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R语言的数据结构（包含向量和向量化详细解释）

更多内容请参考《R语言编程艺术》 ——————————————— 向量类型是R语言的核心。深入理解向量对R中数据结构及其操作，函数的开发和应用有着重要意义。...比如一列数字，一列字符串，一列布尔值。 所以，数据框可以类比为二维矩阵，当然这里的类比是异质性的，因为每个组件的数据类型不同。 技术层面看，数据框是每个组件长度相等的列表。...还有合并 apply族函数在数据框中的用法 apply lapply sapply apply 如果数据框的每一列的数据类型相同，则可以对该数据框使用apply函数。或针对数据框中的某些列应用。...lapply和sapply 因为数据框技术上就是列表，所以lapply和sapply可以应用于数据框。...数据框是列表的特例，数据框的列构成列表的组件，所以lapply函数会作用于数据框的每一列，返回返回一个列表。但未知错乱，意义不大。

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快速掌握apply函数家族推荐这篇文档

❝apply 家族是 R 语言中常用的函数，用于对列表、数组或其他类型的数据进行循环操作。 ❞ apply 家族包括以下几个函数： ❝lapply：用于遍历列表中的每一个元素，并对其执行函数操作。...例如，下面的代码使用 apply 函数求出矩阵中每一列的和： # 创建矩阵 x <- matrix(1:9, nrow = 3) # 使用 apply 函数求出矩阵中每一列的和 apply(x, 2,...sum) [1] 6 15 24 ❝上面介绍了apply 家族函数的原理，下面来举几个使用 apply 家族函数处理数据的小例子： ❞ 例子 1：求出矩阵中每一列的最大值 下面的代码使用 apply...函数求出矩阵中每一列的最大值： # 创建矩阵 x <- matrix(1:9, nrow = 3) # 使用 apply 函数求出矩阵中每一列的最大值 apply(x, 2, max) [1] 3...总结 ❝apply 家族是 R 语言中常用的函数，用于对列表、数组或其他类型的数据进行循环操作。它们包括 lapply、sapply、apply 和 tapply 函数，每个函数都有各自的用途。

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R语言利用vcf文件计算等位基因频率和连锁不平衡（LD）R方

首先使用beagle做基因型填充 beagle gt=smoove_filtered.vcf out=smoove.filtered.impute nthreads=2 读取vcf文件 library...} } return(R2) }) 整个函数的逻辑还看不明白 这里自定义函数还用到了compiler这个R包，有什么作用暂时不太明白 函数是输入两个位点的等位基因和等位基因频率 calcLD(...gt.list[[1]],p[[1]],gt.list[[3]],p[[3]]) gt.list 的格式 p的数据格式 以上是本期推文的内容 一个R语言的零散知识点：pivot_longer()函数把多列的数据转换成长格式...把向量里的两个列名单独生成一列 cols 里的列如果数据类型不一样是不能合并的 names_to 生成的是新生成的列的列名 values_to 也是指定列名 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本...小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记

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R语言中 apply 函数详解

apply函数集来转换R中的数据 介绍 数据操作是机器学习生命周期中最关键的步骤之一。...因此，在Python和R中都有大量的函数和工具可以帮助我们完成这项任务，这一点也不奇怪。 今天，我们将使用R并学习在R中转换数据时使用最广泛的一组“apply”函数。...lapply()是list apply的缩写，可以对列表或向量使用lapply函数。无论是一个向量列表还是一个简单的向量，lappy()都可以在这两个向量上使用。...因此，在处理数据帧时，mapply是一个非常方便的函数。 现在，让我们看看如何在实际数据集上使用这些函数。...尾注 到目前为止，我们学习了R中apply()函数族中的各种函数。这些函数集提供了在一瞬间对数据应用各种操作的极其有效的方法。本文介绍了这些函数的基础知识，目的是让你了解这些函数是如何工作的。

