用R画带ErrorBar的分组条形图 本文介绍了如何用R画出带error bar的分组条形图。 笔者近期画了一张带error bar的分组条形图，将相关的代码分享一下。...本文旨在给出一种利用R对生物学重复数据画带error bar的分组条形图的方法。 所用数据是模拟生成的：分成三个组，每个组进行了若干次生物学重复；测量的是3种基因的表达量。...df) %>% gather(gene, value, -Group) %>% # 将"宽数据"转化为"长数据" group_by(Group, gene) %>% # 将数据分组...两种方法的结果是一样的，相对而言，dplyr的实现方法更简单快捷。...df) %>% gather(gene, value, -Group) %>% # 将"宽数据"转化为"长数据" group_by(Group, gene) %>% # 将数据分组
chr,las=2, border = F,width = c(1,2),space = 1,density = 12,angle = c(45,135)) 人染色体长度分布图 二、分组条形图...#绘制分组条形图 x <- read.csv("sv_distrubution.csv",header = T,row.names = 1) head(x) #barplot(x) barplot...写在最后：有时间我们会努力更新的。...大家互动交流可以前去论坛，地址在下面，复制去浏览器即可访问，弥补下公众号没有留言功能的缺憾。原地址暂未启用（bioinfoer.com）。...sx.voiceclouds.cn 有些板块也可以预设为大家日常趣事的分享等，欢迎大家来提建议。
1绘制基本条形图 演示数据 以gcookbook包中的pg_mean数据集为例。...有时候，我们想额外添加一个分类变量跟x轴上的分类变量一起对数据进行分组。 此时，可通过将该分类变量映射给fill参数来绘制簇状条形图，这里的fill参数用来指定条形的填充色。...输出图片 3 绘制堆积条形图 演示数据 同上，以gcookbook包中的cabbage_exp数据集为例，该数据集包含两个分类变量Cultivar和Date和一个连续变量Weight。...，本例中对应的是填充色（fill）。...演示数据 以ggplot2包中的diamonds数据集为例。
前面给大家简单介绍了 ☞【R语言】R中的因子（factor） 今天我们来结合具体的例子给大家讲解一下因子在临床分组中的应用。 我们还是以TCGA数据中的CHOL（胆管癌）这套数据为例。...关于这套临床数据的下载可以参考 ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) 前面我们也给大家介绍过一些处理临床数据的小技巧 ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验，复现临床paper...*","stage I/II",stage) #转换成因子 stage=factor(stage) stage 可以得到下面这个两分组的因子 方法二、直接使用factor函数 #删除组织病理学分期末尾的...参考资料： ☞【R语言】R中的因子（factor） ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验，复现临床paper ☞R生成临床信息统计表...☞玩转TCGA临床信息 ☞TCGAbiolinks获取癌症临床信息 ☞肿瘤TNM分期 ☞R替换函数gsub
背景介绍 Excel是一个很强大的作图工具，做好的图使用Excel插件导出高质量的图，完美收官！ 今天我们来介绍一个，使用Excel做分组条形图！如下所示！...软件介绍 Excel 2019 64bit 绘图教程 1.在Excel中输入数据，如下所示分为三个组别，每个组别中的元素不同，对应的数据为均值±标准差格式 2.选中数据，选择作图，按照如下操作，选择确定...3.添加误差线：加号-图表元素-误差线-更多选项 4.在右侧选择：自定义-指定值 5.选择向上的箭头，选中标准差，添加进去即可 6.单击两下图中的柱子，即可更改颜色 7.同理，更改其他柱子的颜色...8.单击柱子，设置柱子的间隙宽度 9.最后一幅图分组条形图就做好了，使用XLToolbox插件直接导出就可以了！
