素，我们能找到解决办法吗？如果可以，我们就能使用purrr将该方法扩展到列表的所有元素。...映射函数 先对向量进行循环，然后对其每一个元素进行一番处理，最后保存结果。这种模式太普遍了，因而purrr包提供了一个函数族替我们完成这种操作。...x值，或者使用y中的正常结果进行一些处理： is_ok = y$error %>% map_lgl(is_null) x[!...此处是给出R实现的一种思想） 根据这个函数，我们可以涉及map3()、map4()等等，但这样实在无聊。
R-Purrr的使用，加速数据处理 Tidyverse中包含一个purrr程序包，之前在看数据处理分析时候，一直看到别人的code中，涵盖purrr，map函数，但是一直不知道这个是干什么的，现在发现purrr...Purrr 主要是替换for循环的使用。 Purrr引入了map函数以及一些用于操纵list的新函数。cheatsheet可以速查一些关于Tidyverse使用方法。...这篇文章是快速教你使用purrr。 因为Purrr的操作对象基本上都是关于list，所以对R的基本Number，Vector，dataframe及list又个了解。...apply（）函数是一组超级有用的base-R函数，可用于vector或list的条目迭代执行操作，而无需编写for循环。...map 循环例子1 譬如我们对c(1, 4, 7)进行每个数➕10，我们有.x vetcor数据，然后编写.f funtion数据，合并到map中。
这一次的内容太多了，我讲了 2 小时都没讲完，后续再放视频吧。有一段还忘记录了。。。.../geek-r-tutorial/base.html 内容： 基础语法 控制与循环结构 函数与包 数据读取和保存 read....is.na()) 位置 mean, meadian 逻辑值 mean, sum 位置 dplyr:: first last nth 排序 quantile min max 分布 IQR mad sd var...基础语法一致，也可以使用 tidyverse 处理 整数索引 逻辑索引 命名索引 进一步的学习参考小抄、文档和《R 语言编程指南》 后几期主题 本期未讲述的内容？？？...正则表达式与字符串处理：base 与 stringr 列表处理与迭代计算：purrr 统计建模：stats 与 broom 绘图：graphics 与 ggplot2 函数编程：apply家族和purrr
逻辑运算是数学运算的重要组成部分，但其更是计算机计算的底层设置。作为一门数据处理语言，逻辑运算在R中承担着非常非常重要的作用。本专题就专门为大家整理一下R语言中的逻辑运算：TRUE/FALSE....（2）在R中，所有非零值在逻辑运算中都会被当作为TRUE。...> TRUE & FALSE #返回[1] FALSE > 0.2 & 0 #返回[1] FALSE （3）在R语言中标量常被看作含有一个元素的向量，但在逻辑运算中是存在差异。...上表中逻辑“与”【&】和逻辑“或”【 | 】是对向量的逻辑运算（虽然单个标量也适用），但其返回的结果是逻辑向量，是对逻辑运算中的每一组元素进行逻辑运算后返回的结果。...all(x==0)) #对x数据库做列操作，判断每一列中的所有元素是否为0，，然后渠非"!"
