遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色 第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree...image.png 这个结果右侧的图例最下方式有一个NA的，如果不想要那个NA加一行代码 scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 参考链接是 https://stackoverflow.com...geom_tiplab(offset = 0.1)+ scale_color_manual(values=colors, na.translate=FALSE) 将图例的线更改的粗一点...image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 需要示例数据和代码 点赞 点击在看 然后在后台留言 20210605 就可以了 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝在使用ggplot2包绘制图形时，若轴文本标签过长则非常难受需要经过处理才能完美的嵌合图形。...❞ 加载R包 library(tidyverse) library(patchwork) 创建数据 df <- tibble( x = c("This is a *very &……longggggg...ANOTHER incredibly long long long long label"), y = c(10, 20, 30) ) 使用scale_x_discrete ❝这种方法直接在坐标轴设置中处理长标签...缺点：灵活性较低，主要用于简单的文本换行。...优点:灵活性高，可以进行更复杂的文本操作,易于扩展到其他类型的图表或分析。 缺点:代码稍显复杂,修改了数据结构，增加了新的列。
记录 在 Window 上编辑的脚本，上传到 Linux 上执行时一直报错，报错里有个 “\r”，每行后面都加了 “\r”，导致无法执行。...image.png 解决办法： vim -b filename image.png 执行： :%s/\r// 或者： :%s/^M//g image.png End....Copyright: 采用 知识共享署名4.0 国际许可协议进行许可 Links: https://lixj.fun/archives/linux去除rwindow中编辑的文本
image.png 修改图例中的分类名字 basic+labs( colour = "name1", shape = "name2" ) ?...image.png 删除图例中的一类 basic + guides(shape=FALSE) ?...一些自定义图例的测试 # 图例被红框包裹 basic + theme( legend.box.background = element_rect(color="red", size=2),...#图例中的字体设置 basic + theme(legend.text = element_text(size = 8, colour = "red")) ?...# 设置图例中的标题 basic + theme(legend.title = element_text(face = "bold")) ?
有时候我们想提取PDF中的文本不得不借助一些转化软件，本次教程给大家介绍一下如何简单从pdf文件中提取文本的R包。 安装R包： install.packages("pdftools")。...读取文本的命令： txt=pdf_txt(“文件路径”)。 获取每页的内容，命令：txt[n] 获取第n页的内容。 获取pdf文件目录： doc=pdf_toc(“文件路径”)。...当然doc变量中的目录还不是标准化的格式，那么我们需要一个通用json格式，需要安装R包jsoblite。...文本转换命令：json=toJSON(toc, auto_unbox = TRUE, pretty = TRUE)。再利用函数fromJSON(json)，我们就会把目录转化成为向量。...也就拿到了文档的整个目录。 综上步骤，我们便可以随便获取任意章节的任意内容。那么接下来就是对这些文字的应用，各位集思广益吧。
\r\n"); 那你知道这些 \n 和 \r 的区别吗？ 一、关于 \n 和 \r 在 ASCII 码中，我们会看到有一类不可显示的字符，叫控制字符，其中就包含\r 和 \n 等控制字符。 ?...在微软的 MS-DOS 和 Windows 中，使用“回车 CR('\r')”和“换行 LF('\n')”两个字符作为换行符; Windows 系统里面，每行结尾是 回车+换行(CR+LF)，即“\r\...在不同平台间使用 FTP 软件传送文件时, 在 ascii 文本模式传输模式下, 一些 FTP 客户端程序会自动对换行格式进行转换. 经过这种传输的文件字节数可能会发生变化。...如果你不想 ftp 修改原文件, 可以使用 bin 模式(二进制模式)传输文本。...一个程序在 windows 上运行就生成 CR/LF 换行格式的文本文件，而在 Linux 上运行就生成 LF 格式换行的文本文件。
本教程将解释如何使用 Python 在 Plotly 图形上手动添加图例文本大小和颜色。在本教程结束时，您将能够在强大的 Python 数据可视化包 Plotly 的帮助下创建交互式图形和图表。...情节发展必须包括一个图例，以帮助观众理解信息。但是，并非所有情况都可以通过 Plotly 的默认图例设置来适应。本文将讨论如何在 Python 中手动将图例颜色和字体大小应用于 Plotly 图形。...legend_font_color参数设置为“=red”以更改图例文本的颜色，legend_font_size参数设置为 14 以增加图例文本的字体大小。...这些参数控制图上显示的图例的颜色和字体大小。 最后，使用 Plotly 中的 show（） 函数显示绘图。...在 Plotly 图形中包含故事是数据可视化的重要组成部分。如果在某些情况下默认设置不足，则可能需要手动调整图例颜色和文本大小。
