函数与参数 形式参数与实际参数 形式参数99%可以删除 图片 命名新的函数 > jimmy <- function(a,b,m = 2){ + (a+b)^m + }。...> m2d=function(x){+mean(x)+2*sd(x)} #sd()是标准差 不会是一个值 > m2d(rnorm(10)) [1] 1.738949 R包 介绍 R包都在哪里 ####...") #ls是展示出该包中的函数 R语言中的函数 （）前的是函数 [] 是取子集，一定是个数据 【】里有“，”->向量或矩阵 [[]] 前的通常是个列表 列表取子集 $ 数据框取子集 <-...否定 { } 用于容纳多行代码 #注释 " " 字符型数据 ：：包：：函数 #文件名必须带引号，且在能识别文件名称的函数括号里面，实际参数位置上 文件的读写 csv格式 > read.csv("ex3...#表格文件读到R语言中，就得到了一个数据框，对数据框进行的修改不会同步到表格文件，需重新导出 分隔符 常见的分隔符：逗号、空格、制表符（\t) 将表格文件读取到R语言中 read.table() #
1.函数与参数 （1）形式参数与实际参数 （2）写函数的函数 2.R包（R package）介绍 R包可以理解为是多个函数的打包存放，包含函数、数据、帮助文件、描述文件等。...3.R包都在哪里 （1）CRAN网站 （2）Bioconductor （3）github 4.xxR包怎么安装 从哪里来/怎么安装 不知道从哪里来的？...安装包——加载包——使用包里的函数 ## library（）没有error 是检查是否安装成功的标准 （2）已经安装的 R包，可以用：：快速调用里面的函数 7.常见疑问 （1）提示信息 检查是否有...denied 权限问题：管理员方式重新打开Rstudio，重新运行代码 8.R包如何使用-获取帮助 （1）快速查看函数帮助文档 ？...+函数名称 （2）找R包介绍界面（直接搜） （3）Vignettes ls("package:lima") #列出一个包里都有哪些函数数据 R语言中的符号 解决问题的思维（报错时）
() 可以查看默认值, 例如sort()函数的默认值为decreasing=F二、R包介绍1)⚠️下载原始方法：install.packages(" ") 适用于大部分的R包生信相关包：BiocManager...("开发者用户名/R包名称") ‼️要首先下载devtools包，install.packages("devtools")2)R包的使用每次使用前必须library() 相应的包不然会报错。...Biobase、BioGenerics后，再次library(GEOquery)即可成功2、package not availble for this version of R图片可能原因1：包名写错可能原因...2:安装命令写错，install.packages和BioManager::install()都试一下可能原因3：本机R语言版本与R包不符可能原因4:包过时了3、更新问题图片all /some/ no...5）R包安装成功的标志图片图片补充：列出一个R包内的函数和数据> ls("package:stringr") [1] "%>%" "boundary" "
R包开发 创建R包基本流程： 开发工具：devtools 运行调试 + usethis 创建修改 基本流程： create_package 创建一个R包 use_r()写函数,插入roxygen注释和...；test()进行测试 check对整个包进行检查 use_readme_rmd()和build_readme()生成readme文件 开发工具： install.packages("devtools"...：usethis::use_r() -> R/*.R -> 添加R函数脚本(合并因子) usethis::use_r("fbind") fbind <- function(a, b) { factor...fbind(x, y), z) expect_identical(fbind(x_fact, y), z) }) 进行测试：test() 快捷键:Ctrl + Shift + T test() 调用其他包函数...dplyr调出 创建包：usethis::create_package(path) 工作路径最好是源码包的top-level 参考： R packages 2nd edition cheatsheet
r与python差异比较大的一个地方就是，python的机器学习算法集中程度比较高，比如sklearn，就集成了很多的算法，而R语言更多时候需要一个包一个包去了解，比较费时费力，对于python转过来的朋友非常不友好...，抽空整理了工作中常用的R包如下： 常用检验函数： ?...算法的决策树 C50包C5.0函数，基于C5.0算法的决策树 e1071包naiveBayes函数，贝叶斯分类器算法 klaR包NaiveBayes函数，贝叶斯分类器算分 MASS包lda函数，线性判别分析...zoo 时间序列数据的预处理 统计及预处理： 常用的包 Base R, nlme aov, anova 方差分析 density 密度分析 t.test, prop.test, anova, aov:...最后剩下常用的就是读入和写出了： RODBC 连接ODBC数据库接口 jsonlite 读写json文件 yaml 读写yaml文件 rmakdown写文档 knitr自动文档生成 一般业务中使用比较多的就是上面这些了，当然R里面有很多冷门的包
