R从数据框列逐行运行easyPubMed查询

# 安装并加载easyPubMed包
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("easyPubMed")
library(easyPubMed)

# 假设我们有一个数据框df，其中一列名为'keywords'包含了我们想要查询的关键词
df <- data.frame(keywords = c("cancer", "diabetes", "heart disease"))

# 定义一个函数来执行查询
query_pubmed <- function(keyword) {
    query <- paste0("(", keyword, "[Title/Abstract])")
    results <- fetch_pubmed(query)
    return(results)
}

# 对数据框中的每个关键词执行查询
results_list <- lapply(df$keywords, query_pubmed)

# 查看第一个查询结果
print(results_list[[1]])

tryCatch({
    results <- fetch_pubmed(query)
}, error = function(e) {
    print("网络连接出现问题，请检查网络设置。")
})

library(R.utils)
withTimeout({
    results <- fetch_pubmed(query)
}, timeout = 60) # 设置超时时间为60秒