R使用ggplot2获取2个图例 - 腾讯云开发者社区

遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree...geom_tree(aes(color=group))+ geom_tiplab(offset = 0.1)+ scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 这样就把图例去掉了...geom_tiplab(offset = 0.1)+ scale_color_manual(values=colors, na.translate=FALSE) 将图例的线更改的粗一点...image.png 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本需要示例数据和代码点赞点击在看然后在后台留言 20210605 就可以了小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python

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「R」魔性的ggplot2，多个图例时顺序会变？

今天尝试解决使用ggplot2画图时的一个问题，图例不按规矩出牌。 ggplot2的作者们在测试时发现更新版本也出这问题了，正好可以用于简单说明。本来是一个这样的图形 ? 新版本变成了 ?...而我是画两个相似的图形时出现这问题，数据结构一样，然后画图后图例的顺序变了~ 根据文档，默认使用了某种“秘密魔法”？！...解决办法是有的，我们可以使用order选项设定。...如果我们要改变图例顺序，按下面的操作，将color变成1，然后fill使用默认排序： # And we can reverse the order p + guides( color = guide_colorbar

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R语言之可视化①⑨子ggplot2中的图例修改

目正文自定义ggplot2图的图例。这里我们要修改非数据组件，通常通过theme（）命令来完成。此页面受到ggplot2（？theme）帮助页面的强烈启发。...另外，请访问非常强大的ggplot2文档以获取更多信息。...我们从mtcars数据集和默认图例开始： library(ggplot2) basic=ggplot(mtcars, aes(wt, mpg, colour = factor(cyl), shape =...image.png 修改图例位置要删除图例，请在theme（）中使用legend.position =“none”。要更改其位置，但在图表外使用bottom，left，right或top。...或者使用0和1之间的相对坐标放置在图中。 #1: no legend basic + theme(legend.position = "none") ?

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R语言ggplot2杂记：图例去掉灰色背景、添加椭圆和圆形分组边界

常规气泡图的图例示例数据就直接用内置的鸢尾花的数据集了 library(ggplot2) colnames(iris) ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width...image.png 这里还可以看到图例是带灰色背景的，如果想要去掉怎么办呢？...image.png 添加圆形的分组边界用到的是ggforce这个包里的geom_circle()函数 library(ggplot2) library(ggforce) colnames(iris)...="black", fill = "transparent"))+ geom_circle(aes(x0=5,y0=3.5,r=...alpha=0.2, color="red")+ xlim(2,8)+ ylim(2,8)+ geom_circle(aes(x0=7,y0=3,r=

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跟着Nature Genetics学作图：R语言ggplot2散点图及多图共享图例

20220627/ExtendedFig2.xlsx", sheet = "leg") 第一个小图a library(latex2exp) library(ggplot2...coord_cartesian(ylim = c(0,0.5)) + scale_fill_manual(values = as.character(eqtls$cls)) im1 image.png 这里新接触到一个R包...coord_cartesian(ylim = c(0,0.25)) + scale_fill_manual(values = as.character(eqtls$cls)) im2 image.png 贡献的图例...作图的图例可以单独提取出来然后和其他图去拼图最后是拼图 p <- ggarrange(ggarrange(im1, im2, nrow = 2, labels...labels = c(NA, NA), widths = c(0.7,0.3) ) p image.png 示例数据和代码可以自己到论文中获取

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「R」ggplot2在R包开发中的使用

尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...引用ggplot2函数与引用其他包类似，你需要在DESCRIPTION文件下的Imports条目下列出ggplot2，并使用::访问ggplot2提供的函数。...将ggplot2列入Depends会让你的包在被加载/测试的同时加载ggplot2。这会让其他想要使用你包的人通过::使用你的函数而无需加载它。...在包函数中使用 aes() 和 vars() 为了使用ggplot2创建图形，你很可能至少要使用一次aes()函数。如果你的图形使用了分面操作，你可能也会使用vars()用来指向绘图数据。...]testthat: https://testthat.r-lib.org/ [7]vctrs: https://vctrs.r-lib.org/

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R语言ggplot2绘图单元格为方块的热图—1—调整图例的位置

image.png 我选择使用R语言的ggplot2来实现，这个是箱线图和热图的拼接，右侧的热图可以借助geom_point()函数实现，将点的形状改为正方块，数值按照正负来映射颜色，按照一定的数值来映射大小...image.png 正常做一个柱形图 library(ggplot2) ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes(fill=x)) ?...image.png 拉大图例与主图的距离使用theme()函数中的legend.box.margin参数来调节 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes...image.png 还有另外两个知识点是调节图例的标题和图例的距离以及图例的文本和图例的距离分别需要用到legend.spacing.y和legend.spacing.x参数 ggplot(data=...image.png 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记

