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R data.frame 提取的怪事，希望你没中招

这几天, 讨论群频繁反应关于 DEseq2 分析的报错：arguments imply differing number of rrows。...这个代码经过了很多次培训的测试，按说不应该有问题，就远程连接调试了下，发现问题出在最近刚改的数据框索引上了。这个常见问题之前总会考虑着，这次修改时被忽略了，写推文记录下。...我们常用[ , ]提取数据框 (data.frame)：如果是多列数据框，提取后还是数据框；如果是单列数据库，提取后就被自动转成了vector，想再按照数据库的方式使用就会报错；提取时加上drop...untrt # 提取行名也正常了 rownames(a2) # [1] "trt_1" "trt_2" "trt_3" "untrt_1" "untrt_2" "untrt_3" 建议data.frame...的操作始终加参数drop=F。

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一网打尽转录组差异分析！！！

本文旨在深入探讨这些常用差异分析R包的特点、优劣，以及它们与t检验/Wilcox秩和检验（Wilcox-rank-sum test）在差异分析结果上的异同点。...在差异分析结果上，DESeq2、limma和edgeR与t检验/Wilcox秩和检验之间存在一定的异同点。...然而，与t检验/Wilcox秩和检验相比，这些R包可能需要更多的计算资源和时间来完成分析。此外，由于它们采用了不同的统计模型和算法，因此可能会产生略有不同的差异检测结果。...导入R包本次分析需要在R中批量安装包。先导入基础R包，在后面每个差异分析模块再导入所需要的差异分析R包。...；在基因的平均标准误基础上，使用经典贝叶斯算法缩小基因组间比较结果的最大最小标准误差；提取最终差异结果。

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使用作者代码重复结果

下载作者的Github https://github.com/KPLab/SCS_CAF 文件布局如下：下载好以后，需要将那两个tar.gz文件解压缩看第二个R脚本 Processing.R 读入表达量数据...colSums(expr_raw_ercc)),decreasing=TRUE),ylab="SPIKE LIBRARY SIZE",xlab="CELL INDEX") 然后做一个直方图，把一定数量的样本中...最后就是拿这5000多个基因做下游分析看第三个R脚本 Dimensionality_reduction.R 这个脚本需要RPKM结果，因此需要先跑完上面第二个完整的脚本降维主要使用tSNE，聚类使用...作为50次中效果最优的tSNE，然后主要关注tsne结果的itercosts opt_tsne <- tsne_out[[as.numeric(names(KL)[KL==min(KL)])]]$Y opt_tsne_full...,method="fdr") output_wilcox<-data.frame(GENE=rownames(RPKM.full),POP1_EXPR=median_POP1_expr,POP234_EXPR

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Python 中的迭代器

迭代器 iter_lst 比列表 lst 节省内存。对于迭代器对象，内存中虽然已经有了它，但对象的成员没有占用内存空间。而列表一经创建之后，其所有成员已经被读入了内存。...__next__() 方法能够将迭代器成员读入内存，在 Python 中还有一个内置函数也实现此功能，即 next() 函数。...从第6章6.3节学习了 for 循环之后，它就经常出现在程序中，现在要基于对迭代器的理解，从更深层次研究 for 循环。...再观察类 MyRange 内的方法，__iter__() 和 __next__() 是迭代器的标志，在类中定义了这两个方法，就得到了能生成迭代器的类。在第7章7.1.2节曾经写过斐波那契数列函数。...在 Python 标准库中，还有一个与迭代器密切相关的模块 itertools ，在此也简要给予介绍。

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java递归和迭代_Java中的迭代与递归

时间要求随着输入的增长呈线性的可以叫做线性迭代。迭代 VS 递归比较了两个程序，我们可以发现，他们看起来几乎相同，特别是其数学函数方面。在计算n!的时候，他们的计算步数都是和n的值成正比的。...但是相对于递归的简单易懂，迭代就比较生硬难懂了。尤其是遇到一个比较复杂的场景的时候。但是，代码的难以了解带来的有点也比较显著。迭代的效率比递归要高，并且在空间消耗上也比较小。...递归中肯定有迭代，但是迭代中不肯定有递归，大部分可以相互转换。能用迭代的不要用递归，递归调用函数不仅白费空间，假如递归太深的话还容易造成堆栈的溢出。...比较典型的就是斐波那契数列：用文字形容就是斐波那契数列中前两个数字的和等于第三个数字：0,1,1,2,3,5,8,13,21…… 递归实现代码如下： int fib (int n) { if (...== 0) { return 0; } else if (n == 1) { return 1; } else { return fib(n-1) + fib(n-2); } } 计算过程中，

