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通过R里面的reticulate包桥接使用Windows的conda

在Windows操作系统使用conda，大家很容易陷入一个可视化界面的误区，就是安装了Anaconda这个exe格式的界面软件。...latest-Linux-x86_64.sh # 接下来使用bash命令来运行我们下载的文件，记得是一路yes下去 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # 安装成功后需要更新系统环境变量文件...所以这里，我们推荐通过R里面的reticulate包桥接使用Windows的conda： reticulate的官方文档：https://rstudio.github.io/reticulate/articles...conda_install("scMLnet", "matplotlib") conda_install("scMLnet", "Networkx") 其中，安装scipy的时候，就附带安装了大量相关包：...######## | 100% m2w64-gmp-6.1.0 | 726 KB | ########## | 100% 而，安装matplotlib时候，也是附带安装了大量相关包：

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    使用R包判定CRC稳定的分子亚型（附-中大六院博士后招聘）

    首先看CMScaller这个R包 文章，November 2017 提出的R包CMScaller，虽然其发表的杂志不怎么样。...CMScaller: an R package for consensus molecular subtyping of colorectal cancer pre-clinical models...在中国香港城市大学和美国康奈尔大学的联合项目中取得肿瘤学博士学位，经中山大学百人计划引进，现任中山大学附属第六医院副研究员，为icgc-argo结直肠癌项目核心成员，团队拥有病人队列全周期的高通量组学、数字病理...annals of surgery等发表sci论文17篇（2018-2019，总影响因子 > 130分），其中第一作者及通讯作者（含共同贡献）13篇（总影响因子> 90分），并开发多个生物信息学分析软件包deepcc...scholar：http://1t.click/bpvh research gate：https://www.researchgate.net/profile/feng_gao103 高峰课题组正在招聘博士后名额若干

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    Mac系统R语言升级后无法加载包报错 package or namespace load failed in dyn.load

    p=16691 问题重现： 我需要安装R软件包stochvol，该软件包 仅适用于3.6.0版的R。因此，我安装了R（3.6.0 版本），并使用打开它 RStudio。...但是现在  ，即使我成功 使用来 安装软件包，也无法加载任何库 。具体来说，我需要加载的库是stochvol  ，Rcpp和 caret。我尝试重新安装 R， 但仍然无法正常工作。.../Versions/3.6/Resources/lib/libc++.1.dylib 加载后报错：  使用Rcpp 成功安装软件包 后 install.packages("Rcpp") ，尝试时我仍然收到上面的消息...（在升级之前，一切正常，除了我无法安装 quadprog，所以也无法安装 forecast 软件包）。  解决方案： 我了解到，升级到的新版本后，您需要重新编译旧软件包 R。...---- 最受欢迎的见解 1.如何解决线性混合模型中畸形拟合(SINGULAR FIT)的问题 2.在UBUNTU虚拟机上安装R软件包 3.WINDOWS中用命令行执行R语言命令 4.R语言GGSURVPLOT

    3.7K00

    R包系列——stringr包

    stringr包是Hadley Wickham大神贡献的R包之一，主要用于字符串的处理。对于经常需要对数据进行预处理的分析人员来说，简直是一把“利器”，可谓是上能屠龙，下能剔牙。...其用法相比于R自带的函数，更加简单明了。stringr包在我工作中，是属于频繁使用的R包之一。简单的用法也是深入我心，强烈推荐使用该包进行字符串的预处理。...#根路径wd 去空格 场景：在Excel中，使用查找筛选时，字符串后面的空格往往对结果无影响，但是在R中，却会出问题，所以在匹配之前，先将空格删除。...多用于新建列 #检测df df$b df a b1 1 数字2 2 数字3 3 数字4 a 非数字5 b 非数字6 c 非数字 以上是本人较常用的stringr包函数，可以发现该包的语法简洁...熟练掌握后，对文本的预处理简直无往不利，如丝般顺滑。该包不仅仅只有以上几个函数，还有其他函数，只是工作中较少用到，所以未列举出来。可见stringr包确实强大，提供了一整套字符串的处理方案。

