最近需要在内网的windows环境下部署R分析平台，内网遇到的最大困就是安装R语言的软件包和对应的依赖包。...第一步 先下载安装包和依赖包Getpackage <- function(packs){ packages <- unlist( tools::package_dependencies(packs..., recursive =T) ) packages <- union(packs,packages) packages}mypackages <- c('tidyverse') # 需要安装的包名...，D:/Downloads/第二步 批量安装将第一步下载的zip压缩包复制到内网环境下，我这里以D:/packages目录为例。...<- 'D:/packages' write_PACKAGES(install.path, type='win.binary')mypackages <- c('tidyverse') # 需要安装的包名
实际上，这个包的 的官方说明书也写的很清楚：http://research-pub.gene.com/IMvigor210CoreBiologies/ 因为这个包是旧版本的R和bioconductor时代创造的...就是这个改 DESCRIPTION 文件里面的R版本依赖 ，可以看到里面有 DESeq, DESeq2,等包，其实没有必要依赖这些啊， 删除 DESeq即可，修改好文件后，重新安装这个包： Depends...: R (>= 3.3), Biobase Imports: biomaRt, circlize, ComplexHeatmap, corrplot, DESeq, DESeq2, dplyr...这样你可以很顺利的安装它，但是因为你强行修改了它的依赖，所以你安装的应该是一个残缺版本，如果后续它这个包确实是依赖于 DESeq 包里面的函数或者对象，就尴尬了。...载入需要的程辑包：DESeq 收捲时出错: unable to find required package ‘DESeq’ Error: no more error handlers available
比较图7.17和图7.18，很明显，在质量控制后，NA19098.r2细胞不再形成一组异常值。 默认情况下，scater仅使用前500个最易变基因来计算PCA。这可以通过更改ntop参数来调整。...如果您的答案不同，请将您的代码与我们的代码进行比较（您需要在打开的文件中搜索此练习）。 7.3.3 · tSNE图 用于可视化scRNASeq数据的PCA的替代方案是tSNE图。...解释PCA和tSNE图通常具有挑战性，并且由于它们具有随机和非线性特性，因此它们不太直观。但是，在这种情况下，很明显它们提供了类似的数据图像。...比较图7.21和7.22，再次清楚的是，在QC之后，来自NA19098.r2的样本不再是异常值。...GenomeInfoDbData_1.0.0 yaml_2.1.17 ## [13] progress_1.1.2 pillar_1.2.1 RSQLite
details: call: l$contains error: $ operator is invalid for atomic vectors 其实简单搜索就可以发现解决方案，就是因为 RSQLite...的升级 > packageVersion("RSQLite") [1] ‘2.2.6’ remotes::install_version("RSQLite", version = "2.2.5...") 很简单的安装一个低版本的 RSQLite 即可， 安装成功后，重新打开一下R语言！...上一次遇到这样的问题还是一个 readr 的包，应该是GEOquery依赖于它。 ?...注释方面的包(第二类是一系列的基因组注释包，主要是各种ID的转换，kegg或者GO这样的功能注释，还有其它基因信息注释，转录本，外显子起始终止等等) 实验数据的包(每一个实验数据包都是一篇优秀的生物信息学分析文章
自杀式R包 只能安装成功一次，再次重复安装就会报错。 R包的依赖处理非常奇怪，随着安装R包的数量变多，有较大概率会遇到R包依赖崩溃的情况。...调整R包的依赖项优先级和R包的DESCRIPTION文件有关系： R包结构 R包源码一般是一个压缩包的形式，后缀名tar.gz。...Depends是代表这个依赖项会载入到全局环境中。 Imports是代表这个依赖项只会在当前包的环境中载入。 Suggests一般是用于帮助文档渲染时使用的依赖项。...Suggests依赖项的包可以缺失，而Depends和Imports中的依赖项是需要先于当前包安装的。当前包载入后，所有Depends中的R包也会被载入。...所以只需要把自杀包的源码下载后解压，然后将dbplyr添加到Depends那里，再压缩成tar.gz格式即可（不压缩也行），然后手动安装此包即可。