数据分组，根据数据分析对象的特征，按照一定的数值指标，把数据分析对象划分为不同的区间部分来研究，以揭示内在的联系和规律性； 在R中，我们常用ifelse函数来进行数据的分组，跟excel中的if函数是同一种用法..."(20,40]" "(0,20]" "(60,80]" "(80,100]" [15] "(0,20]" > newData <- data.frame(data, level) 数据分组后的结果
本期开始继续基础图表(柱形图/条形图(bar charts))的绘制推文教程，但在系列绘制之前，我们先介绍下个人较喜欢的一个绘图R包-ggchicklet包，用于绘制带圆角角度的柱形图(Rounded...guide_legend(nrow = 1,title = "") )+ labs(x = "Class", y = "Data", title = "Base Charts in R...geom_chicklet()可视化绘制 该部分只需将上面代码中的geom_col()中的部分更换如下即可： geom_chicklet(aes(x=Class,y=Data,fill=Class),...“暗黑主题”的风格结果如下： ?...总结 本期推文算是基础柱形图之前的“前菜”-ggchicklet包的介绍及实例展示，这个包也是我比较喜欢的R可视化包之一了，当然 hrbrthemes包也需要灵活掌握哦，可以帮你快速制成“高大上”可视化图表作品
一、分组条形图 x <- read.csv("sv_distrubution.csv",header = T) x # svs % tidyr::pivot_longer(cols...+ theme(legend.position = 'bottom',plot.title = element_text(hjust = 0.5)) ggplot2 绘制基因组 SV 突变堆叠条形图...= '') ggplot2 绘制饼图 三、箱线图 head(ToothGrowth) ToothGrowth$dose <- as.factor(ToothGrowth$dose) #按提供药物种类分组...ggplot(data = ToothGrowth,aes(x=supp,y=len,fill=supp))+geom_boxplot() #按剂量分组 ggplot(data = ToothGrowth...大家互动交流可以前去论坛，地址在下面，复制去浏览器即可访问，弥补下公众号没有留言功能的缺憾。 bioinfoer.com 有些板块也可以预设为大家日常趣事的分享等，欢迎大家来提建议。
SwiftUI中的水平条形图 水平条形图以矩形条的形式呈现数据类别，其宽度与它们所代表的数值成正比。本文展示了如何在垂直条形图的基础上创建一个水平柱状图。 水平条形图不是简单的垂直条形图的旋转。...在Numbers 等应用程序中，水平条形图被定义为独立的图表类型，而不是垂直条形图。除了条形差异外，x轴和y轴的格式也需要不同。...Chart in SwiftUI Hide Bar Chart Axes in SwiftUI Bar Chart with multiple data sets in SwiftUI SwiftUI 中的水平条形图...将条形图转换为水平 水平条形图不仅仅是在垂直条形图上的配置，有一些元素是可以重复使用的。...在创建垂直条形图时学到的技术可以重复使用，但最好将水平条形图视为与垂直条形图不同的图表。当我们深入到轴等组件时，可以看到两个图表中的轴线都是一样的，但是它们的标签和定位在x和y之间是换位的。
对于这种图我一直都是使用R的base函数来完成的，代码其事并不复杂涉及到的无非就是plot、barplot、axis、text、mtext、par等几个基本的函数。...绘图过程 接下来介绍绘图的过程，既然是同时展示相对丰度和绝对丰度，那就必然需要两个绘图数据文件。 第一个文件是个组样本中不同物种相对丰度的平均值，另一个文件为个组样品中总生物量的平均值及其标准偏差。...，首先计算每一个物种在所有样本中相对丰度的总和，之后按照其数值高低对数据进行重排，保留丰度排名前十的物种数据，之后计算这些物种在各样本中的丰度总和，进而求出Others对应的数值。...使用text添加其对应的标签，注意这里的line用于调整坐标轴的位置，如果左侧空间不够，需要调整上一步par内mar中的第二个数值。 ? 条形图绘制完成之后绘制折线图。...，所以一定要添加par(new = T)，不然条形图就被覆盖了，这里绘图区域要与上一步条形图的绘图区保持一致。
