说实话，自从之前好好学习了一下入门的R以后，一直没有用过R，很多东西都忘了，还是需要靠做笔记方便日后查阅。 本期讲一下R包的几种来源以及安装指定版本R包的几种方法。 R包来源及安装方法 1....CRAN网站 可以理解为R包的官网，凡是需要通过CRAN下载的R包，都可以通过install.packages("pkg_name")来安装。 2....安装指定版本R包 复现文章或R包的更新与当前的R版本或R代码不兼容时，就需要考虑安装某个特定版本的R包了，这里列一些常见的安装指定版本R包的方法供大家参考。...rvcheck的版本太新，下载0.1.8的版本即可。...源码安装 在这里也许能找到你需要的R包历史版本。
install_version()： require(devtools) install_version(“ggplot2”, version = “2.0.0”, repos = “https://cran.r-project.org.../src/contrib/Archive/ggplot2/”) 除此之外，还可以直接从源代码安装： packageurl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib...现在打算不定期更新记录一些笔记，公众号也会将简书的内容整理一下发布~
在R包版本依赖有误、新版R包存在bug或者新版R包函数重大更新导致自己代码报错等情况下，一个可选的解决方案是安装特定的旧版本的R包来解决。...R包的两大分发位置是CRAN和bioconductor，CRAN的R包是本文讨论的重点，bioconductor包的版本依赖比较严格，因此本文暂不分析bioconductor包的旧版本安装。...如何寻找旧版本的CRAN R包 CRAN是The Comprehensive R Archive Network，它是分发各版本R及R包的地方。...R包，也是最好安装的R包，不像R包的源码安装往往会出现编译错误； macOS binaries: 同上，mac平台的二进制R包； Old sources: 旧版本R包的源码。...如下图所示就是ROCR包的旧版本源码的位置。 便捷寻找CRAN R包 除了一步一步的按照上述步骤寻找R包主页，一个更方便的方式是： 方法1：搜索引擎直接搜索CRAN+包名即可，一般第一个就是。
参考： 141-R小技巧-R包的多版本控制 | BIOINFOPLANET (jieandze1314.com)[1] 前言 之前我们提到过 [[09-R工具指南08-R的版本控制]]，那么我们可不可以对...可如果我不想把原来3.2 的Seurat 覆盖，可不可以多个版本呢？ 多个路径 在[[59-R工具指南17-R包安装路径的更换与设定]] 我们知道.libPath 可以获得或设置安装包的目录。...ps：之前写过一个[[62-R工具指南18-用pacman管理你的R包]] 的R包，可惜它并没有R包的版本控制的功能。...还有一个就是我个人电脑，比如mac 中使用Rswitch 管理R 版本，而R 包我则是区分多个R 包目录，按照访问顺序如下： base R 和重要R 包； 数据库类型的非常占用空间的R 包； 某版本R...相关的R 包，通常我是一个不更新派，所以一般就是3.1,3.6,4.0 这样的大更新我会更新，一直安装对应的R包； 版本差异大的R 包文件，比如seurat4，专门创建一个文件夹存放它。
检查网站的TLS版本# 有时候需要知道某个网站支持的TLS的版本。现在SSL 2.0和SSL 3.0都已经被淘汰了。其中TLS 1.0，TLS 1.1，TLS 1.2是目前的的主流，相对也是安全的。...主要看加密的算法。TLS 1.3是目前最新的协议版本，也是相对最安全的版本了。...openssl s_client -connect www.baidu.com:443 -tls1_1 openssl s_client -connect www.baidu.com:443 -tls1 以上分别检查了...TcpClient.Dispose() $SslStream.Dispose() } $RetValue } } References# 检查网站的...TLS版本 注：本作品采用 知识共享署名-非商业性使用-相同方式共享 4.0 国际许可协议 进行许可。
交流群有人询问一个包（oncoPredict）的安装问题，说是R版本问题，需要 大于4.1.0。 我下意识的认为他应该是有其它错误，但是看大家在群里讨论的热火朝天， 我就去试了试。.../index.html ，果然是其DESCRIPTION 文件里面的R版本依赖 Depends: R (≥ 4.1.0) ，如下所示： oncoPredict: Drug and Biomarker...Version: 0.2 Depends: R (≥ 4.1.0) 哪怕是下载源代码进行安装，也是绕不过去这个版本依赖 ： > install.packages('oncoPredict_0.2.tar.gz...： 生信基石之R语言 B站的10个小时教学视频务必看完，参考 GitHub 仓库存放的相关学习路线指导资料：https://github.com/jmzeng1314/R_bilibili ，可以参考一些优秀笔记...，我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化，以及基于Linux的NGS数据处理： 《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》 《生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)》 把R的知识点路线图搞定
用'contributors()'来看合作者的详细情况 用'citation()'会告诉你如何在出版物中正确地引用R或R程序包。...中文解释居然是：起跳; 开始 ; 不过更让我惊奇的是它内置的R包，稍微有点多啊！我记得很久以前看的R书籍都写着内置R包都是7个！这个是为什么呢？...百度百科关于软件版本的解释 软件版本编号订定是指为软件设置版本号码的方式。通常，版本号码会以数字订定，但亦有不同的方式。...版本控制比较普遍的 3 种命名格式 ： GNU 风格的版本号命名格式 Windows 风格的版本号命名格式 .Net Framework 风格的版本号命名格式。 主要是 主版本号 ....子版本号 [ 修正版本号 [. 编译版本号 ]] 可以在 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ 看到R的大版本变化： ?