R平台及编程语言支持浩大的数据科学技术，他拥有几十年的的历史和超过7000个包，这挂在CRAN的包纷杂的让你无法决定从哪里入手。...如你所愿，R支持使用SQL检索中心位置的关系数据库中的数据。然而，一些R包允许你超出这领域创建介于处理和分析数据之间的集席数据集的飞速查询，而不管数据的来源和最终目标。...在本演示中，我们将下载并安装RSQLite包–将SQLite的集成到RStudio上运行的R的工具。...帮助功能将展示包含深入此数据集的结构和内容的描述文档。 help(mtcars) 为了访问该数据集，它必须先被加载。这将“黏贴”数据集到用户的当前R会话。...它是多么简单：打开一个新的R会话，安装包，加载和mtcars数据。
我们用到的R包是biomaRt包。bioMart包是一个连接bioMart数据库的R语言接口，能通过这个软件包自由连接到bioMart数据库。可以进行各种基因转换。 没有安装过的需要先安装包。...") library(biomaRt) 使用biomaRt包的第一步是选择要使用的BioMart 数据库和数据集。...比如查看人的和鼠的。...按照开始说的，使用biomaRt包的第一步是选择要使用的BioMart 数据库和数据集。使用useMart函数可以连接到指定的BioMart 数据库和数据库中的数据集。所以第一步是构建mart对象。...给定一组过滤器和相应的值，它从连接到的BioMart数据库中检索用户指定的属性。
前面给大家介绍了 【R语言】获取基因组上某个区域内的SNP信息 我们经常会从一些文献或者数据库里得到一些与疾病相关的SNP信息。...如下图所示，这里只有SNP的rs号，和染色体号，并没有具体的坐标信息，那么我们怎么得到具体的坐标位置呢？...今天小编就继续使用biomaRt这个R包来给大家演示一下如何通过SNP的rs号来得到具体的染色体上的坐标位置 #安装biomaRt包 BiocManager::install("biomaRt") #...加载biomaRt包 library(biomaRt) #选择数据库和数据集 snp_mart = useMart("ENSEMBL_MART_SNP", dataset...rs号 snp_ids = read.table("SNP_list.txt",stringsAsFactors = F)[[1]] #attributes设置需要显示的SNP信息，包括rs号，染色体号和起始位点
edgeR基于负二项分布模型。它使用贝叶斯方法通过适应组内变异估计提高估计的稳定性。edgeR考虑了基因的丰度和变异性，使其更适用于RNA-Seq数据。 DESeq2基于负二项分布的模型。...安装和加载所需的包 .libPaths( c( '/home/rootyll/seurat_v5/', "/usr/local/lib/R/site-library", "/...usr/lib/R/site-library", "/usr/lib/R/library" ) ) # 安装必要的包，如果尚未安装 if (!...，还是希望读者可以亲自使用不同的r包，去体验一下整个流程。...在已经熟悉r包的基础上，再使用函数随时调用 不足之处，欢迎指正——生信小博士 参考： https://bioconductor.org/packages/release/workflows/vignettes
搜到了生信技能树的文章《如果这个R包真的不存在了肿么办》，但只谈到包被删除了之前是存在的... https://cloud.tencent.com/developer/article/1508953 也就是说...如何安装被移除的R包呢 这个其实跟我之前讲解的如何安装旧版R包有异曲同工之妙。 留给读者解决吧，相信你粉了我们生信技能树这么久，这一点实力，还是可以有的！...那就下载IlluminaHumanMethylation450k.db包的源码压缩包并安装。...IlluminaHumanMethylation450k.db.html 图片 # 解压 tar -xf IlluminaHumanMethylation450k.db_2.0.7.tar.gz 提前安装依赖包...', 'DBI','RSQLite','remotes' 修改源代码 修改IlluminaHumanMethylation450k.db/R/zzz.R中的源码 AnnotationForge:::createSimpleBimap