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单细胞转录组基础分析五：细胞再聚类

本专题将针对10X Genomics单细胞转录组数据演示各种主流分析，包括基于Seurat的基础分析、以及基于clusterProfiler、Monocle、SingleR等R包的延伸分析。...单细胞数据分析中，一般需要对可以细分的细胞再聚类，比如本次分析中的T细胞群体可以细分为Navie T cells、CD8+ T cells、Treg cells、Tmemory cells等。...resolution = 0.9) table(scRNAsub@meta.data$seurat_clusters) metadata <- scRNAsub@meta.data cell_cluster <- data.frame...Cluster差异分析 diff.wilcox = FindAllMarkers(scRNAsub) all.markers = diff.wilcox %>% select(gene, everything...获取帮助本教程的目的在于把常用的单细胞分析流程串起来，适合有一定R语言基础的朋友参考。分析原理和代码我没有详细解释，官网有详细的教程和权威的解释，翻译好的中文教程也有多个版本，有兴趣的可以搜索一下。

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JavaScript 中的可迭代对象与迭代器是啥

迭代器 ES6 中的迭代器使惰性求值和创建用户定义的数据序列成为可能。迭代是一种遍历数据的机制。迭代器是用于遍历数据结构元素（称为Iterable）的指针，用于产生值序列的指针。...JS 中的很多对象都是可迭代的，它们可能不是很好的察觉，但是如果仔细检查，就会发现迭代的特征： new Map([iterable]) new WeakMap([iterable]) new Set([...(展开操作符) const [a, b, ..] = iterable (解构赋值) yield* (生成器) JavaScript中已有许多内置的可迭代项： String,Array,TypedArray...在本文的前面，我已经提到 JS 中的某些语句需要一个可迭代的对象。...注意不要在无限迭代器上使用扩展运算符(...)，JS 将尝试消费迭代器，由于迭代器是无限的，因此它将永远不会结束。

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Python Python中的迭代器

Python中的迭代器什么是迭代器同步进行(不需要等待所有数据都写入内存即可使用) 如何生成迭代器 - iter 介绍生成一个迭代对象用法 iter(iterable) 参数介绍 iterable...: 可迭代的数据类型迭代器的用法 - next 介绍返回迭代器中的数据用法 next(iterator) 参数介绍 iterator: 迭代器对象迭代器常用方法之生成迭代器 for循环生成法...—yield for循环一行生成迭代器迭代器常用方法之for循环获取 (i for i range(10)) 用完再用不会报错.

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🤩 scRNA-seq | 吐血整理的单细胞入门教程（差异分析）（十三）

/Mann-Whitney-U Test Wilcox-rank-sum test也是一种非参数检验，看一下它的表现吧。...6edgeR edgeR基于广义线性模型(generalized linear model, glm)进行差异基因分析，而且还可以在模型中纳入多种影响因素，比如batch等等。...7MAST log_counts <- log(counts + 1) / log(2) fData <- data.frame(names = rownames(log_counts)) rownames...8.1 BPSC library(BPSC) bpsc_data <- norm[,batch=="NA19101.<em>r</em>1" | batch=="NA19239.<em>r</em>1"] bpsc_group = group...[batch=="NA19101.<em>r</em>1" | batch=="NA19239.<em>r</em>1"] control_cells <- which(bpsc_group == "NA19101") design <

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java中迭代器的用法

容器中常用到，迭代器就是用来遍历集合的！使用方法iterator()要求容器返回一个Iterator。使用next()获得序列中的下一个元素。使用hasNext()检查序列中是否还有元素。...Iterator接口提供了很多对集合元素进行迭代的方法。每一个集合类都包括了可以返回迭代器实例的迭代方法。...迭代器可以在迭代过程中删除底层集合的元素，但是不可以直接调用集合的remove(Object obj)删除，可以通过迭代器的remove()方法删除 image.png image.png image.png...如果Collection直接实现Iterator接口，势必导致集合对象中包含当前迭代位置的数据(指针)。...image.png 如何一次性修改类中出现的同一个名字快捷键shift+alt+r 记住事半功倍 image.png image.png image.png 也可以先获得键的集合，然后通过键的集合来遍历容器

