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R tips:自杀式R安装

如果是在Windows平台下,那么应该首先检查R包安装路径是否有问题(使用.libPaths()函数查看),尽量不要安装到".RLibrary"之类无版本依赖文件夹。...’ 其实这个问题比较好解决,大家如果测试过的话,可能会发现这个报错只会在一个特定场合出现:一个已经打开过R或Rstudio项目,且上次退出时保存过R数据,而且大概率是你这些R数据直接/间接依赖了一个...这个操作也会额外修复一种情况: 就是你R界面中会疯狂重复打印一红色提示: trying to get slot "subclasses" from an object of a basic class...Depends是代表这个依赖项会载入到全局环境。 Imports是代表这个依赖项只会在当前包环境载入。 Suggests一般是用于帮助文档渲染时使用依赖项。...手动安装R包 手动安装源码包可以通过两个方式,一个是R里面使用install.packages函数,另一 个是使用命令行工具R CMD INSTLAL。

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R语言有多强大?十个你不知道功能

但在与计算机领域朋友沟通R语言其实已经成长为一种多功能编程语言,它功能远不限于数据分析而已。但是,R语言很多优秀特性并不为R语言社区以外的人所熟知。...比方说如果使用R语言flexdashboard包, 你只需要36代码,就可以生成一个可交互动态报表,来探索你BMI指数与全国健康营养检查样本结果关联。...3.几行甚至一R代码就可以支持网络应用运行 另外一个很酷功能是,通过rsconnect包,R语言还可以仅用一两代码就支持网络应用运行。...4.通过使用R语言dplyr/dbplyr,几乎各种数据库都可以连接 使用dbplyr包,用R语言连接各种数据库,无论是本地还是远程,都非常方便。...如果你还安装有Rstuodio Connect,这些函数可以像网络应用一样轻松地被部署。 8.你可以使用R语言来生成电子游戏界面 不仅是网络应用,R语言甚至可以生成电子游戏界面。

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使用R语言进行机器学习特征选择②

1.特征工程概述 特征工程其实是一个偏工程术语,在数据库领域可能叫做属性选择,而在统计学领域叫变量选择,其实是一个意思:即最大限度地从原始数据中提取有用信息以供算法和模型使用,通过寻求最优特征子集等方法使模型预测性能最高...(要求数据符合正态性) scale(iris.data, center = TRUE, scale = TRUE) # 或者运用BBmisc包normalize函数 library(BBmisc)...- min(col)) return(maxmin)} maxmin(iris.data) 归一化 此处归一化是指依照特征矩阵处理数据,其目的在于样本向量在点乘运算或其他核函数计算相似性时...Filter法(过滤法) 按照变量内部特征或者相关性对各个特征进行评分,设定阈值或者待选择阈值个数选择特征.与特定学习算法无关,因此具有较好通用性,作为特征预筛选器非常合适。...缺点主要是由于算法评价标准独立于特定学习算法,所选特征子集在分类准确率方面通常低于Wrapper方法。

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生信学习-Day6-学习R

取决于你要安装包存在于CRAN网站还是Biocductor,存在于哪里?可以谷歌搜到。 3 加载 library和require,两个函数均可。使用一个包,是需要先安装再加载,才能使用包里函数。...c(1:2,51:52,101:102),: 这部分是一个索引操作,用于选择数据集中特定。...逗号之后空位表示选择这些所有列(即所有的特征和标签)。 test <-: 这是赋值操作,它会将选择子集保存到一个新变量 test 。...这样做目的通常是为了在后续函数调用简化代码,特别是在你想要操作数据框特定列时。 这会从 your_data_frame 数据框中选择列名与 vars 向量字符串相匹配列。...在dplyr包filter()函数使用时,它可以用于筛选数据框匹配给定集合任一值。这行代码作用如下: filter(test, ...): 在test数据框筛选

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《美团机器学习实践》第二章 特征工程

数值特征(定量数据) 主要考虑因素:==大小和分布== 对于目标变量为输入特征光滑函数模型,如线性回归、逻辑回归,其输入特征大小很敏感,因此,使用光滑函数建模时,有必要对输入进行归一化。...使用多项式核、高斯核等 将随机森林叶节点进行编码 基因算法、局部线性嵌入、谱嵌入、t-SNE等 统计量。...使用场景:特征很多但样本较少 一般包括:产生过程、评价函数、停止准则、验证过程 过滤方法 :::hljs-center 图片 ::: 单变量 基于特征变量和目标变量相关性或互信息。...与过滤方法不同,封装方法直接使用机器学习算法评估特征子集效果,它可以检测出两个或者多个特征之间交互关系,而且选择特征子集让模型效果达到最优。...同时使用序列向前选择和向后选择,当两者搜索到相同特征子集时停止。 增L去R选择算法。若算法从空集开始,每轮先添加L个特征,再删除R个特征;若算法由全集开始,则每轮先删除R个特征,再添加L个特征。