()或require() (括号内指定包的名字） 这里我们可以指定参数character.only = T 从而让library 函数接受字符串作为参数，从而方便的使用apply 族函数实现批量加载R...所加载的所有包所在的路径 ：.libPaths()这个其实还挺好用的，比如说有的时候，这个路径没有设置好，导致下载的R 包无法被library，都可能和这个路径有关。...更新 update.packages() (括号内指定包的名字） 卸载 remove.packages()(括号内指定包的名字 已加载环境的包和从环境中卸除 # 查看已加载的包 (.packages...有的时候有的包的更新所依赖的包如果加载在环境中的话，会导致报错。这时候可以detach 掉他萌～（其实更暴力的就是重新打开R proj） 还是我的R 包 我为什么要用还呢？...和R 包的版本号，是个好习惯～ 详细介绍，可以参见我的github主页。
前面我们讲到的GO和KEGG富集分析都会用到org.Hs.eg.db这个包 ☞GO和KEGG富集结果如何显示基因symbol ☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图 org.Hs.eg.db...这个包还可以用来做基因ID转换 【R语言】基因ID转换 但是今天加载这个包的时候莫名奇妙的报错了，小编很方 library(org.Hs.eg.db) Error: package or namespace...第一种方法 #手动设置环境变量 options(connectionObserver = NULL) 但是这种方法，每次都要运行这一行 第二种方法，彻底解决这个问题 #安装旧版本RSQLite install.packages...("remotes") remotes::install_version("RSQLite", "2.2.5") 装好之后，就再也不用运行options(connectionObserver = NULL
using 加载R包 using函数是我写在$HOME/.Rprofile中的函数，因此每次打开R就能使用。...BioCworkflows = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/3.16/workflows" ) pak安装R包...使用pak管理R包，可以从Bioconductor、CRAN、Github、本地、URL安装R包，解决了R包安装需要多个不同R包去安装的问题。...pak::local_install("CytoTRACE") 一次安装多个R包 pak::pkg_install(c("BiocNeighbors", "ComplexHeatmap", "circlize...", "NMF")) pak删除R包 pkg_remove("CytoTRACE") pak查寻依赖包 只能查CRAN 或 Bioconductor的包的依赖 pak::pkg_deps("tibble
biomaRt这个包很久以前我就给它写过教程(点击阅读)，但是排版不好，可读性很差，所以我用R Markdown重新来一个。...当然了，它本身有官方的英文版教程(点击阅读)，我在翻译的基础上面，加入了自己的理解， 下面是正文： biomaRt是一个超级网络资源库，里面的信息非常之多，就是网页版的biomaRt的R语言接口。...谷歌搜索 the biomart user’s guide filetype:pdf 这个关键词，就看到关于这个包的详细介绍以及例子，我这里简单总结一下它的用法。...包的安装 Bioconductor系列包的安装方法都一样 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite(“biomaRt”) install.packages...可以查看filter和attribute有哪些东西。
说实话，自从之前好好学习了一下入门的R以后，一直没有用过R，很多东西都忘了，还是需要靠做笔记方便日后查阅。 本期讲一下R包的几种来源以及安装指定版本R包的几种方法。 R包的来源 1....Bioconductor 里面多是跟生信相关的R包，通过BiocManager::install("包名")来安装，今天的例子edgeR和limma都可以通过这种方法安装。 3....', 'RcppArmadillo', 'RCurl', 'remotes', 'rlang', 'rmarkdown', 'roxygen2', 'RSQLite', 'stringi', '...安装指定版本R包 复现文章或R包的更新与当前的R版本或R代码不兼容时，就需要考虑安装某个特定版本的R包了，这里列一些常见的安装指定版本R包的方法供大家参考。...CMD安装 这种方法需要依赖Rtools wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/limma/limma_1.8.10.tar.gz R
