R中使用Igraph的单词图_在R中创建正则图或邻接矩阵，使用igraph？_如何使用R修复proxfun.igraph中的错误 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

开发者社区

文档建议反馈控制台

最新优惠活动

文章/答案/技术大牛

发布

【R语言在最优化中的应用】igraph 包在图与网络分析中的应用

igraph 包在图与网络分析中的应用 igraph 包是一个非常强大的包，它可以快速轻松地创建、绘制和分析无向图及有向图(图的顶点和边允许百万以上），并解决了经典图论问题，如最小生成树、最大网络流量、...igraph包中，graph.maxflow() 函数可以解决最大流问题，用法为： graph.maxflow(graph, source, target, capacity=NULL) 其中，graph...为要处理的图，为igraph 格式，其创立方式非常简单，参见帮助文档。...该图中任意两顶点之间的最短路程(考虑方向)。 ? 解：这三个问题是图论中的典型问题。首先，应该在R中构造该图，然后分别调用相关命令即可。...R代码及运行结果如下: 1 > library(igraph) #载入包 2 > e = matrix(nc = 3, byrow = TRUE, c(0,1,5, 0,2,4, 0,3,3, 1,5,3

4.4K3 0

技能 | R语言的igraph画社交关系图示例

R语言中的igraph可以很方便地画出社交关系图。下面是几个示例。...1.最简单的社交关系图 library(igraph) dolphin <- read.csv('dolphins.csv'，head=T，fileEncoding='UTF-8'，stringsAsFactors...6.画出某一社区画出示例5的社区中，membership为1的社区。...以上的示例仅为抛砖引玉。有关igraph的demo可以看demo(package="igraph")。...在R中键入demo(package="igraph")，它会给出子项目： centrality Classic and other vertex centrality indices cohesive

3.6K10 0

您找到你想要的搜索结果了吗？

是的

没有找到

R语言的igraph画社交关系图示例

作者|顾运筠编辑按语顾运筠是大数据文摘的热心读者，这是她看了大数据文摘的《用R语言进行数据可视化的综合指南（一）》和《用R语言进行数据可视化的综合指南（二）》后，结合正在coursera上的Data...在此，我们先表示感谢，同时也希望有更多热心的读者来稿，交流一下学习心得。 R语言中的igraph可以很方便地画出社交关系图。下面是几个示例。...1.最简单的社交关系图 library(igraph) dolphin <- read.csv('dolphins.csv',head=T,fileEncoding='UTF-8',stringsAsFactors...0，即无箭头 dev.off() 画出的图，如下： 2.关系图中某人或某几个人的关系图某个人（这里是海豚）的关系图(节点4)： jpeg(filename='dolphins_sub.jpg',width...有关igraph的demo可以看demo(package="igraph")。

2.4K9 0

R中优雅的绘制物种冲积图

最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer) library...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus, stratum...、大小，颜色为黑色 axis.title.y = element_text(margin = margin(r = 10), size = 11, color = "black"), # 设置...= element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 图片绘制组间冲积图 plot %>% select(1,3,4) %>% group_by(Genus,group) %>%

6382 0

R中优雅的绘制物种冲积图

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...下面小编就来简单介绍一下代码 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus,...、大小，颜色为黑色 axis.title.y = element_text(margin = margin(r = 10), size = 11, color = "black"), # 设置...= element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 绘制组间冲积图 plot %>% select(1,3,4) %>% group_by(Genus,group) %>%

2433 0

R中优雅的绘制环状sina图

❝在R中创建sina图使用geom_sina函数，sina图是一种用于显示单个分类变量的每个观测值的图形。它与箱线图和小提琴图类似，但是它显示了每个单独的数据点，这可以提供关于数据分布的更多信息。...❞ 「sina图的主要优点是它可以清楚地显示每个数据点，而不是简单地显示数据的总体分布。这使得sina图特别适用于小样本大小的数据集，其中每个数据点的值都很重要。」...ggforce包中的geom_sina函数绘制sina图 ggforce::geom_sina(aes(color=gas_in_storage_t_wh), alpha=.5, shape=21)...scico包中的scale_color_scico函数为图形添加颜色 scico::scale_color_scico(palette="roma", direction=-1,...# 使用cowplot包中的theme_minimal_grid函数设置主题 cowplot::theme_minimal_grid(12, line_size = .3) + # 设置图例和轴的样式