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【原创】TypeScript中的迭代器

TypeScript中的迭代器当一个对象实现了Symbol.iterator属性时，我们任务它时可迭代的。...一些内置的类型如Array，Map,Set,String,Int32Array,Uint32Array等都具有可迭代性。...for…of语句迭代器 let arr = [1,'Sting',false]; for(let entry of arr){ console.log(entry); //对数组中的元素进行遍历。...输出结果 1，String，false } for…in语句迭代器 let arr = [1,'Sting',false]; for(let entry1 in arr){ console.log(...entry1); //对数组中的下标进行遍历。

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敏捷迭代运作中的罪与罚

；产品经理的第二个里程碑式前置第一周周四输出全量需求的原型交互稿，然后组织各个角色核心成员做版本的需求范围明确，此会议上需要评议出版本最终要交付的全量需求，此为需求的第二遍串讲；产品经理的第三个里程碑是版本前置第二周的周一二...最忌讳设计师在交互流程与交互方式上做所谓的创新，去颠覆现有用户操作习惯。...后台开发角色：在上图三周迭代模型中，后台开发是最早启动的，综合技术能力要求也是最高的，但是可以专注于单一微服务模块的开发。...前端开发角色：其实整个敏捷迭代模型都是围绕前端开发人员的工作时点来设计的，既是因为前端交付才是产品可测试的功能交付，也是因为前端联调验证通过了才算得上真正意义上的中后台交付通过。...九大原罪同时，此模型非常强调各个里程碑的交付质量，坚决禁止需求错误或者方案错误级别的返工行为，以下便是笔者带领团队进行迭代运作过程中总结的九条迭代原罪以及相应影响：原罪一：

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迭代器模式，更高大上的遍历体验！

针对聚合对象的遍历，迭代器模式是一种很有效的解决方案，也是一种使用频率很高的设计模式。迭代器模式：提供一种方法顺序访问一个聚合对象中的各个元素，而又不暴露该对象的内部表示。...02 迭代器模式结构迭代器模式结构中包含聚合和迭代器两个层次的结构。为方便扩展，迭代器模式常常和工厂方法模式结合。迭代器模式的UML图如下。...有图可知，迭代器模式有以下几个角色： Iterator（抽象迭代器）：声明了访问和遍历聚合对象元素的接口，如first()方法用于访问聚合对象中第一个元素，next()方法用于访问下一个元素，hasNext...优点：支持以不同的方式遍历一个聚合对象，在同一个聚合对象上可以定义多个遍历方式。简化了聚合类，使得聚合类的职责更加单一；迭代器模式中引入抽象层，易于增加新的迭代器类，便于扩展，符合开闭原则。...缺点：将聚合类中存储对象和管理对象的职责分离，增加新的聚合类时同样需要考虑增加对应的新的迭代器类，类的个数成对增加，不利于系统管理和维护；设计难度较大，需要充分考虑将来系统的扩展。

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深入理解Python中的迭代器与可迭代对象

事实上，可迭代对象可以通过调用iter()函数来获取对应的迭代器。当我们在循环中使用可迭代对象时，实际上是通过获取其迭代器来实现的。...为了提高效率和节省内存空间，我们可以使用迭代器来逐行读取文件中的数字，并在读取过程中实时计算统计结果。...总结本文深入解释了Python中的迭代器和可迭代对象的概念，并通过示例代码演示了它们的用法。...迭代器和可迭代对象在实际应用中具有重要意义，特别是在处理大数据集合时，它们提供了高效和节省内存的方式。通过合理地运用迭代器和可迭代对象，我们可以更加灵活和高效地处理数据，提高代码的可读性和可维护性。...希望通过本文的介绍，读者能够对迭代器和可迭代对象有更深入的理解，并能在实际开发中灵活运用它们。祝愿大家在Python编程的道路上越走越远！

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Java中的Iterator迭代器详解

文章目录 Iterator接口迭代器的实现原理增强for 练习1：遍历数组练习2:遍历集合 Iterator接口在程序开发中，经常需要遍历集合中的所有元素。...中的元素，因此Iterator对象也被称为迭代器。...想要遍历Collection集合，那么就要获取该集合迭代器完成迭代操作，下面介绍一下获取迭代器的方法： public Iterator iterator(): 获取集合对应的迭代器，用来遍历集合中的元素的...一直把集合中的所有元素全部取出。这种取出方式专业术语称为迭代。 Iterator接口的常用方法如下： public E next():返回迭代的下一个元素。...它的内部原理其实是个Iterator迭代器，所以在遍历的过程中，不能对集合中的元素进行增删操作。

