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R语言-缺失(二)

mice函数md.pattern()函数可生成一个以矩阵货数据框形式展示缺失模式表格,将函数运用到sleep数据集中: > library(mice) > data(sleep,package...运行结果可知,0表示变量列中有缺失,1表示变量列缺失,第一行表示无缺失,第二行表示除了span之外无缺失,第一列表示各个缺失模式实例个数,最后一列表示各模式中有缺失变量个数。...可看到,sleep数据集有42例没有缺失,仅2个实例缺失span,9个实例同时缺失NanD和Dream,数据集总共包含42x0+2x1+.....1x3=38个缺失 aggr()函数不仅仅绘制每个变量缺失数...左边图可知缺失数量,NonD有最大缺失数14个,右边图显示有2个哺乳动物缺失NonD、Dream、Sleep评分。42个动物没有缺失。...两个变量均有缺失观测个数在两边界交叉处 (左下角 )蓝色标出。

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R语言-缺失(一)

大部分统计方法都假定处理是完整向量、矩阵、数据框,但是在大多数情况下,在处理真实数据之前 不得不消除缺失数据:(1)删除含有缺失实例;(2)用合理替代缺失。...睡眠变量包含睡眠做梦时长(Dream)、不做梦时长(NonD)以及它们和(Sleep)。...生物学变量包含物种被捕食程度(Pred)、睡眠时暴露程度 (Exp)和面临总危险程度(Danger) 处理缺失方法: ?...R语言中使用NA代表缺失,NaN(不是一个数)代表不可能,符号Inf和-Inf代表正无穷和负无穷,函数is.na、is.nan()和is.infinite()分别识别缺失、不可能和无穷,返回结果是...和-Inf无穷呗当作有效;必须使用缺失函数来识别数据对象缺失,比如mydata==NA逻辑是无法实现

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R语言中进行缺失填充:估算缺失

在大多数统计分析方法,按列表删除是用于估算缺失默认方法。但是,它不那么好,因为它会导致信息丢失。 在本文中,我列出了5个R语言方法。...链式方程进行多元插补 通过链式方程进行多元插补是R用户常用。与单个插补(例如均值)相比,创建多个插补可解决缺失不确定性。...数据集中有67%,没有缺失。在Petal.Length缺少10%,在Petal.Width缺少8%,依此类推。您还可以查看直方图,该直方图清楚地描述了变量缺失影响。...> impute_arg 输出显示R²作为预测缺失。该越高,预测越好。...它可以对插补模型进行图形诊断,并可以实现插补过程收敛。 它使用贝叶斯版本回归模型来处理分离问题。 插补模型规范类似于R回归输出 它会自动检测数据不规则性,例如变量之间高共线性。

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R语言之缺失处理

缺失处理 在实际数据分析缺失数据是常常遇到缺失(missing values)通常是由于没有收集到数据或者没有录入数据。 例如,年龄缺失可能是由于某人没有提供他(她)年龄。...识别缺失R 缺失用 NA 表示,是“Not Available”缩写。函数 is.na( ) 可以用于识别缺失,其返回结果是逻辑 TRUE 或 FALSE。...,这与上面函数 summary( ) 输出结果是一致;第二幅图展示了数据框 5 个变量不同组合下缺失个数,其中红色方块代表缺失,最右边数字代表个数。...R 中有多个可以实现缺失多重插补包,如 Amelia 包、mice 包和 mi 包等。其中 mice 包使用链式方程多变量补全法,被广泛运用于数据清洗过程。...从上面的输出结果可以看出,对于每一个变量,其余变量都被用于它缺失预测。函数 mice( ) 输出结果是一个列表,其中对象 imp 也是一个列表,存放是每个变量缺失插补

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R语言缺失探索强大R包:naniar

简介 缺失在数据无处不在,需要在分析初始阶段仔细探索和处理。在本次示例,会详细介绍naniar包探索缺失方法和理念,它和ggplot2和tidy系列使用方法非常相似,上手并不困难。...本次学习主要探讨3个问题: 开始探索缺失 探索缺失机制 模型化缺失 如何开始探索缺失 当你面对新数据时,可能首先会使用各种汇总函数查看数据基本情况,比如: summary() str()...这幅图会直接把缺失删掉,并不能知道缺失情况。...y = Ozone)) + geom_miss_point() + facet_wrap(~Month) + theme_dark() 可视化变量缺失...模型化缺失缺失建立模型!如果不学习这个R包,我是真的想不到还可以这样搞缺失

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缺失处理(r语言,mice包)

缺失处理是数据预处理重要环节,造成数据缺失原因有:数据丢失、存储故障和调查拒绝透露相关信息。这里我们使用VIM包sleep数据集为样本,介绍缺失处理方法。...数据缺失一般为前两种情况,最后一种情况处理较复杂,要对感兴趣关系进行建模,还要对缺失生成机制进行建模,并不断收集新数据。 判断缺失 1,is.na()函数。...与is.na()函数相反,缺失返回FALSE,正常数据返回TRUE,常用来选择无缺失数据。 ? 判断缺失模式 1,列表显示缺失情况。这里使用mice包md.pattern()函数。 ?...浅色代表小,深色代表大,红色代表缺失。matrixplot()展示了每条样本缺失情况。 (3)marginplot()函数,每次只能绘制两个变量缺失情况。 ? ?...查看插补数据,可用temp$imp,结果为每个数据集(第一行)每个观测(第一列)对插补数据。 ? nmis表示变量缺失数据个数,fmi表示由缺失数据贡献对变异。

