首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

pheatmap带你轻松绘制聚类相关性热图

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友询问如何使用「pheatmap」绘制相关性热图,小编之前已经写过各种ggplot2风格热图,但是对于pheatmap却是很少涉及,这一节就来介绍一下「pheatmap...("thomasp85/scico") library(scico) 导入数据 # 读取环境数据文件并存储到env变量,使用tab作为分隔符,第一作为行名,不检查列名合法性 env <- read.delim...tab作为分隔符,第一作为行名,不检查列名合法性 genus % column_to_rownames(var = "env") # 将显著性符号矩阵转换为宽格式,行名为环境变量...,列名为物种,值为显著性符号 pvalue % select(1, 2, 5) %>% pivot_wider(names_from = "genus", values_from

88430

基础知识 | 踏实做事,不要偷懒,之前偷懒,以后都是要补回来

01 表格之间处理 上一篇文章推出【R语言】基础知识 | 为了偷懒,我不择手段!,想了想,人还是踏实一点比较好,别老想着走捷径,不然有一天会摔很惨,咱还?️...把基础打扎实~ data1文件夹中有4个表格,表格存在合并单元格,这种情况该如何合并表格呢?...lxl=lxl %>% pivot_wider(names_from = 区域, values_from = 奖励金额, values_fill = 0) names_from: 指定列名来自哪个变量...values_from: 指定“值”来自哪个变量。 values_fill = 0表示若变宽后单元格值缺失,设置用何值填充。...=TRUE) #查看运行结果: 如何将去掉奖励金额“0”所在行?

95810
您找到你想要的搜索结果了吗?
是的
没有找到

R」表格可视化 10+ 指南【正式篇】

修改后例子 在下面的修改例子,我们将表头与内容分开,将数据汇总与单个数据记录分析,并强调有可能会忽略。...image-20201104210208623 另外,请注意 pivot_wider() 也可以改进这个表展示,减少 Crop 和 Top Crop 重复。...image-20201104210344824 规则 6:用行和之间空间引导读者 虽然间隔是一门艺术,但想想你该如何引导读者。你想让它容易地水平或垂直移动阅读取决于表目的。...image-20201104210408450 规则 7:移除单元重复 这里目标是消除重复单元,以提高可读性和增加表信噪比。对于我们示例,我们将在第一次出现之后删除 % 号。...我们可以使用 gt::text_transform() 来保存我们数据所有观察结果,但不在 gt 表显示国家重复

1.2K20

R&Python Data Science 系列:数据处理(4)长宽格式数据转换

0 前言 在数据分析过程,不同软件通常对数据格式有一定要求,例如R语言中希望导入数据最好是长格式数据而不是宽格式数据,而SPSS软件经常使用宽格式数据。...平时数据分析时候,无法保证导入数据一定是什么格式,因此需要了解长宽格式数据之间如何相互转换。 1 何为长宽格式数据 ?...Pythonpivot()、pivot_table()和melt位于pandas库,pivot_table()是数据透视函数,会对操作对象进行处理,故操作对象不能是字符串型,下面举例中会特别说明;spread...参数columns是长格式数据key键对应列名;参数values是长格式数据value对应。...参数names_from对应长格式数据key键对应values_from对应长格式数据value值对应

2.4K11

R数据科学整洁之道:使用tidyr进行长宽数据转换

整洁数据(tidy data)是指如下图这样数据表: 在表: 每个变量都拥有自己 每个观察/样本都拥有自己行 数据这样组织有两个明显好处:既方便以向量形式访问每一个变量,也方便变量之间进行向量化运算...在实际工作,存在长、宽两种数据格式,宽数据是每个样本信息在表只占一行,而长数据每个样本信息在表占据多行。 本文简单介绍一下通过tidyr包进行长、宽数据格式转换。...tidyrpivot_wider与pivot_longer操作正好相反,可以将长数据转换为宽数据。...以上一步得到长数据tb_long为例,我们将它还原成宽数据格式: tb_wide_new = pivot_wider(tb_long, names_from = 'year', values_from...最后总结 tidyr包最重要两个函数是: pivot_longer,将宽数据转换为长数据,就是将很多变成两pivot_wider,将长数据转换为宽数据,就是将两变成很多

2.9K30

R语言把otu表格绝对丰度转换为相对丰度

otu表格格式是每行是一个微生物,每是一个样本,如下截图 image.png 相对丰度就是 在这个样本微生物绝对丰度除以这个样本中所有微生物绝度丰度和 用R语言tidyverse包来实现,代码...% group_by(name) %>% mutate(total=sum(value)) %>% mutate(relative_abun=value/total) %>% pivot_wider...(id_cols=c("otuID"),names_from = name,values_from = relative_abun) new.df 基本思路是:先把otu表格宽格式转换成长格式,然后根据样本分组求和...,生成一个新,然后用绝对丰度值除以求和得到相对丰度,最后再转换为长格式 导出excel rio::export(new.df,file = "D:/R_4_1_0_working_directory.../env001/2024.data/20240609/example_otu_relativeAbun.xlsx") 这里需要用到R包 rio 如果之前没有用过需要单独安装一下

9810

R」针对重复ID处理

重复,特别是针对一些样本名称重复问题处理,是我在进行生信分析时经常遇到。一种常见解决策略是先找到重复之处,然后去重。但如果我们想要保留全部重复ID呢?...一个简单例子 生成一个非常简单重复序列: r$> data = c("a", "b", "c", "d", "a")...[1] "b" "c" "d" 如何保留信息又能看出重复...解决思路是对重复ID添加标记,可以是前缀或者后缀,这样既能视觉上识别,也能够通过编程手段识别或者后续对前后缀裁剪。后缀才容易操作,更为推荐。...如果我们仅想要标记出第二次及以后出现ID,这样能保留大部分数据不做改动,怎么操作呢? R自带了make.unique()解决这个问题!

