y ~ x y ~ 1 + x 很多读者在使用 R 的模型构建时可能会对其中的截距项感到困惑。上述两个模型都描述了简单的线性回归，是等同（完全一致）的。...第一个模型隐含了截距项，而第二个模型显式地进行了指定。 当我们了解这一点后，我们在实际的操作过程中尽量指明截距项，这样能够更加方便自己和他人理解。...y ~ 0 + x y ~ -1 + x y ~ x - 1 上述3个模型都去除了截距项。 如果是 y ~ 1 那么得到的模型结果恰好是均值。为什么是均值呢？大家不妨想一想。...相关资料： https://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.html#Statistical-models-in-R https://stackoverflow.com.../questions/13366755/what-does-the-r-formula-y1-mean
前几天有人问我R里面怎么做零模型。 有现成的函数，picante包的randomizeMatrix直接就搞定了。 我回复之后随便在网上搜了一下，意外发现竟然没有搜到相关的文章。 那就简单写写吧。...除此之外，在计算PD，MPD，MNTD的效应量时，也需要打乱距离矩阵来构建零模型。方法包括： taxa.labels： 打乱距离矩阵上所有物种的标签。...sample.pool： 以相同概率从所有物种池（至少在一个样本中出现的物种的集合）中抽取物种进行随机化。...phylogeny.pool： 以相同概率从所有系统发育池（在距离矩阵中出现）中抽取物种进行随机化。...2.对于微生物群落研究，如果方法太过随机化，得到的零模型群落和实际观测群落必然产生很大的偏差，那么所有过程都将是确定性的。如果随机化程度太小，则又和观测群落差别不大，过程将是随机的。
p=21892 引言 多元统计分析 中，交互作用是指某因素作用随其他因素水平的不同而不同，两因素同时存在是的作用不等于两因素单独作用之和(相加交互作用)或之积(相乘交互作用)。...在一个回归模型中，我们想写的是 ? 当我们限制为线性模型时，我们写 ? 或者 ? 但是我们怀疑是否缺少某些因素……比如，我们错过所有可能的交互影响。我们可以交互变量，并假设 ?...建立模型 我们读取数据 db=Credit 我们从三个解释变量开始， reg=glm(Y~X1+X2+X3,data=db,family=binomial) summary(reg) 没有交互的回归长这样...交互关系可视化 我们可以画一幅图来可视化交互：我们有三个顶点（我们的三个变量），并且可视化了交互关系 plot(sommetX,sommetY,cex=1,axes=FALSE,xlab="",ylab...这个模型似乎是不完整的，因为我们仅成对地看待变量之间的相互作用。实际上，这是因为（在视觉上）缺少未交互的变量。
简介 数据可视化已经成为数据科学工作流程中一个不可或缺的部分。因此，你的主要工具需要有很强的能力来处理这两方面的操作—数据分析和数据可视化。...在过去的时间当中，你可以在你的生活中使用这样的一套工具，但只有其中一个是比较好的。 随着这些景象的变化，R之所以能变成当今的主流语言就是因为它有很强大的数据可视化处理能力。...只需要几行的代码，你可以创造一个美丽的图表和数据的故事了。R有一个很好的资源库来创造一个基本和创新的数据可视化，如条形图、直方图、散点图、热点图、马赛克图以及其它各种可视化操作。...这里是一份常用的可视化操作快速手册以用于展现数据。你可以把这份手册随身带，以便你在需要的时候使用。 那些相要拷贝相关代码的人，你可以在这里下载PDF格式的备忘录。...想要获得完整的内容，访问R中数据分析的综合指南。 如果你希望获得关于数据可视化的全部内容，访问这里数据可视化的终极指南。
对于非数学专业的人来说，并不需要记忆与推导这些公式，但是需要了解不同分布的特点。对此，我们可以在R中调用相应的概率分布函数并进行可视化，可以非常直观的辅助学习。...R中拥有众多的概率函数，既有概率密度函数，也有概率分布函数，可以调用函数，也可以产生随机数，其使用规则如下所示： [dpqr]distribution_abbreviation() 其中前面字母为函数类型...为概率分布名称的缩写，R中的概率分布类型如下所示： 对于概率密度函数和分布函数，其使用方法举例如下：例如正态分布概率密度函数为dnorm()，概率分布函数pnorm()，生成符合正态分布的随机数rnorm...R也可以产生多维随机变量，例如MASS包中的mvrnorm()函数可以产生一维或者多维正态分布的随机变量，其使用方法如下所示： mvrnorm(n=1, mu, Sigma...)...0, 0), Sigma4) K4=kde2d(X4[,1], X4[,2], n=100) filled.contour(K4, color=col.palette) 作图结果如下所示： 上面程序中kde2d