本文的写作由来是知识星球一个朋友对如何在 tidyverse 系列包中使用公式函数（单侧公式）不太熟悉，所以通过本文分享一下我的心得。...img 公式保存了创建它的环境 使用到 R 的朋友几乎都用过公式，它在统计建模方面给了我们极大的方便。不过，公式相比于数值、逻辑值这些数据类型，有什么特点吗？...这里值得注意的是，当匿名函数只有一个参数时，我们用 .x 表示函数的输入参数。如果进行拓展，2 个参数时使用 .x 与 .y，3 个参数时使用 ..1, ..2, ..3 等。...基本用法 假设我们要对 df 中的 x 和 y 列进行归一化处理，在不使用 scale() 函数的情况下，我们可能会手写一个函数： scale2 <- function(x) { (x - mean...在公式中，我们可以直接使用前面已经定义的变量，这里是 cfs。
(处理因子问题) tidyverse的安装也很简单，在R中输入以下命令： #安装包 install.packages("tidyverse") #使用前，记得载入包 library(tidyverse...数据整理 tibble格式 R中的对多变量数据的标准保存形式是 dataframe，而tibble是dataframe的进化版，它有如下优点： 1....管道函数 %>% 在tidyverse中，管道符号是数据整理的主力，它的功能和Linux上的管道符“|”类似，可以把许多功能连在一起，而且简洁好看，比起R的基本代码更加容易阅读！...根据条件过滤数据） arrange: reorders rows according to some conditions （根据某一列的数据对行排序） select: selects a subset...总结 初学者从tidyverse 入门是一个不错的使用R的切入方式，它提供了一整套data science的工具，而且还特别好用。
背景 Tidyverse 是 Rstudio 公司推出的专门使用 R 进行数据分析的一整套工具集合，里面包括了readr，tidyr， dplyr，purrr，tibble，stringr...《R 数据科学》电子书：https://r4ds.had.co.nz/ tidyverse 包重构了 R 语言处理数据的语法，比默认的 R 函数更加方便，相当于一套新的语法，使用起来更加方便...tidyr 与 dplyr 包是用 R 语言中用来处理各种数据整合分析的包，可以说是 R 数据整合的“瑞士军刀”，tidyr 包负责将数据重新整合，dplyr 包可以完成数据的排序，筛选，分类计算等都等操作...所谓“整洁数据”，根据 Hadley Wickham 对整洁数据的专门研究，其定义如下： 1. 每个变量构成一列； 2. 每项观察构成一行； 3....数据的整理是一个从数据框的统计结构（变量与观察值）到形式结构（列与行）的映射。
本次主要介绍了一些基本的正则表达式用法以及公式的创建和使用，然后介绍使用 tidyverse 组合拳进行批量建模和可视化。...本文代码和资料部分涉及的链接请访问 https://xsliulab.github.io/Workshop/[1] 第四期内容（原文）。点击原文阅读更佳，可以查看视频。...视频还是老样子后续推送，大家可以关注 B 站或 Github 上的更新（PS：今天对前几期更新了不少学习资料）。...查看本期代码[2] 资料： 小抄-因子[3] 小抄-purrr[4] 小抄-正则[5] 小抄-stringr[6] 内容： 字符处理基础 因子 手动 常见需求 基础字符串处理函数 映射 stringr...字符串转公式 实战：结合 tidyverse 对 mtcars 进行批量建模和生成 ggplot2 图形 编程将变量名组合转为公式 目标数据结构与生成 分组处理 purrr 批量建模与可视化 图形拼接
purrr的设计目的并不是说要实现base R中无法实现的功能，只是base R中的这些底层函数使用起来太不方便而且容易出错，而purrr则用一种统一、安全的方式去重新打包了这些函数。...但是话说回来，在我最近写的包里面，我都尽量不使用purrr。 （purrr包的logo） ? “ 等等，你为什么不愿意在你最近写的这个包里面用purrr呢？...那是一个暑期研究项目，我尝试着用R来对MicroRate数据进行可视化（大猫：MicroRate是一家投资公司），在这个过程中我大量借助了lattice这个包。...SO上有些对R与数据科学很感兴趣并且颇有钻研的人，我从这些人的帖子中收获很多。 采 访节选：如何看待其他语言？ “ 你因为自己在R中的成就而出名，那你平时还会用其他语言吗？ ” 是的。...“ tidyverse中的很多概念都被其他语言所借鉴了，那么tidyverse中有没有什么东西是借鉴其他语言的呢？ ” 当然。
