首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

R中包含网络包的Sankey图

是一种可视化工具,用于展示网络中节点之间的流量、连接或转移情况。Sankey图通过流线的宽度来表示节点之间的数量或比例关系,可以帮助我们更直观地理解网络结构和数据流动。

Sankey图在许多领域都有广泛的应用,包括数据分析、网络流量分析、物流管理、能源流动分析等。它可以帮助我们发现网络中的瓶颈、流量分布情况以及节点之间的关联性,从而优化网络设计、资源分配和决策制定。

在R语言中,有多个包可以用于绘制Sankey图,其中一些常用的包括:

  1. networkD3:这是一个基于D3.js的R包,提供了丰富的网络可视化功能,包括Sankey图。它可以通过简单的代码生成交互式的Sankey图,并支持自定义样式和交互行为。你可以在这里找到networkD3包的详细介绍和使用方法。
  2. ggplot2:这是R中一个非常流行的数据可视化包,也可以用于绘制Sankey图。虽然ggplot2本身没有提供Sankey图的直接函数,但可以通过一些额外的包(如ggforce、ggraph等)结合ggplot2来实现。你可以在这里了解更多关于ggplot2的信息。
  3. DiagrammeR:这是一个专门用于绘制图形和流程图的R包,也支持绘制Sankey图。它提供了简洁的语法和丰富的布局选项,可以帮助我们快速生成高质量的Sankey图。你可以在这里找到DiagrammeR包的详细介绍和使用方法。

以上是一些常用的R包,可以用于绘制包含网络包的Sankey图。根据具体的需求和数据特点,选择合适的包进行使用。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

ChAMP R安装事故

ChAMP 提供了完整分析illumina甲基化芯片pipeline, 和普通Bioconductor 安装一样,代码只有简单两行 source("http://bioconductor.org.../biocLite.R") biocLite("ChAMP") 我用电脑是windows 操作系统,64位R-3.4.3,安装过程除了网速较慢,花费一点时间安装之外,并没有出现任何问题。...dll 文件就是windows操作系统下动态链接库,在加载R过程,如果这个R有对应动态链接库,那么就会加载进来。...解决方案就是设置环境变量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系统,R语言对应环境变量都可以在.Renviron文件中进行设置。...ChAMP功能确实是更加强大和完整,同时也意味它依赖会特别的多,从而出现dll文件达到上限错误。本文记录解决方案,适合于任何操作系统,希望可以帮助到大家。

2.1K20

R语言circlize复现一下Microbiome期刊

influence of host genetics on the rumen microbiota drive body weight variance in male Hu sheep lambs 复现论文中fig2...没有找到论文中提供数据,我们自己来构造数据,如何利用otu表格把数据整理成作图需要用格式,这个今天推文不做介绍,今天推文只介绍已经有了作图需要用到数据后如何作图。...首先是最外圈数据 最外圈文字数据 第二圈数据 第三圈数据 与第二圈数据格式一致 第四圈数据 第五圈数据 利用第三圈数据生成 最里层连线数据 完整代码 library(circlize...20240610/data07.xlsx") data07 brk<-seq(0,30,2) brk circos.par(start.degree =86,clock.wise = T) ## 热圈参考链接...AI来拼图了 今天推文示例数据和代码可以给推文打赏20元获取

7910

R」ggplot2在R开发使用

尤其是在R编程改变了从ggplot2引用函数方式,以及在aes()和vars()中使用ggplot2非标准求值方式。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在通常用于可视化对象(例如,在一个plot()-风格函数)。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R需要类都有plot()方法,但想要依赖一个单一plot()为你每个用户都提供他们所需要可视化需求是不现实...一个很好例子是ggdendro[3],它创建系统树但同时计算出数据以方便用户干自己想要做事情。...如果没有,则会将主题对象存储在编译后字节码,而该字节码可能与安装ggplot2不一致!

