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R中轻松绘制聚类热图

论文关于永久群内容的说明 ❝给予长期支持我们的忠实读者们一个特别待遇：凡是购买过小编2022年或2023年VIP会员文档的朋友们，「将自动获得2024年及以后更新的绘图文档代码，无需额外付费。」...目前这两年的会员文档已累记卖出1500+，质量方面各位无需担忧。简要概括就是只要购买任意1年的会员内容，2024及后期公众号所更新的绘图文档均会在已经加入的会员群内分享。...❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggtree) library(treeio) library(ape) library(magrittr) library(ggtreeExtra...6.xlsx") %>% column_to_rownames(var="Tissue") %>% t() %>% dist() %>% ape::bionj() 按行进行聚类

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R中绘制环状聚类热图

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友需要绘制环状热图叠加多层注释，本节来通过一个例子来简单介绍一下如何实现，主要通过「ggtreeExtra」来实现，聚类分析使用「ape」包来进行更加适用于生物信息相关的数据...「数据代码已经整合上传到2023VIP交流群」，加群的观众老爷可自行下载，有需要的朋友可关注文末介绍加入VIP交流群。...❞ 关于永久群内容的说明 ❝给予长期支持我们的忠实读者们一个特别待遇：凡是购买过小编2022年或2023年VIP会员文档的朋友们，「将自动获得2024年及以后的绘图资料和代码更新，无需额外付费。」...目前这两年的会员文档已累记卖出1500+，质量方面各位无需担忧**。简要概括就是只要购买任意1年的会员内容，2024及后期公众号所更新的绘图文档均会在已经加入的会员群内分享。...❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggtree) library(treeio) library(ape) library(magrittr) library(ggnewscale

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amos中路径p值_输出无向图的路径

/zhebushibiaoshifu/article/details/114333349）中，我们详细介绍了基于Amos的路径分析的操作过程与模型参数，同时对部分模型所输出的结果加以一定解释；但由于Amos...内生变量在Amos中突出的特点即为其被箭头所指，或者说其有一个残差项（这是因为AMOS路径图表示的为线性回归模型，因此所有因变量都需要加上一个残差）。 ...“Fixed”表示模型中值已经被固定为一个常数的参数；“Labeled”表示模型中值已经带有标签的参数；“Unlabeled”表示模型中既没有被固定值，也没有带上标签的参数，这一类参数可以取任意值（当然...）时小于0；“c.r.”个人认为应该是“C-R下界”；“kurtosis”为“峰度”，表示一组数据在平均值处峰值的高低，峰越尖，峰度越小，峰越厚，峰度越大。 ...如有必要，Amos会为我们尚未命名的任何参数命名，且这一名称将与我们提供的名称一起出现在标签列中。

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R语言聚类树图小例子

rpubs.com/shirokaner/320218 http://www.sthda.com/english/wiki/beautiful-dendrogram-visualizations-in-r-...5-must-known-methods-unsupervised-machine-learning 数据集 R语言内置数据集USArrests 1973年美国50个州每10万人中因袭击、谋杀和强奸而被捕的人数和居住在城市地区的人口比例...层级聚类法使用到的函数是hclust() hc<-hclust(dist(USArrests),method="ave") 使用```ggdendro```包对结构进行展示安装ggdendro包并查看帮助文档...install.packages("ggdendro") help(package="ggdendro") 将层级聚类的结果转化为ggdendro作图需要的格式，用到的函数是dendro_data(...image.png 给不同的类别添加不同的颜色 df1$labels$Group<-c(rep("A",16),rep("B",14),rep("C",20)) ggplot(segment(df1))

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R中优雅的绘制物种冲积图

最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer) library...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus, stratum...、大小，颜色为黑色 axis.title.y = element_text(margin = margin(r = 10), size = 11, color = "black"), # 设置...= element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 图片绘制组间冲积图 plot %>% select(1,3,4) %>% group_by(Genus,group) %>%

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R中优雅的绘制物种冲积图

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...下面小编就来简单介绍一下代码 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus,...、大小，颜色为黑色 axis.title.y = element_text(margin = margin(r = 10), size = 11, color = "black"), # 设置...= element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 绘制组间冲积图 plot %>% select(1,3,4) %>% group_by(Genus,group) %>%

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设计模式学习（四）-UML中的类图及类图之间的关系

UML 从目标系统的不同角度出发，定义了用例图、类图、对象图、状态图、活动图、时序图、协作图、构件图、部署图等 9 种图。这里简单介绍下设计模式种经常用到的类图，以及类之间的关系。...https://gitee.com/zxxfire/blogImags/raw/master/img/20200831222751.png 3.类图类图（ClassDiagram）是用来显示系统中的类...根据类与类之间的耦合度从弱到强排列，UML 中的类图有以下几种关系：依赖关系、关联关系、聚合关系、组合关系、泛化关系和实现关系。其中泛化和实现的耦合度相等，它们是最强的。 1....在代码中，某个类的方法通过局部变量、方法的参数或者对静态方法的调用来访问另一个类（被依赖类）中的某些方法来完成一些职责。...6.实现关系实现（Realization）关系是接口与实现类之间的关系。在这种关系中，类实现了接口，类中的操作实现了接口中所声明的所有的抽象操作。