我们很多时候都很好奇作者的r包是如何写出来的，手痒的时候就想学习一下源码，顺便改一 问题来源 为什么要写今天这个推文呢？...find . | grep "R$" | xargs grep -n "DoHeatmap" --color=auto 发现， DoHeatmap函数在visualization.R 和mixscape.R...都出现了，感觉是visualization.R定义了DoHeatmap函数。...('~/gzh/seurat_codes_learning/seurat-release-5.0.2/R/visualization.R') 最后就顺利找到了源代码，可以看到DoHeatmap的画图功能其实来自于另外一个函数...SingleRasterMap，同时作者还是用其他几个自定义的函数，最终达成了DoHeatmap的画图功能。
如果不想要在全局直接访问包内的函数，在导入时设定attach=FALSE。...那么，利用GitHub page加上这里介绍的use()函数构建一个可实时获取的代码库是可能的。对于小的脚本函数， 写一个文件总是比写一个包简单轻量。...基于上面的思想，我将去年写的R包安装以及TCGA样本名重过滤等几个函数单独通过GitHub page进行了部署。...这里一个对绝大部分读者有用的函数是install()，它之前被放在R包wfun中。我前几天把它重新进行了迁移和修改。...代码核心其实 就是各种情况的检查，优先使用适合的包和函数进行下载、安装。它的存在就是方便国内使用者，特别是 初学者简便地下载、安装包。
问题 你想知道包里有什么。 方案 在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist <- objects(packageName)...===========\n") cat("Objects: \n") cat(objectlist$name[objectlist$object]) cat("\n") } 以 base 包作为示例测试...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version
高效开发R包 什么情况下我们需要开发R包呢 开发R包（也称为R库）是一种有效的方法，可以用来组织、共享和重用你的R代码。...以下是一些可能需要开发R包的情况： 代码重用：如果你发现自己在多个项目中重复使用相同的函数或代码片段，那么将这些函数打包成R包可以使你的代码更易于管理和重用。...软件开发：如果你正在开发一个复杂的软件应用，那么将你的代码组织成一个或多个R包可以帮助你管理你的代码的复杂性。R包提供了一种结构，可以帮助你组织你的函数、数据和文档。...借助Rstudio这样的软件工具开发R包是最方便的 RStudio是一个非常强大的工具，可以帮助你更容易地开发R包。...你需要为你的包选择一个名称，并选择一个位置来保存你的包。 添加函数：你可以在R目录中添加你的函数。每个函数通常都会有自己的R文件。 添加文档：你可以为你的函数添加文档。
的包开发人员准备的。...尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...这会让其他想要使用你包的人通过::使用你的函数而无需加载它。...有时候在开发R包时为了保证正常运行，不得不将依赖包列入Depdens。...实际上，如上所说，这一方面会让使用者懵逼，另一方面会造成开发病毒式感染，既不方便调试错误， 想要使用你的包开发的人又不得不将你的包列入Depends。
R包 多个函数的打包存放 相应的R包可实现特定的分析功能 R包包含函数、数据、帮助文件、描述文件 安装 R包来源有CRAN、Bioconductor、GitHub install.packages(tidyr...jmzeng1314/idmap1") library("tidyr")#加载 devtools::install_local(“xxxx.zip”)#本地安装 安装后每次使用都要先加载，也可用来检验是否成功安装 载入包时回答提示信息尽量...no* 已经安装的包，可直接调用其中的函数 pheatmap::pheatmap(volcano)#包名::函数名 library(pheatmap) pheatmap(volcano) 学习R包的使用...browseVignettes("limma") #作者一手教程，不是每个包都有 ls("package:limma")#列出包中的函数等 引用自生信技能树 小洁老师
image-20200916155008545 首先来看一下整个创建R包的基本流程，然后在具体的讲解每一个部分 第一步是确保开发所需要的R包已经安装好了，主要是devtools install.packages...，包括包的描述；安装；示例 基本的流程是： create_package 创建一个R包 use_r()写函数,插入roxygen注释和tag，使用document()生成文档 load_all()载入包...使用usethis::use_rstudio() 在已经存在的源码包目录内部使用 注意在开发的时候，工作路径最好是源码包的top-level 元数据 DESCRIPTION 元数据是存储在DESCRIPYION... In-development版本由4个数字构成，第四个是开发版本，从9000开始，所以包的第一个版本是0.0.0.9000 Auther@R字段是作者的信息，是R代码： Authors@...添加额外的别名，可以使用?
