写在前面： 在如何通过Google来使用ggplot2可视化这篇文章中，我们曾经介绍过R语言在生物信息学中的重要性。 这篇文章也激发了很多小伙伴学习的热情。...如何安装旧版本的包 既然你点进来看，肯定是有需求。 一般来说，R语言自带的 install.packages函数来安装一个包时，都是默认安装最新版的。...如何通过Google来使用ggplot2可视化 用谷歌搜索来使用ggplot2做可视化（下） 如何切换镜像 这个技巧很重要，一般来说，R语言自带的 install.packages函数来安装一个包时，都是用的默认的镜像...,而我们需要更改成自己最方便的 install.packages(pkgs, lib, repos = getOption("repos"), contriburl = contrib.url(repos...如果是在国内， install.packages ("ABC",repos="http://mirror.bjtu.edu.cn/ "), 换成北大的镜像你会体验飞一般的感觉！
---- 如何安装旧版本的包 既然你点进来看，肯定是有需求。 一般来说，R语言自带的 install.packages函数来安装一个包时，都是默认安装最新版的。...如何通过Google来使用ggplot2可视化 用谷歌搜索来使用ggplot2做可视化（下） ---- 如何切换镜像 这个技巧很重要，一般来说，R语言自带的 install.packages函数来安装一个包时...,而我们需要更改成自己最方便的 install.packages(pkgs, lib, repos = getOption("repos"), contriburl = contrib.url(...如果是在国内， install.packages ("ABC",repos="http://mirror.bjtu.edu.cn/ "), 换成北大的镜像你会体验飞一般的感觉！...如果想永久设置，就用options修改即可。 如果你是Rstudio的IDE，只需要鼠标点击直接进入全局设置，一劳永逸的选择好镜像！ ?
“综合R档案网络”（CRAN）是一系列站点（称为镜像），它们携带相同的材料，由许多R包和R分发本身组成。您可以从任何CRAN镜像下载R和许多R软件包，但我们将使用RStudio镜像。...它使用一个特殊文件列出了应从中下载软件包的来源。那个文件是/etc/apt/sources.list。为了获得最新版本的R，我们需要通过在sources文件中添加一行来将正确的存储库添加到源列表中。...如前所述，CRAN不仅托管R本身，还托管许多R软件包。要安装CRAN上托管的新R包，或更新现有R包，可以使用R中的install.packages()函数。...# This is an example, do not run this install.packages("somepackage") 但是，默认情况下，R中特定用户安装的任何程序包只能供该用户使用...但是，建议不要以root身份登录，因此我们只能以root身份运行R命令。我们还将指定repos参数，以便从RStudio CRAN存储库下载包，这与我们下载R本身时使用的相同。
这将确保齐柏林首次见到R解释器。 使用R解释器 默认情况下，将R解释显示为两个Zeppelin解释器，%r和%knitr。 %r将表现得像普通REPL。您可以像CLI中一样执行命令。 ?...同样的情况下与共享%spark，%sql并%pyspark解释： ? 您还可以使普通的R变量在scala和Python中可访问： ? 反之亦然： ? ?...（请注意，%spark.r和%r是调用同一解释的两种不同的方式，因为是%spark.knitr和%knitr默认情况下，Zeppelin将R解释器放在%spark.翻译组。...如果您尝试安装在不区分大小写的文件系统（Mac OS X默认值）上，则maven可能无意中删除安装目录，因为r它们R成为相同的子目录。...如果您尝试使用SPARK_HOME运行Zeppelin，该版本的Spark版本与-Pspark-1.x编译Zeppelin时指定的版本不同。
（1）R包安装 按需索取，目的不是学会某个具体的R包，而是找所有R包使用的规律。 不需要安装所有的R包，需要哪一个，装哪一个。...##已经安装的包，可以用 :: (双冒号)快速调用里面的函数，不需要加载。 BiocManager::install()....根据反馈出来的逻辑值判断是否安装成功。 require() 返回逻辑值是TRUE时，说明已经安装，而 !...图片 ##例如常用的画图软件的安装和加载，可以运行如下程序 #设置镜像 options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/...更换网络，设置镜像 6）not writable / permission denied 权限问题：管理员方式重新打开Rstudio,重新运行代码。 7）？？？？？ 中文用户名，需要修改环境变量。
使用国内镜像-推荐清华或中科大镜像-设置镜像即可-网址在day4的R脚本tools - global option -packages -primary CRAN repository中设置镜像，选择中科大或清华代码设置...-day4的R脚本中清华镜像CRAN清华镜像bioconductor清华镜像中科大镜像CRAN中科大镜像bioconductor中科大镜像R包安装和使用逻辑安装-加载-使用包里的函数已经安装的包可以用:...:快速调用包里的函数 比如：pheatmap::pheatmap(volcano)和library(pheatmap)+pheatmap(volcano)效果类似如果后续长时间使用某个包，使用library...require(qlcMatrix))install.packages(ad,repos = NULL)疑问package not available包名写错命令行错误可能R语言版本不适配（极少）包过时被剔除...require(ggstatsplot))install.packages("ggstatsplot")library(ggstatsplot)#尝试装ggstatsplot的包，学习使用它colnames
| 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirror，Ubuntu 的软件源配置文件是 /etc/apt/sources.list。...conda软件镜像源 依次输入以下命令设置软件镜像源，并展示镜像源地址，这里设置了中科大镜像： conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn...R环境设置 注意，安装使用R首先需要你的电脑用户名不能含有中文，否则后期运行程序会很容易报错，如果用户名含有中文请进行更改（很难。。。）...或新建一个用户； Rstudio是R的编译器，能提升用户交互体验，安装Rstudio前一定要先安装R 2.1 R与Rstudio下载安装 先在清华镜像源下载 R，地址：The Comprehensive...Rstudio中设置清华镜像源 依次进入：Tools——Global Options——Pakages——Change；选择镜像源 2.2 Bioconductor与R包下载 新建一个Rscript