1.6K10

R重复值、缺失值及空格值处理

1、R重复处理 unique函数作用:把数据结构,行相同数据去除。...<- unique(data) 重复处理函数:unique,用于清洗数据重复值。...“dplyr”包distinct() 函数更强大: distinct(df,V1,V2) 根据V1和V2两个条件来进行去重 unique()是对整个数据框进行去重,而distinct()可以针对某些进行去重...2、R缺失值处理 缺失值产生 ①有些信息暂时无法获取 ②有些信息被遗漏或者错误处理了 缺失值处理方式 ①数据补齐(例如用平均值填充) ②删除对应缺失值(如果数据量少时候慎用) ③不处理 na.omit...<- na.omit(data) 3、R中空格值处理 trim函数作用:用于清除字符型数据前后空格。

7.9K100

如何优化Golang重复错误处理

Golang 错误处理最让人头疼问题就是代码里充斥着「if err != nil」,它们破坏了代码可读性,本文收集了几个例子,让大家明白如何优化此类问题。...实际上真正源头是它们参数 io.Writer,因为直接调用 io.Writer Writer 方法的话,方法签名中有返回值 error,所以每一步 fmt.Fprint 和 io.Copy 操作都不得不进行重复错误处理...不再有重复错误判断,只需要在最后检查一下 error 即可。...通过对以上几个例子分析,我们可以得出优化重复错误处理大概套路:通过创建新类型来封装原本干脏活累活旧类型,同时在新类型中封装 error,新旧类型方法签名可以保持兼容,也可以不兼容,这个不是关键...来完成错误处理

2.1K20

Android如何优雅处理重复点击实例代码

比如在客户端,一些按钮一般是需要避免重复点击,比如:购买丶支付丶确定丶提交丶点赞丶收藏等等场景,这些场景短时间内重复点击会引发一些问题....只能写成内部类方式-由于单继承特性,我们只能内部类回调,代码不美观 优雅处理方式 重复点击问题其实是如何动态控制原有的点击事件是否产生,而不是在原有的点击事件上增强功能;结合设计模式可以知道,代理模式可以很好处理这种问题...= null) mIAgain.onAgain(); } } public interface IAgain { void onAgain();//重复点击 } } 如何处理第三方View...内部点击事件 可能我们使用一个自定义控件,他内部已经消费了点击事件,但是需要避免重复点击,我们不可能去改内部代码,也不能重新设置点击事件,那样会丢失内部处理逻辑;这时可以采用反射处理方式,再结合代理来实现无缝替换...,在设置点击事件后,都可以通过设置该过滤器来处理重复点击(包括butterknife等注解绑定点击事件) 最后 Ok.以上就是讨论如何优雅处理重复点击全部内容,希望本文内容对大家学习或者工作具有一定参考学习价值

1.5K20

跟着PNAS学画图:R语言ggplot2分组添加拟合曲线

今天推文重复内容是论文中Figure1A image.png 分组折线图 用到数据集是链接里dat文件夹下 df4qx.rda文件, 首选是导入数据 load("data/df4qx.rda...df4qx) image.png 这个是一个长格式数据,把它转变成宽格式 #install.packages("tidyverse") library(tidyverse) df4qx %>% pivot_wider...(names_from = sex,values_from = qx) %>% head() image.png 这一步是为了方便计算不同年龄男女死亡率比例 ggplot2作图 df4qx...%>% pivot_wider(names_from = sex,values_from = qx) -> dftemp 最基本图 library(ggplot2) dftemp %>%...小明数据分析笔记本 今天推文示例数据和代码可以在公众号后台留言 20210829 获取 (精确匹配开头结尾都不能有空格) 小明数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化简单小例子

2.2K30

使用VBA删除工作表多重复

标签:VBA 自Excel 2010发布以来,已经具备删除工作表重复功能,如下图1所示,即功能区“数据”选项卡“数据工具——删除重复值”。...图1 使用VBA,可以自动执行这样操作,删除工作表所有数据重复行,或者指定重复行。 下面的Excel VBA代码,用于删除特定工作表所有所有重复行。...如果只想删除指定(例如第1、2、3重复项,那么可以使用下面的代码: Sub DeDupeColSpecific() Cells.RemoveDuplicates Columns:=Array...(1, 2, 3), Header:=xlYes End Sub 可以修改代码中代表列数字,以删除你想要重复行。...注:本文学习整理自thesmallman.com,略有修改,供有兴趣朋友参考。

11.1K30
领券