开发者社区

文档建议反馈控制台

最新优惠活动

文章/答案/技术大牛

发布

R:跳过在CRAN R CMD检查上运行的vignette

在R语言中，vignette是一种用于展示和解释R软件包功能的文档形式。在开发R软件包时，通常会编写vignette来提供详细的使用说明和示例代码。

在进行CRAN R CMD检查时，会对软件包进行一系列的测试和验证，以确保软件包的质量和稳定性。其中一个步骤是运行vignette，以确保其能够正确地生成和展示。

然而，有时候在进行CRAN R CMD检查时，可能会遇到一些问题，导致vignette无法成功运行或生成。为了跳过这个步骤，可以在软件包的DESCRIPTION文件中添加一行配置，指示跳过vignette的运行。

具体来说，在DESCRIPTION文件中的"Package"字段下添加"VignetteBuilder: knitr"，并在"BuildVignettes"字段下添加"no"。这样，进行CRAN R CMD检查时就会跳过vignette的运行。

需要注意的是，跳过vignette的运行可能会导致一些潜在问题未被发现。因此，在发布软件包之前，建议确保vignette能够正常运行，并提供清晰的使用说明和示例代码，以便用户能够更好地理解和使用软件包。

腾讯云相关产品和产品介绍链接地址：

腾讯云云服务器（CVM）：提供灵活可扩展的云服务器实例，满足各种计算需求。详情请参考：https://cloud.tencent.com/product/cvm
腾讯云容器服务（TKE）：基于Kubernetes的容器管理服务，帮助用户轻松构建、部署和管理容器化应用。详情请参考：https://cloud.tencent.com/product/tke
腾讯云对象存储（COS）：提供安全可靠的云端存储服务，适用于各种数据存储和传输场景。详情请参考：https://cloud.tencent.com/product/cos
腾讯云人工智能（AI）：提供丰富的人工智能服务和解决方案，包括图像识别、语音识别、自然语言处理等。详情请参考：https://cloud.tencent.com/product/ai

相关搜索:R-比较在几个DV上运行的简单回归模型 R:如何在CRAN的vignette中包含静态pdf？R中的时间序列图跳过x轴上的日期 R在Hive上的处理能力 R的hist函数在大数据集上运行非常慢 SLURM上的r作业仅在单个节点上运行了解R包是何时在CRAN上首次发布的？在Linux中，R仅在特定的CPU上运行在Mac上运行的R Studio中安装rJava和xlsx 在OSX El Capitan上运行R rJava

相关搜索:

页面内容是否对你有帮助？

有帮助

没帮助

相关·内容

AI 技术讲座精选：如何创建 R 包并将其发布在 CRAN GitHub 上？

例如，我创建的一个名为 ensembleR 的包主要依赖 caret 包以及另外一些用于运行例子和创建 vignette 的包：e1071, ipred, knitr, rmarkdown。...因此，我创建了一个名为 ensembleR 的包，你可以在 CRAN 上找到它。这个包使人们能够在 R 中创建多个模型的集成。...将包发布在 CRAN 上是最难的一步，因为为了维持 CRAN 上包的质量和稳定性，要对包进行大量的严格测试。...在发布包的过程中会用到两大平台：CRAN 和 GitHub. 6.1 在 CRAN 上发布你的包将包发布在 CRAN 上是较难的一步，因为在成功发布前要对包进行大量的严格测试。...在完成在 CRAN 上的发表后，我意识到这次发表为我带来了以下好处：我开始深深感激在 CRAN 上发布包之前进行的质量检查。

1.8K5 0

R 和 RStudio 的安装及 R Profile 的配置 & 爬取 CRAN 上的所有 R 包的名称、发布日期和标题

，事实上只要用 3.0.0 之后的版本都差距不是很大。我的电脑上的 R 的版本是 R version 3.6.2 (2019-12-12)。...）： xcode-select --install 安装一些 pkg-config 和 gdal（在终端运行）（一些 R 包的依赖）： brew install pkg-config brew install..., Built) %>% DT::datatable() 安装字体可以在知识星球上搜索字体合集找到我电脑上安装的一些字体。...一个小的练习：爬取 CRAN 上的所有 R 包的名称、发布日期和标题可以爬清华镜像源的列表：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/web/packages...://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/", x = "", y = "") 可以看到，今年截止到今天，CRAN 上一共有 15334 个 R 包，今天新发布的