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隐式循环及function函数

写在开头 最近在复习数据挖掘课程内容，hhh确实是兜兜转转从去年学到了今年 去年的课程笔记整理：#R语言数据挖掘 今年重新学习一遍，所以准备补充一些知识点，以及找几个GEO芯片数据实战分析一下。...隐式循环 在单细胞分析中，我们读取多个单细胞数据集时通常会用到lapply()函数，循环读取多个数据集 比如在技能树最近如何整合多个单细胞数据集推文中，就多次用到了lapply()函数 dir='GSE152938...(sceList, dim)) 正好复习R语言基础的时候，学到了apply()和lapply()两个函数，那一起来了解一下隐式循环吧！...[,1:4], 2, plot) lapply()函数 lapply返回与X长度相同的列表，其中的每个元素都是将FUN应用于X的相应元素的结果。...lapply是apply()函数的变种，主要用于处理列表/向量（列表/向量没有行和列的概念，所以会比对矩阵/数据框的操作更简单一些），也更适用于批量读取数据或者处理统计数据 基本语法为： lapply(

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R语言中的批处理函数

1.apply函数 apply函数只能用于处理矩阵类型的数据，也就是说所有的数据必须是同一类型。因此要使用apply函数的话，需要将数据类型转换成矩阵类型。...apply函数一般有三个参数，第一个参数代表矩阵对象，第二个参数代表要操作矩阵的维度，1表示对行进行处理，2表示对列进行处理。第三个参数就是处理数据的函数。apply会分别一行或一列处理该矩阵的数据。...其中参数na.rm=TRUE，可以忽略所用的NA值 ? 2.lapply和sapply函数 lapply和sapply函数可以用于处理列表数据和向量数据（vector/list）。...lapply函数得到处理得到的数据类型是列表，而sapply函数得到处理的数据类型是向量。这两个函数除了在返回值类型不同外，其他方面基本完全一样。 ? ?...也就是说tapply函数就是把数据按照一定方式分成不同的组，再在每一组数据内进行某种运算。 ? 4.mapply函数 mapply函数主要是对多个列表或者向量参数使用函数. ?

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从零开始的异世界生信学习 R语言部分 06 R应用专题

list，使用下标循环，可以将每次循环的结果都保存到列表中 ## cbind 按列拼接 a = rnorm(10) b = 1:10 cbind(a,b) ##do.call() 函数是对列表 list...操作的函数，批量操作 图片 图片 分批次将运行结果保存为R.data格式便于管理数据 图片 大段代码暂时不运行可以进行折叠，并加入一个if 判断或者注释掉 表达矩阵箱线图 表达矩阵 R 语言作图要求将宽数据的表达矩阵转变成长数据后昨天...) ##对test数据框的每一行求和 图片 图片 ### 2.lapply(list, FUN, …) # 对列表/向量中的每个元素（向量）实施相同的操作 test <- list(x = 36:...33,y = 32:35,z = 30:27);test #返回值是列表，对列表中的每个元素（向量）求均值(试试方差var,分位数quantile) lapply(test,mean) lapply...（第一个写的数据框），右表中多余的数据舍去，没有的数据显示缺失值 right_join(test1,test2,by="name") ##右连接，以右侧的表的行为准构成新的数据框（第二个写的数据框），左表中多余的数据舍去

2.5K30

R包reshape2 |轻松实现长、宽数据表格转换

二、什么是宽表格和长表格 示例数据说明：例子使用内置于R中的空气质量数据集（airquality）。...长数据矩阵中一列代表变量类型，另外一列表示对用的变量值。...蓝色阴影表示我们想要表示的各个行的ID变量，红色表示想要转换成列名的变量名，灰色表示要在单元格中填充的数据。...使用dplyr进行数据操作30例 交集intersect、并集union、找不同setdiff R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换 1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框） 2读写数据所需的主要函数...、与外部环境交互 3数据筛选——提取对象的子集 4向量、矩阵的数学运算 5控制结构 6函数及作用域 7认识循环函数lapply和sapply 8分解数据框split和查看对象str 9模拟—随机数、抽样

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R语言中的循环函数（Grouping Function）

R语言中有几个常用的函数，可以按组对数据进行处理，apply, lapply, sapply, tapply, mapply,等。这几个函数功能有些类似，下面介绍下这几个函数的用法。...Lapply 前面说到apply是对于matrix和array的，针对list，我们可以使用lapply函数。该函数接收list，返回的结果也是一个list。...其调用如下： Apply(数据,运算函数,函数的参数) 对于Data Frame来说，如果不同的列有不同的数据类型，不能转换成Matrix，但是却可以转换成List，然后使用lapply函数。...Sapply Sapply函数和Lapply函数很类似，也是对List进行处理，只是在返回结果上，Sapply会根据结果的数据类型和结构，重新构建一个合理的数据类型返回。...USE.NAMES是对字符串数据处理时，是否使用字符串作为命名的。