6.6K30

浅谈R相关性网络绘制小细节

❝最近在绘制相关性网络时候突然有一个小发现,可以使用相关性热数据来结合「linkET」来绘图,以前一直认为为必须使用「mantel_test」才行;果然绘图还得多思考;本节就来通过一个案例将两份数据结合起来进行绘图...; 加载R library(tidyverse) library(linkET) library(RColorBrewer) library(ggtext) library(magrittr) library...,"p","p_signif")) 转换数据格式 ❝在此处以前一直以为必须使用「linkET::mantel_test」函数生成特定格式才能用于后面绘图,直到某次看了数据才明白导入外部相关性分析数据也能用于后期绘图...;此处范围可根据需要自定义 ❞ cordata % left_join(....c(-Inf, 0.01, 0.05, Inf), labels = c("= 0.05"))) 绘制相关性网络

2.4K32

R语言在最优化应用】igraph 包在网络分析应用

网络分析内容十分丰富,这里只介绍路径规划、网络流、最小生成树、旅行商等几个经典问题。...igraph 包在网络分析应用 igraph 是一个非常强大,它可以快速轻松地创建、绘制和分析无向及有向(顶点和边允许百万以上),并解决了经典图论问题,如最小生成树、最大网络流量、...source 和target 分别代表网络要求最大流起始点和终点,capacity 为边权重。...该图中任意两顶点之间最短路程(考虑方向)。 ? 解:这三个问题是图论典型问题。首先,应该在R构造该,然后分别调用相关命令即可。...由15 – 23 行(最短路矩阵) 可以知道该网络上每两个定点最短路。如顶点0 到顶点7 最短路为10(矩阵第1 行第8 列对应元素)。

4.4K30

Bioconductor R 安装教程(续一)

这是《Bioconductor R 安装教程》第二篇,完整文章可以点击阅读原文查阅。...安装新版本 Bioconductor R Bioconductor 是与特定版本 R 绑定,正常来说当 Bioconductor 都来自同一版本时,它们效果最佳。...以 DiffBind 为例,DiffBind==3.4.0 是基于 Bioconductor==3.14(对应 R-4.1)开发;我们在 Bioconductor==3.13(对应 R-4.0)执行...,我这里用是清华大学,第二行,设定 install.packages 从 CRAN 和 Bioconductor 搜索,其实你还可以让它支持比如 R-Forge 以及各种第三方仓库。...安装体积比较大 R 安装 CRAN 或者 Bioconductor 中一些体积比较大 R ,如果网络不太好,经常可能会出现包下载不完(Timeout of 60 seconds was reached

6.6K10

按照实际比例画韦恩R~eulerr

R语言里画韦恩长用到R有 Venndiagram ggvenn ggVennDiagram 这几个有一个缺点就是最终呈现不是按照数据集实际比例来。每个部分圆或者椭圆大小都一样。...如果想要按照数据集实际比例来,之前我尝试过Y叔推文 https://guangchuangyu.github.io/cn/2018/04/ggvenn/ 今天又发现一个可以实现按照比例画韦恩R...eulerr,推荐给大家,而且这个R画6个以上韦恩也能够实现 关于这个R一个介绍链接 https://cran.r-project.org/web/packages/eulerr/vignettes.../introduction.html 下面以一个简单小例子来介绍 输入数据集是我们提前算好每个部分交集,这里以三个数据集为例 dat<-c("First" = 25, "Second"..., "First&Second" = 5, "First&Third" = 5, "Second&Third" = 3, "First&Second&Third" = 3) 安装R

3K40

一文学会网络分析——Co-occurrence网络R实现

目前生态学领域大家用到网络多为基于群落数据相关性构建Co-occurrence网络。此类网络可以采用Rigraph构建并实现出。...当然,除此之外,还有一些非命令行软件,例如cytoscape,gephi,pajek等。但我认为,对于R使用者来说,通过R还是最方便。大致流程如下图所示: ?...常用网络参数有: 平均路径长度(Average path length):网络任意两个节点之间距离平均值。其反映网络各个节点间分离程度。...整个网络全局聚集系数C表征了整个网络平均“成簇性质”。 介数(Betweenness):网络不相邻节点i和j之间通讯主要依赖于连接节点i和j最短路径。...如果一个节点被许多最短路径经过,则表明该节点在网络很重要。 经过节点n数量所占比例,介数反映了某节点在通过网络进行信息传输重要性。