3.4K4 0

在jupyter里面运行conda虚拟环境的R

在想要运行的某个conda环境下特定的R版本首先，安装jupyter conda install jupyter 打开这个环境下的R,并安装IRkernel install.packages('IRkernel...') 然后在R的命令行里激活 IRkernel::installspec() 打开jupyter，此时出现了R的选项，就可以用这个环境下的R了。...还可以通过jupyter代码框中运行.libPaths()查看是否是想要的R环境。....libPaths() Jupyter 还可以让你在同一个代码框，同时写python代码和R代码的方法——rpy2详情参考：在python中使用R—rpy2包学习欢迎关注生信编程日常~

2K2 0

ASP.NET可以在Windows Server 2008 R2 Server Core上运行

、管理、弹性，及网络等四个范畴.Server Core上新增对ASP.NET的支持.不过Windows Server 2008 R2只有64位版本了,如今64位的处理器不论在台式计算机或是服务器上都已成为业界标准...，因此微软聚焦在64位处理器上；Windows Server 2008 R2将透过Windows on Windows（WOW）功能，仿真32位及x86架构系统来支持32位的应用程序。...NET freamwork的部分功能在Server Core得到支持，包括：.NET 2/3/3.5的子集和ASP.NET。另外，PowerShell也在Server Core上可用。...IIS7在Server Core上缺少的功能仅仅是本地的管理GUI。...曾经尝试过在Server Core上安装.NET Framework,竟然不支持。等待Windows Server 2008 R2 Server Core的到来。

1.3K10 0

检查高 CPU 进程在 Linux 上运行时间的脚本

该脚本将帮助你确定高 CPU 消耗进程在 Linux 上运行了多长时间。 # vi /opt/scripts/long-running-cpu-proc.sh#!...# chmod +x /opt/scripts/long-running-cpu-proc.sh 运行此脚本时，你将获得类似以下的输出： # sh /opt/scripts/long-running-cpu-proc.sh...nautilus 24:14daygeek 6301 Web 57:40---------------------------------------------------- 2）检查高内存消耗进程在...Linux 上运行了多长时间的 Bash 脚本该脚本将帮助你确定最大的内存消耗进程在 Linux 上运行了多长时间。...# chmod +x /opt/scripts/long-running-memory-proc.sh 运行此脚本时，你将获得类似以下的输出： # sh /opt/scripts/long-running-memory-proc.sh

2.1K4 0

「R」R 基础语法与获取帮助

编程正确的打开方式是在实战中学习，在帮助文档中摸索。如果要获取关于某个函数的帮助信息，例如glm，输入： > help(glm) 或者 > ?...glm 如果想要搜索关于某个操作符的帮助信息，需要用使用反引号(`)括起来： > ?`+` 如果想要尝试帮助文件中的例子，可以使用example函数来自动运行它们。...比如，查看affy包的指南文档： > vignette("affy") 想要查看已加载的所有包中的指南文档，可以使用下面命令： > vignette(all=FALSE) 想要查看已安装的所有包的指南文档...，使用： > vignette(all=TRUE) 最后介绍一下在实战中如何去搜索和学习一个 R 包：打开浏览器，使用你自己最喜欢的搜索引擎使用 CRAN 包名（优先）或Bioconductor...包名的方式搜索一个包，如CRAN UCSCXenaTools，一般会看到类似下图的信息： ?