今天跟大家分享的是ggplot图表中的一类重要元素——线条。...R语言中ggplot函数系统中涉及到线条的地方有很多，最常见的场景就是我们做geom_line()（折线图）、geom_path（）(路径图),以及图表的绘图区（panel）、图表区、网格系统（grid...今天以一个折线图为例，简要说明ggplot函数中关于线条的主要参数及其效果。...以上使用了一个时间序列数据，很顺利的完成了折线图的制作。 那么针对离散变量的折线图到底如何来做呢，我们可以通过group指定分组的形式来达到目的。...除了折线图（以及路径图，等图层中的线条之外），在theme系统中存在大量的关于线条的属性设置(网格系统、图表边框、轴线、图例系统)，均可以参照以上参数进行设置。
今天跟大家分享ggplot图表系统中形状。 在ggplot函数系统中，形状是一类重要的映射属性，如同颜色一样，它可以被赋予给变量，当然也可以直接指定实际的形状类别。...ggplot函数的图层理念中，修改局部图层的元素，需要在局部图层内进行设定，这里需要在geom_point（）函数内部进行形状设定。 R绘图系统中存储着的形状符号多达25种： ?...颜色变量是所有属性中为数不多的既可以使用离散型变量、又可以使用连续性变量进行映射的属性 二、关于制定属性映射时shape、size、colour（fill）的位置问题。...作用于单个图层的映射属性要放在对应图层中，（比如作用于线条的属性要放在geom_line()内，作用于形状的属性要放在geom_point()内）,作用于全局的属性要放在全局系统函数层内【ggplot（...（比如本例中同时作用于折线图和散点图的数据集、x轴y轴变量以及分组变量等） 以上是个人学习ggplot函数过程中所获得的一些体会和心得，希望能够帮助大家在学习R语言可视化过程中少走一些弯路，限于个人能力和水平
欢迎关注R语言数据分析指南 加载R包 library(tidyverse) library(ggthemes) library(magrittr) library(WGCNA) library(linkET...# 转置 datExpr0 <- t(gene_exp) # 缺失数据及无波动数据过滤 gsg <- goodSamplesGenes(datExpr0,minFraction = 1/2) #基因的缺失数据比例阈值...Cd_CK=3,Cd_treatment=4, CK_elo=5,CK_mat=6)) %>% mutate(rd=cut(r,...2)) + scale_colour_manual(values = color_pal(3)) + guides(size = guide_legend(title = "Mantel's r"...Mantel's p", override.aes = list(size = 3), order = 1), fill = guide_colorbar(title = "Pearson's r"
前面我们讲了关于语料库的基础操作包tm，今天给大家分享一个进行文本分析的另外一个包stm，此包不仅整合了文本分析的功能，同时还提供了模型的构建。下面是包的整个分析框架： ?...接下来我们就直奔主题了，首先看下包的安装： install.packages(“stm”) install.packages("textir") 我们直接通过实例来看下上面框架中每一步的实现细节： ##...###LDA模型的构建，我们定义四个主题，模型将会根据这四个主题进行LDA分析 stm=stm(out$document,out$vocab,4,init.type="LDA") ?...##可视化主题 plot.STM(stm) ? ##词云图，其中可以设置指定的topic编码，以及对应的词频数范围scale cloud(stm) ?...plotQuote可以可视化结果 findThoughts(stm,texts=gadarian$open.ended.response, topics=c(1,2), n=3) ?
