R中的tidyverse代码等价于exp(mean(log(murders$population) - 腾讯云开发者社区

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R语言分组计算，不止group_by

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如果R代码一定要访问github链接导致运行失败

omnideconv/immunedeconv # remotes::install_github("omnideconv/immunedeconv") library(immunedeconv) library(tidyverse...chatGPT查询：两个解决方案第一个方案要在R中设置代理，你可以使用以下代码： # 设置HTTP代理 Sys.setenv(http_proxy = "http://your_proxy_server...your_proxy_port") # 设置FTP代理（如果需要） Sys.setenv(ftp_proxy = "http://your_proxy_server:your_proxy_port") 在上述代码中...请注意，这些设置是临时的，只在当前R会话中有效。如果你希望在每次启动R时都自动应用代理设置，可以将上述代码添加到你的R配置文件中。...R配置文件的位置取决于你的操作系统和R版本，通常是 .Rprofile 或 .Renviron 文件。另外，如果你的代理服务器需要身份验证，你可能需要提供用户名和密码。

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「R」基本统计分析

这是来自《R语言实战》的笔记。因为书中列举的方法和知识点比较多，没必要全都掌握，会一种，其他的了解即可。我就简要地整理一下我觉得重要的吧。...描述性统计分析 R基础包自带summary()函数用于获取描述性统计量，我们调用自带的车辆路试数据集mtcars进行下面相应的展示。...---- 频数表和列联表本节着眼于类别型变量的频数表和列联表，以及相应的独立性检验、相关性的度量、图形化展示结果的方法。除了使用基础安装中的函数，还将使用到vcd包和gmodels包中的函数。...下列代码可以检验治疗情况和改善情况在性别的每一水平下是否独立。...可以在执行t检验之前进行合适的正态化变换（常用就是取log,z变换），不会影响结果。非独立样本的t检验假定组间差异呈正态分布。

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如何使用Python创建美观而有见地的图表

惊叹于Python本身或生态系统中众多令人惊叹的开源库之一的简单性和易用性。熟悉的命令，模式和概念越多，那么所有事情就越有意义。 Matplotlib 使用Python进行绘图的情况恰恰相反。...要创建绘图，请.plot(kind=)像这样调用数据： np.exp(data[data['Year']==2018]['Log GDP per capita']).plot.../地区名单由芬兰领导水平条形图 np.exp(data[ data['Year'] == 2018 ].groupby('Continent')['Log GDP per capita']\...在下面的示例中，将平均值和标准偏差相加，并在该平均值处绘制一条垂直线（下面的代码）。...条形图—交互式过滤器的示例 fig = px.bar( data, x="Continent", y="Gapminder Population", color="Mean

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「R」tidyverse 中的公式函数

构造数据本文为了聚焦于公式函数本身的用法，我构造的示例数据会非常的简单。...img 公式保存了创建它的环境使用到 R 的朋友几乎都用过公式，它在统计建模方面给了我们极大的方便。不过，公式相比于数值、逻辑值这些数据类型，有什么特点吗？...例如，~ .x + 2 代表直接在输入的基础在加 2，其等价于下面这个匿名函数： function(x) { return(x + 2) } 你应该瞬间明白了公式函数多么简洁。...基本用法假设我们要对 df 中的 x 和 y 列进行归一化处理，在不使用 scale() 函数的情况下，我们可能会手写一个函数： scale2 <- function(x) { (x - mean...好的模型结果残差分布和我们实际加入的噪声分布应该是差不多的： mean(df$rs) #> [1] -1.19e-15 sd(df$rs) #> [1] 1.03 提醒 tidyverse 中使用单侧公式简化匿名函数的构造

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遗传算法详解(LINGO及MatlabGA工具箱求解实现)

2．发展历程遗传算法由密歇根大学的约翰·霍兰德和他的同事于二十世纪六十年代在对细胞自动机（英文：cellular automata）进行研究时率先提出。...最后把末代种群中的最优个体经过解码(decoding),可以获得满足要求的最优解。...5.3流程图描述 5.4 伪代码描述 (1) 随机产生初始种群; (2) 计算种群体中每个个体的适应度值,判断是否满足停止条件，若不满足，则转第(3)步,否则转第(7)步; (3) 按由个体适应值所决定的某个规则选择将进入下一代...代码实现如下： %主程序代码,本程序采用遗传算法接力进化， %将上次进化结束后得到的最终种群作为下次输入的初始种群 %主程序代码, clc; close all; clear all; % 进化的代数...代码实现如下： %主程序代码,本程序采用遗传算法接力进化， %将上次进化结束后得到的最终种群作为下次输入的初始种群 clc; close all; clear all; %进化的代数 T=100; optionsOrigin

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Python和R之间转换的基本指南：使用Python或R知识来有效学习另一种方法的简单方法