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数据科学特征选择方法入门

我们将在下面的Python示例对每种方法进行解释。 包装器方法 包装方法使用特定特征子集计算模型,并评估每个特征重要性。然后他们迭代并尝试不同特征子集,直到达到最佳子集。...过滤方法 过滤方法使用错误率以外度量来确定该特征是否有用。通过使用有用描述性度量对特征进行排序,而不是调整模型(如包装方法模型),从而选择特征子集。...方差分析(ANOVA, Analysis of variance) 检验是一个特征治疗和治疗之间变异。这些差异是这个特定过滤方法重要指标,因为我们可以确定一个特征是否能够很好地解释因变量变化。...关于Ridge和Lasso回归一个重要注意事项是,您所有特征都必须标准化。Python和R许多函数都自动执行此操作,因为lambda必须对每个特征都应用相同值。...树构建方式使用嵌入方法包装方法。我们意思是,在建立树模型时,函数内置了几种特征选择方法。在每次拆分时,用于创建树函数会尝试对所有功能进行所有可能拆分,并选择将数据拆分为最同质组功能。

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RNA-seq下游分析-2

#RSEM定量后直接生成FPKM,无需标准化#RNA-seq下游-1有些混乱,重新整理#与原文存在差异原因是原文mRNA-seq要对注释gtf文件对进行过滤甲基化区域和polyA尾以及原文用hg19...vst 是一个函数,用于进行标准化处理,其中 blind = FALSE 表示不是盲标准化,即默认情况下,每个特征(基因)都被除以各自方差进行标准化。...hclust 函数用于进行层次聚类,其中 method = "ward.D2" 表示使用最小方差法(ward's method)进行聚类,并且计算是D2距离。...#矫正后MA图 在这句代码,dd2 <- lfcShrink(dds, contrast=contrast, res=dd1),lfcShrink是一个函数,它对数据集dds进行某种形式"收缩"处理...这种处理可能涉及到统计假设检验标准化或者归一化等步骤。

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端到端单细胞管道SCP-安装

---- 1、安装到全局环境 这里全局环境是指R默认包路径(在R通过.Library查看),与之相反是后文中使用renv所创建隔离环境。...R版本要求: R >= 4.1.0 Python版本要求: Python 3.7-3.9 注意,实际上Python版本并不重要,因为无需手动配置python环境,使用SCPPrepareEnv函数会自动下载安装所需版本...环境和软件包 conda = NULL会重新下载安装miniconda,此时也会删除已存在python环境并重装 PrepareEnv函数过程大致是: 寻找环境可用conda, 用户也可以手动设置...---- 2、安装到隔离R环境 SCP会牵扯许多依赖包,如果不想干扰当前环境,比如一些依赖包版本不想在安装时被改变,或者想将SCP及其依赖包设定在一个固定版本避免更新,来保证重复性,我们可以使用....是类似的,R session启动时被预先加载了一些包,导致无法正常加载dbplyr

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浅谈关于特征选择算法与Relief实现

1) 独立准则 独立准则通常应用在过滤器模型特征选择算法,试图通过训练数据内在特性对所选择特征子集进行评价,独立于特定学习算法。通常包括:距离度置、信息度量,关联性性度量和一致性度量。...对于特定学习算法来说,通常可以找到比过滤器模型更好特征子集,但是需要多次调用学习算法,一般时间开销较大,并且可能不适介其它学习算法。...分类器错误率(Classifier error rate ) 使用特定分类器,用给定特征子集对样本集进行分类,用分类精度来衡量特征子集好坏。   ...还是采用Matlabkmeans函数,将分类数改为3,由于分为3类后数据类型增多,判断较复杂,所以手动对数据进行分析,将所有特征属性加入进去。...R=D(r,:); %将第r选中,赋值给R 8 d1 = zeros(1,0) ;%先置0,d1是与R距离,是不是同类在下面判断 9 d2 = zeros(1,0) ;%先置0,d2是与R距离

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如何去学一个R包(下)

函数以与输入向量n相同顺序返回过滤表达式数据集,其中基因作为,单元格作为列。...在这种情况下,我们使用filterset函数生成过滤表达表来保留仅在所考虑轨迹上表达基因。在通过平滑参数alpha局部回归进行平滑化之后,计算沿着感兴趣分化轨迹伪时间表达谱。...此函数返回以下三个列表:som包som功能返回som对象,具有平滑和标准表达数据x,以及z分数转换伪时间表达谱转换z-score数据集zs。...作为另一种选择,该功能还可以执行标准DESeq2 (Love,Huber和Anders 2014)差异表达分析。 为了运行分析,表达数据与cell IDs向量对应于此数据集列名子集要一起输入。...它返回含有两个对象列表,具有所有基因平均重要性值一个数据集,这里所述基因至少在迭代作为或作为列通过阈值,以及具有重要性值标准偏差相应数据集。