2483 0

R中轻松绘制南丁格尔图

加载R包 library(tidyverse) library(ggtext) 导入数据 df <- readr::read_csv('data.csv') 构建标签数据 labs <- data.frame...为间隔添加水平线 geom_hline(yintercept = seq(0, 50, by = 10), colour = "grey70", linewidth = 0.3) + # 添加柱状图，...geom_col(aes(y = F_count_total, fill = as.factor(Season)), alpha = 0.8, show.legend = FALSE) + # 添加柱状图，...scale_y_continuous(limits = c(0, 52), breaks = seq(0, 50, 10)) + coord_polar() + # 使用极坐标...theme_void() + # 使用空白主题 # 设置主题，移除面板网格和背景 theme(panel.grid = element_blank(),

2602 0

「R」使用 ezcox 展示森林图

那个时候我已经关注到了 forestmodel 包并修复了几个 Bug，但作者没有将更新推到 CRAN 上，所以我就没将它加入到 ezcox 的早期版本中。...最近我通过版本检查巧妙地规避了这个问题，因此写一篇文章来介绍下如何使用 ezcox 绘制森林图。请先检查 ezcox 是不是已经更新到最新版本（>=0.4.0）。...packageVersion("ezcox") #> [1] '0.4.0' 如果不是，请使用 install_packages() 进行更新。..., "class")= chr [1:2] "ezcox_models" "list" #> - attr(*, "has_control")= logi TRUE 见证奇迹 Show time 使用...一站式考虑到图形展示了我们需要的模型信息，所以前几步的操作就略显繁琐的（了解是必要的），我写了个包装器 show_forest() 一步生成图形。

6771 0

「R」使用forestplot绘制森林图

森林图常见于元分析，但其使用绝不仅如此，比如我现在想要研究的对象有诸多HR结果，我想要汇总为一张图，森林图就是个非常好的选择。...ggpubr包提供的森林图是针对变量分析绘图，我也尝试使用了metafor包的forest画图函数，但太灵活了，我除了感觉文档画的不错，但实际使用却很难得到想要的结果。...安装： install.packages("forestplot") 文本森林图可以与文本连接起来并自定义。...文本表下面是一个使用文本表的例子： library(forestplot) #> 载入需要的程辑包：grid #> 载入需要的程辑包：magrittr #> 载入需要的程辑包：checkmate #...使用表达式 data(HRQoL) clrs <- fpColors(box="royalblue",line="darkblue", summary="royalblue") tabletext <

8K6 4

R语言用igraph对上海公交巴士路线数据进行复杂网络、网络图可视化|数据分享

p=30478 原文出处：拓端数据部落公众号复杂网络简介现实世界中充满了网络世界，铁路线路网络、航空网络和人际关系网络。复杂网络是大量真实复杂系统的拓扑关系。...在复杂网络分析的帮助下，我们期望将复杂的东西简化，找到隐藏的拓扑关系的新结构，找到节点与节点之间的规律，同时将数据可视化。本文中我们被要求对上海公交路线进行可视化。...shanghai_5.txt") 建立巴士信息库 for(i in 1:length(ljhdat1)){ if(ljhdat1[i]=="")bus=c(bus,ljhdat1[i-1])#提取每个巴士的路线信息...建立路线信息分割路线得到站点信息 route[[1]]=route[[1]][-which(route[[1]]=="#")]#删除#号建立邻接矩阵 library(igraph) d = data.frame...分割所有路线得到站点信息 for(i in 1:length(bus)){ route[[i]]=unlist(strsplit(bus[i],split=" "))[-1]#分割巴士站点信息绘制网络图