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R tips：使用ggplot2绘制空间坐标图

theme(panel.background = element_rect(fill = "black")) p_xenium_boundary | p_xenium_boundary2 使用...另一个选择是使用geom_tile图层，它可以指定点的height和width，height和width的大小和使用的数据有关系，在调试出图时只需要指定好了它们的值，则点的遮挡关系就不会因为导出图片的大小而出现改变

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「R」使用 ggplot2 进行曲线拟合

这里我们构造一组数据来看看如何使用 ggplot2 来拟合数据。...ggplot2 绘制散点图： library(ggplot2) p <- ggplot(df, aes(x, y)) + geom_point() p 我们先直接利用 geom_smooth...() 对散点进行平滑拟合，默认使用的是 loess 方法。...，然后使用线条添加在图上也是可以的。...Stack Overflow 以下几篇问答： https://stackoverflow.com/questions/7549694/add-regression-line-equation-and-r2

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「R」ggplot2拼图包patchwork推荐与使用

patchwork是基于ggplot2的拼图包，因为ggplot2本身没有强大的拼图语法，而一般使用的gridExtra与cowplot的拼ggplot2图形都存在不少问题。...我关注这个包蛮久了，现在Github上的Star数已经远超大部分的R包，但似乎还没有发布到CRAN。我的工作看似跟作图相关，写的博文大多数也如此，但实际对图形的掌控力并不咋的，所以还是要多多学习。.../patchwork") 导入： p_load(patchwork) # 或 # library(patchwork) 例子 patchwork的使用灰常简单，使用+把要拼的图加在一起就可以了。...我们不用创建对象，也可以像ggplot2本身使用一样相加。...另外，可以使用布局函数plot_layout对拼接细节进行更细致地指定，像每个图的范围，图形的排列。

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跟着Nature学作图：R语言ggplot2分组折线图完整实例多个图例分开放

MOESM8 没有找到论文里的作图的代码，但是找到了部分组图数据，我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图今天的推文重复一下论文中的Figure1c image.png 今天主要的知识点是多个图例的时候如何分开放...，目前想到的办法是使用ggpubr这个R包把图例单独挑出来，然后使用annotation_custom()函数再把图例加回去。...variants,name) %>% summarise(mean_value=mean(value)) %>% ungroup() -> new.data 最基本的图 library(ggplot2...b6e0f0", "SV"="#ea6743"), name="")+ labs(y=TeX(r"...patchwork) pdf(file = "abc.pdf", width = 9.4,height = 4) pp + pp dev.off() image.png 示例数据和代码可以自己到论文中获取

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跟着Nature microbiology学作图:R语言ggplot2堆积柱形图柱子单独配色多个图例排序

Ahigh-qualitygenomecompendiumofthehumangutmicrobiomeofInnerMongolians4.pdf 论文中大部分作图数据都有，争取把论文中的图都复现一下今天的推文我们试着复现一下论文中的Figure2b image.png 今天推文的主要知识点就是四个柱子，每个柱子单独配色，然后4个图例如何调整四个图例的前后顺序

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R语言ggplot2散点图如何使用更多的形状

R语言ggplot2如果要做散点图可以用自带的一些形状如果想用其他形状，有一个R包是ggstar https://cran.r-project.org/web/packages/ggstar/vignettes...ggstar这个R包的整体结构暂时还看不明白，但是定义形状的部分自己能够修改。...在 primitive.R 代码中 plxy 就是一个形状的数据，第一列是x，第二列是y 比如上图中28的形状 square diamond 把中心掏出一正方形的空白 data.frame(x=c(0,...) source("ggstar02/geom_star.R") source("ggstar02/primitive.R") source("ggstar02/utilities.R") library...show.legend = FALSE)+ theme_bw()+ theme(panel.grid = element_blank()) 基本上能构造出形状的坐标，就能够把这个形状用于ggplot2

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跟着Nature学作图：R语言ggplot2山脊图添加辅助线图例添加到左下角

但是找到了部分组图数据，我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图今天的推文重复一下论文中的Figure2a image.png 主要知识点如何在山脊图上添加辅助线另外一个知识点是如何把图例放到整个图的左下角...x=mean_value, label=round(mean_value,2)), hjust=1.5,color="#2772a7") 绘制图例...label=round(mean_value,2)), hjust=1.5,color="#2772a7")+ labs(x=TeX(r"...unit(c(0.1,0.1,0.1,1),'cm'))+ annotate(geom = "text", x=0.8,y=1.5, label=TeX(r"...textit{P} = 1.70 \times 10$^{-217}$)"), vjust=-0.5) dev.off() image.png 示例数据和代码可以自己到论文中获取