    2.4K60

    ubuntu16.04在英文状态下安装中文语言包的过程(法一：图形界面的方式) 以及 安装中文语言包后无法选择汉语问题的解决

    1、笔记本安装的ubuntu是桌面的，安装语言包非常方便，桌面版本选择 齿轮 --> System --> System Settings... --> Language Support 再选择中文语言包安装...3、安装Ubuntu语言包过程中可能要输入密码，输入后确定即可。如下图所示： ? 4、安装完中文语言包后，虽然里面有了汉语(中国)，但是是灰色的。会发现安装的语言包后无法选择汉语。如下图所示： ?...6、安装Ubuntu语言包过程中可能要输入密码，输入后确定即可。如下图所示： ? 7、稍等片刻即可。若等待时间比较长，请退出并重启系统即可。 　 ...8、更改完毕后，重启即可。 　　整个安装过程的几点说明： 　　　　1.Ubuntu设置中文语言后，需要关闭ubuntu，重启打开之后才会生效为中文。 　　　　...2.安装Ubuntu中文语言包过程中可能要输入密码，输入后确定即可。 　　　　3.由于第四步操作需要下载中文语言包，因此安装Ubuntu语言必须联网。

    4.9K10

    在Python里面如何达到R的gplots包的balloonplot函数对table后的列联表的可视化效果

    在 R 编程语言中，使用 table() 函数可以创建列联表（contingency table），也称为频数表或交叉表。列联表用于显示两个或多个分类变量之间的关系，它显示了每个组合的计数（频数）。...我们做单细胞转录组数据分析的时候尤其是喜欢使用这个函数，比如我们的多个样品整合后细分到亚群，然后在R的gplots包的balloonplot函数对table后的列联表的可视化效果如下所示： R的gplots...包的balloonplot函数对table后的列联表的可视化效果 从上面的列联表可以看到06的这个样品其实是有点惨淡，它整体就细胞数量偏少。...当然了，上面的是绝对数量的展现，也可以展现细胞比例，那个是后话。...目前学员们感兴趣的如何在Python编程语言里面实现这个过程，首先是需要把R里面的数据导出来： load('phe.Rdata') colnames(phe) write.csv(phe[,c(1,16

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    数字视觉艺术Cinema 4D R25三维建模和动画设计！+全版本安装包

    该软件集成了多种高级的功能和工具，为用户提供全方位的数字化创新解决方案。...软件全版本安装包获取指南：zyku666.com一、Cinema 4D R25的软件介绍Cinema 4D R25是一款基于计算机图形学（CG）技术的三维建模和动画设计软件，适用于电影、游戏、广告、建筑等不同领域的数字化应用需求...二、Cinema 4D R25的软件优势多平台兼容：Cinema 4D R25支持Windows、MacOS等多个平台，并且与其他数字化制作软件（如After Effects等）间的兼容性非常好，可以直接将制作好的三维素材导入到其他软件中...多样化的应用领域：Cinema 4D R25适用于电影、游戏、广告、建筑等不同领域的数字化应用需求，具有很好的灵活性和可扩展性。...四、Cinema 4D R25的功能说明先进的模型构建：Cinema 4D R25支持多种先进的模型构建工具，如体积建模、实时折叠、布料物理仿真等。