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R中优雅的绘制环状sina图

❝在R中创建sina图使用geom_sina函数，sina图是一种用于显示单个分类变量的每个观测值的图形。它与箱线图和小提琴图类似，但是它显示了每个单独的数据点，这可以提供关于数据分布的更多信息。...❞ 「sina图的主要优点是它可以清楚地显示每个数据点，而不是简单地显示数据的总体分布。这使得sina图特别适用于小样本大小的数据集，其中每个数据点的值都很重要。」...gas_day_started_on)) 数据可视化 df %>% ggplot(aes(x=mth, y=gas_in_storage_t_wh,group=mth)) + # 使用ggforce包中的...), lab=c("2","4","6","8TWh")), aes(x=x, y=y, label=y),inherit.aes = FALSE)+ # 使用scico包中的...month.abb[1:12]) + scale_y_continuous(breaks=c(seq(0,8,2))) + coord_polar() + # 使用极坐标系 # 使用cowplot包中的

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R中轻松绘制南丁格尔图

加载R包 library(tidyverse) library(ggtext) 导入数据 df <- readr::read_csv('data.csv') 构建标签数据 labs Season 3")) 数据可视化 ggplot(df, aes(x = Episode_order)) + # 为y轴的值添加文本注释...为间隔添加水平线 geom_hline(yintercept = seq(0, 50, by = 10), colour = "grey70", linewidth = 0.3) + # 添加柱状图，...geom_col(aes(y = F_count_total, fill = as.factor(Season)), alpha = 0.8, show.legend = FALSE) + # 添加柱状图，...表示RK的计数 geom_col(aes(y = F_count_RK, fill = as.factor(Season)), show.legend = FALSE) + # 添加富文本

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「R」R 的属性和类

： > colnames(m) [1] "c1" "c2" "c3" > rownames(m) [1] "r1" "r2" "r3" "r4" 有意思的是，我们可以通过简单地改变属性将矩阵转化为其他类的对象...例如我们通过移除对象的维度属性，达到改变类型和类的目的。...： > b <- 1:12 > b [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 我们可以用方括号来操作a中的元素，但对b不能用同样的方式（因为对象b没有任何维度）。...> dim(b) <- c(3, 4) > b[2,2] [1] 5 > all.equal(a,b) [1] TRUE > identical(a,b) [1] TRUE 类对象的类是对象的属性之一...R对象所属的类。

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怎么看懂UML中的类图？

它的特点是简单、统一、图形化、能表达软件设计中的动态与静态信息。统一建模语言能为软件开发的所有阶段提供模型化和可视化支持。...主要介绍开发中常用的类图时序图状态图。...在 UML 中，类使用包含类名、属性和操作且带有分隔线的矩形来表示。首先讲解关系先来看一个例子： ?...下面具体介绍各个箭头符号的作用首先介绍图形类类一般是用三层矩形框表示，第一层表示类的名称，第二层表示的是字段和属性，第三层则是类的方法。第一层中，如果是抽象类，需用斜体显示。图片来源[3] ?...UML中用实心菱形头的实线来表示组合，菱形头指向整体。 ? 类符号以上就是类图之间的关系符号，还有就是在类中+号是什么意思，其实不光有+号。 ?

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【R语言】复现paper中的韦恩图

韦恩图（venn）又称文氏图，是科研文章中最常见的图，可以用来表示多个数据集之间的关系。当然也可以进行集合运算。一般用于展示2-5个集合之间的交并集关系。...=========华丽的分割线============ 对于掌控性要求比较高的同学，可以试着自己写R代码来绘制韦恩图。...今天我们就来重现下面这篇学术论文里面的韦恩图 Fig3为韦恩图下面我们用R里面的VennDiagram包来重现这个图我们这里就不用原文作者的数据了，而是随机产生了4个gene list，这四个...fill = rainbow(setnum), #控制圆圈中的数字 cex = 0.3, #字体大小 #fontface = "bold", #粗体 #fontfamily...R的UpSetR包来画Upset plot，如下

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R中实现面积图 (Area plot)

面积图是一种基于折线图的图形，可以通过图中的面积来表示数据的大小情况，比如下面两种都是面积图： ? ?...wiki 下面是堆积面积图 (stacked area plot) 的在R中的简单实现，主要是用geom_area画出面积： set.seed(1492) Sector <- rep(c("S01","...gis.stackexchange.com/questions/163143/why-is-my-stacked-area-graph-in-ggplot2-returned-as-stacked-lines http://r-statistics.co.../Top50-Ggplot2-Visualizations-MasterList-R-Code.html http://t-redactyl.io/blog/2015/12/creating-plots-in-r-using-ggplot2