5211 1

R医学科研：R语言简介

R 语言在统计作图方面有独特优势，目前已成为许多数据科学团队最常用的语言之一。本章简要介绍 R 语言的基础知识，让读者能够开启 R 语言的学习，首先要做的是准备工作环境。...1.1 R 的安装进入CRAN 官方网站，选择对应平台的版本。...运行脚本： Ctrl + Enter，没有选定行时，执行光标所在的一行； Ctrl + Enter，有选定的行时，执行选定的行； Ctrl + Shift + S，运行整个脚本。...所有运行过的命令都被保存到一个名为“.Rhistory”的文件中，所有对象被保存到名为“.Rdata”的文件中。当 R 重新启动后，将自动恢复上一次保存的工作环境以及使用过的命令。...mode=“function”) 列出名称中含有foo的所有可用函数 data() 列出当前已加载包中所含的所有可用示例数据集 vignette() 列出当前已安装包中所有可用的vignette文档 vignette

8092 0

R 在 Linux 等操作系统上的特定版本安装

因此，本文以 Ubuntu 为例分享一下 R 在 Linux 等操作系统上的特定版本安装和 rstudio-server 中 R 版本的切换。...事实上 rserver.conf 配置文件控制 Workbench 的 rserver 进程的行为，用来调整身份认证、HTTP 和授权选项等设置8。...-O https://cran.rstudio.com/src/base/R-4/R-${R_VERSION}.tar.gztar -xzvf R-${R_VERSION}.tar.gzcd R-${.../bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"sudo apt install --no-install-recommends r-baseWin各种版本的...语言包、以及多环境运行 R_r 官网怎么找旧版本的 r-CSDN 博客20.04 - How to install specific R version in ubuntu - Ask UbuntuPosit

7771 0

【学习】《R实战》读书笔记（第一章）

第一章 R简介本章概要 1安装Ｒ２理解Ｒ语言３运行Ｒ程序本章所介绍的内容概括如下。一个典型的数据分析步骤如图1所示。...4）R是一个能够进行交互式数据分析和探索的平台。 5）R是一个以容易且直观的方式编写统计方法的无与伦比的平台。 6）R实现了很多高级统计方法。 7）R可以在多个系统上运行。...你可以在命令提示符（>）每次输入一条命令或者在一个源文件中写好所有命令集。 R的赋值符号是”<-“。...() 方法九：vignette(“foo”) R 工作空间是R当前工作环境和用户定义的所有对象。...CMD BATCH options infile outfile 结果重用 f分析的结果可以保存，并作为下一次的输入。

7698 0

「Workshop」第六期：R 包开发

这里汇总的信息和视频解读推荐每个想要进阶和学习 R 包开发的读者看一看，是我两年开发经验的一个总结。...R 包的开发目前是前所未有的简单，但大部分 R 用户不了解，无从下手，希望这篇文章可以为大家减少一些拦路虎（下方有二维码可以直达视频）。...() 代码覆盖度 - usethis::use_coverage() 提交CRAN/Bioconductor devtools::check() rhub::check_for_cran() 这个包提供的测试功能比较丰富...先测试好再提交 devtools::submit_cran() Bioconductor没提交过，官网有说明，照着做。...总结一下要点：掌握 R 包结构掌握 usethis 、devtools包编写简约有效的函数代码处理好 devtools::check() 显示的 NOTE/WARNING/ERROR 逐步学习写示例

8273 0

BiocManager安装R包失败——Bioconductor version cannot be validated

See #troubleshooting section in vignette 2....解决方案在安装前运行一句代码： options(BIOCONDUCTOR_ONLINE_VERSION_DIAGNOSIS=TRUE) 这个是设置了：让Bioconductor通过联网去验证版本。...R软件其实有一个配置文件，以我的电脑为例： R版本：4.2.1 R的安装地址：C:\Program Files\R\R-4.2.1 这样的话，其对应的配置文件地址就在：C:\Program Files\...R\R-4.2.1\etc\Rprofile.site 我们用记事本打开这个文件，然后在文件最后添加以下代码： ## 设置镜像 local({r <- getOption("repos") r...，这些代码就会自动运行一次，我们就可以愉快的安装R包了。