自动摘要 自动摘要，就是利用计算机自动地从原始文献中提取摘要。 例如百度经验中的经验摘要，简短的描述了该经验的主要解决问题。...自动摘要的算法原理 余弦相似度（Cosine Similarity） ? 算法步骤： 获取到需要摘要的文章 对该文章进行词频统计 对该文章进行分句 根据中文的标点符号，一般我们采用。，？...进行分句 计算分句与文章之间的余弦相似度 代码实现： library(tm) library(tmcn) library(Rwordseg) docs <- Corpus( DirSource(...SogouC.mini/SampleNamed/C000024" ) ), readerControl = list( language='UTF-8' ) ) #使用矩阵的方式计算
在之前的推送中，曾经有过一篇介绍excel图表辅助线的制作方法，其中用到的技巧五花八门、令人眼花缭乱。 而ggplot图表系统中的辅助线添加起来却异常简单，非常易于操作。...这主要得益于ggplot函数系统的图层控制理念以及该包的开发者很早就意识到图表辅助线这一层面的图表元素需求。...以上柱形图中，我们如果想要了解五个公司的销售额均值以及单个公司销售额与均值的对比情况，需要在图表中添加一条平均线。...以上散点图没有很明显的分散趋势，不过为了演示散点图中的辅助线，我还是将散点像素画处理，给散点图加上均值十字线。...像素画处理之后，再加上均值十字线，你可以清晰地看到，数据分布形态中，左下角最为密集。 辅助线的另外一种常见的用途就是在时间序列数据中。
、nlmer、lme4用（非）线性混合模型non-linear mixed model分析藻类数据实例 R语言混合线性模型、多层次模型、回归模型分析学生平均成绩GPA和可视化 R语言线性混合效应模型...（固定效应&随机效应）和交互可视化3案例 R语言用lme4多层次（混合效应）广义线性模型（GLM），逻辑回归分析教育留级调查数据 R语言 线性混合效应模型实战案例 R语言混合效应逻辑回归（mixed...effects logistic）模型分析肺癌数据 R语言如何用潜类别混合效应模型（LCMM）分析抑郁症状 R语言基于copula的贝叶斯分层混合模型的诊断准确性研究 R语言建立和可视化混合效应模型...LMM） R语言基于copula的贝叶斯分层混合模型的诊断准确性研究 R语言如何解决线性混合模型中畸形拟合(Singular fit)的问题 基于R语言的lmer混合线性回归模型 R语言用WinBUGS...HLM R语言用WinBUGS 软件对学术能力测验建立层次（分层）贝叶斯模型 SPSS中的多层（等级）线性模型Multilevel linear models研究整容手术数据 用SPSS估计HLM
森林图，主要是对研究的一致性进行评估的可视化展示形式，以竖线为界，总结结果在线左认为是研究的因素降低，或者对研究的因素不利。此处我们使用此包自带的卡介苗抵抗肺结核（TB）的研究数据进行森林他绘制。...具体的每一个变量的解释如下： ? 然后，我们利用meta分析模型对数据进行评估，此处我们需要用到一个函数rma，主要是利用线性模型对数据进行一致性评估。 ?...Plot ofInfluence Diagnostics 主要是评估模型的中研究质量，从而发现对分析主要的影响的研究以及偏差很大的研究。...Radial(Galbraith) Plot 主要反应各研究的异质性，从而发现异质性的点。此处以固定效应模型为例。...L’Abbe图，同样是异质性可视化定性图。图中圈的大小代表了研究样本的大小。横轴是对照组效应值对数，纵轴是实验组效应值对数。分布在对角实线代表没有差异的研究，分布在线下代表风险比对照组小。
另外，请访问非常强大的ggplot2文档以获取更多信息。...image.png 修改图例中的分类名字 basic+labs( colour = "name1", shape = "name2" ) ?...image.png 删除图例中的一类 basic + guides(shape=FALSE) ?...#图例中的字体设置 basic + theme(legend.text = element_text(size = 8, colour = "red")) ?...# 设置图例中的标题 basic + theme(legend.title = element_text(face = "bold")) ?
马尔科夫决策过程是基于马尔科夫论的随机动态系统的最优决策过程。它是马尔科夫过程与确定性的动态规划相结合的产物，故又称马尔科夫型随机动态规划，属于运筹学中数学规划的一个分支。...今天我们给大家介绍下马尔可夫决策过程中用到一些算法以及这些算法在R语言中如何实现的。 首先我们需要安装一个结合的工具包MDPtoolbox。...转移概率（P）和奖励矩阵（R）具体形式： ? 实例代码： mdp_example_forest() ? 2. mdp_example_rand 创建随机的MDP模型。具体参数： ?...3. mdp_check 检查模型的有效性。如果返回空字符串，代表模型没有问题；如果有问题则会返回相应的问题。...高斯-赛德尔迭代（Gauss–Seidel method）是数值线性代数中的一个迭代法，可用来求出线性方程组解的近似值。 ?
