遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色 第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree...image.png 这个结果右侧的图例最下方式有一个NA的，如果不想要那个NA加一行代码 scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 参考链接是 https://stackoverflow.com...geom_tiplab(offset = 0.1)+ scale_color_manual(values=colors, na.translate=FALSE) 将图例的线更改的粗一点...image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 需要示例数据和代码 点赞 点击在看 然后在后台留言 20210605 就可以了 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python
非常精美，且绘制图像的自由程度堪比ggplot2，其为R也提供了接口，在plotly包中，但对于已经习惯用ggplot2进行可视化的朋友而言，自然是不太乐意转向plotly的学习，有趣的是plotly的...R包中有着函数ggplotly()，可以将ggplot2生成的图像转换为交互式的plotly图像，且还可以添加上ggplot2原生图像中无法实现的交互标签，最重要的是其使用方法非常傻瓜式，本文就将结合几个小例子来介绍...可以观察到，经过ggplotly()处理后的ggplot2图像通过R-studio中的viewer窗口打开，即当前的图像是网页文件，而随着我们鼠标的放置，可以在保留原有ggplot2外观的情况下，进行plotly...可以看到悬浮标签内的信息如我们所愿，但ggplot2中的某些部件在plotly中是相冲突的，例如图例： p_changed <- ggplot(iris, aes(x=Sepal.Length, y=Sepal.Width...在上图中我们微调了图例的位置，但是对上图使用ggplotly()后效果如下： ? 可以看到图例并没有得到改变，因此在实际应用中使用ggplotly()还需慎重考虑。
目 正文 自定义ggplot2图的图例。这里我们要修改非数据组件，通常通过theme（）命令来完成。 此页面受到ggplot2（？theme）帮助页面的强烈启发。...image.png 修改图例中的分类名字 basic+labs( colour = "name1", shape = "name2" ) ?...image.png 删除图例中的一类 basic + guides(shape=FALSE) ?...#图例中的字体设置 basic + theme(legend.text = element_text(size = 8, colour = "red")) ?...# 设置图例中的标题 basic + theme(legend.title = element_text(face = "bold")) ?
今天尝试解决使用ggplot2画图时的一个问题，图例不按规矩出牌。 ggplot2的作者们在测试时发现更新版本也出这问题了，正好可以用于简单说明。 本来是一个这样的图形 ? 新版本变成了 ?...而我是画两个相似的图形时出现这问题，数据结构一样，然后画图后图例的顺序变了~ 根据文档，默认使用了某种“秘密魔法”？！...下面是一个例子： dat <- data.frame(x = LETTERS[1:3], y = 1) p <- ggplot(dat, aes(x, y, fill = x, colour = 1:3...如果我们要改变图例顺序，按下面的操作，将color变成1，然后fill使用默认排序： # And we can reverse the order p + guides( color = guide_colorbar...当然，如果你理解了上面的英文文档，怎么设定怎么排都是可以的。
geomnet是一个基于ggplot2可视化图形和网络的R包，它使用sna包计算网络布局，并且包含了使用ggplot2绘制圆的geom_circle函数。...n() + 1)) #%>%是dplyr包中的管道函数,把左件的值发送给右件,并作为右件表达式函数的第一个参数 #mutate函数是添加新的列，将新增变量放在数据集的最后面 1....labeller = "label_both") + theme_net() + theme(panel.background = element_rect(colour = 'black')) 二、与ggplotly...("Conference", palette = "Paired") + #分组赋值颜色 guides(linetype = FALSE) #guides,是否移除图例 ggplotly...(gg) 小编总结： 除了Cytoscape软件以外，我们也可使用geomnet包来绘制网络图，而且这种交互式展示方法可用于数据库的设计中，美观且功能性强，大家可以借鉴哦！
而这里提到的plotly包就是该机构专门针对R语言环境发布的可视化包（具有不仅R语言，给MATLAB和Python都留有接口），不但可以协助ggplot2包将静态图表动态化，而且拥有自己独特的作图函数语法...今天只涉及ggplot结合plotly而动态化图表的功能，暂不涉及plotly的独有作图函数。（主要是自己也正摸索中，找个合适的时间再跟大家分享）。...，当鼠标点击图例中的分类标识时，显示对应分类项下的数据点，而其他未被选中的数据点均会自动隐藏或者淡化（变成浅灰色）。...这是我所理解的动态图表的最基础属性。 但是有了plotly包的辅助，ggplot所做出来的图表立马可是实现以上所述的功能： 而所需要的函数却极其简单： ggplotly() ?...更加不可思议的是，当你用鼠标单击右侧图例对应分类项，则图表中会对应只显示选中的分类项目数据点； 右上角的菜单中你可以自由选择将图表聚焦呈现、放大缩小、保存为图片等多种功能。 ?