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    练习题二下

    1.2.1 --level 在--level后加数字指定运行级别 on 开 off 关 [root@znix ~]# chkconfig --level 3  iptables on [root@znix.../etc/ 筐（压缩包的名字） 要压缩的文件 [root@znix ~]# ls -lh /tmp/etc.tar.gz -rw-r--r-- 1 root root 9.3M Aug 25 09...services" etc/init/readahead-disable-services.conf 1.3.5 压缩时的提示 Removing leading `/' from member names 把压缩包中的文件最前面的斜线删除...压缩包里的内容 绝对路径>>>相对路径 原因： 解压的时候会按照压缩包内的路径进行解压，从根目录打包会覆盖其他文件 系统解决办法： 出于安全的考虑，把绝对路径前面的'/'去掉，变成相对路径 1.3.6.../tmp/etcbak.tar.gz etc/ [root@znix /]# ll /tmp/etcbak.tar.gz -rw-r--r-- 1 root root 9733401 Aug 25

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    《Kotin 极简教程》第8章 函数式编程（FP）(2)

    我们也可以直接把一段代码丢到 {}中，这就是闭包。 在前面的章节中，其实我们已经涉及到一些关于函数的地方，我们将在这里系统地学习一下Kotlin的函数式编程。...参数用逗号隔开。每个参数必须显式指定其类型。...例如Iterable的map函数： public inline fun R> Iterable.map(transform: (T) -> R): ListR> { return...J = 20 8.2.13 带接收者的函数字面值 Kotlin 提供了使用指定的 接收者对象 调用函数字面值的功能。 使用匿名函数的语法，我们可以直接指定函数字面值的接收者类型。...例如，使用 map() 和 filter() 函数可以流畅地操纵数据，具体的函数的使用以及示例我们已经在 集合类 章节中介绍。

    1.8K20

    2022年6月_生信入门班_微信群答疑笔记

    建议卸载重装C盘 Q5：请问这代码没有视频里说的KEGG呢 现在更新，不需要了 Q6：请问这个warning是不是只是说明我的R版本老，但其实是包安好了 包确实是装好了 Q7：我之前的R是4.0.5...数据框取子集，不写逗号只写数字[n]时，默认是取第n列，并且保留数据框这个数据结构 Q7：读取csv的时候，如果csv文件含有两个sheet，用test=read.csv得到数据框后，怎么分别提取两张sheet...不用把一个R包里所有函数都学一遍 Q10：老师我这样提取怎么会找不到列呀？ 是因为你取子集的方式有问题。中括号里不加逗号，是取列。...但是你的代码是取行的，只需要在把你的代码放在[ ,]这个逗号左边就没问题了 Q11：老师，在开始的R包安装教程中，复制了写的代码，结果发现安装不了GSEABase，GSVA和clusterProfiler...Q29：请问，排序出现这种情况怎么办 你的数据不是数字，因此R没有按照数字处理，你可以先把它拆成两列，再按照数字排序。

    1.9K30

    The Journal of Neuroscience: 珠心算训练有助于提高儿童的视觉空间工作记忆

    《本文同步发布于“脑之说”微信公众号，欢迎搜索关注~~》 珠心算是指个体在熟练进行珠算操作后，可摆脱实际算盘，借助大脑中虚拟算盘进行数字计算的方式（图1）。...中介变量选自与计算和视觉空间工作记忆均显著相关的激活脑区。中介效应的显著性由基于SPSS的PROCESS软件包进行评估。该分析方法可生成一个Bootstrap置信区间。...3.中介效应 珠心算组儿童右侧额中回的激活强度与心算水平（r = 0.501，p = 0.008）和视觉空间3-back正确率均显著相关（r = 0.522，p = 0.005）。...在控制年龄、性别、智商和头动后，该关系依然存在（与心算水平：r = 0.520，p = 0.009；与视觉空间3-back正确率：r = 0.638，p = 0.001）。对照组未发现该相关关系。...此外，右侧额中回的激活水平对数学计算能力和视觉空间工作记忆的相关关系存在显著的中介效应。本研究结果为儿童工作记忆可塑性方面的理论提供了新的研究思路。