随着三代测序技术的发展和测序成本的下降，现在基于三代测序数据组装基因组做泛基因组的研究越来越多。...虽然测序成本降低了许多，但也是相对于之前，做大规模的测序组装的费用也是非常昂贵的，现在通常的做法是如果做了大规模的二代测序，通常会利用这些数据做的进化树，然后根据进化树的分布在每一个类群里选取一些有代表性的个体去做三代测序组装...比如大豆cell发表的泛基因组论文，就是从2000多份材料里选择26份有代表性的材料。...论文里通常会有一幅图来展示所有材料的进化树，然后做三代测序组装的材料单独标记出来 这个是大豆cell那篇论文的图1B 这里没有找到合适的数据，就自己随便构造一个进化树 这个进化树，大体上可以分为三个组，
图例项的legend icon。...ECharts 提供的标记类型有 'circle', 'rect', 'roundRect', 'triangle', 'diamond', 'pin', 'arrow', 'none' 也可以通过 '...image://url' 设置为图片，其中 URL 为图片的链接，或者 dataURI。...URL 为图片链接例如： 'image://http://xxx.xxx.xxx/a/b.png' URL 为 dataURI 例如： 'image://data:image/gif;base64,R0lGODlhEAAQAMQAAORHHOVSKudfOulrSOp3WOyDZu6QdvCchPGolfO0o...这种方式相比于使用图片的方式，不用担心因为缩放而产生锯齿或模糊，而且可以设置为任意颜色。路径图形会自适应调整为合适的大小。路径的格式参见 SVG PathData。
要在进化树上标记取样的样本 总样本的进化树，这个是随便构造的 library(ggtree) library(phytools) tree <- read.tree("data/20220829/fig2....nwk") plotTree(tree) 假如我选了 "A","H","J" 这三个样本要测序 获取这这三个样本的 node label lapply(c("A","H","J"),grep,tree...$tip.label) -> tips 获取这三个样本的所有父节点 lapply(tips,phangorn::Ancestors,x=tree,type="all") %>% unlist()
今天尝试解决使用ggplot2画图时的一个问题，图例不按规矩出牌。 ggplot2的作者们在测试时发现更新版本也出这问题了，正好可以用于简单说明。 本来是一个这样的图形 ? 新版本变成了 ?...而我是画两个相似的图形时出现这问题，数据结构一样，然后画图后图例的顺序变了~ 根据文档，默认使用了某种“秘密魔法”？！...如果我们要改变图例顺序，按下面的操作，将color变成1，然后fill使用默认排序： # And we can reverse the order p + guides( color = guide_colorbar...当然，如果你理解了上面的英文文档，怎么设定怎么排都是可以的。
Matplotlib是一个Python中常用的绘图库，用于创建各种类型的图表。在Matplotlib中，你可以使用titles（标题）、labels（标签）和legends（图例）来增强你的图表。...本文讨论Python的Matplotlib绘图库中可用的不同标记选项。...legends 图例是子图中的辅助框，它告诉我们哪些数据点属于哪个逻辑组。...当调用ax.legend()时，每个没有以下划线开头的标签且包含在轴对象中的艺术家都会生成一个轴图例条目。...像ax.scatter()和ax.plot()这样的绘图函数将label作为参数，默认情况下，这是创建图例时使用的标签。
ggtext让ggplot2图像也可以使用html、markdown及css语法，丰富了ggplot2文本的表现力。...在panel区域，也就是类似于原生的geom_text或者geom_label的图层所作用的区域，可以使用geom_richtext或者geom_textbox来扩展文本标注的表现力。...element_textbox element_textbox可以让长文本自动折叠，但是它在轴标签上无法使用。文本的旋转角度也不能是任意的，只能是0、90、180、270。...上图是固定的格式显示，strip的格式都是一样的，其实也可以更进一步，将strip按照分组显示，从而实现多一个维度的信息展示，比如此图的stipe文本是class信息（因为这里的分面是facet_wrap...(~class)控制的），那么可以将原始的数据的class格式化为一个html的标记，下图就是将strip的字体颜色映射为mpg中的cyl变量，当然了由于class中存在多种cyl信息，因此被拆分成了多个子图