下面是优秀实习生的整理和分享 1【R包】有什么好办法可以把之前安的R包一次性全部清除，想全部重新安一遍。前几天安了一半报错没解决完，忘了安到哪了 有一些基础R包是不能清除的。...安装新版本的 R 4.3 之后，安装 clusterProfiler 出现报错：依赖包不存在， 这其实是新版本的 bioconductor 3.18 在使用 clusterProfiler 的时候，引入了一个新的依赖包...5【R包】我重新下载了R后，hug133plus2这个包安装不上了 把这个包对应的安装代码重新运行一遍。...6【R包】HPO这个，我下载到本地了还是不行 你下载包括HPO和mpo一起的，你应该先解压出来，里面是两个gz文件，分别安装。 7【R包】请问这种情况需要做什么吗？...9【R包】今天遇到的新问题是找不到RSQLite，我看了一下答疑，没找到相关的解答，报错如下 > library(GSEABase) Loading required package: annotate
r1 A03 NA19098.r1 NA19098.r1.A03 ## 4 NA19098 r1 A04 NA19098.r1 NA19098.r1.A04 ##...- log2(counts(reads) + 1) reducedDim(reads) <- NULL saveRDS(reads, file = "tung/reads.rds") 通过比较图7.6和图...如果您返回并比较结果，您应该能够得出结论，ERCC和MT过滤器对于基于read的分析更严格。...reshape2_1.4.3 AnnotationDbi_1.40.0 ## [64] munsell_0.4.3 tools_3.4.3 RSQLite...0.92-8 bindrcpp_0.2 nlme_3.1-129 ## [76] mime_0.5 quantreg_5.35 biomaRt
，矩阵，数组，数据框，列表） 文件读取和写出 简单统计可视化 无限量函数学习 我们有一个《R语言公益课程之基础绘图》，虽然说绝大部分入门了R语言的朋友，都实际上根本不需要使用R语言的base函数绘图。...接下来带来的是R包集合Bioconductor及高通量数据处理中数据呈现、输入输出以及大家比较关注的注释的代表性R包介绍。...Bioconductor现含749+R包，包用于表达和其他微阵列、序列分析、流式细胞术、成像和其他领域。 ?...1）安装R包 2）使用实例 GenomicRanges 数据输入和输出的R包 常见数据格式简介及处理的R包 rtracklayer 3.基因和基因组注释 1）以基因为中心的R包 Org.* 2）以基因组为中心的...R包 GenomicFeatures 3）以网络为基础的R包 biomaRt ## Org.
Illumina不只会测序）这三家为主，而基于不同的使用目的和技术革新，每家又发布了一系列的芯片平台，以Affy为例，在GEO数据库中共有1200+个平台（每个平台在GEO中对应一个GPL*编号）： ?...如上就是比较常见的几款Affy芯片的探针注释包，对于后续用R进行统计分析的小伙伴来说，bioconductor中收集的各种探针注释包是个不错的选择，使用select函数即可从注释包中轻松提取探针对应的基因信息...3、biomaRt http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/biomaRt.html 基于多种数据库进行数据转换： ?...所以，biomaRt的全面和强大并不仅仅局限于探针到基因的对应关系，甚至在生信分析过程中你会经常看到或用到它，当然，你所能用它解决的问题取决于你对其了解的程度！...library(biomaRt) mart = useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl") 查看biomaRt中集成的Affy注释包： ?
学习内容 了解可用的基因组注释数据库和存储信息的不同类型 比较和对比可用于基因组注释数据库的工具 应用各种 R 包检索基因组注释 基因组注释 对二代测序结果的分析需要将基因、转录本、蛋白质等与功能或调控信息相关联...—可以创建你自己的 annotables 可用于人类和模式生物的基因级特征信息 超级快速和简单的基因 ID 转换、生物型和坐标信息 静态资源，不定期更新 biomaRt Ensembl BioMart...OrgDb、TxDb、Go.db、EnsDb 和 BioMart 注释。...AnnotationDbi AnnotationDbi 是一个 R 包，它提供了一个接口，用于连接和查询使用 SQLite 数据存储的各种注释数据库。...AnnotationDbi 包可以查询 OrgDb、TxDb、EnsDb、Go.db 和 BioMart 注释。从这些数据库中提取数据时，可以参考文档。
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