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    文件操作

    在 R 中分析文件一般是文件文件，通常是以逗号分隔的 csv 文件，如果数据本身包含逗号，就需要使用制表符 tab 分隔的文件。...一、文件类型 1、csv 逗号分隔值（Comma-Separated Values，CSV，有时也称为字符分隔值，因为分隔字符也可以不是逗号），其文件以纯文本形式存储表格数据（数字和文本）...纯文本意味着该文件是一个字符序列，不含必须像二进制数字那样被解读的数据。...4、row.names：后面接数字，指定哪一列作为行名，默认是 0，通常可以设置为 1。...方法二：readr，xlsx，openxlsx 等包 R 中有大量可以读写 Excel 电子表格的包，使用方法与 read.table()函数类似，只需注意Excel 的电子表格分为工作簿与工作表

    2.7K10

    不要简单的相信作者提供的表达量矩阵

    数据处理：需要使用专门的软件（如Affymetrix Power Tools, dChip, or R/Bioconductor的affy包）来读取.CEL文件，并进行标准化和背景校正。...数据处理：需要使用Illumina自己的软件（如GenomeStudio）或其他第三方工具（如R/Bioconductor的illuminaio包）来处理.idat文件，提取表达量数据，并进行标准化。...数据处理：可以使用Agilent自己的软件（如Feature Extraction Software）或R/Bioconductor的limma包等工具来处理这些文件。...正常情况下，我们的表达量芯片得出来的矩阵里面的数字范围应该是0到15直接，大部分在5到8附近。...，逗号后为列 pd = pData(a) head(pd) 学徒作业 完成这个GSE13904数据集的脓毒症和正常对照，这两个分组的样品，的差异分析，基于作者矩阵，以及基于cel文件的矩阵，做两次差异分析后对比一下结果

    11810

    数据分析必备：掌握这个R语言基础包1%的功能让你事半功倍！（附代码）

    本文介绍了utils包在R语言基础的用途。 [ 导读 ]无论数据分析的目的是什么，将数据导入R中的过程都是不可或缺的。毕竟巧妇难为无米之炊。utils包是R语言的基础包之一。...这个包最重要的任务其实并不是进行数据导入，而是为编程和开发R包提供非常实用的工具函数。...使用utils包来进行数据导入和初步的数据探索也许仅仅只是利用了utils包不到1%的功能，但这1%却足以让你在学习R语言时事半功倍。 ?...数据文件被读取到R工作环境中的第一步通常为调用str函数来对该数据对象进行初步检视，下面的代码列出了该函数最简单的使用方式。...如果遇到以非逗号分隔数据值的情况，加之未指定分隔符（例如，运行read.csv读取以Tab分隔的文件），就会出现下面的情况： > flights1 <- read.csv(file = "flights1

    3.4K10

    Python下字符串指定多个分隔符分割

    之前在文章Python数据类型之字符串中介绍了split等分割字符串的方法，但是你会发现只能指定一个分隔符，那在Python下指定多个分隔符像AWK命令那样来分割字符串应该怎么做呢？...info = "My host ip address is 10.0.1.10, hwaddress is 52:54:00:B7:7A:0A" >>> import re >>> re.split(r'...比如，在上面的例子中，分隔符可以是点，逗号，分号或者是空格，并且后面紧跟着任意个的空格。 只要这个模式被找到，那么匹配的分隔符两边的实体都会被当成是结果中的元素返回。...比如，观察一下这段代码运行后的结果： >>> string = re.split(r'(;|,|\s)\s*', info) >>> string ['My', ' ', 'host', ' ', 'ip...:...), 比如： >>> line = 'asdf fjdk; afed, fjek,asdf, foo' >>> re.split(r'(?