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卷积神经网络之 - ZFNet

ILSVRC 使用 ImageNet 子集,其中包含 1000 个类别大约 1000 个图像。总共大约有 130 万张训练图像,5,000 张验证图像和 100,000 张测试图像。 ?...卷积操作标准流程是:卷积层 + 激活函数 + 池化层,图像经过上述步骤以后,得到特征图,为了可视化深层特征,我们需要对卷积进行逆过程操作,以便可以进行可视化。...最大池化是不可逆操作,但是我们通过记录最大值所在位置来近似最大池化逆操作。同时,在卷积流程中使用了激活函数,所以进行反卷积时,也需要加上激活函数 ?...列))『以下使用 R 代表,C 代表列』 ?...Layer4 & Layer5 第 4 层显示出显着变化,并且更具有特定类别:狗脸 (R1,C1) 鸟腿 (R4,C2)。

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推荐系统PMF - 概率矩阵分解和协同过滤

然后,我们可以将评分构建为N和M列矩阵R,其中N是用户数,M是要评分项目数。 ? 评分映射。可以将其视为每个用户()对多个项目(列)进行评分矩阵 R矩阵一个重要特征是它是稀疏。...为了训练我们模型,我们将寻求通过将参数U和V导数等价为零来最大化此函数。但是,由于高斯函数exp函数,这样做将非常困难。...用Python实现 为了进行训练,我们使用了IMDB电影数据库一个子集,然后将其分为两部分分别进行训练和验证。 初始化:为了初始化V,我们从零均值高斯绘制随机数,标准偏差为1 /λV。...在右侧,我们可以看到在训练集和测试集上评估RMSE值。考虑到R预测可能超出额定值0-5范围,我们使用线性插值法确保R值受此间隔限制。原始论文[1]提出了其他方法,例如使用逻辑函数和线性插值。...它利用具有相似首选项用户提供数据向特定用户提供推荐。它也被称为低秩矩阵分解方法,因为它使用低秩矩阵来估计等级R矩阵,然后进行有用预测。

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预测建模、监督机器学习和模式分类概览

模式分类(pattern classification)和机器学习(machine learning)是非常热的话题,几乎在所有的现代应用程序中都得到了应用:例如邮局光学字符识别(OCR),电子邮件过滤...在这种算法,模型是通过一系列操作而最大化“奖励函数”来进行学习。奖励函数最大化,可以通过惩罚“坏行为”,和/或通过奖励“好行为”来实现。...1936年,R.A.Fisher在他判别分析创建和使用了Iris数据集。Iris现在可以从UCI机器学习库免费得到。 ? 在一个监督分类任务,它将会是一个很好例子。...想要找到一个特定大小特征子集,用来最优化分类模型性能,往往需要一个穷举搜索——搜索采样所有可能组合。然而,在实际使用,由于运算限制,这种方法可能不具有可行性。...人工神经网络(ANN)是模仿人或动物“大脑”图类分类器,其中相互连接节点模拟是神经元。 决策树分类器 是树形图,其中,图中节点用于测试某个特征子集特定条件,然后分支把决策分割到叶子节点上。

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通俗易懂讲解机器学习特征工程

特征工程-特征选择 特征选择-Filter 特征选择-Wrapper 特征选择-Embedded 特征工程 目的:从特征集合挑选一组具有统计意义特征子集,从而达到降维效果。...Wrapper:直接把最终将要使用模型性能作为特征子集评价标准,包裹式特征选择目的就是为给定模型选择最有利于其性能特征子集。...1.将所有的特征按照特定搜索策略划分为特征子集,以减少搜索空间。...常用方法: 前向搜索 Forward Selection:先挑出一些小特征子集,逐步增加特征子集特征数u 后向搜索 Bacward Elimination:先从所有特征删除一些属性,逐步减少特征数...2.使用特定算法,如随机森林等等,根据算法效果对特征子集进行排序 优点:直接面向算法优化 缺点:需要定义搜索策略 特征选择-Embedded 将特征选择过程与模型训练过程融为一体,两者在同一个优化过程完成

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Fama French (FF) 三因子模型和CAPM模型分析股票市场投资组合风险收益可视化

今天,我们将使用我们通常投资组合,其中包括: + SPY(标准普尔500基金)权重25%。 + EFA(一个非美国股票基金),权重25%。 + IJS(一个小盘股价值基金)权重20%。...数据被打包为 zip 文件,所以需要做不仅仅是调用 read_csv()。使用tempfile() 基础 R 函数来创建一个名为 temp. 这是我们将放置压缩文件地方。...Gll3Ftrs <- read_csv(unz head(Gll3Ftrs ) 这很好用,但它特定于具有这些特定列名 FF 3 因子集。...我们可以使用该 lubridate 包将该日期字符串解析为更好日期格式。我们将使用该 parse_date_time() 函数,并调用该 ymd() 函数以确保最终结果为日期格式。...我们可以将这些结果通过管道传输到 ggplot() 并创建具有置信区间系数散点图。我不想绘制截距,因此会将其从代码流过滤掉。 我们用errorbar添加置信区间。

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