9.1K106

流量结构分布——桑基Sankey

本文将着重分享使用R语言中d3network工具以及PowerBI可视化工具来制作桑基大致过程(Tableau桑基还是太繁琐,这里不再展示,感兴趣可以自己探索)。...R中有两个有现成桑基函数: Networkd3、d3Network,名大同小异,而且函数参数都是一样,很怀疑是不是同一批人搞。...以下是R语言代码实现过程: library(Networkd3) library("d3Network") library(xlsx) setwd("D:/R/File/") Sankey<-read.xlsx...;names(Sankeydata)<-c("Source","Target","Value") Sankeyname<-Sankeynodes[,1,drop=FALSE] 使用d3Network桑基函数实现...将html格式动态图表网页嵌入ppt PowerBI版讲解: 接下来讲解如何在PowerBI实现以上桑基效果,因为改图表并未包含在PowerBI内置基础图表库,所以我们需要在他在线社区中下载该图表可视化插件

6.2K50

掌握golangIO关系

我整理了一张供大家参考: 我们大致讲解下上图: io:基础IO库,提供了Reader和Writer接口。...其中os、net、string、bytes以及bufio都实现了ioReader或Writer接口。 os:提供了访问底层操作系统资源能力,如文件读写、进程控制等。...net:提供了网络相关IO功能,如TCP、UDP通信、HTTP请求等。 string.Reader:提供了string读取。因为string不能写,所以只有Reader。...ReadDir函数功能就是从一个目录读取所有的文件列表。这个操作其实包含两步:打开文件、读取目录下文件。ReadDir函数就把这两步做了封装,供客户端调用,是不是就更方便了。...如果只是简单文件读写,可以使用ioutil库;如果需要处理大量数据,则应该选择bufio库;如果需要访问底层操作系统功能,则可以使用os库;如果涉及到网络通信,则选择net库。

27510

R语言】复现paper韦恩

韦恩(venn)又称文氏,是科研文章中最常见,可以用来表示多个数据集之间关系。当然也可以进行集合运算。一般用于展示2-5个集合之间交并集关系。...集合数目更多时,将会比较难分辨,更多集合展示方式一般使用upSetView。绘制韦恩工具有很多,这里小编先给没有任何编程基础的人推荐几款比较好用网络工具。 1....=========华丽分割线============ 对于掌控性要求比较高同学,可以试着自己写R代码来绘制韦恩。...今天我们就来重现下面这篇学术论文里面的韦恩 Fig3为韦恩 下面我们用R里面的VennDiagram来重现这个 我们这里就不用原文作者数据了,而是随机产生了4个gene list,这四个...RUpSetR来画Upset plot,如下

74120

疑难杂症-RRwordseg安装

一、通过install.packages安装 步骤: 1、在R先装rJava install.packages(“rJava”) 2、没有装JDK要到这里去下载: http://www.Oracle.com...二、通过Rwordsegzip进行离线安装 不出意外,大部分版本R都可以通过以上方式安装好Rwordseg。 我在帮小伙伴安装时候,也确实遇到过疑难杂症,按照步骤,依旧搞不定,不断报错。...如果您电脑或者目前正在使用R版本实在无法通过install.packages在线方式安装Rwordseg。...当然不用苦恼,有更便捷方式,就是直接下载Rwordsegzip,在R中加载zip进行离线安装,只需几秒钟即可。...方法:在程序中选择(install packages from local files),离线安装zip即可。 ? 我将Rwordseg压缩包上传至了资源,大家可以下载进行离线安装。

1.3K80
领券