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2023.4生信马拉松day7-R语言综合应用

，列表的每个元素对应原来的每个元素拆分的结果 -（2）列表使用不方便——simplify = T简化结果，简化成矩阵 -（3）注意：之前提到过，矩阵的某一列不能单独转换数据类型，需要把矩阵转换成数据框再转换某列的数据类型...转换数据：把表格转换成两列数据 -（1） 第一步：转置 -（2） 第二步：把行名作为一列添加到数据中（因为ggplot2容易把行名丢掉，所以倾向于把行名作为一列） -（3） 第三步：新增一列“group...使用转换好的数据画图 #数据转换好就可以画图了 library(ggplot2) p = ggplot(pdat,aes(gene,count))+ geom_boxplot(aes(fill =...如何挑出30个数里最大的五个 -（1）排序 -（2）取最后五个 图片 3.向量/列表的隐式循环-lapply() 对列表/向量中的每个元素实施相同的操作 lapply(1:4,rnorm) #批量画图...★★ 1. iner_join 两个表格按照共同的一列取交集，连接的结果是二者交集 2.left_join 以左边的表格为主，左右都有的连接保留，右边没有的用NA填充 3. right_join 以右边的表格为主

3.6K80

如何批量给自己的文件重命名

应用Windows日常办公，很多时候为了更快识别自己文件夹的文件，我们常需要对文件进行重命名自己偏好习惯，个位数的文件重命名，无非就是耗费自己一两分钟的时间，点点鼠标，然后重命名，输入文件名即可。...前面分享了：Linux命令行，菜鸟报错之隐藏在换行中的字符^M，我们下载下来的文件，那么好了，现在问题是我需要对下列500+文件进行个性化重命名，要在每个文件 前加上数据收集的年份区间， 比如2007_...OK，自己想要的最终命名格式为：把每个文件之前加上年份区间，而且保证每个文件的对应年份准确无 误，这样子： ? 把文件下载网站中的注释文件复制下载下来，其长这样： ?...最后就是拼接，tmp文件中，第一列（Years）和第四列(Data File）拼接起来： ?...（偷偷的告诉你哟，file.rename函数来自 于base包的哟，xpt文件为SAS数据文件，可以通过R中，foreign包一键读取哟）

1.7K20

十二、R语言的综合应用

#从大到小 2.2 distinct，数据框按照某一列去重复 distinct(test,Species,.keep_all = T) 2.3 mutate，数据框新增一列 mutate(test,new...names_to = "gene", ### 给合并后的列命名为gene values_to = "count") ### 这几列的数值也要合并为一列，并且命名为...(list, FUN, …) 列表的隐式循环 # 对列表/向量中的每个元素（向量）实施相同的操作 test <- list(x = 36:33,y = 32:35,z = 30:27);test #返回值是列表...，对列表中的每个元素（向量）求均值(试试方差var,分位数quantile) lapply(test,mean) lapply(test,fivenum) 5.3 sapply 简化结果，返回矩阵或向量...---- dir() # 列出工作目录下的文件 dir(pattern = ".R$") #列出工作目录下以.R结尾的文件 file.create("douhua.txt") #用代码创建文件 file.exists

3.1K30

R语言数据分析利器data.table包 —— 数据框结构处理精讲

版权声明：本文为博主原创文章，转载请注明出处     R语言data.table包是自带包data.frame的升级版，用于数据框格式数据的处理，最大的特点快。...将一个R对象转化为data.table，R可以时矢量，列表，data.frame等，keep.rownames决定是否保留行名或者列表名，默认FALSE,如果TRUE,将行名存在"rn"行中，keep.rownames...比如此例取出DT 中 X 列为"a"的行，和"a"进行merge。on参数的第一列必须是DT的第一列 DT[....roll 当i中全部行匹配只有某一行不匹配时，填充该行空白，+Inf(或者TRUE)用上一行的值填充，-Inf用下一行的值填充，输入某数字时，表示能够填充的距离，near用最近的行填充 rollends... 填充首尾不匹配的行，TRUE填充，FALSE不填充，与roll一同使用 which TRUE返回匹配的行号，NA返回不匹配的行号，默认FALSE返回匹配的行 .SDcols 取特定的列，然后.