头脑风暴 我有一个设想： 用root权限，新建一个环境R4.1，然后在里面安装R4.1 在R4.1中安装那几个包 将Rstudio的R版本设置为新建环境的R4.1 我的顾虑： 不确定我用root新建的环境...，能不能让大家使用 不确定Rstudio-server能不能指定新建环境中的R4.1版本 3....在conda环境中安装R包 「R4.1.0」 if (!...其它人用Rstudio-server安装R包 因为现在Rstudio-server用的是conda环境中的R4.1，它会在conda环境中有一个library，普通用户没有写入的权限，安装R包时会在自己的路径下自动新建一个...2，外部是可以用conda环境中的程序的，指定路径就行。
尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...引用ggplot2函数 与引用其他包类似，你需要在DESCRIPTION文件下的Imports条目下列出ggplot2，并使用::访问ggplot2提供的函数。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...0.107 通常，plot()的使用者调用它是为了它的副作用：它生成一个图形用于展示。
image.png 我选择使用R语言的ggplot2来实现，这个是箱线图和热图的拼接，右侧的热图可以借助geom_point()函数实现，将点的形状改为正方块，数值按照正负来映射颜色，按照一定的数值来映射大小...image.png 拉大图例与主图的距离 使用theme()函数中的legend.box.margin参数来调节 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes...image.png 将图例放到右上角 通过 legend.justification 参数来实现 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes(fill=x)...image.png 还有另外两个知识点是调节图例的标题和图例的距离以及图例的文本和图例的距离 分别需要用到legend.spacing.y和legend.spacing.x参数 ggplot(data=...image.png 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记
其中，aes() 用于将数据中的变量映射为对象的视觉属性； 可选的元素，如标尺、标题、标签、图例和主题等。 我们可以使用 geom_sf() 函数和一个简单特征对象（ sf 类）来创建地图。...下图是用 viridis 包中的 scale_*_distiller() 函数和 ggplot() 函数绘制的 1974 年北卡罗来纳州婴儿猝死的地图： 例子 ： library(viridis) map...，前 6 行数据如下所示： 前 6 行数据 接下来我们根据不同情况进行数据可视化。...plotly 与 ggplot2 结合，可创建交互式地图，实现放大、缩小、移动等操作。 例子1： 我们还是使用原来那个地图作为例子，这时候使用ggplotly()将其转化为一个可交互的图形。...) + geom_sf(aes(fill = SID74)) + scale_fill_viridis() + theme_bw() ggplotly(p2) plotly 与 ggplot2
今天跟大家分享的是ggplot图表中的一类重要元素——线条。...R语言中ggplot函数系统中涉及到线条的地方有很多，最常见的场景就是我们做geom_line()（折线图）、geom_path（）(路径图),以及图表的绘图区（panel）、图表区、网格系统（grid...今天以一个折线图为例，简要说明ggplot函数中关于线条的主要参数及其效果。...下面是关于线条粗度的不同感知： ggplot(newdata,aes(Company,Sale,group=Year,colour=Year))+geom_line(size=1,linetype=1)...除了折线图（以及路径图，等图层中的线条之外），在theme系统中存在大量的关于线条的属性设置(网格系统、图表边框、轴线、图例系统)，均可以参照以上参数进行设置。
今天跟大家分享ggplot图表系统中形状。 在ggplot函数系统中，形状是一类重要的映射属性，如同颜色一样，它可以被赋予给变量，当然也可以直接指定实际的形状类别。...ggplot函数的图层理念中，修改局部图层的元素，需要在局部图层内进行设定，这里需要在geom_point（）函数内部进行形状设定。 R绘图系统中存储着的形状符号多达25种： ?...你也可以通过将形状映射指定给一个分类变量，这样不同的形状将会作为分类标识： ggplot(mydata,aes(Company,Sale,group=Year,colour=Year))+geom_line...作用于单个图层的映射属性要放在对应图层中，（比如作用于线条的属性要放在geom_line()内，作用于形状的属性要放在geom_point()内）,作用于全局的属性要放在全局系统函数层内【ggplot（...（比如本例中同时作用于折线图和散点图的数据集、x轴y轴变量以及分组变量等） 以上是个人学习ggplot函数过程中所获得的一些体会和心得，希望能够帮助大家在学习R语言可视化过程中少走一些弯路，限于个人能力和水平