当你第一次学习编码时，重复和语境化是必不可少的。通过不断的重复，你开始记住词汇和语法。通过项目开发，你能够理解如何以及为什么使用不同的功能和技术，并开始看到在不同的上下文环境中如何使用的代码。...} 列表和向量：这个有点难，但是我发现上面说的关联的方法很有用。在python中，列表是任何数据类型的有序项的可变集合。Python中的列表索引从0开始，不包括0。...在R中，向量是同一类型的有序项的可变集合。索引R中的向量从1开始，并且是包含的。...这两种语言都配备了能够加载、清理和处理数据的包。 python使用pandas、R使用tidyverse，并且他们的函数基本相同。两种语言都允许多个操作通过管道（pipe）连接在一起。...虽然大多数数据科学家倾向于使用一种语言或另一种语言，但是在这两种语言中都能很好地使用最适合您需要的工具。

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【学习】【R语言读书会】《R实战》读书笔记（第七章）

读书会是一种在于拓展视野、宏观思维、知识交流、提升生活的活动。PPV课R语言读书会以“学习、分享、进步”为宗旨，通过成员协作完成R语言专业书籍的精读和分享，达到学习和研究R语言的目的。...()函数或者psych包中describe.by()函数或者reshape包melt()和cast()函数。...> states <- state.x77[, 1:6] > cov(states) Population Income Illiteracy Life Exp Murder...Income Illiteracy Life Exp Murder HS Grad Population 1.00000000 0.2082276 0.1076224.../ 2《R实战》英文版第二部分第七章本栏目文章由PPV课R语言读书会提供，转载请注明来自PPV课R语言读书会。

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万字长文 | 超全代码详解Python制作精美炫酷图表教程

这一次，我对数量和现象的理解几乎完全转变为基于分布的理解（大多数时候是高斯分布）。直到今天，我仍然惊讶于这两个量的作用，标准差能帮助人理解现象。...创建图表，在数据中调用.plot(kind=)，如下所示： np.exp(data[data[ Year ]==2018][ LogGDP per capita ]).plot...2018年：芬兰位居15个最幸福国家之首水平条形图 np.exp(data[ data[ Year ] == 2018 ].groupby( Continent )[ Log GDP per...按大洲划分的生活阶梯直方图 FacetGrid— 带注释的KDE图还可以向网格中的每个图表添加特定的注释。以下示例将平均值和标准偏差以及在平均值处绘制的垂直线相加（代码如下）。 ?...条形图—一个交互式滤波器的示例 fig = px.bar( data, x="Continent", y="Gapminder Population", color="Mean

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跟着Nature学作图：R语言ggridges包绘制山脊图

论文是 Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population 数据和代码的github主页链接 https:/.../github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE/DMP 这个也是数据代码的下载链接，可以看目录结构 https://zenodo.org/record/5910709#...<- distinctColorPalette(10) 这里randomcoloR这个R包是第一次使用，主要作用是生成比较容易区分的颜色作图 library(ggridges) library(...Abundance (-log2)") image.png 这个图可能是因为数据分布的原因看起来不是很美观，重新构造一份数据集画个图 Level<-rep(c("Bacteroides_vulgatus...) Relative% map(function(x)rnorm(n=2000,mean=10,sd=x)) %>% unlist() dat01<-data.frame(Level

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DASI_1_IntroToData

exp:从population中做random assignmen，然后分别让两个随机组做workOut与否的测试，然后测量energyLevel。这点来说，与“控制变量法”相似。...：结果的如何取决于投票者的志愿 sample methods - simple random sample(SRS): each case is equally likely to be selected...modality 1. unimodal 2. bimodal 3. uniform 4. multimodal robust statistics center: median ; not mean...(natural) log transformation: often applied when much of the data cluster near zero(relative to the larger...For example, the right skewed data transforms to the log data.

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初探mRNA、lncRNA联合分析之下游

基因水平注释分类虽然这个项目是在转录本水平上开展的研究，但既然我们拿到了基因表达矩阵，也干脆看一看一些基本情况，这个部分代码此处省略，基本上和后面的转录本水平对应代码，包括使用的封装函数，是一致的 DEGs...RNA的鉴定 WGCNA仅仅是划分基因模块，其它都是附加分析 WGCNA library(tidyverse) library(edgeR) library(WGCNA) library(FactoMineR..., verbose = 5) #SFT.R.sq > 0.8 , slope ≈ -1 # 将拟合优度图和均值连接度图保存至PDF文件中...# 画一条水平的线，标注R平方的截断点，颜色为红色 abline(h=R.sq_cutoff ,col="red") # Mean connectivity as a function...节点中只有5个在我们WGCNA结果与表型最显著的模块中，但是可以清晰地发现这五个基因在作者共表达网络中的关系顺便看看PPI 的hub gene： > PPI_hub <- c("MYC","EGF",