学习目标 使用扩展包“ggplot2”绘制图表。 使用“map”函数进行数据结构迭代。 导出在R环境之外使用的图片。...1.设置数据框以进行可视化 在本课中需要制作与每个样本中的平均表达量相关的多个图，还需要使用所有可用的metadata来适当地注释图表。 观察rpkm数据。...`map`系列函数 purrr包map()提供了一系列函数，它是tidyverse中的一个包。参阅R for Data Science一书。...该族包括几个函数，每个函数的输入都是向量，输出是指定类型的向量。例如，用这些函数对向量中的每个元素或数据框中的每列或列表的每个组件执行某些任务/函数，依此类推。 map() 创建一个列表。...R提供选择png或pdf等格式，选择要存放图片的目录。还提供了决定输出图像大小和分辨率的选项。 第二种方法是使用R函数并将写入文件编码到脚本中。
:102),] 这里的“,”怎么理解呢，在我们上一期推文中提到，提取元素时z[x,y]指代提取z中第x行，第y列，如果我们只需要提取行，则应该写作z[x,],同理，如果只需要提取列，应该写作z[,y]...setosa"&Sepal.Length > 5 ) filter(test, Species %in% c("setosa","versicolor")) 4.arrange() 按某1列或某几列对整个表格进行排序...M） 加载任意一个tidyverse包都可以使用管道符号，啥是tidyverse包呢？...其核心包有ggplot、readr、tibble、purrr、 tidyr 、dplyr、ggplot、forcats 和stringr8个. 我们这里用的是dplyr包，因此可以使用管道。...因为这里只有x是共同列，所以是否有by='x'对输出无影响。
我对编程和 R 语言有一些独到的理解体会，因为我觉得数学语言与编程语言是相通的，都是用语法元素来表达和解决问题，我想把这些理解体会用符合国人的语言习惯表达出来。...这些基本语法是您写 R 代码的基本元素，学透它们非常重要，只有学透它们才能将其任意组合、恰当使用，以写出各种各样的解决具体问题的 R 代码。...第六章，文档沟通 将讨论如何进行可重复研究，用R markdown家族生成各种文档，介绍 R markdown的基本使用，R 与 Latex 交互编写期刊论文/幻灯片/书籍、R 与Git/Github交互进行版本控制...附录 部分是正文内容的补充和扩展，将分别介绍R6类面向对象编程、实现Excel中的VLOOKUP与透视表、R网络爬虫、R高性能计算、R最新机器学习框架：mlr3verse, tidymodels....本书所用的软件 本书使用最新版本的R语言4.1.1和RStudio 1.4，主要使用的R包是tidyverse 1.3.1系列。
审视结果 在这里，我们审视了17种常见的FCS方法： GSEA 检测排序基因列表顶部或底部的基因集富集程度，该列表是分组后计算排序基因信噪比或排序基因倍数变化得到的； GSVA 估计所有细胞之间每个基因的累积密度函数的核...这个过程中需要考虑所有样本，容易受到样本背景信息的影响； PLAGE 对跨细胞的基因表达矩阵进行标准化，并提取奇异值分解作为基因集富集分数； Zscore 聚合了基因集中所有基因的表达，通过细胞间的平均值和标准差缩放表达...因此，在整合不同样本的情况下，即使使用相同基因集为相同细胞打分，也会产生不同的富集评分； SCSE 使用基因集所有基因的归一化的总和来量化基因集富集分数； Vision 使用随机签名的预期均值和方差对基因集富集分数进行...基因集中的基因根据单个细胞中的转录本丰度进行排序。...使用全局表达谱对差异分数进行标准化。 标准化这一步容易受样本构成的影响。 JASMINE 根据在单个细胞中表达基因中的基因排名和表达基因中基因集的富集度计算近似平均值。
下面小编通过一个小案例来进行展示，图形过程仅供展示用，希望各位观众老爷能够喜欢，代码可直接复制粘贴运行。...❞ 论文 加载R包 library(ggtree) library(tidyverse) 构建数据 set.seed(1234) # 设置随机数种子以确保结果的可重复性 num_tips <- 15...# 设置叶子的数量 # 生成一个随机树 tr <- rtree(num_tips) p <- ggtree(tr) + xlim(0, 3) 构建饼图数据 # 使用dplyr创建数据框，包含四个变量...purrr的map函数创建饼图列表 # 对于每个叶子，都创建一个饼图 pies <- map(1:num_tips, ~{ filter(dat_long, id == .x) %>% ggplot...theme( # 设置主题，移除多余的元素 axis.title = element_blank(), axis.ticks = element_blank(),