3次，就应该写成函数或使用循环 3、默认参数 作者可以为参数设置默认值，不是所有的参数都要出现在代码里，没有出现的是默认值 二、R包 1、定义：多个函数打包存放的“容器”，包括函数、数据、帮助文件、描述文件等...2、作用：实现特定的功能，你需要什么功能，安装相应的R包就行。说人话就是使用智能手机，需要使用微信与人聊天，你就按照微信APP，需要上腾讯视频看电视剧，你就安装腾讯视频APP。...R包，使用 “BiocManager::install()来安装 （3）github网站，是R包作者写的，没有经过审核，使用”devtools::install_github...几乎不使用，使用时需要写明R包的作者，就是指明选择谁写的R包。...说人话，智能手机安装的腾讯视频，只要你不卸载，就一直在你的手机里，需要看电视剧是打开APP，看完电视了你退出APP，再次看电视时还需要再次打开APP。所有“加载”R包就相当于打开APP。
安装ggstatsplot时,没有针对当前版本的R包....于是用下面方式手动安装 package_url="https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggstatsplot/ggstatsplot_0.9.2...parameters’, ‘performance’, ‘statsExpressions’ are not available for package ‘ggstatsplot’ 用devtools下载特定版本...R包, 并自动安装依赖. require(devtools) install_version('ggstatsplot', version = '0.9.2')
系统环境 操作系统centos7 R 版本MRO4.0.2 有root权限 需要安装clusterProfiler和enrichplot包 2....头脑风暴 我有一个设想： 用root权限，新建一个环境R4.1，然后在里面安装R4.1 在R4.1中安装那几个包 将Rstudio的R版本设置为新建环境的R4.1 我的顾虑： 不确定我用root新建的环境...，能不能让大家使用 不确定Rstudio-server能不能指定新建环境中的R4.1版本 3....其它人用Rstudio-server安装R包 因为现在Rstudio-server用的是conda环境中的R4.1，它会在conda环境中有一个library，普通用户没有写入的权限，安装R包时会在自己的路径下自动新建一个...5，没有安装不了的R包，折腾一下总能实现。
当我们在使用很多R包的时候总会有些包里面的函数引发我们的好奇心，总想去看看他们具体怎么实现的，今天我们就来讲下如何去解析一个别人写好的R包。 1....我们先知道我们想去解析的R包的名字，比如“InformationValue”。 2. 打开R语言的官网R包的列表，然后利用浏览器的检索检索下我们找的包的位置，然后进入R包的详细介绍页面。 ? 3....在R包详细页面我们可以看到图中标出的位置，那就是R包的源代码文件，下载源代码问价，解压后文件的结构如下图： ? 4. 接下来就是激动人心的时刻了，进入R/目录，迎面而来是R语言代码文件了。 ? 5....我们首先打开主函数文件“Main.R”,然后就可以在R文件中检索我们想要的主函数名称。 ? ? 6. 当然，我们有时候并不满足于看看主函数，更想深入看其子函数程序，那也是没问题的，如图： ?...至此，我们便可以在R/目录下随心所欲查看R包的所有源程序。
调出函数library() require()内置基础包basedatabase：存放数据集utils：工具函数grDevices：绘图相关graphics：R绘图函数stats：与统计相关的函数methods...：一般定义方法和类splinesstats4tcltk试例help(package"R包名称") #查看R包详情信息library(help="R包名称")ls(package:R包名称) #列出包中所有函数...data（package=R包名称）#列出包中包含的所有数据集detach(package:R包名称) #移除R包remove.package(R包名称) #卸载R包R包批量迁移installed.package...() #显示所有已安装R包
R语言是一个强大的数据分析工具，其强大之处在于有各种各样的R包帮助其实现各种各样的功能。...通常来说，R包的安装主要有四种方法，包括：1）从R语言官网上直接下载相关R包并安装；2）从Bioconductor上下载R包并安装；3）从Github上下载R包并安装；4）手动安装R包。...接下来我将和大家分享R包的具体安装： 1）首先获取下载的R包的名字，比如下载metafor这个R包，可以先在官网（https://www.r-project.org/）上找到这个包，了解一下这个包的详细内容和使用说明...') 这里需要注意的是，下载Bioconductor的R包需使用BiocManager包里的install函数。...，github中的R包需要在其前面加上该包所在的库名，否则无法进行下载安装。