在R包版本依赖有误、新版R包存在bug或者新版R包函数重大更新导致自己代码报错等情况下，一个可选的解决方案是安装特定的旧版本的R包来解决。...R中安装R包的函数是install.packages函数，一般使用都是install.packages('包名')，比如安装ROCR包就是install.packages('ROCR')。...install.packages会自动从CRAN下载ROCR包的最新源码，并执行编译安装。...本地文件/文件夹安装R包时都是需要指定repos=NULL的，也就是上一句应该是： install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/ROCR...Version # "ROCR" "1.0-7" 注意，在windowns及部分版本的mac平台上，install.packages往往会尝试优先安装二进制R包而不是源码R包，如果安装时有报错这些信息
链接：网盘链接 提取码：ikya 之后的安装基本是都是 傻瓜式 安装 ---- 四、R 安装 双击之前下载好的可执行文件 R-X.X.X-xxx.exe 选择安装时使用的语言，确定 下一步...将以下配置粘贴上去 ## 设置镜像 local({ r <- getOption("repos") r["CRAN"] <- "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn.../CRAN/" options(repos=r)} ) options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") ## 设置下载方式...修改全局设置 在 Tools 的 Global Options 选择 China 的镜像 2....升级 R 包 以下是经常会使用到的包，复制以下命令回车执行就完事 update.packages() if(!
❝接「R」R Docker 教程❞ 第五课：Dockerfile 前面我们学习了一个可以在 Docker 中运行 RStudio 的基础镜像，学习如何使用 docker commit 修改镜像的内容。...接下来，让我们基于该基础镜像添加一层，让 gapminder 提取安装好可以直接使用： RUN R -e "install.packages('gapminder', repos = 'http://cran.us.r-project.org...')" RUN 命令可以执行 Shell 命令，这个例子中，我们直接通过 Shell 调用包安装命令。...Docker 镜像时，你可能注意到了类似下面的输出： Step 2 : RUN R -e "install.packages('gapminder', repos = 'http://cran.us.r-project.org..., repos = 'http://cran.us.r-project.org')" 接下来将我们的分析写成脚本并将其添加到 Dockerfile 中。
，你所使用的网络环境，在访问清华镜像的时候存在问题，可以尝试换个网络环境，或者换个镜像源； # 运行这两句代码设置一下北外镜像 options("repos"= c(CRAN="https://mirrors.bfsu.edu.cn...A13:提高下载速度 Q14:这个BiocManager的包一直安装不上，用测试代码download.file可以下载的，切换镜像也没有用 A14:这个报错的可能原因是，你所使用的网络环境，在访问清华镜像的时候存在问题...，可以尝试换个网络环境，或者换个镜像源 # 运行这两句代码设置一下北外镜像 options("repos"= c(CRAN="https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/")) options...你之所以画不出来，其实是因为你的iris被你改动掉了，这个改动重启就可以解决 Q20:这个包怎么都安不上 A20:用这个代码 install.packages("https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn...我看视频上需要二百多个包 A24:正常的 Q25: A25:这是R包兼容问题，需要安装特定版本的Matrix包，提示信息里有 Q26:为什么老师你在昨天的数据过滤中，要查看开头为MT 的细胞的百分比？
目录： 判断式安装 向量保存包名再安装 安装包技巧 还是使用我的R 包 R studio 修改镜像 如果你是通过R studio 使用R，是可以直接通过偏好中的设置去修改镜像： R 默认提供了非常多的镜像来源...使用R 包 比如我的R 包，你可以在主界面了解详细信息：https://github.com/mugpeng/pengToolkit (也可以点击原文链接) # install devtools install.packages...({ r <- getOption( "repos" );# set CRAN mirror for users in China r[ "CRAN" ] <- "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn.../CRAN/"; # CRAN的镜像地址 options( repos = r ) BioC <- getOption( "BioC_mirror" ); # set bioconductor...安装包技巧 判断式安装 我们可以利用requireNamespace 函数判断包是否安装在R 中，如果有则返回T，利用判断，看是否执行安装命令： # 安装biocmanager（bioconductor
安装和加载R包 1.配置镜像 为了一劳永逸地完成镜像配置，我们需要在将镜像链接设置在R的初始配置文件.Rprofile里。...options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) # CRAN的清华镜像源 options(BioC_mirror...="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") # Bioconductor的中科大镜像源 2.安装R包 R包安装命令是install.packages(“R包名”) 或者BiocManager...::install(“R包名”) 3.加载R包 一般使用library(“R包名”)加载R包 dplyr包的学习 1.五个基本函数 首先构建一个储存数据的变量test 图片 新增一列数据mutate()...>% group_by(Species) %>% summarise(mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length)) # %>% 意思就将前面的内容作为后面的处理对象，依次执行下去
R包R包在哪里及怎么安装(1) CRAN网站install.packages("包名称")(2) Bioconductor网站BiocManager::install("包名称")(3) Github网站.../bioconductor/ # 中科大镜像# http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/# http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/代理设置tools-global...option-packages CRAN代码设置# options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))# options...(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")R包安装和使用逻辑：安装-加载-使用函数已经安装的包，可以用::快速调用里面的函数，如果一个包要用的函数很多...## require(包名称)返回的是逻辑值，TRUE为已安装，FALSE为未安装### if TRUE执行后面的语句，if FALSE不执行# if(!