该部分学习内容来自《R for Data Science》。 在对数据进行可视化之前我们往往需要进行数据转换以得到可视化所需要的数据内容与格式。...现在我们不必纠结于这些差异，在后续内容中我们会进行学习。 你可能已经注意到每个列名下面有三到四个字母的缩写。...根据值选择观察（记录），filter() 对行重新排序，arrange() 根据名字选择变量，select() 根据已知的变量创建新的变量，mutate() 将许多值塌缩为单个描述性汇总，summarize...让我们实际来看看这些动词是怎么工作的。 使用filter()过滤行 filter()允许我们根据观测值来对数据集取子集。第一个参数是数据框的名字，第二和随后的参数是用于过滤数据框的表达式。...解决这种问题的一种有用简写为x %in% y。这将选择符合x属于y的行（x是y中的一个值）。
出版有《R for Data Science》（中文版《R数据科学》），这本书详细介绍了tidyverse的使用方法。...library(tidyverse) #加载以下tidyverse中核心的packages: ggplot2：画图，可视化数据 dplyr：操控数据，过滤、排序等 tidyr：清理数据 readr：(...，是弱类型的，同时与data.frame有相同的语法，使用起来更方便。.../ 03 — %>%：管道函数 ——将左侧的值应用到右侧数据data位置 管道函数在tidyverse中，管道符号是数据整理的主力，可以把许多功能连在一起，而且简洁好看，比起R的基本代码更加容易阅读...#key：将原数据框中的所有列赋给一个新变量key #value：将原数据框中的所有值赋给一个新变量value #…：可以指定哪些列聚到同一列中 #na.rm：是否删除缺失值 widedata <-
❝本节来介绍两个R包内容较多，小编只介绍其中的两个功能分别是R包官网检索与循环格式转换，更多详细内容请参考官方文档。...❝经常会遇到一些R包安装的问题使用install.packages会提示R包不存在，这种问题可能是R包未提交到CRAN官方仓库，而安装github上的包则需要知道作者名及仓库名，因此使用packagefinder...「注：此方法只适用于CRAN及Github上的R包非100%都能检索，其它仓库不适用」 ❞ install.packages("packagefinder", dependencies = TRUE)...library(packagefinder) go("ggh4x","website") # 打开ggh4x包主页 循环格式转换 ❝使用purrr包写循环时会使得过程极为简洁，但是不利于直观阅读代码过程...) get_supported_fns("as_loop") # 了解当前支持purrr中的哪些函数适用as_loop() #> $map #> [1] "map" "map_at" "
tidyverse包，分享整洁数据的基础设计理念、语法和数据结构。...核心软件包是ggplot2、dplyr、tidyr、readr、purrr、tibble、stringr和forcats，它们提供了建模、转换和可视化数据的功能。...1 readr包：快速读写 1-1 readr包提供了几个新函数，能够更快的读取文件 readr包中的主要的函数有： read_csv，read_tsv，read_table，read_delim， write_csv...包讲解 map系列函数的返回值如下： map_chr(.x, .f): 返回字符型向量 map_lgl(.x, .f): 返回逻辑型向量 map_dbl(.x, .f): 返回实数型向量 map_int...] R语言编程——基于tidyverse: https://zhuanlan.zhihu.com/p/198185888
需要注意的是， 如果map()等泛函中的无名函数需要访问其它变量的话， 需要理解其变量作用域或访问环境。另外， 无名函数中的其它变量在每次被map()应用到输入列表的元素时都会重新计算求值。...JSON、YAML等格式转换为R对象就经常具有这种嵌套结构。一般这种类型的数据，导入的R 后就表现为嵌套列表的格式，也就是列表中的每个元素也都是列表。...， 输出列表； imap()根据一个下标遍历； walk()输入一个数据自变量和一个函数， 不返回任何结果，仅利用输入的函数的副作用； 输入若干个数据自变量和一个函数， 对数据自变量相同下标的元素用函数进行变换...purrr包的pmap类函数支持对多个列表、数据框、向量等进行向量化处理。pmap不是将多个列表等作为多个自变量， 而是将它们打包为一个列表。...reduce2 reduce2(x, y, f) 中的x是要进行连续运算的数据列表或向量， 而y是给这些运算提供不同的参数。
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