2821 0

R语言社区主题检测算法应用案例

p=5658 使用R检测相关主题的社区 ? 创建主题网络对于Project Mosaic，我正在通过分析抽象文本和共同作者社交网络来研究UNCC在社会科学和计算机和信息学方面的出版物。...我跑这是因为我的最终目标是使用主题建模作为信息检索过程来确定研究人员的专业知识。创建静态网络在下一步中，我使用每个主题的单词概率之间的相关性创建一个网络。...使用社区检测，特别是igraph中的标签传播算法来确定网络中的群集。...允许R中的交互式网络图的包。...第一个下拉列表允许您按名称查找任何主题（按单词概率排名前五个单词）。第二个下拉列表突出显示了我们算法中检测到的社区。

1.3K2 0

【R语言】复现paper中的韦恩图

集合数目更多时，将会比较难分辨，更多集合的展示方式一般使用upSetView。绘制韦恩图的工具有很多，这里小编先给没有任何编程基础的人推荐几款比较好用的网络工具。 1....=========华丽的分割线============ 对于掌控性要求比较高的同学，可以试着自己写R代码来绘制韦恩图。...今天我们就来重现下面这篇学术论文里面的韦恩图 Fig3为韦恩图下面我们用R里面的VennDiagram包来重现这个图我们这里就不用原文作者的数据了，而是随机产生了4个gene list，这四个...= "sans", #字体 cat.col=rainbow(setnum) #set名字的颜色 ) 运行完代码会得到如下结果对于超过5个集合的情况，维恩图展示起来其实比较乱，小编比较推荐使用...R的UpSetR包来画Upset plot，如下

7492 0

R中实现面积图 (Area plot)

面积图是一种基于折线图的图形，可以通过图中的面积来表示数据的大小情况，比如下面两种都是面积图： ? ?...wiki 下面是堆积面积图 (stacked area plot) 的在R中的简单实现，主要是用geom_area画出面积： set.seed(1492) Sector <- rep(c("S01","...gis.stackexchange.com/questions/163143/why-is-my-stacked-area-graph-in-ggplot2-returned-as-stacked-lines http://r-statistics.co.../Top50-Ggplot2-Visualizations-MasterList-R-Code.html http://t-redactyl.io/blog/2015/12/creating-plots-in-r-using-ggplot2

1.2K1 0

「R」使用NMF包绘制热图

学习文档: https://cran.r-project.org/web/packages/NMF/vignettes/heatmaps.pdf Heatmap引擎 NMF包中的热图引擎是由aheatmap...函数实现，其余的热图函数都是基于它的修改。...数据和模型为了演示热图函数的用法，我们这里创建一个随机的NMF输入矩阵，以及一些注释和协变量。...该函数默认添加2个注释通道用来展示从最佳拟合结果中获得的簇（聚类数）和一致性矩阵的层次聚类。在图例中，这两个通道分别以_basis_和_consensus_命名。...：aheatmap 还有很多自定义画热图的例子，使用下面的命令查看。

2.7K3 0

翻转句子中单词的顺序

题目：输入一个英文句子，翻转句子中单词的顺序，但单词内字符的顺序不变。句子中单词以空格符隔开。为简单起见，标点符号和普通字母一样处理。例如输入“I am a student.”...由于本题需要翻转句子，我们先颠倒句子中的所有字符。这时，不但翻转了句子中单词的顺序，而且单词内字符也被翻转了。我们再颠倒每个单词内的字符。...由于单词内的字符被翻转两次，因此顺序仍然和输入时的顺序保持一致。还是以上面的输入为例子。...翻转“I am a student.”中所有字符得到“.tneduts a ma I”，再翻转每个单词中字符的顺序得到“students. a am I”，正是符合要求的输出。 ...在上述代码的翻转每个单词阶段，指针pBegin指向单词的第一个字符，而pEnd指向单词的最后一个字符。