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PyTorch8：损失函数

MSE 损失函数； image.png 上面两个类中的 reduction 规定了获得后的行为，有 none、sum 和 mean 三个。...所以优化H(P,Q)等价于优化H(Q) ，因为H(P)是已知不变的。 3.2 分类损失函数 ---- 下面我们来了解最常用的四个分类损失函数。...torch.nn.BCEWithLogitsLoss(weight=None, reduction='mean', pos_weight=None) 等价于 F.sigmoid + torch.nn.BCELoss...loss”，其作用是实现负对数似然函数中的负号。... = np.sum(list(map(np.exp, input_))) log_sigma_exp_x = np.log(sigma_exp_x) # 输出 loss loss_1 = -x_class

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使用作者代码重复结果

cid=53 这一篇会是代码密集型，因为原文作者的代码真的写的很长！...下载作者的Github https://github.com/KPLab/SCS_CAF 文件布局如下：下载好以后，需要将那两个tar.gz文件解压缩看第二个R脚本 Processing.R 读入表达量数据...="log10 ( mean raw count )", ylab="log10 ( CV^2)",main="RAW COUNTS") # 接下来添加ERCC的信息(画上红点) mean_expr_raw_ercc...-c("expression", "Population") col.mean<-vector() for(i in levels(testframe$Population)){ col.mean...<-c(col.mean,mean(testframe$expression[which(testframe$Population ==i)])) } col.mean<-log2(col.mean

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单细胞小提琴图自己画

在编号为11的亚群特异性高表达通常来说，在单细胞数据处理项目里面，有seurat可以完成一切，同样的，小提琴图也是如此，被包装成为了函数可以直接依据R里面的seurat对象来进行可视化，首先需求找到合适的基因进行可视化...，通常是具体的每个细胞亚群的标志基因，代码如下： # 前面构建 sce 对象的代码，见往期教程： markers_df <- FindMarkers(object = sce, ident.1 = 0,...The color of each violin represents the mean gene expression after log2 transformation....col.mean<-c(col.mean,mean(testframe$expression[which(testframe$Population ==i)])) } col.mean<-log2...,col.mean[as.numeric(i)]) } testframe$Mean<-col.means testframe$expression<-log2(testframe$expression

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tidyverse：R语言中相当于python中pandas+matplotlib的存在

出版有《R for Data Science》（中文版《R数据科学》），这本书详细介绍了tidyverse的使用方法。...tidyverse网址：https://www.tidyverse.org/ 书籍网址：https://r4ds.had.co.nz/ The tidyverse is an opinionated collection...library(tidyverse) #加载以下tidyverse中核心的packages: ggplot2：画图，可视化数据 dplyr：操控数据，过滤、排序等 tidyr：清理数据 readr：(.../ 03 — %>%：管道函数 ——将左侧的值应用到右侧数据data位置管道函数在tidyverse中，管道符号是数据整理的主力，可以把许多功能连在一起，而且简洁好看，比起R的基本代码更加容易阅读...例如：x %>% f(y) 等价于 f(x,y) Rstudio中快捷键： ctrl+shift+m 以R中自带的iris（鸢尾花数据集）为例： > head(iris,n=3) Sepal.Length

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🤩 scRNA-seq | 吐血整理的单细胞入门教程（数据格式和处理）（四）

1写在前面我们还是在正式进行代码操作前想几个小问题：如何将单细胞数据导入R中？不同类型的数据/信息（如细胞信息、基因信息等）是如何存储和操作的？..., 等价于colData(sce)$colname sce[, ] 查看特定行、列 7修改SingleCellExperiment对象举个栗子我们把counts矩阵进行...log2(x+1)转换，命名为logcounts。...然后我们将它加到column metadata中作为新的一列。...举个栗子，假设细胞至少25000counts，基因在至少一半的细胞中拥有超过5个counts。

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箱线图进行方差分析并添加显著性标记

❝本节来介绍如何「在计算多样性指数的基础上来进行显著性标记」；加载R包 library(tidyverse) library(vegan) library(magrittr) library(multcompView...x) Chao1 <- estimateR(x)[2,] ACE <- estimateR(x)[4,] pielou <- diversity(x,index = "shannon")/log...(specnumber(x),exp(1)) result % ungroup() %>% arrange(desc(value_mean)) %>% as.data.frame...，但显著性标记是不区分图形的因此在此通过上面的代码构建箱线图的数据，由于还存在离群值因此做了过多的处理，各位观众老爷细细品味 ❞ 定义绘图函数 make_plot <- function(data,x,

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数据科学和人工智能技术笔记二十一、统计学

only %f different the True Population mean!'...import statistics as stats x = [1,2,3,4,5,6,7,8,9] y = [2,1,2,4.5,7,6.5,6,9,9.5] 有许多等价的表达方式来计算皮尔逊相关系数...（也称为皮尔逊的 r）。...((observation - mean_x)/standard_deviation_x) # 对于 y 中的每个观测 for observation in y:...= [] # 对于数据中的每个观测 for observation in data: # 计算到均值的差 deviation_from_mean = (observation -

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分组统计你只想到group_by操作吗？

R语言分组计算，不止group_by

如果R代码一定要访问github链接导致运行失败

「R」基本统计分析

如何使用Python创建美观而有见地的图表

「R」tidyverse 中的公式函数

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