8.6K2 1

SAS or R：谁更适合你？（四）

对于商业化的软件SAS来说，其帮助文档都是SAS Inc.一家写的，而R则依靠CRAN上的许多包作者共同提供帮助文档。...然而R就不一样了，虽然有CRAN，但是每个包的manual感觉都没“说透”，特别是最后的例子，槽点不能更多，和SAS比起来，简直称得上简陋。...当你不知道要选哪个包时候，果断选vignette最多的以及托管在github上的 ” 其实，大猫写这段的目的不是比较两种语言的support孰优孰劣，而是告诉大家在选择语言的时候，一定要选择well supported...对于R而言，就是那些vignette了，一般使用广泛的R包都拥有不止一篇的vignette，甚至还拥有自己的网站。...所以当你不知道要选哪个包时候，果断选vignette最多的以及托管在github上的，这至少说明这个包还拥有旺盛的生命力，许多人在用他。

7683 0

Nteract:可以在桌面运行的Jupyter笔记本（安装R+Julia+Python）

事实上，还有很多的平台包可以使用因为我们要打造一个多样的内核空间，这里再加一个R语言 https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download...这里的话，R-stdio也安装一下 https://cran.r-project.org/bin/windows/base/ R的执行文件如果你安装完成以后就是这样的点运行，我们默认可以看到是启动了...日志 IRkernel::installspec() 执行 IRkernel::installspec(user = FALSE) 执行在R里面运行一下这两条命令在CMD里面运行一下笔记本...netacr里面打开一下，运行环境有R了已经配置好了就是这样的这里安装Julia的内核： using Pkg Pkg.add("IJulia") https://github.com/jupyter.../jupyter/wiki/Jupyter-kernels 在安装的中间，可以看看jupyter支持的计算内核当然Python也是可以玩耍的 using IJulia IJulia.installkernel

1.8K2 0

在自己的数据集上训练TensorFlow更快的R-CNN对象检测模型

看一下数据集的“运行状况检查 ”： https://public.roboflow.ai/object-detection/bccd/health 可以清楚地看到数据集中存在大量的类不平衡。...当检查对象（细胞和血小板）在图像中的分布方式时，看到红血球遍布各处，血小板有些散布在边缘，白血球聚集在图像中间。...更快的R-CNN是TensorFlow对象检测API默认提供的许多模型架构之一，其中包括预先训练的权重。这意味着将能够启动在COCO（上下文中的公共对象）上训练的模型并将其适应用例。...在笔记本中，其余单元格将介绍如何加载创建的已保存，训练有素的模型，并在刚刚上传的图像上运行它们。对于BCCD，输出如下所示：模型在10,000个纪元后表现不错！...例如是要在移动应用程序中，通过远程服务器还是在Raspberry Pi上运行模型？模型的使用方式决定了保存和转换其格式的最佳方法。

3.5K2 0

62-R工具指南-18-用pacman管理你的R包

参考：https://www.jianshu.com/p/cb16ded75672[1] 在linux 中我们有conda，python 中有pip，而不同的系统中也提供了多种多样的包管理工具。...R base包虽然提供了library 相关的函数以支持相关的管理操作，但有些时候依旧不是很方便。这时候就祭出pacman 包啦。比起library 来说，会方便很多。...package_dependencies & dependsOnPkgs 包依赖或反向依赖 p_exists available.packages & list.files + .libPaths 检查包是否存在于本地或者是...CRAN p_functions loadNamespace + getNamespaceExports 包函数 p_help help HTML/PDF Manuals查看 p_information...包版本 p_vignette browseVignettes 包 Vignettes查看参考资料 [1]https://www.jianshu.com/p/cb16ded75672: https:

5423 0

EasyDSS 在 Linux 运行 start.sh 失败且提示有r存在的排查及优化

我们常见的视频流接入协议包括RTSP协议、RTMP协议、GB28181协议三种，针对这三种协议，TSINGSEE青犀视频研发了不同的视频解决方案，其中EasyDSS是支持推流协议RTMP接入的平台，它与其他平台不同的点在于...EasyDSS也具备双系统的版本，近期我们测试在Linux脚下运行start.sh 失败，失败信息提示有/r存在，但缺乏文件或者目录。...有/r证明该文档是在Windows操作系统下生成的，因此出现问题。在Windows系统下，/r/n才是回车键，在其他操作系统下/n代表回车键。...这个问题当中我们需要把所有的/r都去除掉，运行以下命令，去除所有的 \r 即可： sed -i 's/\r//' start.sh 修改完毕后，可以正常运行。

7521 0

R语言ggplot2画热图的时候在色块上添加文本

今天的推文没有详细介绍代码，代码的介绍会以视频形式放到B站，欢迎大家关注我的B站小明的数据分析笔记本 https://space.bilibili.com/355787260 image.png 首先是示例数据的格式...画热图的数据 image.png 用来添加文本的数据 image.png 如果还有其他文本需要添加，可以再准备一份数据 image.png 加载需要用到的R包 library(ggplot2...) library(tidyverse) #install.packages("see") library(see) ggplot2 是用来作图的 tidyverse 是用来做数据整理的 see 这个包里有很多配色函数...小明的数据分析笔记本小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记...今天推文的示例数据和代码可以在后台留言20211007获取

1.8K1 0

冲击图(alluvial diagram)是流程图

软件源代码位于Github: https://github.com/corybrunson/ggalluvial CRNA官方演示教程: https://cran.r-project.org/web/packages.../ggalluvial/vignettes/ggalluvial.html 安装以下三种方装方式，三选1：显示帮助文档使用vignette查看演示教程接下来我们的演示均基于此官方演示教程，我的主要贡献是翻译与代码注释...长表格数据主要列说明： x, 主要的分类，即X轴上每个柱 stratum, 主要分类中的分组 alluvium, 连接图的索引 5....R package version 0.5.0. https://CRAN.R-project.org/package=ggalluvial https://en.wikipedia.org/wiki/...ggalluvial包源码：http://corybrunson.github.io/ggalluvial/index.html 官方示例 Alluvial Diagrams in ggplot2 https://cran.r-project.org

3.1K0 0

假如你不喜欢最新版的Seurat包的单细胞理念

毫无疑问，Seurat流程是目前单细胞转录组数据分析的主流，但是我们在过去的五年都熟悉了它的V4版本的代码架构，在R语言的cran官网可以看到其历史更新情况： https://cran.r-project.org...") library(Seurat) 这个SeuratObject 是Seurat的底层，所以必须一起弄： https://cran.r-project.org/web/packages/SeuratObject.../index.html https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/SeuratObject/ 而且可以看到都是V4版本，都是它的旧版本 [ ] SeuratObject...”) 如果你有rstudio软件，也可以在界面自己操作鼠标去卸载两个包。.../seurat/articles/de_vignette 实际上，我之前也分享了：单细胞层面的表达量差异分析到底如何做，提到了pseudobulks方法，而且给出来了多种代码实现方式，详见：单细胞差异分析之

2.3K2 1

「R」Pacman：你的 R 包管家

的感觉。 pacman包是一个整合了基础包library相关函数的包，用于更方便地对R包进行管理。该包可以添加到.Rprofile以便于显式地指定该包的函数，增加工作效率。...p_install(dbConnect, qdap, reports) 从Github安装和载入包 pacman提供了从Github上安装和载入包的函数，其实就是基于devtools包的函数： Note...（不是删除），但基本的R包不能被卸载（R启动就用到的包）。...，下面可以返回所有包： p_loaded(all = TRUE) 检查包： p_loaded(base, MASS) base MASS TRUE FALSE p_isloaded(methods...包版本 p_vignette browseVignettes 包 Vignettes查看内容有点多，想全部学习的，查看 http://trinker.github.io/pacman/vignettes

1.3K3 0

点击加载更多

扫码

添加站长进交流群

领取专属 10元无门槛券

手把手带您无忧上云

扫码加入开发者社群

相关资讯

热门标签

活动推荐

运营活动

活动名称

广告关闭