对比度可用于对线性模型中的处理进行比较。 常见的用途是使用析因设计时，除析因设计外还使用控制或检查处理。在下面的第一个示例中，有两个级别（1和2）的两个处理（D和C），然后有一个对照 处理。...此处使用的方法是方差的单向分析，然后使用对比来检验各种假设。 在下面的第二个示例中，对六种葡萄酒进行了测量，其中一些是红色，而有些是白色。我们可以比较的治疗中通过设置对比，并进行F检验红酒组。...0.66667 0.10954 6.086 < 0.001 ***T4vsC == 0 1.73333 0.10954 15.823 < 0.001 *** 一组治疗中的全局...我们将想知道红酒组中的处理是否对响应变量有影响。这种方法之所以具有优势，是因为仍可以在红酒中进行事后比较。...本研究调查了 ###一组3种治疗方法中的效果 ###结果与multcomp的结果相同 问题：红葡萄酒和白葡萄酒之间有区别吗？
p=23509 在本文中，我们在研究工作中使用广义加性模型（GAMs）。mgcv软件包是一套优秀的软件，可以为非常大的数据集指定、拟合和可视化GAMs（点击文末“阅读原文”获取完整代码数据）。...我们需要加载mgcv library('mgcv') 受欢迎的例子数据集 dat中的数据在GAM相关的研究中得到了很好的研究，包含了一些协变量--标记为x0到x3--这些协变量在不同程度上与因变量有非线性关系...check()函数，用于检查模型中的每个光滑_函数_是否使用了足够数量的基函数。你可能没有直接使用check()——会输出其他诊断结果，也会产生四个模型诊断图。...绘制光滑_函数_图 为了将估计的GAMs可视化，mgcv提供了plot.gam()方法和vis.gam()函数，从对象中产生类似ggplot2的图。...为了使GAM模型中的四个估计光滑_函数_可视化，我们将使用 plot(mod) 结果是绘制mod GAM中每一个光滑_函数_。
之前在写 metawho 包的 deft_show() 函数时用到了 forestmodel 包展示元分析模型结果，后面还用到了我发表在 eLife 上的 TIGS 文章中（当时谁能想到呢？）。...forestmodel 包还支持常用的一些模型，如 lm、glm 以及 cox，生存分析使用的 Cox 模型是我比较常用的，之前还修过几个bug，最近想做下批量的单变量Cox分析并进行可视化，碰巧记得...仔细看了下源代码，问题很简单，已经在我Fork的仓库中修复了，也提交了合并请求，不过这个作者很少上GitHub，CRAN版本都很久没更新了，所以有兴趣的暂时通过我的仓库里安装吧。...多模型可视化 如果进行批量的单变量分析会产生多个模型，前面说了这个包支持可视化，用我之前写 ezcox 包的示例试试看。...虽然这样模型区分的很明显，但我想要的是不需要显示模型名字，因为如果做批量分析，显示名字没有意义，只需要说明做的是单变量分析就可以了。
函数形式：X(t+1) = f( X(t) ) HMM由来 物理信号是时变的，参数也是时变的，一些物理过程在一段时间内是可以用线性模型来描述的，将这些线性模型在时间上连接，形成了Markov链。...既解决了短时信号的描述，又解决了时变模型间的转变问题。 RHmm包介绍 应用（训练样本是2007-2009年） 黑的是HMM模型的收益，红的是基准。...HMM在波动率市场中的应用 输入是：ATR（平均真实波幅）、log return 用的是depmixS4包 模型的输出并不让人满意。 HS300测试 去除数据比较少的9支，剩291支股票。...而且前面几年的都一直亏损状态，后面回本靠的是2013年底开始的一波牛市。 观众：老王你（模型）不行啊！ 老王：heng!!! 男人不能说‘不行’的 ！ 那么问题来了，如何改进HMM模型？...更一般来说一个模型如何改进？（一个模型包括：输入、样本筛选/过滤、拟合参数、拟合函数、模型的参数、目标函数等等等等。这么多东西需要测试， oh my god！） 改进 这里还是只讲HMM模型吧！
R中的因子用于存储不同类别的数据，可以用来对数据进行分组，例如人的性别有男和女两个类别，根据年龄可以将人分为未成年人和成年人，考试成绩可以分为优，良，中，差。...R 语言创建因子使用 factor() 函数，向量作为输入参数。...levels：指定各水平值, 不指定时由x的不同值来求得。 labels：水平的标签, 不指定时用各水平值的对应字符串。 exclude：排除的字符。 ordered：逻辑值，用于指定水平是否有序。...这个顺序也是有讲究的，一般是按字母顺序来排列。我们也可以按照自己的需要来排列因子的顺序。...关于这个参数后面我们还会给大家举个更实际的，跟临床数据相关的例子。 R中的因子使用还是更广泛的，例如做差异表达分析的时候我们可以根据因子将数据分成两组。
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