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表达矩阵归一和标准,去除极端,异常值

归一:将每个样本特征(在转录组,特征就是表达量)转换到同一量纲下,把表达量映射到特定区间内,区间上下限由表达量极值决定,这种区间缩放法是归一常用方法。...标准:按照表达矩阵一个基因在不同样本表达量处理数据,每个样本点都能对标准产生影响,通过求z-score,转换为标准正态分布,经过处理数据均值为0,标准差为1,因此z-score也称为零...转换后表达量符合正态分布分布,Z-score只是一个临界,是标准结果,本身没有意义,有意义在于在标准正态分布模型它代表概率。...如果表达量较为稳定,不存在极端最大最小,使用归一。 如果表达量离散程度很大,存在异常值和较多噪音,用标准可以避免异常值和极端影响。...机器学习算法(SVM、KNN、神经网络等)要求归一/标准 剔除异常值 大家看群主代码绘制热图,里面经常看到z-score以及去除极端: ?

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R语言缺失处理结果可视

缺失发现和处理在我们进行临床数据分析时候是非常重要环节。今天给大家介绍一个包mice主要用来进行缺失发现与填充。同时结合VIM包进行缺失变量可视展示。...接下来就是我们如何填充呢,缺失填充函数mice包含了很多填充方法: ?...图中蓝色为原始数据,红色为推算结果。可以看出基本分布式是一致,,当然也存在一定差异。 我们也可以直接看全部变量情况: stripplot(imp) ?...我们还可以看下每个变量分布密度图是否存在差异。 densityplot(imp) ? 最后我们看下在VIM是如何可视结果。...图中橘黄色代表填充点数据。当然还有一个impute包专门用来进行缺失填充,大家可以根据自己需要进行选择,我是觉得有图有真相。

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实例说明图像灰度区别

首先我们还是得了解一下定义(搬运工): 灰度:在RGB模型,如果R=G=B时,则彩色表示一种灰度颜色,其中R=G=B叫灰度,因此,灰度图像每个像素只需一个字节存放灰度(又称强度、亮度...一般常用是加权平均法来获取每个像素点灰度。...:图像,就是将图像上像素点灰度设置为0或255,也就是将整个图像呈现出明显只有黑和白视觉效果 下面是matlab实验,请根据实验过程以及结果来进一步理解定义: 首先读入原图像并显示...最后将灰度图像进行并显示: >> level = graythresh(J);   %自动获取阈值(0-1) >> imgbw = im2bw(J,level);   %方法 >>...结果很明显了,自己思考并理解灰度定义吧

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Python提取彩色图像边缘

所谓是指只包含白和黑这两种颜色,下面的代码中使用白色表示内部或背景,使用黑色表示边缘。...图像边缘提取基本思路是:如果一个像素颜色与周围像素足够接近(属于低频部分)则认为是图像背景或者内部,如果一个像素颜色与周围像素相差很大(属于高频部分)则认为是图像边缘。...在具体实现时,边缘提取有很多种方法,分别采用不同卷积和,针对不同类型边缘。下面代码思路是:如果一个像素颜色与其右侧和下侧像素都足够接近则认为不是边缘,否则认为是边缘。...from PIL import Image def isSimilar(c1, c2, c3, ratio): #c1,c2,c3都是(r,g,b)形式元组 #判断c1是否同时与c2、c3都足够相似...c2 = im.getpixel((w,h+1))[:3] c3 = im.getpixel((w+1,h))[:3] #如果足够接近,在空白图像绘制白色

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OpenCVadaptiveThreshold与threshold对比

前一篇文章《Android划矩形截屏并加入OCR识别》在安卓我们做了划矩形截图进行OCR实识,其中只是简单进行了处理然后就传入图片识别,本来计划把图片后做一些透视变换Demo可以增加识别的效果...threshold效果 我自己常用函数,因为里面有THRESH_OTSU自动阈值 ,觉得挺方便,使用效果也不错,就直接在程序中用了,结果就出来了一面的效果。...遇到这个情况时,就只能回去补初级知识,看到了自适应adaptiveThreshold函数,最初开始学时候只是了解了一下,因为里面的有些需要自己设,觉得麻烦,所以就一直没有在意。...代码演示 我们直接对源图进行普通和自适应使用,做一个对比,前面加入了灰度,高斯模糊,形态学操作,最后再输出显示图片。...从上面的图可以看出来,用自适应后,九型人格四个字非常明显可以看出来,不过相对,燥点也是比较多,后面我们在这个基础上再看看怎么样处理不必要东西。