专注R语言在生物医学中的使用 首先是加载R包和数据 library(tidyverse) library(ggtext) library(showtext) showtext_auto() load(..."E:/R/r-learning/r4ds/000files/df_animals_2.rdata") 主题设置 theme_set(theme_minimal(base_size = 19, base_family...labs(title = "突出显示个别条形的重叠条形图")+ # 主题细节调整...theme(plot.title = element_markdown(), axis.text.x = element_blank() ) 本文用到了很多之前学过的R...包和技巧： ggplot2修改坐标轴详细介绍 超详细教程：修改ggplot2图例 让你的ggplot2主题支持markdown和css 让你的ggplot2支持markdown语法
写在前面：之前我对于groupby一直都小看了，而且感觉理解得不彻底，虽然在另外一篇文章中也提到groupby的用法，但是这篇文章想着重地分析一下，并能从自己的角度分析一下groupby这个好东西~...OUTLINE 根据表本身的某一列或多列内容进行分组聚合 通过字典或者Series进行分组 根据表本身的某一列或多列内容进行分组聚合 这个是groupby的最常见操作，根据某一列的内容分为不同的维度进行拆解...one) (('b', 'two'), data1 data2 key1 key2 3 -1.125619 -0.836119 b two) 通过字典或者Series进行分组...(mapping,axis=1).mean() solution2：通过Series分组 mapping2 = pd.Series(mapping) # mapping2 橘子 水果 眼影...，在groupby之后所使用的聚合函数都是对每个group的操作，聚合函数操作完之后，再将其合并到一个DataFrame中，每一个group最后都变成了一列（或者一行）。
在 R 包中，我有看到过 maftools 中可以绘制这样的图，用来表示新的数据队列与 TCGA 数据的比较，这也是应用于 TMB 分析。因为研究问题，我最近也想尝试使用改种图形来展示数据。...下面是一个使用示例，通过构建一个示例数据进行绘图，展示如何传入分组变量和值变量、分组标签位置、排序以及点的透明度等： set.seed(1234) data <- data.frame( yval...源代码 目前该图的实现代码如下，代码通过 https://github.com/ShixiangWang/sigminer/blob/master/R/show_group_distribution.R...使用 ggplot2 实现这个图我遇到了不少难点，在实现的过程中除了深入理解了 ggplot2，我也同时感受到了它的灵活和限制。...难度有以下几点，感兴趣的读者不妨带着这些问题阅读源代码： 怎么对点排序，构建绘图坐标？ 怎么对不同的 panel 展示不同的背景颜色？theme() 中的选项都不支持向量化，所以必须另辟蹊径。
之前我们已经讲过很多条形图啦，但是今天我们再来讲一种条形图——环状条形图（Circular barplot）。当厌倦普通的条形图的时候或者空间有限但是要展示较多样本的时候，都可以考虑使用环状条形图。...什么是环状条形图（Circular barplot） 条形图是科研中常用的图，但是有时候可能你会觉得普通的条形图过于平平无奇。...还有些时候展示的空间有限，数据却很庞大，这时再用普通的条形图可能就不利于展示信息了。那么要怎么办呢？不如考虑一下使用环状条形图。我们先来看几个关于环状条形图的例子。...如何作环状条形图 1）需要什么样的数据 我们这次使用的数据以及代码来源Azandis的博客[1]。我根据最终的图片，整理了所需要的数据。...所以我们先对图像中的State进行排序。具体的排序规则参考了原blog的代码。
分组集的定义 是多个分组的并集，用于在一个查询中，按照不同的分组列对集合进行聚合运算，等价于对单个分组使用"UNION ALL"，计算多个结果集的并集。...分组集种类 SQL Server的分组集共有三种 GROUPING SETS, CUBE, 以及ROLLUP， 其中 CUBE和ROLLUP可以当做是GROUPING SETS的简写版 GROUPING...这样不仅减少了代码，而且这样的效率会比UNION ALL的效率高。通常GROUPING SETS使用在组合分析中。...，其作用是对每个列先进行一次分组，并且对第一列的数据在每个组内还进行一次汇总，最后对所有的数据再进行一次汇总，所以相比GROUPING SETS会多了个所以数据的汇总。...总结 分组集类似于Excel的透视图，可以对各类数据进行组内计算，这里不止可以进行数量统计，也可以进行求和，最大最小值等操作。是我们在进行数据分析时候经常使用到的一组功能。