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【深扒】 JavaScript 中的迭代器

大家好，我是小丞同学，本文将会带你理解 ES6 中的迭代器。发现问题在 ES6 中提出迭代器模式之前，传统迭代存在着怎样的问题？为什么要新增迭代器概念呢？...在第一段代码中我们遍历的是一个数组，第二段遍历的是一个字符串，我们采用了不同的方法，也就是说我们在面对不同数据结构时往往会采取不同的遍历方式。...，但是这和我们先前所说的 for...of 循环有什么关系呢这里首先我们需要了解一下 for...of 的运行机制当 for...of循环执行时，循环内部会自动调用这个对象上的迭代器方法Symbol.iterator...需要特别注意的是，return 方法必须有一个 object 类型的返回值我们在前面代码的基础上添加上 return 方法，并在 for...of 循环中采用 break 语句来中断循环，循环提前退出...而 for...of 执行的时候会自动调用迭代器来取值只有实现了 Iterator 接口的对象才能采用 for...of 迭代器是一个返回迭代器对象的方法 ES6 中很多场景都采用了 Iterator

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关于Python中迭代器的作用

参考链接： Python迭代器迭代器的定义：含有__iter__()方法和__next__()方法的就是迭代器,即（iterate）含有__iter__()方法就可以使用for循环，即iterable...（可迭代的） Iterable 可迭代的 -- > __iter__ #只要含有__iter__方法的都是可迭代的# []....__iter__() 迭代器 -- > __next__ #通过next就可以从迭代器中一个一个的取值迭代器的作用： # 只要是能被for循环的数据类型就一定拥有__iter__方法# print...__iter__())# 一个列表执行了__iter__()之后的返回值就是一个迭代器在Python中可迭代的： 1.range(10) 2.dict 3.list 4.tuple... 5.set 6.str 7.open() 8.enumerate枚举使用迭代方法的好处： 1.可节省内存空间 2.会从容器里面挨个取值，直到取完为止转载于:https

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箱线图的N种画法

线主要表示五个数据节点，将一组数据从大到小排列，分别计算出他的上边缘（Maximum），上四分位数(Q3)，中位数（Median），下四分位数（Q1），下边缘（Minimum）。...1 boxplot函数（R自带）最方便的方法就是用boxplot函数，不需要依赖任何包 boxplot(data$Value, ylab="Value") ?..., findParams(3,1,2.,13.1))# Johnson分布的偏斜度0和峰度20c3<- rJohnson(100, findParams(3,1,2.2,20))data<- data.frame...使用ggboxplot函数来实现作图，并实现wilcox.test 1 library(ggpubr)library(RColorBrewer) # 定义需要两两比较的组compaired<- list...使用ggplot2的语法添加显著性检验，并将wilcox.test 换成 t.test 2 # t.testggplot(data, aes(Conditon,Value))+ geom_boxplot

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探索Python中的迭代器（Iterator）和可迭代对象（Iterable）

本文将深入探讨迭代器和可迭代对象的概念、工作原理以及在实际代码中的应用。引言在日常编程中，我们经常需要对数据集合进行遍历和处理。...迭代器和可迭代对象的关系在前面的示例代码中，我们可以观察到迭代器和可迭代对象之间的关系。事实上，可迭代对象和迭代器之间存在紧密的联系。...filepath): self.filepath = filepath def __iter__(self): with open(self.filepath, 'r'...在__iter__()方法中，我们使用yield关键字来生成每一行的数据，并逐行返回。这样，我们就可以通过迭代的方式逐个读取数据行，而不需要将整个数据集合一次性加载到内存中。...在本文中，我们深入探讨了迭代器和可迭代对象的概念，介绍了它们的工作原理，并通过示例代码展示了它们在实际编程中的应用。

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单变量和多变量对基因表达式的预测能力对比

在下一节中，我们将把数据集分割成训练和测试子集，然后在训练集上实现单变量和多变量特征选择(训练)模型，并使用平衡假阳性(FPR)和真阳性(TPR)率的roc曲线技术对测试集上的模型进行评估。...为了将通过单变量方法单独选择的基因组合到预测得分中，我们将使用它们的表达与性别之间的个体关联性的p值对它们进行排名，并通过Bonferroni程序校正多次测试。...经过多次测试调整后，这通常会在训练数据集上产生一些差异表达的基因。...此外，可以通过计算其在训练数据集上的作用/权重的乘积（Spearman rho和男性与女性之间基因表达的倍数变化的对数），将差异显着表达（男性与女性之间）的基因折叠成预测得分。...output_wilcox_univar<-data.frame(GENE=colnames(X.train),MWU_STAT=wilcox_stat,

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