    4.2K20

    错行乱行文本处理方法正则及命令

    具体来说，它执行以下操作： s/\r$//: 这是一个替换命令，它使用正则表达式匹配行尾的回车符 (\r)。 $: 表示行尾。 \r: 表示回车符。...具体解释如下： s/,/,"/2: 这是一个替换命令，使用正则表达式匹配每行的第二个逗号（,），并将其替换为逗号后紧跟着,"。 t3.csv: 输入文件的名称。...这个命令的效果是在每行的第二个逗号后插入 ,"。请确保在执行命令之前备份文件，以免不可逆的更改。...\n\1,: \n 表示换行符，\1 表示匹配到的内容（17位数字或15位数字），, 表示替换后插入逗号。 g: 表示全局替换，即一行中所有匹配的都会被替换。...,: 逗号是匹配的目标。 \([0-9]\{8\}\): 这是一个分组，匹配8位数字。 \1\n: \1 表示匹配到的内容（逗号后的8位数字），\n 表示换行符。

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    C语言字符串相关函数使用示例 strtok_r strstr strtok atoi

    ";//一个字符串，第一个逗号前的字符串设定为某个命令，后面的是参数 假设某种应用场景，接收到一串字符串，如上面的str[] = "led,100,0,80,15"，以逗号为分割，假设该字符串的第一个字符串...led表示一种指令，如打开led，后面的数字表示参数，如不同led的亮度值。...我们将上面问题中的str作为原始字符串传入，分隔符选用逗号，切分后的保存在上面定义的paras变量中，返回值保存在上面定义的cmd变量中: char *cmd;//表示命令 char *paras;//...strtok 确定了指令字符串的有效性，接下来就要切分后面的参数了，实际上我们还可以继续使用strtok_r方法，不过，我们可以使用另一个类似的函数strtok，它少一个用来保存切分后字符串的参数，其函数定义如下...，后面的是参数 char *cmd;//表示命令 char *paras;//表示命令后的参数 printf("str=%s\r\n", str); //strtok_r

    1.5K41

    【视频讲解】偏最小二乘结构方程模型PLS-SEM分析白茶产业数字化对共同富裕的影响|附代码数据

    通过精心设计的问卷，我们收集了关于安吉白茶产业数字化程度、农户收入、就业情况等方面的数据，为后续的模型分析提供了坚实的基础。...当结构模型中加入了氛围感知变量后，共同富裕水平的被解释R2值增加到0.774，表明模型对于共同富裕的解释能力在中等至较大之间，模型解释力较好其次，数字化水平对于氛围感知的回归系数为0.703，p 值远小于...在您给出的案例中，氛围感知变量被视为中介变量，它影响了数字化水平和共同富裕水平之间的关系。 中介效应的计算通常涉及以下步骤： 计算自变量（数字化水平）对中介变量（氛围感知）的影响系数（记作a）。...计算中介变量（氛围感知）对因变量（共同富裕水平）的影响系数（记作b），同时考虑自变量（数字化水平）的影响（记作c'）。 计算自变量（数字化水平）直接对因变量（共同富裕水平）的影响系数（记作c）。...这是一个“经典”数据集，用于许多关于结构方程建模 (SEM) 的论文和书籍，包括一些商业 SEM 软件包的手册。数据包括来自两所不同学校的七年级和八年级儿童的心理能力测试成绩。

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    数据分析必备：掌握这个R语言基础包1%的功能，你就很牛了

    导读：无论数据分析的目的是什么，将数据导入R中的过程都是不可或缺的。毕竟巧妇难为无米之炊。 utils包是R语言的基础包之一。...这个包最重要的任务其实并不是进行数据导入，而是为编程和开发R包提供非常实用的工具函数。...使用utils包来进行数据导入和初步的数据探索也许仅仅只是利用了utils包不到1%的功能，但这1%却足以让你在学习R语言时事半功倍。...数据文件被读取到R工作环境中的第一步通常为调用str函数来对该数据对象进行初步检视，下面的代码列出了该函数最简单的使用方式。...小知识：“[”是baseR中Extract的一种，在R的使用过程中，这是必须掌握和理解的函数之一。 有话要说? Q: 你用过哪些R语言包？ 欢迎留言与大家分享

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