第一部分：点图 在R语言里我们可以利用dotchart(x, labels=, groups=, gcolor=, cex=)函数来绘制点图，参数x是一组数值型向量，labels这个参数则是代表x中每个值的标签...除此以外，groups参数可以对x进行分组，gcolor指定各个组的颜色，而cex则可以控制标签的尺寸。在这里我们仍将使用R内置的mtcars数据集来演示。...# 按照mpg进行排序, 利用cylinder这个变量进行分组和上色 # cylinder是指汽车的气缸数 # 这里需要新建变量color用来存储颜色信息 x <- mtcars[order(mtcars...第二部分：条形图 在R中我们可以使用barplot(height)函数来绘制条形图，这里height可以是一个向量或者矩阵。如果是一个向量的话，则它的值就决定了每一个条带的高度。...从这个这个简单的条形图中我们可以看到不同挡数汽车的数目，也即车型在挡数上的分布，3挡的汽车类型最多。
import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt labels = ['G1', 'G2', 'G3',...
本文作者蒋刘一琦，自嘲是一个有艺术追求的生信狗，毕业于浙江大学生物信息学专业，目前在复旦大学就读研究生，研究方向为宏基因组。 在生物信息领域我们常常使用R语言对数据可视化。...在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。 什么是直方图/条形图？...对于直方图，我们要做的第一步就是把连续性的数据分箱（bin），所谓的分箱实际上就是将数据按照一定的间隔进行分组。...直方图例子 而条形图如下列例子统计了不同国家的样本数量。可以看到下图的柱子之间有间隔，体现出国家并非一个连续变量而是一个分类变量。 ? 条形图例子 直方图/条形图怎么画？...如何绘制直方图/条形图 1）需要什么格式的数据 本次我们来看一个新的R提供的数据，就是闪闪发光的钻石?Diamonds。 ?
最近在研究excel透视图，想到好像自己在R-分组操作并不是很流畅，顺便学习分享一下。R自带数据集比较多，今天就选择一个我想对了解的mtcars数据集带大家学习一下R语言中的分组计算（操作）。...目录 1 dplyr包中的group_by联合summarize 1.1 group_by语法 1.2 summarise语法 1.3 group_by和summarise单变量分组计算 1.4...$ carb: num 4 4 1 1 2 1 4 2 2 4 ... 1 dplyr包中的group_by联合summarize 1.1 group_by语法 data为数据集 ...为分组变量...分组变量一定要在“点+括号中”，例如"....“点+括号中”，例如".
一、前言二、初阶图形2.1 基本条形图2.2 水平柱状图2.3 带图例的堆叠柱状图2.4 带图例的分组柱状图2.5 ggplot作图2.6 plotly作图三、进阶图形3.1 水平柱状图3.2 显著性柱状图...3.3 堆积百分比柱状图3.4 分组柱状图四、讨论一、前言柱状图又称条形图，在统计分析中的使用频率最高，也是众多小白入门R最早绘制的可视化图形。...安装R包：barplotggplot2plotly二、初阶图形2.1 基本条形图values <- c(0.4, 0.75, 0.2, 0.6, 0.5) barplot(values,col = "#1b98e0...par('usr')[4], legend=rownames(rt), col=col,pch=15,bty="n",cex=1.3)dev.off()图片3.4 分组柱状图将刚刚初阶的分组柱状图设置为水平即可...有交互性的可视化R包，可以绘制点图、线图、条形图、气泡图、桑基图、甘特图、树状图等。
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