0,]#取出df1中#筛选test中，Species列的值为a或c的行test[test$Species!..."=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))#设置镜像#1.CRAN的直接installinstall.packages("tidyr")...require(string))install.packages("stringr")包是否下载成功的唯一标准是library()没有error，当提示package not available时，原因可能为...首先考虑原因1.2，多搜索多尝试提示connection、download：网络问题提示writable、permission：权限问题，管理员方式打开R图片读取表格、fread函数input <- read.csv...proj的文件夹内的文件时，写全路径多用tabfread函数读取快且遇空行不易出错引用自生信技能树马拉松课程小洁老师R语言基础
R包安装的方式 之前在学习数据挖掘课程的时候，就按照小洁老师教的方法整理过相应的笔记啦，R包安装与使用 那我们先回顾一下，基本的R包安装方法——配置好镜像，然后按照对应的来源安装需要的R包。...首先需要设置好Rstudio的镜像： #设置镜像 options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/") options(BioC_mirror="https...来自CRAN的包 可到CRAN的镜像中查找CRAN.r_project（https://cran.r-project.org/） CRAN_R包 install.packages("ggplot2"...Github上R包 如果是github上的包，可以采用输入作者名以及R包名字之后使用命令进行安装 安装Github上的包 #使用devtools安装 install.packages('devtools...在使用remotes将R包导入Rstudio中 # 括号里填入R包所在的位置 remotes::install_local(".
---title: "R包的三种安装方法"output: html_documentdate: "2023-03-11"---R包可以理解为是多个函数的打包存放，R语言中特定的分析功能需要用相应的R包实现...1.下载前我们可以先设置镜像网站加快R包的下载速度，再安装R包清华镜像http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn.../bioconductor/中科大镜像http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/options("repos"=c(...，可以去搜素引擎中搜一搜或者自己逐一试一试！...require(stringr))install.packages("stringr")# 在包未加载成功的情况下则执行if后面的函数，即安装R包# 包加载成功的情况下，则不执行安装该包的命令
温馨提示：要看高清无码套图，请使用手机打开并单击图片放大查看。 1.文档编写目的 ---- CDSW中提供的基础镜像中已有R的环境，但是在真实使用过程中往往需要安装更多R的包。...这样在创建新的Project时，如果使用定制过的Docker镜像，就不需要再去安装额外的R依赖包。本文档主要讲述如何基于CDSW基础镜像定制我们自己的Docker镜像。...到此完成容器的启动并登录，接下来我们就可以对容器R的环境进行修改配置 2.修改R的CRAN源指向私有源 在/usr/local/lib/R/etc目录下新增文件Rprofile.site，并添加如下内容...4.保存Docker镜像 在未退出容器的情况下，在新的命令窗口创建执行如下命令保存一个新的Docker镜像。...3.全局设置使用自定义镜像 此处可以将我们的自定义镜像设置为默认镜像，这样所有的docker启动时默认使用的时自定义镜像 [5jvxa4riwj.jpeg] 4.Project设置自定义镜像 打开myfirstR
学习R包R包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。学生信，R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。 包的使用是一通百通的。...1.安装并加载R包1.1 镜像设置也和Linux一样，官方源因受到网速影响比较慢，添加国内镜像源会方便很多这里需要用到两行代码# options函数就是设置R运行过程中的一些选项设置options("repos.../bioc/") #对应中科大源# 当然可以换成其他地区的镜像options()$BioC_mirro #检验默认镜像options()$reposr # 查询自己的镜像这种是每一次打开都要重新设置一次的还有一种像...Linux一样直接修改R中的相当于Linux中的.bashrc/环境文件一样的R的环境文件.Rprofile即可首先用file.edit()来编辑文件：file.edit('~/.Rprofile')然后在文件中添加上述两行代码即可保存重新加载一下...R（很像Linux中的source ~/.bashrc）可以看到配置好镜像啦1.2 安装install.packages(“包”) # 普通安装(从CRAN安装)BiocManager::install
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