本期大猫课堂将继续《R文本挖掘》系列，上节课中已经教大家如何用jiebaR分词包进行分词，本期将教大家一个更加进阶的分词功能：把搜狗专业词库添加进自己的用户自定义词典中。...稍微对中文文本挖掘有所了解的小伙伴们都知道，虽然当前的分词统计模型已经具有了部分识别未登记词（没有录入到内置词库中的词）的能力，但是分词的好坏很大程度上仍旧取决于内置词库的的全面与准确性，这对一些专业领域来说尤其明显...需要注意的是，cidian包没有发布在CRAN中，而是发布在github.com中，安装需要使用install_github()函数。...获得开发者工具的方法很简单，只要登陆https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/，然后选择下载Rtools33就可以了（假设你现在的R版本是最新的）。...此外，如何把转化后的众多词库拼成一个单一的词库、并且去掉重复的词条呢？想知道更多技巧，请关注下一期的大猫的R语言课堂吧！
文本替换是字符串的基本操作，Python的str提供了replace方法： src = '那个人看起来好像一条狗，哈哈' print(src.replace('，哈哈', '.'))...上面代码最后的输出结果是： 那个人看起来好像一条狗. 对于习惯了Java中的replace，Python的replace用起来有些不适应，因为后者不支持直接使用正则表达式。...要实现通过正则表达式的替换，可以配合Python的正则表达式模块使用。...比如： """ 替换掉字符串value内竖线之后的的内容 """ import re src = '[{"name":"date","value":"2017数据"},{"name":"年收入","value..., src) print(src) 最后的结果： [{"name":"date","value":"2017数据"},{"name":"年收入","value":"3000"},{"name":"税款
R中的因子用于存储不同类别的数据，可以用来对数据进行分组，例如人的性别有男和女两个类别，根据年龄可以将人分为未成年人和成年人，考试成绩可以分为优，良，中，差。...R 语言创建因子使用 factor() 函数，向量作为输入参数。...levels：指定各水平值, 不指定时由x的不同值来求得。 labels：水平的标签, 不指定时用各水平值的对应字符串。 exclude：排除的字符。 ordered：逻辑值，用于指定水平是否有序。...这个顺序也是有讲究的，一般是按字母顺序来排列。我们也可以按照自己的需要来排列因子的顺序。...关于这个参数后面我们还会给大家举个更实际的，跟临床数据相关的例子。 R中的因子使用还是更广泛的，例如做差异表达分析的时候我们可以根据因子将数据分成两组。
https://blog.csdn.net/u010105969/article/details/52872284 富文本可以将一串文字上的内容根据需求设置成不同的字体或大小如：“我是中国人”,...我们将“我是中国人”中的“中国”设置成红色，而将“人”设置成较大的字体。...Color153 range:NSMakeRange(15, 1)]; aboutBeniLbl.attributedText = AttributedStr 上述代码就将“会员礼遇条款”的颜色和大小做了特殊处理...有了富文本我们就可以轻松地将一连串文字进行自定义的设置，而不用使用多个Label去设置（这样会增大工作量）。
概述： 本节课程讲述了WEBGIS中的地图图例的实现。...课程主题： 地图图例的实现 课程内容： 1、地图图例的概念 图例是集中于地图一角或一侧的地图上各种符号和颜色所代表内容与指标的说明，有助于更好的认识地图。...2、Arcgis Server中图例的获取 REST http://localhost:6080/arcgis/rest/services/lzugis/base_china/MapServer...图例的获取 ?...3、GeoServer中WMS图例的获取 http://localhost:8088/geoserver/wms?
今天我们继续完善这个富文本显示的功能，比如文本链接解析、文本标题、指定文字加粗、斜体 等。本文会用到一些正则表达式的知识，本系列重点不是正则，不会做过多解释。如果看不懂，可以自己去补补。 ?...以下是 Flutter 文本解读 系列的其他文章： 《Flutter 文本解读 1 | 从源码认识 Text 组件》 《Flutter 文本解读 2 | Text 是如何画出来的》 《Flutter 文本解读...、文本链接的处理 1.链接匹配的正则 通过 \[.*?...return TextSpan(style: TextStyleSupport.defaultStyle, children: spans); } ---- 5.使用效果 这样便可以实现下面的将文本中的链接高亮...这样看来，新加一个规则，最重要的是找到其对应的正则表达式。找到之后，就是一些简单的处理了。本文就到这里，下一篇来看一下，在 Flutter 中如何实现一个代码高亮显示的富文本。
y ~ x y ~ 1 + x 很多读者在使用 R 的模型构建时可能会对其中的截距项感到困惑。上述两个模型都描述了简单的线性回归，是等同（完全一致）的。...当我们了解这一点后，我们在实际的操作过程中尽量指明截距项，这样能够更加方便自己和他人理解。 y ~ 0 + x y ~ -1 + x y ~ x - 1 上述3个模型都去除了截距项。...如果是 y ~ 1 那么得到的模型结果恰好是均值。为什么是均值呢？大家不妨想一想。...相关资料： https://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.html#Statistical-models-in-R https://stackoverflow.com.../questions/13366755/what-does-the-r-formula-y1-mean
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