1.7K7 0

R中轻松绘制树状热图的若干方法

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍如何在R中绘制树状热图，通过「sourmashconsumr」 & 「metacoder」两个R包的案例来进行介绍，更多详细的内容请参考作者官方文档。..., groups = metadata) 设置随机种子 set.seed(1) 绘制树状图热图...metacoder后的结果，其对代码做了简化；下面来通过一个案例来介绍「metacoder」包 ❞ 载入metacoder包 library(metacoder) 解析分类数据 obj <- parse_tax_data...tax_data进行处理 obj$data$tax_data <- zero_low_counts(obj, dataset = "tax_data", min_count = 5) 检查没有reads的行...calc_n_samples(obj, "tax_abund", groups = hmp_samples$body_site, cols = hmp_samples$sample_id) 绘制树状图热图

3163 0

如何在R中绘制树图(TreeMap)

树图(TreeMap) 通过矩形面积的大小，以及填充颜色的深浅，来显示节点的统计数据，通过嵌套层次来显示分组的层级的可视化图形。...for example: 某公司产品在世界六大洲的销售情况，矩形的大小表示人口的数量，颜色的深浅表示销售额的多少。 ? 那么如何绘制树图呢？...首先绘制树图需要的包： install.packages(“treemap”) 树图函数： treemap(x,index,vSize,vColor,palette,range,border.col...("treemap", repos='http://cran.r-project.org') library(treemap) data <- read.csv('data.csv', stringsAsFactors...border.col='#63B8FF', palette=c("#FFFFFF00", "#1C86EE00"), range=c(minSales, maxSales) ) 一副完美的tree图就搞定啦

5K10 0

R中绘制环状聚类热图

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友需要绘制环状热图叠加多层注释，本节来通过一个例子来简单介绍一下如何实现，主要通过「ggtreeExtra」来实现，聚类分析使用「ape」包来进行更加适用于生物信息相关的数据...「数据代码已经整合上传到2023VIP交流群」，加群的观众老爷可自行下载，有需要的朋友可关注文末介绍加入VIP交流群。...❞ 关于永久群内容的说明 ❝给予长期支持我们的忠实读者们一个特别待遇：凡是购买过小编2022年或2023年VIP会员文档的朋友们，「将自动获得2024年及以后的绘图资料和代码更新，无需额外付费。」...目前这两年的会员文档已累记卖出1500+，质量方面各位无需担忧**。简要概括就是只要购买任意1年的会员内容，2024及后期公众号所更新的绘图文档均会在已经加入的会员群内分享。...❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggtree) library(treeio) library(ape) library(magrittr) library(ggnewscale

2672 0

R中轻松绘制聚类热图

论文关于永久群内容的说明 ❝给予长期支持我们的忠实读者们一个特别待遇：凡是购买过小编2022年或2023年VIP会员文档的朋友们，「将自动获得2024年及以后更新的绘图文档代码，无需额外付费。」...目前这两年的会员文档已累记卖出1500+，质量方面各位无需担忧。简要概括就是只要购买任意1年的会员内容，2024及后期公众号所更新的绘图文档均会在已经加入的会员群内分享。...❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggtree) library(treeio) library(ape) library(magrittr) library(ggtreeExtra

2072 1

单词接龙 II（图的BFS）

题目给定两个单词（beginWord 和 endWord）和一个字典 wordList，找出所有从 beginWord 到 endWord 的最短转换序列。...转换过程中的中间单词必须是字典中的单词。说明: 如果不存在这样的转换序列，返回一个空列表。所有单词具有相同的长度。所有单词只由小写字母组成。字典中不存在重复的单词。...单词接龙（图的BFS/双向BFS）程序员面试金典 - 面试题 17.22. 单词转换（BFS） 2....{ for(string word:words) wlist.erase(word);//将上一个lv进入路径的单词从集合中删除...wlist.count(newLastWord)) //新单词不在集合中,下一个 continue;

5642 0

点击加载更多

扫码

添加站长进交流群

领取专属 10元无门槛券

手把手带您无忧上云

扫码加入开发者社群

相关资讯

热门标签

活动推荐

运营活动

活动名称

广告关闭