5.6K20

R语言︱词典型情感分析文本操作技巧汇总（打标签、词典与数据匹配等）

笔者寄语：情感分析中对文本处理的数据的小技巧要求比较高，笔者在学习时候会为一些小技巧感到头疼不已。...如何用函数批量导入文本，并且能够留在R的环境之中?循环用read.table，怎么解决每个文本文件命名问题？ list函数能够有效的读入，并且存放非结构化数据。...去除原理就是导入停用词列表，是一列chr[1:n]的格式； 先与情感词典匹配，在停用词库去掉情感词典中的单词，以免删除了很多情感词，构造新的停用词； 再与源序列匹配，在原序列中去掉停用词。...其他关于主键合并的方法有，dplyr包等，可见博客：R语言数据集合并、数据增减 3.2 词库之间相互匹配 1、集合运算（%in%/setdiff()）——做去除数据 在2.3的三级停用词清理的过程中，...is.na(testterm$weight), ] head(testterm) 代码解读：join，以term进行左关联合并，在A表中，会多出来weigh的一列，但是会出现（1,NA,2，3，NA）

3.5K20

R语言基因组数据分析可能会用到的data.table函数整理

版权声明：本文为博主原创文章，转载请注明出处 R语言data.table包是自带包data.frame的升级版，用于数据框格式数据的处理，最大的特点快。...因此，在对大数据处理上，使用data.table无疑具有极高的效率。这里主要介绍在基因组数据分析中可能会用到的函数。...也有不同之处，一是use.names参数，可以指定是否使用相同列名bind，二是rbindlist可以使用在不知道对象名字的情况下，比如lapply(fileNames, fread) 。...，默认FALSE，像rbind一样，直接bind，当时TRUE的时候，至少要有一个对象的一列要存在行名； fill 如果TRUE，缺失的列用NA填充，这个时候bind的对象可以不同列数，并且use.names...自动设为TRUE,这个时候至少要有一个对象的一列要存在行名； idcol 产生一个index列，默认(NULL)不产生，如果idcol=TRUE，行名自动为.id，当然你也可以直接命名，比如idcol

3.2K10

实现绘制Sankey桑基图（河流图、分流图）流程数据可视化

p=24996 我一直在寻找一种直观的方法来绘制流程中状态之间的流程或连接。R软件恰好满足了我的需求。 将数据设置为正确的格式是一个比较麻烦的过程。现在，本文仅说明如何构建多级图。...构造数据 此示例的计划是在六层中的每一层具有四个节点，并且层之间具有流。数据很好地说明了该过程，并且产生的结果与我所追求的最终图一致。我们必须为节点和边创建数据结构。...从边开始，然后使用这些数据提取节点。 边数据帧由具有“从”节点（N1）和“至”节点（N2）的记录以及它们之间的流的值组成。在这里，我系统地构建了一个随机流网格，并删除了一些破坏对称性的记录。...> eges = data.frame > > head(eges) 然后从边数据帧中提取节点的名称。根据标签计算节点的水平和垂直位置。...为此，我们将节点，边和样式数据结构连接到列表中，然后将“ river”添加到类属性列表中。 > rp <- list > # > class<- c 这样就可以制作图。

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R语言︱数据集分组、筛选(plit – apply – combine模式、dplyr、data.table)

R语言︱数据集分组 大型数据集通常是高度结构化的，结构使得我们可以按不同的方式分组，有时候我们需要关注单个组的数据片断，有时需要聚合不同组内的信息，并相互比较。...lapply函数可以对每组数据都执行同样的算法。Split和lapply两者结合可以实现本案例。 2.由于分组后的数据可以复用，因此本算法比aggregate性能更高。...可以看到，计算结果中的第一列实际上是“SELLERID.CLIENT”，我们需要把它拆分成两列并调换顺序才行。...3、Lapply 是 apply 函数族 Lapply 是 apply 函数族的一份子，类似的函数还有 sapply 和 tapply。...（参考来源：R高效数据处理包dplyr和data.table，你选哪个？） ?

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