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R 数据可视化 01 | 聚类热图

文章目录示例数据运行环境绘制聚类热图常规聚类热图绘制无分类信息热图无聚类热图分割聚类树热图多分组聚类热图分组调色显示文本去除描边字体相关调整聚类树高聚类方法选择保存为图片...FPKM值运行环境 Rstudio：如果系统中没有 Rstudio，先下载安装：https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download...常规聚类热图绘制 ?...详细参数设置说明设置工作目录 setwd("E:/R/WorkSpace/baimoc/visualization") 在R的执行过程中，为了方便，需要指定一个获取文件和输出文件所在的目录，这样就不需要每次设置全路径...，只需要指定相对目录 setwd("E:/R/WorkSpace/baimoc/visualization")的意思就是设置工作目录为E:/R/WorkSpace/baimoc/visualization

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R中轻松绘制树状热图的若干方法

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍如何在R中绘制树状热图，通过「sourmashconsumr」 & 「metacoder」两个R包的案例来进行介绍，更多详细的内容请参考作者官方文档。..., groups = metadata) 设置随机种子 set.seed(1) 绘制树状图热图...metacoder后的结果，其对代码做了简化；下面来通过一个案例来介绍「metacoder」包 ❞ 载入metacoder包 library(metacoder) 解析分类数据 obj <- parse_tax_data...tax_data进行处理 obj$data$tax_data <- zero_low_counts(obj, dataset = "tax_data", min_count = 5) 检查没有reads的行...calc_n_samples(obj, "tax_abund", groups = hmp_samples$body_site, cols = hmp_samples$sample_id) 绘制树状图热图

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如何在R中绘制树图(TreeMap)

树图(TreeMap) 通过矩形面积的大小，以及填充颜色的深浅，来显示节点的统计数据，通过嵌套层次来显示分组的层级的可视化图形。...for example: 某公司产品在世界六大洲的销售情况，矩形的大小表示人口的数量，颜色的深浅表示销售额的多少。 ? 那么如何绘制树图呢？...首先绘制树图需要的包： install.packages(“treemap”) 树图函数： treemap(x,index,vSize,vColor,palette,range,border.col...("treemap", repos='http://cran.r-project.org') library(treemap) data <- read.csv('data.csv', stringsAsFactors...border.col='#63B8FF', palette=c("#FFFFFF00", "#1C86EE00"), range=c(minSales, maxSales) ) 一副完美的tree图就搞定啦

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UML类图及类图的几种常见关系

1、类的表示类通常由三部分组成，即：类名、属性、方法。...UML表示类图如图所示： 2、接口的表示在UML中，接口使用一个带有名称的小圆圈来进行表示：但有的地方在类名前加上“>”来表示接口：除了类与接口的表示之外，我们还需要了解类与接口之间的几种关系...注：聚合关系和组合关系的一个最大的区别就是：聚合关系中的部分可以脱离整体存在，而组合关系中的部分无法脱离整理存在。...UML图，比较形象地展示了各种类图关系：注：大雁和雁群的聚合关系弄反了，应该是雁群是整体，即菱形在雁群这边。...下面附上各类图关系的表示图，方便查询：参考资料： [1]：http://blog.csdn.net/tianhai110/article/details/6339565 [2]：http://www.cnblogs.com

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如何在R中创建日历热图

首先，我们运行Paul Bleicher创建的calendarHeat函数以显示日历热图。其次，我们创建一些随机的时间序列数据。最后，我们在两个调色板中绘制时间序列。...Sessions") calendarHeat(df$dates, df$sessions, varname = "Sessions", ncolors = 99, color = "r2b...values, ncolors=99, color="r2g...CA0020") #red to blue r2g...red to green w2b <- c("#045A8D", "#2B8CBE", "#74A9CF", "#BDC9E1", "#F1EEF6") #white to blue g2r

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是Excel的图，不！是R的图

R作为可视化的大势，自然也可以画出这些图，有一篇就通过ggplot2包进行了部分总结，甚是有趣，小编复刻学习了一番，现对代码做简单注释，以作分享。...饼图饼图，将一般的柱图进行直角坐标轴到极坐标轴的转换（coord_polar()) ggplot(df,aes(x=factor(1),a,fill=factor(var)))+ geom_bar...复合饼图和复合条饼图有嵌套类时，可以衍生一个图形展现子类内容，下图是一个demo，仅作为图案参考样式，还有许多需要改进的地方 df_tmp<-data.frame(x=1,y=1) #准备画布所需数据...) # 点和线距图是对象a的数据有盘高盘低，条形图是关于对象b的图，成交量 # facet_grid(item~....瀑布图瀑布图可表现图形涨跌趋势，后一个柱子和前一个柱子有增长和下降的关系。

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R中优雅的可视化WGCNA模块热图

欢迎关注R语言数据分析指南加载R包 library(tidyverse) library(ggthemes) library(magrittr) library(WGCNA) library(linkET...# 转置 datExpr0 <- t(gene_exp) # 缺失数据及无波动数据过滤 gsg <- goodSamplesGenes(datExpr0,minFraction = 1/2) #基因的缺失数据比例阈值...datExpr <- datExpr0[gsg$goodSamples, gsg$goodGenes] WGCNA绘制模块热图 MEs2 % dplyr::select(1:20)...zlim = c(-1,1), main = paste("Module-trait relationships")) 绘制模块热图...2)) + scale_colour_manual(values = color_pal(3)) + guides(size = guide_legend(title = "Mantel's r"

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