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数据分析|R-缺失处理

数据往往会有各种缺失,异常值,错误等,今天先介绍一下如何处理缺失,才能更好数据分析,更准确高效建模。...一 查看数据集缺失情况 R中使用NA代表缺失,用is.na识别缺失,返回为TRUE或FALSE。...载入R包及内置数据集 library(VIM) #VIM包sleep数据集示例 data(sleep,package="VIM") 1)查看数据集整体有多少缺失及百分比 sum(is.na(sleep...左侧第一列,’42’代表有42条数据无缺失,第一个’9’代表9条数据Dream和NonD同时缺失。最后一行返回就是每一个变量(列)对应缺失数目,38为一共有多少缺失。下图同样意思。 ?...三 处理缺失 当充分了解了缺失情况后,可以根据数据量大小,以及某一列是否为重要预测作用变量,对数据集中NA行和某些NA列进行处理。

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R语言中特殊缺失NA处理方法

R语言中存在一些null-able values,当我们进行数据分析时,理解这些是非常重要。...通常来说,R语言中存在: NA NULL NaN Inf/-Inf 这四种数据类型在R中都有相应函数用以判断。 NA NA即Not available,是一个长度为1逻辑常数,通常代表缺失。...drop_na(df,X1) # 去除X1列NA 2 填充法 用其他数值填充数据框缺失NA。...3 虚拟变量法 当分类自变量出现NA时,把缺失单独作为新一类。 在性别,只有男和女两类,虚拟变量的话以女性为0,男性为1。如果出现了缺失,可以把缺失赋值为2,单独作为一类。..., Inf》 https://www.r-bloggers.com/2018/07/r-null-values-null-na-nan-inf/ 小白学统计《有缺失怎么办?

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R语言缺失处理结果可视化

缺失发现和处理在我们进行临床数据分析时候是非常重要环节。今天给大家介绍一个包mice主要用来进行缺失发现与填充。同时结合VIM包进行缺失变量可视化展示。...接下来就是我们如何填充呢,缺失填充函数mice包含了很多填充方法: ?...图中蓝色为原始数据,红色为推算结果。可以看出基本分布式是一致,,当然也存在一定差异。 我们也可以直接看全部变量情况: stripplot(imp) ?...我们还可以看下每个变量分布密度图是否存在差异。 densityplot(imp) ? 最后我们看下在VIM是如何可视化结果。...图中橘黄色代表填充点数据。当然还有一个impute包专门用来进行缺失填充,大家可以根据自己需要进行选择,我是觉得有图有真相。

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R语言缺失插补之simputation包

R语言中有很多插补缺失R包,但是这些R使用语法都不一样,不利于学习和记忆。...simputation包旨在简化缺失插补流程,提供了统一使用语法,提供多种常见插补缺失方法,可以和管道符%>%连用,非常值得学习。...这个包和之前介绍缺失探索R包naniar搭配使用效果非常棒,包作者也经常互相cue,一个用于探索,一个用于插补,而且是tidy风格,风格统一,非常推荐大家学习!...naniar介绍:R语言缺失探索强大R包:naniar simputation这个包提供了很多了插补缺失方法,很多方法我也没有使用过,今天学习一下。...,关于缺失探索和处理还有很多其他优秀R包,将在以后继续为大家介绍其他工具。

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超详细 R 语言插补缺失教程来啦~

今天小编给大家介绍一个用来处理缺失 R 包——MICE,本文为译文,原文链接[1]及参考文章[2]见文末。...数据处理 本文,我们将使用 R 自带一个空气质量数据集airquality来估算缺失。为了介绍 mice 包用法,先从数据集中删除一些数据点,制造一个缺失数据集。...左边红箱显示了缺失 Ozone Solar.R 分布,蓝箱表示剩余数据点分布。底部红箱显示了缺失 Solar.R Ozone 分布。...缺失被编码为 NA。 m:多重插补法数量,默认为 5。 method:指定数据每一列输入方法。...)确定拟合度最好线,然后通过修改imp,直到在右侧图形中找到那条线。

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R语言缺失数据变量选择LASSO回归:Bootstrap重(再)抽样插补和推算

p=30726 原文出处:拓端数据部落公众号 在存在缺失数据情况下,需要根据缺失数据机制和用于处理缺失数据统计方法定制变量选择方法。我们专注于可以与插补相结合随机和变量选择方法缺失方法。...与完全观测数据相比,在存在缺失数据情况下,变量选择出现了新挑战。特别是,存在不同缺失数据机制,对于每种机制,都有不同统计方法来处理缺失数据。...本文重点研究了随机缺失(MAR)机制。根据MAR研究了变量选择,并对用于处理缺失数据统计方法进行了研究。...(2,25),rep(3,15))) Bootstrap插补 随机创建缺失 dat <- mice(data1) complete(dat) 稳定性选择与自举插补相结合 train <- data[trainindex...,1:6] calibrate <- data[-trainindex,1:6] plot(train) Bootstrap插补 套索LASSO回归 lambda最优是通过交叉验证选择

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