最近在一个比较古老（其实就是2019年）的服务器上面更新以前的一个表观调控网页工具，其中需要使用R语言来安装一下必备的包 ，比如 ChIPseeker ，麻烦的是卡死在了第一步，如下所示 ： (chipseq...可以看到R版本是超级低了，R version 3.5.1 (2018-07-02) ，因为很少更新，而且两年多没有使用它了。...graphics, Matrix, splines, utils Suggests: parallel, survival, MASS Published: 2021-09-23 确实是因为 mgcv 对R版本的要求...，大于了我服务器的旧版R啦。...当然了，一个很直接的解决方案就是重置这个conda环境，就会安装最新版R啦。 不过，我比较好奇的是，难道3.5版本的R已经是基本上不可用了吗？还是说其实是有方法给超低版本的R安装高配包？
包版本范围指定（自动下载版本约束范围中的最新版） ---- 名称 实例 说明 不指定版本 根据当前Path环境变量中的php版本下载最合适的最新版 确切的版本 6.0.1 指定下载的具体版本号 范围...= > 6.0，< 6.0 指定版本范围，自动下载该范围中的最新版 通配符 * 5.*，6.0.* 5.* 代表版本范围 [5, 6.0) 6.0.* 代表版本范围 [6.0, 6.1) 赋值运算符（...最低版本） ~ ~1.2，~6.1.0 ~1.2 代表版本范围 [1.2, 2.0) ~6.1.0 代表版本范围 [6.1.0, 6.2) 脱字号版本（最低版本） ^ ^1.2.3 ^1.2.3 代表版本范围...[1.2.3, 2.0.0) 版本约束使用示例 : 和 = 都可以 版本约束可以加引号，也可以不加 composer文档使用的是 : 并且版本约束加引号（可以说更加规范吧） composer create-project...官网的在线测试版本约束 ---- a. 查看文档 b. 进入版本约束文档 站长源码网 c. 进入在线测试版本约束页面（页面最底部） d. 测试版本约束
那么，作为神一样的R语言简直无所不能，他们开发了Rtool，这个工具不仅是为创建R包用的，同时也可以让那些以gz结尾的R包可以安装在windows环境下。...今天我们就来介绍下R语言与Rtool结合后是如何玩转R包的。...首先我们需要下载Rtool软件： 下载链接：https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/ 至于版本的选择，看自己需求了，基本是选择最新的。...接下来将是见证奇迹的时刻了，填充好title后再次运行编译程序： ? 那么我们的R包建好了，当然R包也是gz结尾的，意味着只有Linux下是好用的。...既然这样，那么我们正好可以来试验下我们R结合Rtool的强大。直接在window是下导入我们建好的R包，不过提前声明的是如果导入Linux下的R包最好是本地导入，而不是直接在线下载，那样是不会成功的。
下面是2月优秀学员投稿 超多朋友咨询R语言可视化的配色问题，我也简单整理了一下，希望对大家有帮助！...首先 scales包的show_col显示颜色函数有大用处，其次函数 colors() 列出了 R 识别的所有颜色名称。...首先是获取颜色，有独立的函数，加载ggsci包即可： library(ggsci) cl=pal_lancet("lanonc",alpha = 0.6)(4) cl library(scales)...Rcolorbrewer 专注于调色的R包：RColorBrewer，首先是显示所有的 调色板 display.brewer.all() 函数： library(RColorBrewer) display.brewer.all...grDevices 跟前面的专注于调色的R包：RColorBrewer有点类似，也是内置了各种各样的配色体系。
当你需要执行特定的统计测试、可视化或其他任务时，你可能会发现相应的功能已经被封装在一个或多个R包中。然而，对于新手或需要一次性安装多个R包的用户来说，这个过程可能会有些繁琐。...为了大规模安装所需要的R包，你可以使用几种不同的方法。...以下是两种常见的方法：常用安装install.packages函数是我们常用的安装R包的方式，需要注意的是这些R包必须是在CRAN仓库中，否则安装将会失败。...该项目是存放了大量用于生物研究的R包，很多做生物信息分析的人都会使用里面提供的R包。它的安装包是通过BiocManager包提供的install函数实现的。...包外，还可以通过已经构建好的R包内置函数安装，例如现在比较友好的R pacman，它提供的p_load函数其实可以看成是上述InstallPackageFun的升级版本。
自杀式R包 只能安装成功一次，再次重复安装就会报错。 R包的依赖处理非常奇怪，随着安装R包的数量变多，有较大概率会遇到R包依赖崩溃的情况。...如果是在Windows平台下，那么应该首先检查R包安装路径是否有问题（使用.libPaths()函数查看），尽量不要安装到".RLibrary"之类的无版本依赖的文件夹中。...如果大家搜索过这个错误会发现遇到这个问题的人还挺多的，而且看起来他们的解决方案相对是没有切合问题本质或者是比较偶发的解决方案：如重新安装一个R包，修改R包的载入顺序等等。...调整R包的依赖项优先级和R包的DESCRIPTION文件有关系： R包结构 R包源码一般是一个压缩包的形式，后缀名tar.gz。...Suggests依赖项的包可以缺失，而Depends和Imports中的依赖项是需要先于当前包安装的。当前包载入后，所有Depends中的R包也会被载入。
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