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OpenCV图像函数调用几个关键点详解

微信公众号:OpenCV学堂 关注获取更多计算机视觉与深度学习知识 threshold函数-参数说明 OpenCV在图像时候提供了一些很有用API函数,其实基于指定阈值与全局阈值API...src 输入图像,浮点数或者字节类型 dst 输出图像,跟输入图像类型一致 thresh, 阈值 maxval 最大 type 方式 当前支持五种方式,分别为: ?...直接输入阈值,很多人正常操作是: # 转为灰度之后 src = cv.imread("D:/images/test.png") gray = cv.cvtColor(src, cv.COLOR_BGR2GRAY...但是当手动阈值输入,变成自动阈值计算时候,threshold方法就只支持单通道图像,换言之,对三通道图像,threshold不支持自动阈值查找。...另外一个问题,这个也是很多新手调用C++版本threshold自动阈值计算问过我问题,就是自动阈值计算出来阈值是多少,其实就是调用函数返回double而已。可见有时候大家不怎么看官方文档。

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pytorch初始方法

——一个n维torch.Tensor a – 均匀分布下界 b – 均匀分布上限 1.2 正态分布初始(normal_) 使服从正态分布 N(mean, std),默认为 0,1 torch.nn.init.normal..._(tensor) 复制代码 1.6 单位矩阵初始(eye_) 将维 tensor 初始化为单位矩阵 torch.nn.init.eye_(tensor) 复制代码 1.7 狄拉克初始(dirac...groups (optional) – conv 层组数(默认:1) 1.8 正交初始(orthogonal_) 使得 tensor 是正交 torch.nn.init.orthogonal_..._(tensor, sparsity, std=0.01) 复制代码 tensor——一个n维torch.Tensor sparsity - 每列要设置为零元素比例 std – 用于生成非零正态分布标准偏差...选择“fan_in”会保留前向传递权重方差大小。 选择“fan_out”会保留向后传递幅度。

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pythongriddata外插_利用griddata进行维插

有时候会碰到这种情况: 实际问题可以抽象为 \(z = f(x, y)\) 形式,而你只知道有限点 \((x_i,y_i,z_i)\),你又需要局部全数据,这时你就需要插,一维方法网上很多...,不再赘述,这里仅介绍法 这里主要利用 scipy.interpolate 包里 griddata 函数 griddata(points, values, xi, method=’linear...’, fill_value=numpy.nan, rescale=False) points:维数组,第一维是已知点数目,第维是每一个点 \(x,y\) 坐标 values:一维数组,和 points...# 插目标 # 注意,这里和普通使用数组维度、下标不一样,是因为如果可视的话,imshow坐标轴和一般不一样 x, y = np.mgrid[ end1:start1:step1 * 1j,...gray plt.colorbar() plt.show() np.mgrid 函数每一个维度最后一个参数: 可以是实数整数,表示步长,此时不包括末尾数据(左闭右开) 可以是实部为零,虚部为整数复数

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R概率分布函数及可视

对于非数学专业的人来说,并不需要记忆与推导这些公式,但是需要了解不同分布特点。对此,我们可以在R调用相应概率分布函数并进行可视,可以非常直观辅助学习。...R拥有众多概率函数,既有概率密度函数,也有概率分布函数,可以调用函数,也可以产生随机数,其使用规则如下所示: [dpqr]distribution_abbreviation() 其中前面字母为函数类型...为概率分布名称缩写,R概率分布类型如下所示: 对于概率密度函数和分布函数,其使用方法举例如下:例如正态分布概率密度函数为dnorm(),概率分布函数pnorm(),生成符合正态分布随机数rnorm...,mena平均值,sd标准差 runif(n, min=0, max=1) #产生n个均匀分布数,min最小,max最大 接下来我们产生符合正态分布随机数并作图: library(ggplot2...R也可以产生多维随机变量,例如MASS包mvrnorm()函数可以产生一维或者多维正态分布随机变量,其使用方法如下所示: mvrnorm(n=1, mu, Sigma...)

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R语言可视——ggplot图表线条

今天跟大家分享是ggplot图表一类重要元素——线条。...R语言中ggplot函数系统涉及到线条地方有很多,最常见场景就是我们做geom_line()(折线图)、geom_path()(路径图),以及图表绘图区(panel)、图表区、网格系统(grid...今天以一个折线图为例,简要说明ggplot函数关于线条主要参数及其效果。...以上依次使用线条粗度为1,2,3,4,5,6,大家可以通过图表感受到ggplot图表中线条粗度变化规律。...除了折线图(以及路径图,等图层线条之外),在theme系统存在大量关于线条属性设置(网格系统、图表边框、轴线、图例系统),均可以参照以上参数进行设置。

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Golang JSON 信息序列和反序列

要将已序列 JSON 字符串赋值给另一个 JSON 对象属性,需要先将 JSON 字符串反序列。...反序列 因为我们想要 data 属性应该是一个 JSON 对象,所以首先我们要知道是,在给 data 赋值时,其必须是一个未序列(未序列在此处可以理解为非字符串)。...在 Golang ,一个结构体、切片 和 map 等都是未序列,序列通常为字节数组 []byte 或字符串。...赋值给了 data,此时 data 是一个序列 JSON 格式字符串,然后将 result 进行序列时候 data 就发生了第次序列,从而包含了转义符号 /。...data 必须是一个非序列,否则可能会进行次转义 28 result["time"] = time.Now().UnixNano() 29 30 // 模拟响应数据到客户端(序列) 31 resultBytes

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