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在 R 中使用 sf 和 ggplot2 绘制河流地图

Tips：关于HydroSHEDS，请查看即将发布的全球河流数据的最新公告以及新网站：https://www.hydrosheds.org/ 获取河流数据让我们导入几个库，好吗？...中，以获取要导入的文件列表。...由于我们想要 sf 对象，因此获取列表的第一个组件就足够了，我们的愿望将得到满足。...我们在下面使用 mutate 来创建宽度，并使用case_when来分配宽度。后者在SQL用户中是众所周知的。在此上下文中，如果满足条件，它会根据宽度列分配一个值。 # 2....边界框在我们用ggplot2做魔术之前再走几步。我们的目标包括欧洲和中东，因此我们希望确保我们主要占领欧洲。我们通过制作一个边界框来做到这一点。让我们使用 WGS84 坐标定义边界框的参数。

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使用R获取DNA的反向互补序列

前面跟大家聊了一下☞R如何reverse一个字符串，其实这个只能实现反向，那怎么样才能实现互补呢？其实获取DNA的反向互补序列这个事情本身并不是很难。...我这里只是想结合R语言来解决我们生物信息里面的一些小问题，帮助大家理解R。...就可以得到反向互补序列了接下来我们用R语言来实现这个功能，我还是给大家介绍两种不同的方法。一种是比较原始一点的方法。第二种是站在前人的肩膀上，使用已有的R包来实现。...1.使用strsplit，rev，paste等R自带的函数来实现 DNA='ATTTAGCGATGCGGCTATGCTATCGGA' #定义互补配对的表 from=c("A","T","G","C",...参考资料：R如何reverse一个字符串

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使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据

第一篇目录 TCGA数据源查看有多少不同的癌症数据集查看任意数据集的样本列表方式查看任意数据集的数据形式选定数据形式及样本列表后获取感兴趣基因的信息选定样本列表获取临床信息综合性获取从cBioPortal...for Systems Biology Next-Generation Clustered Heat Maps, MD Anderson Cancer Center 其中cBioPortal更是被包装到R包里面...：http://www.cbioportal.org/cgds_r.jsp 这里就介绍如何使用R语言的cgdsr包来获取任意TCGA数据吧。...选定样本列表获取临床信息 ## 如果我们需要绘制survival curve，那么需要获取clinical数据clinicaldata 获取只需要根据癌症列表选择自己感兴趣的研究数据集即可，然后选择好感兴趣的数据形式及对应的样本量。

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使用R语言ggplot2包绘制SCI论文配图密度散点图

R适用于统计分析，绘图的一款编程软件，R属于开源，自由，免费的软件。随着生物信息学的发展，R语言在数据分析和绘制图形上都有着十分重要的优势。尤其是现在大部分科研绘图，都使用R语言来完成的。...那么下面我就用所学R知识不多的情况下教大家绘制这幅SCI配图。本次绘图工具：RStudio。 RStudio是R的集成开发环境，界面更加丰富实用，使用起来更加方便。...本次绘图所使用的R包：ggplot2和ggpointdensity ggplot2是R语言绘制图形一个十分重要也是非常基础的一个包，使用ggplot2再加上R自带的base画图基本可以完成所有图形的绘制...1.获取和设置工作路径使用setwd()和getwd()来获取和设置自己的工作路径。...ggpointdensity) 3.导入数据 data = read.csv("1_zd_aodPM25.csv") 4.使用ggplot2开始画图 p2 = ggplot(data, aes(x=

2.8K5 0

ggplot2作图共享图例方法一：ggpubr包的ggarrange()函数以及调整图例的布局

当使用ggplot2作图的时候如果多个图拼接到一起，图例互相之间有一样的时候，比如如下的情况（我们用R语言内置的鸢尾花的数据集做三个散点图） ?...这里拼图使用的函数是ggpubr这个包里的ggarrange()函数，这个函数里有一个参数是common.legend，默认好像是FALSE，我们直接设置成TRUE就好了，代码如下 ggarrange(...image.png 图例放到顶部，默认的布局是3行3列，如果要改成1行6列呢？ggplot2里应该有对应的参数可以修改吧？...但是目前还不知道如何使用ggplot2自带的函数来操作，查资料的时候发现了一个R包lemon里有一个reposition_legend()函数参考资料的链接是 https://cran.r-project.org...如果将ggplot2的图例设置为顶部，默认结果如下 p4<-ggplot(df,aes(x=V1,y=V2))+ geom_point(aes(color=V6))+ theme_bw()+

4.8K5 1

「R」使用UCSCXenaTools获取数据进行生存分析（全英文）

To address this issue, we developed an R package UCSCXenaTools for enabling data retrieval, analysis...Download clinical dataset Now we download the clinical dataset of the TCGA LUAD cohort and load it into R....plot survival curves, respectively. library(survival) library(survminer) #> Loading required package: ggplot2...The UCSCXenaTools R package: a toolkit for accessing genomics data from UCSC Xena platform, from cancer

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R语言ggplot2作图如何去掉图例中的NA

「R」魔性的ggplot2，多个图例时顺序会变？

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