最近在使用ggplot2对箱线图叠加点图是发现奇怪的现象，只要我改变点的形状，绘图就出问题了。 下面我通过一个简单的示例展示这个问题。...我们先生成一组简单的数据，并绘制一个正常的叠加图： library(ggplot2) library(dplyr) head(mtcars) ## mpg cyl...来解决点也需要分配到不同的fill组中的问题。...下面就是见证奇怪的时刻： set.seed(1) ggplot(data, aes(x, y, fill = fill)) + geom_boxplot() + geom_point(aes(shape...而我们代码的唯一修改就是增加了shape映射以修改点的形状。 我百思不得其解，ggplot完全没有干好它该干的事情嘛。
ggplot 的教程大放送之前，我想先把我屯的一些学习资源给大家看看~ 该网站链接：https://www.r-graph-gallery.com/histogram_several_group.html...基本用法 超级强大的网站，提供了各种类型的图形： 按照颜色对其类型进行分类： 基础R 与ggplot 的快捷操作 如果你想通过这个网站初学base 与ggplot 这两类R 的图形对象，也不失为一个不错的选择...进阶的学习库 image.png 除了基础R 和ggplot 外，还有交互图表与R md 的教程，简直是小白们的福音呀！...比如这个plotly::ggplotly 函数，就可以在ggplot 对象基础上，作出漂亮的交互图片： 高阶者们的大礼包 该选项会链接到一个网站data-to-viz：https://www.data-to-viz.com...其他内容 绘图不是我们的，是世界的，我们要分享；绘图也不是R 独占的，而是各种编程语言中遍地开花的，因此网站也提供了JS 和python 的绘图代码： 祝福这样的网站越来越好！ 图越来越多！
下面两第一个图是未加axis.break()的结果，第二幅是加了该参数的结果。...ggplot2包 第二种方式是利用ggplot2进行绘制。首先随机构造一个数据，，我们想把y为7~17的数数据进行截断。...思路是：构造一列：type，把小于7的命名为“samll”，大于17的命名为“big”，然后利用facet效果构建图。...参考资料： R语言作图——坐标轴截断画图 http://blog.sina.com.cn/s/blog_6a4ee1ad0102x5at.html ggplot坐标轴截断 https://www.jianshu.com.../p/0e4fa8849479 代码，数据与相关资料已放在我的github上了，见文末阅读原文。
今天在写一个android的程序时，本来想初始化一个list的集合，以避免第二次的数据添加在第一次的后面，就直接使用了对象=null,发现在给list集合添加数据后运行出现了这样的错误。...翻译下来的意思是 试图在空对象引用上调用接口方法的布尔java. U.List.Advices（java. Lang.Object）” 也就是说这个list集合并没有初始化。...查询资料后发现 比如： List list=new ArrayList(); new相当于开辟了一块新内存放入了对象，并把它的引用给了list.而 list=null 就相当于list...声明了一个空的对象的引用，并没有开辟新的空间，所以我在上面添加数据的时候就会出现空对象引用。...当然，这只是我个人的理解。学习中，还是得不断踩坑，哪怕这个坑很小。
在两个环境中看sed的命令，可以发现返回的并不相同： Linux环境中： ? linux MacOS环境中： ? MacOs 其二个显示的是所有的了，明显比linux中的命令少。...如果在MacOS中执行sed -i 命令的话，会提示：invalid command code； 改成 sed -i .bak 或者在正则表达式之前加"" （比如sed -i "" 's/ /_/g'...此外，两者对于\n的处理也不相同。 这是由于MacOS自带的sed等命令是基于BSD的，存在一些不足。
本文在做学术论文中，正好想做一下把y轴一些数据进行截断的效果。通过网上检索，整理了一下两种方式构建坐标轴截断图。...下面两第一个图是未加axis.break()的结果，第二幅是加了该参数的结果。...ggplot2包 第二种方式是利用ggplot2进行绘制。首先随机构造一个数据，，我们想把y为7~17的数数据进行截断。...思路是：构造一列：type，把小于7的命名为“samll”，大于17的命名为“big”，然后利用facet效果构建图。...(5) + 5, rnorm(5) + 22) ) ggplot(d, aes(x, y)) + geom_col() ?
在之前的推送中，曾经有过一篇介绍excel图表辅助线的制作方法，其中用到的技巧五花八门、令人眼花缭乱。 而ggplot图表系统中的辅助线添加起来却异常简单，非常易于操作。...这主要得益于ggplot函数系统的图层控制理念以及该包的开发者很早就意识到图表辅助线这一层面的图表元素需求。...以上柱形图中，我们如果想要了解五个公司的销售额均值以及单个公司销售额与均值的对比情况，需要在图表中添加一条平均线。...像素画处理之后，再加上均值十字线，你可以清晰地看到，数据分布形态中，左下角最为密集。 辅助线的另外一种常见的用途就是在时间序列数据中。...，通过添加总统任期时间点，我们甚至可以从经济波动数据中观察到经济指标变波动与政治周期的关系。
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