()或require() (括号内指定包的名字） 这里我们可以指定参数character.only = T 从而让library 函数接受字符串作为参数，从而方便的使用apply 族函数实现批量加载R...所加载的所有包所在的路径 ：.libPaths()这个其实还挺好用的，比如说有的时候，这个路径没有设置好，导致下载的R 包无法被library，都可能和这个路径有关。...更新 update.packages() (括号内指定包的名字） 卸载 remove.packages()(括号内指定包的名字 已加载环境的包和从环境中卸除 # 查看已加载的包 (.packages...有的时候有的包的更新所依赖的包如果加载在环境中的话，会导致报错。这时候可以detach 掉他萌～（其实更暴力的就是重新打开R proj） 还是我的R 包 我为什么要用还呢？...和R 包的版本号，是个好习惯～ 详细介绍，可以参见我的github主页。
stringr包是Hadley Wickham大神贡献的R包之一，主要用于字符串的处理。对于经常需要对数据进行预处理的分析人员来说，简直是一把“利器”，可谓是上能屠龙，下能剔牙。...其用法相比于R自带的函数，更加简单明了。stringr包在我工作中，是属于频繁使用的R包之一。简单的用法也是深入我心，强烈推荐使用该包进行字符串的预处理。...#大小写转换r.letter 检测 场景：常跟ifelse函数配合使用，对某一列字符串进行判断是否匹配。...多用于新建列 #检测df df$b df a b1 1 数字2 2 数字3 3 数字4 a 非数字5 b 非数字6 c 非数字 以上是本人较常用的stringr包函数，可以发现该包的语法简洁...该包不仅仅只有以上几个函数，还有其他函数，只是工作中较少用到，所以未列举出来。可见stringr包确实强大，提供了一整套字符串的处理方案。
这里汇总的信息和视频解读推荐每个想要进阶和学习 R 包开发的读者看一看，是我两年开发经验的一个总结。...R 包的开发目前是前所未有的简单，但大部分 R 用户不了解，无从下手，希望这篇文章可以为大家减少一些拦路虎（下方有二维码可以直达视频）。...资料： 小抄[1] 图书：R 包开发 - http://r-pkgs.had.co.nz/ R 包开发最好和 Git（GitHub） 结合使用。...内容： 开发工具 RStudio usethis (devtools may be helpful) - usethis 是目前的开发核心包，里面有特别多的工具函数，自己开发时多看一看、试一试效果。...总结一下要点： 掌握 R 包结构 掌握 usethis 、devtools包 编写简约有效的函数代码 处理好 devtools::check() 显示的 NOTE/WARNING/ERROR 逐步学习写示例
今天继续学习R语言基础的R包使用，以R包：dplyr为例 数据准备 01 R包的安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”)...#务必要打引号 02 R包的调用/加载 library(dplyr) 或require(dplyr) #这里不用引号 部分人可能会因为镜像的问题失败，解决方法https://mp.weixin.qq.com...cbind()函数和rbind()函数） 需要注意：bind_rows()将行连接起来，需要两个表格的列数相同；同理bind_cols()将列连接起来，需要两个表格的行数相同。...经过这几期的R语言基础，你应该能够入门R了，渐渐的也要自己去学会看帮助文档，去搜报错，还记得怎么搜命令和R包的帮助文档吗？ ?...+命令 #搜命令帮助文档 help(package='R包') #搜R包帮助文档 如果你能独立处理这些问题，那么恭喜你，你的R应该没问题啦！ 应该没问题了！！！！吧？
安装加载R包R包安装命令是install.packages(“包”)或者BiocManager::install(“包”)。取决于你要安装的包存在于CRAN网站还是Biocductor。...加载命令library和require，两个函数均可。...使用一个包，是需要先安装再加载options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options(BioC_mirror...="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") install.packages("dplyr")library(dplyr)dplyr五个基础函数1.mutate(),新增列...cbind()函数和rbind()函数;注意，bind_rows()函数需要两个表格列数相同，而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数test1 <- data.frame(x = c(
这几天收到师兄的任务，熟悉iGRaph包的使用，通过查资料，外加自己的实践，在此做个简单的学习笔记。 以下例子均是在R 3.0.1版本下测试的。
R包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。...dplyr包有很多函数，为了防止dplyr包中的函数名与其他函数产生冲突，使用时前面加上“包名::”dplyr五个基础函数mutate(),新增列select(),按列筛选按列号筛选注意筛选内容与表格内容的统一...注意返回的表的不同反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join注意返回的表的不同简单合并在相当于base包里的cbind()函数和rbind()函数;注意，bind_rows()函数需要两个表格列数相同...，而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数函数和R包的学习方式快速查看函数帮助文档?...dplylr可以用问号连接任何想知道使用方式的函数名称找R包介绍页面（善用搜索引擎，或者找帮助）##Vignettes这个单词硬翻译会翻译成“小插图”，其实就是作者写的网页版教程，不是每个R包都有的，可以运行代码试试看
在这篇文章中，我们将学习如何操控R中的字符串，主要用的是Biostrings包。...Getting started 如果你是第一次使用，请先用以下命令安装Biostrings包： source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite...我们将通过实际操作一些Biostrings包提供的函数去熟悉它做的是什么，又是如何实现的。 Generating DNA alphabets R 提供了函数生成大写和小写的字母表。...，用基本的R绘制函数画一下IRanges对象。...如果你还没有下载好bioconductor包，可以使用下面的命令： source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
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